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Text-mining and ontologies: new approaches to knowledge discovery of microbial diversity

 Claire Nédellec , Robert Bossy , Estelle Chaix , Louise Deleger
4th International Conference on Microbial Diversity 2017, Oct 2017, Bari, Italy
Communication dans un congrès hal-02736151v1
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Text-mining needs of the food microbiology research community

 Estelle Chaix , Sophie Aubin , Louise Deleger , Claire Nédellec
2017 EFITA WCCA Congress, Jul 2017, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-01580677v1
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OntoBiotope: une ontologie pour croiser les habitats microbiens avec les analyses de génomes.

 Robert Bossy , Estelle Chaix , Louise Deleger , Arnaud Ferré , Mouhamadou Ba , et al.
Les journées Bioinformatique de l'Inra, Mar 2016, Montpellier, France. pp.1
Communication dans un congrès hal-01455856v1
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Text-mining tools for extracting information about microbial biodiversity in food

 Estelle Chaix , Louise Deleger , Robert Bossy , Claire Nédellec
Food Microbiology, 2019, 81, pp.63-75. ⟨10.1016/j.fm.2018.04.011⟩
Article dans une revue hal-02628265v1

Comparison of OWL and SWRL-based ontology modeling strategies for the determination of pacemaker alerts severity

 Olivier Dameron , Pascal van Hille , Lynda Temal , Arnaud Rosier , Louise Deléger , et al.
Proceedings of the American Medical Informatics Association Conference AMIA, 2011, pp.284
Article dans une revue hal-00748796v1
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Overview of the regulatory network of plant seed development (SeeDev) task at the BioNLP shared task 2016

 Estelle Chaix , Bertrand Dubreucq , Abdelhak Fatihi , Dialekti Valsamou , Robert Bossy , et al.
BioNLP Shared Task, Aug 2016, Berlin, Germany. pp.113
Communication dans un congrès hal-01455854v1

Defining Medical Words : Transposing Morphosemantic Analysis from French to English

 Louise Deleger , Fiammetta Namer , Pierre Zweigenbaum
12th International Conference MEDINFO, Aug 2007, Brisbane, Australia. pp.535-539
Communication dans un congrès halshs-00157857v1
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Annotation Guidelines BIONLP-ST 2016 SeeDev task

 Estelle Chaix , Bertrand B. Dubreucq , Dialekti Valsamou , Abdelhak Fatihi , Louise Deleger , et al.
2016, pp.47
Autre publication scientifique hal-02795594v1

Hybrid Methods for improving Information Access in Clinical Documents: Concept, Assertion, and Relation Identification

 Anne-Lyse Minard , Anne-Laure Ligozat , Asma Ben Abacha , Delphine Bernhard , Bruno Cartoni , et al.
Journal of the American Medical Informatics Association, 2011, 18 (5), pp. 588-593. ⟨10.1136/amiajnl-2011-000154⟩
Article dans une revue hal-00794218v1
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QuickNorm, une méthode rapide et peu coûteuse pour la normalisation d'entité

 Arnaud Ferré , Louise Deleger
Journée GdR TAL - accès à l'information, Oct 2022, Rennes, France. 2022, ⟨10.1186/s12859-023-05350-9⟩
Poster de conférence hal-04318360v1

Morphosemantic parsing of medical compound words: Transferring a French analyzer to English

 Louise Deleger , Fiammetta Namer , Pierre Zweigenbaum
International Journal of Medical Informatics, 2009, 78 (1), pp.48-55
Article dans une revue hal-00413362v1

Combining rule-based and embedding-based approaches to normalize textual entities with an ontology

 Arnaud Ferré , Louise Deléger , Pierre Zweigenbaum , Claire Nédellec
International Conference on Language Resources and Evaluation, May 2018, Miyazaki, Japan
Communication dans un congrès hal-01899826v1
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Exploitation de plongements de graphes pour l'extraction de relations biomédicales

 Anfu Tang , Robert Bossy , Louise Deléger , Claire Nédellec , Pierre Zweigenbaum
18e Conférence en Recherche d'Information et Applications -- 16e Rencontres Jeunes Chercheurs en RI -- 30e Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles -- 25e Rencontre des Étudiants Chercheurs en Informatique pour le Traitement Automatique des Langues, Jun 2023, Paris, France. pp.298-310
Communication dans un congrès hal-04130138v1
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Florilege, a database gathering microbial habitats, phenotypes and uses

 Sandra Derozier , Louise Deleger , Estelle Chaix , Reda Mekdad , Mouhamadou Ba , et al.
JOBIM 2020, Jun 2020, Montpellier, France
Poster de conférence hal-02904156v1
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A French clinical corpus with comprehensive semantic annotations: development of the Medical Entity and Relation LIMSI annOtated Text corpus (MERLOT)

 Leonardo Campillos , Louise Deléger , Cyril Grouin , Thierry Hamon , Anne-Laure Ligozat , et al.
Language Resources and Evaluation, 2017, 52 (2), pp.571-601. ⟨10.1007/s10579-017-9382-y⟩
Article dans une revue hal-01631743v1

A text mining approach to enhance knowledge of food microorganisms

 Estelle Chaix , Robert R. Bossy , Louise Deleger , Claire Nédellec
Next Generation Challenges in Food Microbiology, FoodMicro, Aug 2018, Athens, Greece
Communication dans un congrès hal-04420417v1
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Do syntactic trees enhance Bidirectional Encoder Representations from Transformers (BERT) models for chemical–drug relation extraction?

 Anfu Tang , Louise Deleger , Robert Bossy , Pierre Zweigenbaum , Claire Nédellec
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2022, 2022, ⟨10.1093/database/baac070⟩
Article dans une revue hal-03799268v1

Florilège: a database gathering microbial phenotypes of food interest

 Hélène Falentin , Estelle Chaix , Bedis Dridi , Philippe Bessieres , S Buchin , et al.
2017 Scientific MEM days: Journées scientifiques MEM (Métaomiques et écosystèmes microbiens), Jan 2017, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01607327v1

Information extraction challenge Gene Regulation Network in Arabidopsis thaliana (GRNA)

 Estelle Chaix , Bertrand Dubreucq , Dialekti Valsamou , Abdelhak Fatihi , Robert Bossy , et al.
Paris-Saclay Center for Data Science: Open Software Initiative (OSI), Oct 2015, Orsay, France. pp.14 slides, ⟨10.13140/RG.2.1.4286.6326⟩
Communication dans un congrès hal-01603453v1
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Omnicrobe : une base de données d’habitats et de phénotypes microbiens

 Hélène Falentin , Olivier Harlé , Sandra Derozier , Louise Deléger , Estelle Chaix , et al.
23ème édition du colloque du Club des Bactéries Lactiques, Jun 2022, Rennes, France. , 2022
Poster de conférence hal-03694214v1
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BIBLIOME : Acquisition et Formalisation de Connaissances à partir de Textes

 Robert Bossy , Arnaud Ferré , Équipe Bibliome , Claire Nédellec , Louise Deleger
Bulletin de l'Association Française pour l'Intelligence Artificielle, 2020, Dossier « Technologies du Langage Humain », 107, pp.7-9
Article dans une revue hal-03025321v1
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Does constituency analysis enhance domain-specific pre-trained BERT models for relation extraction?

 Anfu Tang , Louise Deléger , Robert Bossy , Pierre Zweigenbaum , Claire Nédellec
BioCreative VII Challenge Evaluation Workshop, Nov 2021, on-line, Spain
Communication dans un congrès hal-03447774v1

Named and specific entity detection in varied data: The Quaero Named Entity baseline evaluation

 Olivier Galibert , Ludovic Quintard , Sophie Rosset , Pierre Zweigenbaum , Claire Nédellec , et al.
Seventh International Language Resources and Evaluation (LREC'10), 2010, La Valette, Malta
Communication dans un congrès hal-02496836v1

Information extraction from articles for the elaboration of the regulatory networks involved in Arabidopsis seed development

 Bertrand Dubreucq , Dialekti Valsamou , Abdelhak Fatihi , Estelle Chaix , Robert Bossy , et al.
26th International Conference on Arabidopsis Research, Jul 2015, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01524850v1

Detecting negation of medical problems in French clinical notes

 Louise Deléger , Cyril Grouin
ACM SIGHIT International Health Informatics Symposium, Jan 2012, Miami, United States
Communication dans un congrès hal-01831251v1
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Personalized and automated remote monitoring of atrial fibrillation

 Arnaud Rosier , Philippe Mabo , Lynda Temal , Pascal van Hille , Olivier Dameron , et al.
EP-Europace, 2016, 18 (3), pp.347-352. ⟨10.1093/europace/euv234⟩
Article dans une revue hal-01331019v1

Automatic computation of CHA2DS2-VASc score: information extraction from clinical texts for thromboembolism risk assessment.

 Cyril Grouin , Louise Deléger , Arnaud Rosier , Lynda Temal , Olivier Dameron , et al.
AMIA .. Annual Symposium proceedings [electronic resource] / AMIA Symposium. AMIA Symposium., 2011, 2011, pp.501-10
Article dans une revue hal-00748588v1
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Named and specific entity detection in varied data: the Quaero named entity baseline evaluation

 Olivier Galibert , Ludovic Quintard , Sophie Rosset , Pierre Zweigenbaum , Claire Nédellec , et al.
7. Conference on international language resources and evaluation, May 2010, Valletta, Malta
Communication dans un congrès hal-02754184v1
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Guidelines for the Annotation of the Taec Corpus - Phenotype and Trait information in Wheat

 Claire Nédellec , Louise Deleger , Clara Sauvion
INRAE MaIAGE. 2023
Rapport hal-04118664v1
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Bacteria Biotope at BioNLP Open Shared Tasks 2019

 Robert Bossy , Louise Deleger , Estelle Chaix , Mouhamadou Ba , Claire Nédellec
5th Workshop on BioNLP Open Shared Tasks BioNLP-OST@EMNLP-IJCNLP 2019, Association for Computational Linguistics, Jin-Dong Kim; Claire Nédellec; Robert Bossy; Louise Deléger, Nov 2019, Hong-Kong, Hong Kong SAR China. ⟨10.18653/v1/D19-5719⟩
Communication dans un congrès hal-02437609v1
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