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Uncovering the potential of termite gut microbiome for lignocellulose bioconversion in anaerobic batch bioreactors

 Lucas Auer , Adèle Lazuka , David Sillam-Dussès , Edouard Miambi , Michael O'Donohue , et al.
Frontiers in Microbiology, 2017, 8, 14 p. ⟨10.3389/fmicb.2017.02623⟩
Article dans une revue hal-01886494v1
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CAZyChip: dynamic assessment of exploration of glycoside hydrolases in microbial ecosystems

 Anne Abot , Grégory Arnal , Lucas Auer , Adèle Lazuka , Delphine Labourdette , et al.
BMC Genomics, 2016, 17 (1), pp.1-12. ⟨10.1186/s12864-016-2988-4⟩
Article dans une revue hal-01843061v1

Adaptation fonctionnelle des communautés microbiennes en réponse à l’exportation massive de biomasse végétale en forêt : une analyse transcriptomique.

 Lucas Auer , François Maillard , Vincent M Lombard , Bernard Henrissat , Laurent Saint‐andré , et al.
5ème colloque du GDR de Génomique Environnementale, Oct 2019, La Rochelle, France
Communication dans un congrès hal-03339752v1
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Vers la maîtrise des communautés microbiennes lignocellulolytiques : impact de la source d'inoculum et du prétraitement du substrat sur le fonctionnement des communautés

 Lucas Auer
Microbiologie et Parasitologie. INSA de Toulouse, 2016. Français. ⟨NNT : 2016ISAT0050⟩
Thèse tel-01904084v1

Using genomics to understand the role of ectomycorrhizal fungi in the forest ecosystem

 Annegret Kohler , Marc Buée , Lucas Auer , Emmanuelle Morin , Alan Kuo , et al.
Ecology of Soil Microorganisms Conference, Jul 2018, Helsinki, Finland
Communication dans un congrès hal-03339800v1
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Guide pratique à destination des biologistes, bioinformaticiens et statisticiens qui souhaitent s’initier aux analyses métabarcoding

 Hélène Falentin , Lucas Auer , Mahendra Mariadassou , Géraldine Pascal , Olivier Rué , et al.
Le Cahier des Techniques de l'INRA, 2019, 2019 (97), pp.1-23
Article dans une revue hal-02311421v1

Functional signatures of soil fungal communities in response to forest tree phenology revealed by metatranscriptome analysis

 Marc Buée , Lucas Auer , Patricia Luis , Olivier Rué , Valentin Loux , et al.
3rd MPItM-Labex ARBRE Workshop, Nov 2018, cologne, Germany
Communication dans un congrès hal-03339776v1
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Anaerobic lignocellulolytic microbial consortium derived from termite gut: enrichment, lignocellulose degradation and community dynamics

 Adèle Lazuka , Lucas Auer , Michael O'Donohue , Guillermina Hernandez Raquet
Biotechnology for Biofuels, 2018, 11 (1), 14 p. ⟨10.1186/s13068-018-1282-x⟩
Article dans une revue hal-02621415v1
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Exploring enzymatic behaviour in xylo- and phytophagous insects consortia. What could be learned from Nature ?

 Claire Dumas , Lucile Chatellard , Amandine Gales , Adèle Lazuka , Lucas Auer , et al.
36. Symposium on Biotechnology for Fuels and Chemicals, Office of Energy Efficiency & Renewable Energy (EERE). Washington, USA., Apr 2014, Clearwater Beach, United States
Communication dans un congrès hal-01150808v1
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Efficient anaerobic transformation of raw wheat straw by a robust cow rumen-derived microbial consortium

 Adèle Lazuka , Lucas Auer , Sophie Bozonnet , Diego Morgavi , Michael O'Donohue , et al.
Bioresource Technology, 2015, 196, pp.241-249. ⟨10.1016/j.biortech.2015.07.084⟩
Article dans une revue hal-01269314v1

Lignocellulose bioconversion by engineered mixed cultures from cow rumen and termite gut microbiomes

 Adèle Lazuka , Cécile Roland , Lucas Auer , Abdellatif Barakat , Guillermina Hernandez Raquet
3. Symposium on Biotechnology Applied to Lignocellulose, Oct 2014, Concepcion, Chile
Communication dans un congrès hal-01269223v1

Innovative approach to simulating the biodeterioration of industrial cementitious products in sewer environment. Part II: Validation on CAC and BFSC linings

 Matthieu Peyre Lavigne , Alexandra Bertron , Catherine Botanch , Lucas Auer , Guillermina Hernandez-Raquet , et al.
Cement and Concrete Research, 2016, 79, pp.409--418. ⟨10.1016/j.cemconres.2015.10.002⟩
Article dans une revue hal-01849687v1

Transcriptome Analysis of Apple Leaves Infected by the Rust Fungus Gymnosporangium yamadae at Two Sporulation Stages

 Si-Qi Tao , Lucas Auer , Emmanuelle Morin , Ying-Mei Liang , Sébastien Duplessis
Molecular Plant-Microbe Interactions, 2020, 33 (3), pp.444-461. ⟨10.1094/MPMI-07-19-0208-R⟩
Article dans une revue hal-02989882v1
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Screening of Phytophagous and Xylophagous insects guts microbiota abilities to degrade lignocellulose in bioreactor

 Amandine Gales , Lucile Chatellard , Maider Abadie , Anaïs Bonnafous , Lucas Auer , et al.
Frontiers in Microbiology, 2018, 9, 14 p. ⟨10.3389/fmicb.2018.02222⟩
Article dans une revue hal-02154333v1
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FROGS: Find, Rapidly, OTUs with Galaxy Solution

 Frédéric Escudié , Lucas Auer , Maria Bernard , Mahendra Mariadassou , Laurent Cauquil , et al.
Bioinformatics, 2018, 34 (8), pp.1287-1294. ⟨10.1093/bioinformatics/btx791⟩
Article dans une revue hal-02626808v1

Taming lignocellulosic degradation activity of consortia from phytophagous insects guts in batch reactors: microbial diversity and enzymatic activities kinetics

 Amandine Gales , Jean-Jacques Godon , Maider Abadie , Adèle Lazuka , Lucas Auer , et al.
International Conference on Anaerobic Digestion. AD Technology and Microbial Ecology for Sustainable Development (ADTech2015), Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UR Laboratoire de Biotechnologie de l'Environnement (0050)., Feb 2015, Chiang Mai, Thailand
Communication dans un congrès hal-01163003v1

FROGS : Find Rapidly OTU with Galaxy Solution

 Frédéric Escudie , Lucas Auer , Maria Bernard , Mahendra Mariadassou , Laurent Cauquil , et al.
2017
Autre publication scientifique hal-01886442v1
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FROGS : Find Rapidly OTUs with Galaxy Solution

 Frédéric Escudie , Lucas Auer , Maria Bernard , Laurent Cauquil , Katia Vidal , et al.
Colloque d'Écologie Microbienne organisé par l'Association Française d'Écologie Microbienne (AFEM), Nov 2015, Anglet, France. Oxford University Press, 34, 7 p., 2015, Bioinformatics
Poster de conférence hal-01886389v1

Analysis of large 16S rRNA Illumina datasets: impact of singleton read filtering on microbial community description

 Lucas Auer , Mahendra Mariadassou , Michael O'Donohue , Christophe C. Klopp , Guillermina Hernandez-Raquet
Molecular Ecology Resources, 2017, ⟨10.1111/1755-0998.12700⟩
Article dans une revue hal-01605865v1

An innovative approach to reproduce the biodeterioration of industrial cementitious products in a sewer environment. Part I: Test design

 Matthieu Peyre Lavigne , Alexandra Bertron , Lucas Auer , Guillermina Hernandez-Raquet , Jean-Noel Foussard , et al.
Cement and Concrete Research, 2015, 73, pp.246--256. ⟨10.1016/j.cemconres.2014.10.025⟩
Article dans une revue hal-01849778v1

CAZyChip: a bioChip for bacterial glycoside hydrolases detection and dynamic exploration of microbial diversity for plant cell wall hydrolysis

 Anne Abot , Delphine Labourdette , Lidwine Trouilh , Sophie Lamarre , Gabrielle Potocki Veronese , et al.
The CBM11-11. Carbohydrate Bioengineering Meeting, May 2015, Espoo, Finland
Communication dans un congrès hal-02928554v1

How to design an efficient and robust pipeline for 16S rRNA-gene sequence analysis to improve our understanding on microbial communities?

 Lucas Auer , Laurent Cauquil , Stephane Chaillou , Céline Delbes , Eric Dugat-Bony , et al.
JOBIM 16. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , 2015
Poster de conférence hal-01195512v1
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Biomimetic approach for developing lignocellulose valorization bioprocess using insect microbiome

 Lucile Chatellard , Amandine Gales , Adèle Lazuka , Lucas Auer , Maider Abadie , et al.
14. World Congress on Anaerobic Digestion (AD14), International Water Association (IWA). INT., Nov 2015, Viña del Mar, Chile
Communication dans un congrès hal-02743649v1
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FROGS Training on Galaxy : Metagenomics November 2017

 Frédéric Escudié , Lucas Auer , Maria Bernard , Laurent Cauquil , Sarah Maman , et al.
Formation Métagénomique avec le logiciel FROGS (Find, Rapidly, Otus with Galaxy Solution), 2017, 270 p
Cours hal-02791696v1

FROGS

 Géraldine Pascal , Maria Bernard , Olivier Rué , Frédéric Escudié , Vincent Darbot , et al.
2024, ⟨swh:1:dir:1f2728ab804b46ba8080e6530c5100f1daf37eb7;origin=https://github.com/geraldinepascal/FROGS;visit=swh:1:snp:bf5bd90e285971eead69ea9ad93aa61c0a9f0db2;anchor=swh:1:rev:1f61d660e1281c65f4160b49b10bb11855849cd2⟩
Logiciel hal-04384514v1

Find Rapidly OTU with Galaxy Solution

 Frédéric Escudie , Lucas Auer , Maria Bernard , Laurent Cauquil , Katia Vidal , et al.
JOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France
Communication dans un congrès hal-01535378v1
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Dual transcriptomics and proteomics analyses of the early stage of interaction between Caballeronia mineralivorans PML1(12) and mineral

 Stephane Uroz , Laura Picard , Marie-Pierre M.-P. Turpault , Lucas Auer , J. Armengaud , et al.
Environmental Microbiology, In press, 22 (9), pp.3838-3862. ⟨10.1111/1462-2920.15159⟩
Article dans une revue hal-02902180v1
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