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Genotyping Structural Variations using Long Read data

 Lolita Lecompte , Pierre Peterlongo , Dominique Lavenier , Claire Lemaitre
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1-8
Communication dans un congrès hal-02288091v1
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SVJedi : Structural variation genotyping using long reads

 Lolita Lecompte , Pierre Peterlongo , Dominique Lavenier , Claire Lemaitre
HiTSeq 2019 - Conference on High Throughput Sequencing, Jul 2019, Basel, Switzerland
Poster de conférence hal-02290884v1
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ELECTOR: EvaLuation of Error Correction Tools for lOng Reads

 Lolita Lecompte , Camille Marchet , Pierre Morisse , Antoine Limasset , Pierre Peterlongo , et al.
JOBIM 2018 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France. pp.1-2
Poster de conférence hal-01929900v1
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Structural variant genotyping with long read data

 Lolita Lecompte
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S054⟩
Thèse tel-03082460v2
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De Novo Clustering of Long Reads by Gene from Transcriptomics Data

 Camille Marchet , Lolita Lecompte , Corinne da Silva , Corinne Cruaud , Jean-Marc Aury , et al.
Nucleic Acids Research, In press, pp.1-12. ⟨10.1093/nar/gky834⟩
Article dans une revue hal-01643156v2
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Genotyping Structural Variations using Long Read Data

 Lolita Lecompte , Pierre Peterlongo , Dominique Lavenier , Claire Lemaitre
HiTSeq 2019 - Conference on High Throughput Sequencing, Jul 2019, Basel, Switzerland. pp.1-3
Communication dans un congrès hal-02289484v1
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SVJedi: genotyping structural variations with long reads

 Lolita Lecompte , Pierre Peterlongo , Dominique Lavenier , Claire Lemaitre
Bioinformatics, 2020, 36 (17), pp.4568-4575. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa527⟩
Article dans une revue hal-03032737v1

CARNAC-LR: De novo Clustering of Gene Expressed Variants in Transcriptomic Long Reads Data Sets

 Camille Marchet , Lolita Lecompte , Corinne da Silva , Corinne Cruaud , Jean-Marc Aury , et al.
RECOMB-seq 2018 - Eighth RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, Apr 2018, Paris, France. pp.1-2
Poster de conférence hal-04360334v1
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A resource-frugal probabilistic dictionary and applications in bioinformatics

 Camille Marchet , Lolita Lecompte , Antoine Limasset , Lucie Bittner , Pierre Peterlongo
Discrete Applied Mathematics, 2020, 92-102 (Volume 274), ⟨10.1016/j.dam.2018.03.035⟩
Article dans une revue hal-01322440v1
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CARNAC-LR : Clustering coefficient-based Acquisition of RNA Communities in Long Reads

 Camille Marchet , Lolita Lecompte , Corinne da Silva , Corinne Cruaud , Jean-Marc Aury , et al.
JOBIM 2018 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France. pp.1-3
Communication dans un congrès hal-01930211v1
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CARNAC-LR: De novo Clustering of Gene Expressed Variants in Transcriptomic Long Reads Data Sets

 Camille Marchet , Lolita Lecompte , Corinne da Silva , Corinne Cruaud , Jean-Marc Aury , et al.
RECOMB-seq 2018 - Eighth RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, Apr 2018, Paris, France. pp.1-2
Poster de conférence hal-01929963v1
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ELECTOR : evaluator for long reads correction methods

 Camille Marchet , Pierre Morisse , Lolita Lecompte , Arnaud Lefebvre , Thierry Lecroq , et al.
NAR Genomics and Bioinformatics, 2020, 2 (1), pp.1-12. ⟨10.1093/nargab/lqz015⟩
Article dans une revue hal-02371117v1
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