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Mathieu Giraud


Mathieu Giraud, directeur de recherche CNRS en informatique au laboratoire CRIStAL (CNRS, Université de Lille, Centrale Lille), conçoit des méthodes algorithmiques pour étudier des séquences au service de projets culturels et de santé.

Il l'équipe d'informatique musicale Algomus sur la modélisation, l'analyse, la visualisation et la génération de partitions vues comme des séquences de notes. Est-ce qu'un ordinateur peut aider à faire comprendre et même à faire apprécier la musique ? Ces travaux en humanités numériques concernent la mélodie, l'harmonie (accords, progressions d'accords, cadences), les rythmes, la texture musicale, pour finalement modéliser la structure et la forme musicale.

Mathieu a mené durant 15 ans des recherches sur l'analyse et la comparaison de séquences d'ADN, notamment dans l'équipe de bioinformatique Bonsai, Il travaille toujours sur des méthodes pour mieux connaître les populations de globules blancs, en particulier pour améliorer les diagnostics et les suivis de leucémie. Il est le responsable technique du consortium VidjilNet au sein d'Inria et s'intéresse à l'éthique des traitements de données médicales.

Mathieu collabore avec des musiciens (artistes, enseignants, grand public...) ainsi qu'avec des cliniciens et des professionels de santé. Il s'inscrit dans une démarche de science ouverte.


Dominique Lavenier   

Journal articles2 documents

  • Pierre Peterlongo, Laurent Noé, Dominique Lavenier, van Hoa Nguyen, Gregory Kucherov, et al.. Optimal neighborhood indexing for protein similarity search. BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2008, 9 (534), ⟨10.1186/1471-2105-9-534⟩. ⟨inria-00340510⟩
  • Mathieu Giraud, Philippe Veber, Dominique Lavenier. Path-equivalent developments in acyclic weighted automata. International Journal of Foundations of Computer Science, World Scientific Publishing, 2007, 18 (4), pp.799-812. ⟨10.1142/S012905410700498X⟩. ⟨inria-00271646⟩

Conference papers4 documents

  • Jean-Frédéric Berthelot, Charles Deltel, Mathieu Giraud, Stéphane Janot, Laetitia Jourdan, et al.. biomanycores.org: a repository of interoperable open-source code for many-core bioinformatics. JOBIM 2011, Jul 2011, Paris, France. ⟨hal-00637847⟩
  • Mathieu Giraud, Stéphane Janot, Jean-Frédéric Berthelot, Charles Deltel, Laetitia Jourdan, et al.. Biomanycores, open-source parallel code for many-core bioinformatics. Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2011), 2011, Vienne, Austria. ⟨inria-00623390⟩
  • Pierre Peterlongo, Laurent Noé, Dominique Lavenier, Gilles Georges, Julien Jacques, et al.. Protein similarity search with subset seeds on a dedicated reconfigurable hardware. Parallel Bio-Computing, Sep 2007, Gdansk,, Poland. ⟨inria-00178325⟩
  • Mathieu Giraud, Laurent Noé, Gregory Kucherov, Dominique Lavenier. Recherches de motifs et de similarités en bioinformatique : modélisations, solutions logicielles et matérielles. MajecSTIC 2005 : Manifestation des Jeunes Chercheurs francophones dans les domaines des STIC, IRISA – IETR – LTSI, Nov 2005, Rennes/France, pp.18--37. ⟨inria-00001036⟩

Book sections1 document

  • Dominique Lavenier, Mathieu Giraud. Bioinformatics Applications. Gokhale, Maya B., Graham, Paul S. Reconfigurable Computing. Accelerating Computation with Field-Programmable Gate Arrays, Springer, 2005, Foundation of computing, 0-387-26105-2. ⟨inria-00000501⟩