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DGINN, an automated and highly-flexible pipeline for the detection of genetic innovations on protein-coding genes
Lea Picard
,
Quentin Ganivet
,
Omran Allatif
,
Andrea Cimarelli
,
Laurent Guéguen
,
et al.
Article dans une revue
hal-03002803v2
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Less effective selection leads to larger genomes
Tristan Lefébure
,
Claire Morvan
,
Florian Malard
,
Clémentine François
,
Lara Konecny-Dupré
,
et al.
Article dans une revue
hal-01544879v2
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Bio++ : Efficient Extensible Libraries and Tools for Computational Molecular Evolution
Laurent Gueguen
,
Sylvain Gaillard
,
Bastien Boussau
,
Manolo Gouy
,
Mathieu Groussin
,
et al.
Article dans une revue
hal-01209906v1
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GC-biased gene conversion conceals the prediction of the nearly neutral theory in avian genomes
Paulina Bolívar
,
Laurent Guéguen
,
Laurent Duret
,
Hans Ellegren
,
Carina Mugal
Article dans une revue
hal-02329971v1
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Breaking Good: Accounting for Fragility of Genomic Regions in Rearrangement Distance Estimation
Priscila Biller
,
Laurent Guéguen
,
Carole Knibbe
,
Eric Tannier
Article dans une revue
hal-01334923v1
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SENCA: A Multilayered Codon Model to Study the Origins and Dynamics of Codon Usage
F. Pouyet
,
M. Bailly-Bechet
,
Dominique Mouchiroud
,
Laurent Guéguen
Article dans une revue
hal-02049892v1
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Accounting for horizontal gene transfers explains conflicting hypotheses regarding the position of aquificales in the phylogeny of Bacteria
Bastien Boussau
,
Laurent Guéguen
,
Manolo Gouy
Article dans une revue
hal-00428101v1
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Distinct evolutionary trajectories of SARS-CoV-2-interacting proteins in bats and primates identify important host determinants of COVID-19
Marie Cariou
,
Léa Picard
,
Laurent Guéguen
,
Stéphanie Jacquet
,
Andrea Cimarelli
,
et al.
Article dans une revue
hal-03761754v1
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La notion d'espèce en écologie microbienne
T. Campillo
,
Malek Shams
,
Sally Burr
,
Martha Helena Ramírez-Bahena
,
Florent Lassalle
,
et al.
1er Colloque National d'Ecologie Scientifique, Dec 2010, Montpellier, France
Communication dans un congrès
hal-02545628v1
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A Mixture Model and a Hidden Markov Model to Simultaneously Detect Recombination Breakpoints and Reconstruct Phylogenies
Bastien Boussau
,
Laurent Guéguen
,
Manolo Gouy
Article dans une revue
hal-00428395v1
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Unbiased Estimate of Synonymous and Nonsynonymous Substitution Rates with Nonstationary Base Composition
Laurent Guéguen
,
Laurent Duret
Article dans une revue
hal-02349724v1
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Comparison of developmental genome expression in rodent molars reveals extensive developmental system drift
Marie Sémon
,
Laurent Guéguen
,
Coraline Petit
,
Carine Rey
,
Anne Lambert
,
et al.
2021
Pré-publication, Document de travail
hal-03449282v1
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A Markovian Approach for the Analysis of the Gene Structure
C. Melodelima
,
Laurent Guéguen
,
Christian Gautier
,
D. Piau
Prague stringology conference, Aug 2006, Prague, Czech Republic. pp.19-35
Communication dans un congrès
hal-00428003v1
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Ancestral Genome Estimation Reveals the History of Ecological Diversification in Agrobacterium
Florent Lassalle
,
Rémi Planel
,
Simon Penel
,
David Chapulliot
,
Valérie Barbe
,
et al.
Article dans une revue
hal-01913841v1
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Probabilistic modeling of the evolution of gene synteny within reconciled phylogenies
Magali Semeria
,
Eric Tannier
,
Laurent Guéguen
Article dans une revue
hal-01179596v2
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Efficient gene tree correction guided by genome evolution
Emmanuel Noutahi
,
Magali Semeria
,
Manuel Lafond
,
Jonathan Seguin
,
Bastien Boussau
,
et al.
Article dans une revue
hal-01162963v4
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Detecting adaptive convergent amino acid evolution
Carine Rey
,
Vincent Lanore
,
Philippe Veber
,
Laurent Guéguen
,
Nicolas Lartillot
,
et al.
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2019, 374 (1777), pp.1-11. ⟨10.1098/rstb.2018.0234⟩
Article dans une revue
hal-02330676v1
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MareyMap: an R-based tool with graphical interface for estimating recombination rates
C. Rezvoy
,
D. Charif
,
Laurent Guéguen
,
Gabriel Marais
Bioinformatics, 2007, 23, pp.2188-2189
Article dans une revue
hal-00434645v1
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Démasquage des gènes spécifiques d'une espèce génomique du complexeAgrobacterium tumefaciens par AFLP et multicapteur à ADN
Perrine Portier
,
Denis Costechareyre
,
Daniel Muller
,
David Chapulliot
,
Christine Oger
,
et al.
7. Colloque national du Bureau des Ressources Génétiques, 2008, Strasbourg, France
Communication dans un congrès
hal-02753900v1
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Accurate Estimation of Substitution Rates with Neighbor-Dependent Models in a Phylogenetic Context
Jean Bérard
,
Laurent Guéguen
Article dans une revue
hal-01019700v1
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Genomic Species Are Ecological Species as Revealed by Comparative Genomics in Agrobacterium tumefaciens
Florent Lassalle
,
Tony Campillo
,
Ludovic Vial
,
Jessica Baude
,
Denis Costechareyre
,
et al.
Article dans une revue
halsde-00723400v1
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Moments of genome evolution by Double Cut-and-Join
Priscila Biller
,
Laurent Guéguen
,
Eric Tannier
Article dans une revue
hal-01179597v2
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Life History Traits Impact the Nuclear Rate of Substitution but Not the Mitochondrial Rate in Isopods
Nathanaëlle Saclier
,
Clémentine François
,
Lara Konecny-Dupré
,
Nicolas Lartillot
,
Laurent Guéguen
,
et al.
Article dans une revue
hal-01951580v1
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Sarment: Python modules for HMM analysis and partitioning of sequences
Laurent Guéguen
Bioinformatics, 2005, 21, pp.3427-3428
Article dans une revue
hal-00427761v1
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UV-Targeted Dinucleotides Are Not Depleted in Light-Exposed Prokaryotic Genomes
L. Palmeira
,
Laurent Guéguen
,
J.R. Lobry
Molecular Biology and Evolution, 2006, 23, pp.2214-2219
Article dans une revue
hal-00428052v1
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A Codon Model for Associating Phenotypic Traits with Altered Selective Patterns of Sequence Evolution
Keren Halabi
,
Eli Levy Karin
,
Laurent Guéguen
,
Itay Mayrose
Article dans une revue
hal-03253324v1
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Calculs d’inférence dans les arbres phylogénétiques
Laurent Guéguen
Gilles Didier; Stéphane Guindon. Modèles et méthodes pour l’évolution biologique, ISTE Group, pp.177-202, 2022, 9781789480696. ⟨10.51926/ISTE.9069.ch7⟩
Chapitre d'ouvrage
hal-04059719v1
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Duplication, Rearrangement and Reconciliation: A Follow-Up 13 Years Later
Cedric Chauve
,
Nadia El-Mabrouk
,
Laurent Gueguen
,
Magali Semeria
,
Eric Tannier
Models and Algorithms for Genome Evolution, 19, Springer, pp.47-62, 2013, Series Computational Molecular Biology, 978-1-4471-5297-2
Chapitre d'ouvrage
hal-00847155v1
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A computational prediction of isochores based on hidden Markov models
C. Melodelima
,
Laurent Guéguen
,
D. Piau
,
Christian Gautier
Gene, 2006, 385, pp.41-49
Article dans une revue
hal-00428004v1
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The heterochromatic copies of the LTR retrotransposons as a record of the genomic events that have shaped the Drosophila melanogaster genome
N. Mugnier
,
Laurent Guéguen
,
Cristina Vieira
,
C. Biémont
Gene, 2008, 411, pp.87-93
Article dans une revue
hal-00428114v1
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