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Waterlogged oak wood from across Europe provides new source for tree ancient DNA

 Stefanie Wagner , Frédéric F. Lagane , Emilie E. Chancerel , Yves Billaud , Willy Tegel , et al.
Genomics and Forest Tree Genetics Conference, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., May 2016, Arcachon, France. 134 p
Communication dans un congrès hal-02741339v1
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Paleogenomics: reconstruction of plant evolutionary trajectories from modern and ancient DNA

 Caroline Pont , Stefanie Wagner , Antoine Kremer , Ludovic Orlando , Christophe Plomion , et al.
Genome Biology, 2019, 20 (1), pp.1-17. ⟨10.1186/s13059-019-1627-1⟩
Article dans une revue hal-02278824v1

Ancient genomes show social and reproductive behavior of early Upper Paleolithic foragers

 Martin Sikora , Andaine Seguin-Orlando , Vitor C. Sousa , Anders Albrechtsen , Thorfinn Korneliussen , et al.
Science, 2017, 358 (6363), pp.659-662. ⟨10.1126/science.aao1807⟩
Article dans une revue hal-03207795v1

Ancient horse genomes reveal the timing and extent of dispersals across the Bering Land Bridge

 Alisa Vershinina , Peter Heintzman , Duane Froese , Grant Zazula , Molly Cassatt‐johnstone , et al.
Molecular Ecology, 2021, ⟨10.1111/mec.15977⟩
Article dans une revue hal-03431968v1

Evidence for early dispersal of domestic sheep into Central Asia

 William Taylor , Mélanie Pruvost , Cosimo Posth , William Rendu , Maciej Krajcarz , et al.
Nature Human Behaviour, 2021, 5 (9), pp.1169-1179. ⟨10.1038/s41562-021-01083-y⟩
Article dans une revue hal-03431971v1
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No particular genomic features underpin the dramatic economic consequences of 17th century plague epidemics in Italy

 Andaine Seguin-Orlando , Caroline Costedoat , Clio Der Sarkissian , Stéfan Tzortzis , Célia Kamel , et al.
iScience, 2021, 24 (4), pp.102383. ⟨10.1016/j.isci.2021.102383⟩
Article dans une revue hal-03356277v1
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Modern human incursion into Neanderthal territories 54,000 years ago at Mandrin, France

 Ludovic Slimak , Clément Zanolli , Tom Higham , Marine Frouin , Jean-Luc Schwenninger , et al.
Science Advances , 2022, 8 (6), ⟨10.1126/sciadv.abj9496⟩
Article dans une revue hal-03604105v1

An Aboriginal Australian Genome Reveals Separate Human Dispersals into Asia

 Xiaosen Xiao , Yong Wang , Kirk E. Lohmueller , Rasmus Rasmussen , Anders Albrechtsen , et al.
Science, 2011, 334 (6052), pp.94-98. ⟨10.1126/science.1211177⟩
Article dans une revue hal-02112809v1

Utilisation de l'ADN ancien pour la rétro-observation des espèces et la compréhension des processus évolutifs et écologiques dans les lacs d'altitude

 Morgane Gibert , Simon Blanchet , Ludovic Orlando , Didier Galop
ohmpyr2020 : Séminaire de restitution des projets 2018-2019 de l'OHM Pyrénées Haut Vicdessos 2020, CNRS UMR 5602 GEODE, Jan 2020, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-02468046v1

Joint Estimates of Heterozygosity and Runs of Homozygosity for Modern and Ancient Samples

 Gabriel Renaud , Kristian Hanghøj , Thorfinn Sand Korneliussen , Eske Willerslev , Ludovic Orlando
Genetics, 2019, 212 (3), pp.587-614. ⟨10.1534/genetics.119.302057⟩
Article dans une revue hal-02375689v1
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Radiocarbon and genomic evidence for the survival of Equus Sussemionus until the late Holocene

 Dawei Cai , Siqi Zhu , Mian Gong , Naifan Zhang , Jia Wen , et al.
eLife, 2022, 11, pp.e73346. ⟨10.7554/eLife.73346⟩
Article dans une revue hal-03827860v1
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Performance and automation of ancient DNA capture with RNA hyRAD probes

 Tomasz Suchan , Mariya Kusliy , Naveed Khan , Loreleï Chauvey , Laure Tonasso‐calvière , et al.
Molecular Ecology Resources, 2021, ⟨10.1111/1755-0998.13518⟩
Article dans une revue hal-03431964v1
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Struct-f4: a Rcpp package for ancestry profile and population structure inference from f 4-statistics

 Pablo Librado , Ludovic Orlando
Bioinformatics, 2022, 38 (7), pp.2070-2071. ⟨10.1093/bioinformatics/btac046⟩
Article dans une revue hal-03827862v1
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Regards croisés sur les chevaux du plateau Iranien

 Jérémy Clément , Marjan Mashkour , Ludovic Orlando , Margaux Spruyt
Croiser les sciences pour lire les animaux, 2020
Chapitre d'ouvrage hal-03034706v1

Mitochondrial genomes reveal the extinct Hippidion as an outgroup to all living equids

 Clio Der Sarkissian , Julia Vilstrup , Mikkel Schubert , Andaine Seguin-Orlando , David Eme , et al.
Biology Letters, 2015, 11 (20141058), pp.1-5. ⟨10.1098/rsbl.2014.1058⟩
Article dans une revue hal-01323150v1

Whole-genome analyses resolve early branches in the tree of life of modern birds.

 Erich Jarvis , Siavash Mirarab , Andre Aberer , Bo Li , Peter Houde , et al.
Science, 2014, 346 (6215), pp.1320-31. ⟨10.1126/science.1253451⟩
Article dans une revue hal-03021815v1

Origin and Evolution of Deleterious Mutations in Horses

 Ludovic Orlando , Pablo Librado
Genes, 2019, 10 (9), pp.649. ⟨10.3390/genes10090649⟩
Article dans une revue hal-02375681v1

Authentication and Assessment of Contamination in Ancient DNA

 Gabriel Renaud , Mikkel Schubert , Susanna Sawyer , Ludovic Orlando
Ancient DNA, pp.163-194, 2019, ⟨10.1007/978-1-4939-9176-1_17⟩
Chapitre d'ouvrage hal-02375701v1
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Les chevaux de Léonard de Vinci. Histoire de l'art versus mathématiques et biologie

 Armelle Fémelat , Matthias Macé , Ludovic Orlando
Éric Baratay. Croiser les sciences pour lire les animaux, Editions de la Sorbonne, 2022, Homme et société, 979-10-351-0588-4
Chapitre d'ouvrage hal-03659007v1
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The prehistoric peopling of Southeast Asia

 Hugh Mccoll , Fernando Racimo , Lasse Vinner , Fabrice Demeter , Takashi Gakuhari , et al.
Science, 2018, 361 (6397), pp.88-92. ⟨10.1126/science.aat3628⟩
Article dans une revue halshs-02185511v1

Mammoth and elephant phylogenetic relationships: Mammut americanum, the missing outgroup.

 L. Orlando , Catherine Hänni , Christophe Jean Douady
Evolutionnary Bioinformatic Online, 2007, 2, pp.45-51
Article dans une revue halsde-00157620v1
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Detecting taxonomic and phylogenetic signals in equid cheek teeth: towards new palaeontological and archaeological proxies

 T. Cucchi , A. Mohaseb , S. Peigné , K. Debue , L. Orlando , et al.
Royal Society Open Science, 2017, 4 (4), pp.160997. ⟨10.1098/rsos.160997⟩
Article dans une revue hal-01526821v1

Les chevaux antiques du plateau iranien. Entre étude philologique, examen iconographique, recherche archéozoologique et analyse paléogénétique

 Jérémy Clément , Margaux Spruyt , Hossein Davoudi , Antoine Fages , Azadeh Mohaseb , et al.
É. Baratay (dir.). Croiser les sciences pour lire les animaux, Éditions de la Sorbonne, pp.65-88, 2020
Chapitre d'ouvrage hal-03028533v1
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Assessing the impact of USER‐treatment on hyRAD capture applied to ancient DNA

 Tomasz Suchan , Lorelei Chauvey , Marine Poullet , Laure Tonasso-Calvière , Stéphanie Schiavinato , et al.
Molecular Ecology Resources, 2022, 22 (6), pp.2262-2274. ⟨10.1111/1755-0998.13619⟩
Article dans une revue hal-03827861v1

137 ancient human genomes from across the Eurasian steppes

 Peter de Barros Damgaard , Nina Marchi , Simon Rasmussen , Michaël Peyrot , Gabriel Renaud , et al.
Nature, 2018, 557 (7705), pp.369-374. ⟨10.1038/s41586-018-0094-2⟩
Article dans une revue hal-02277549v1
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Vibrio tapetis Displays an Original Type IV Secretion System in Strains Pathogenic for Bivalve Molluscs

 Graciela M. Dias , Adeline Bidault , Patrick Le Chevalier , Gwenaëlle Choquet , Clio Der Sarkissian , et al.
Frontiers in Microbiology, 2018, 9, pp.227. ⟨10.3389/fmicb.2018.00227⟩
Article dans une revue hal-02177600v1
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Sex in the city: Uncovering sex-specific management of equine resources from prehistoric times to the Modern Period in France

 Benoît Clavel , Sébastien Lepetz , Loreleï Chauvey , Stéphanie Schiavinato , Laure Tonasso-Calvière , et al.
Journal of Archaeological Science: Reports, 2022, 41, pp.103341. ⟨10.1016/j.jasrep.2022.103341⟩
Article dans une revue halshs-03755076v1
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The origins and spread of domestic horses from the Western Eurasian steppes

 Pablo Librado , Naveed Khan , Antoine Fages , Mariya A Kusliy , Tomasz Suchan , et al.
Nature, 2021, 598 (7882), pp.634-640. ⟨10.1038/s41586-021-04018-9⟩
Article dans une revue hal-03425363v1
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Heterogeneous Hunter-Gatherer and Steppe-Related Ancestries in Late Neolithic and Bell Beaker Genomes from Present-Day France

 Andaine Seguin-Orlando , Richard Donat , Clio Der Sarkissian , John Southon , Catherine Thèves , et al.
Current Biology - CB, 2021, 31 (5), pp.1072-1083.e10. ⟨10.1016/j.cub.2020.12.015⟩
Article dans une revue hal-03150872v1

Enrichir les études à long terme des trajectoires co-évolutives entre sociétés humaines et environnement dans les Pyrénées avec l'ADN sédimentaire ancien

 M. Gibert , Catherine Thèves , J. Birgel , Simon Blanchet , Ludovic Orlando , et al.
ohmpyr2022 : Séminaire de restitution des projets 2019-2021 de l'OHM Pyrénées Haut Vicdessos 2022, CNRS UMR 5602 GEODE, Sep 2022, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-03814174v1
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