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DGINN, an automated and highly-flexible pipeline for the detection of genetic innovations on protein-coding genes

 Lea Picard , Quentin Ganivet , Omran Allatif , Andrea Cimarelli , Laurent Guéguen , et al.
Nucleic Acids Research, 2020, 48 (18), pp.e103-e103. ⟨10.1093/nar/gkaa680⟩
Article dans une revue hal-03002803v2
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Bio++ : Efficient Extensible Libraries and Tools for Computational Molecular Evolution

 Laurent Gueguen , Sylvain Gaillard , Bastien Boussau , Manolo Gouy , Mathieu Groussin , et al.
Molecular Biology and Evolution, 2013, 30 (8), pp.1745 - 1750. ⟨10.1093/molbev/mst097⟩
Article dans une revue hal-01209906v1
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GC-biased gene conversion conceals the prediction of the nearly neutral theory in avian genomes

 Paulina Bolívar , Laurent Guéguen , Laurent Duret , Hans Ellegren , Carina Mugal
Genome Biology, 2019, 20 (1), ⟨10.1186/s13059-018-1613-z⟩
Article dans une revue hal-02329971v1
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Breaking Good: Accounting for Fragility of Genomic Regions in Rearrangement Distance Estimation

 Priscila Biller , Laurent Guéguen , Carole Knibbe , Eric Tannier
Genome Biology and Evolution, 2016, 8 (5), pp.1427-1439. ⟨10.1093/gbe/evw083⟩
Article dans une revue hal-01334923v1
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Less effective selection leads to larger genomes

 Tristan Lefébure , Claire Morvan , Florian Malard , Clémentine François , Lara Konecny-Dupré , et al.
Genome Research, 2017, 27, pp.1016-1028. ⟨10.1101/gr.212589.116⟩
Article dans une revue hal-01544879v2
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Distinct evolutionary trajectories of SARS-CoV-2-interacting proteins in bats and primates identify important host determinants of COVID-19

 Marie Cariou , Léa Picard , Laurent Guéguen , Stéphanie Jacquet , Andrea Cimarelli , et al.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2022, 119 (35), ⟨10.1073/pnas.2206610119⟩
Article dans une revue hal-03761754v1

SENCA: A Multilayered Codon Model to Study the Origins and Dynamics of Codon Usage

 F. Pouyet , M. Bailly-Bechet , Dominique Mouchiroud , Laurent Guéguen
Genome Biology and Evolution, 2016, 8, pp.2427-41. ⟨10.1093/gbe/evw165⟩
Article dans une revue hal-02049892v1

Accounting for horizontal gene transfers explains conflicting hypotheses regarding the position of aquificales in the phylogeny of Bacteria

 Bastien Boussau , Laurent Guéguen , Manolo Gouy
BMC Evolutionary Biology, 2008, 8, pp.272-272. ⟨10.1186/1471-2148-8-272⟩
Article dans une revue hal-00428101v1

A Mixture Model and a Hidden Markov Model to Simultaneously Detect Recombination Breakpoints and Reconstruct Phylogenies

 Bastien Boussau , Laurent Guéguen , Manolo Gouy
Evolutionary Bioinformatics, 2009, 5, pp.67-79. ⟨10.4137/EBO.S2242⟩
Article dans une revue hal-00428395v1

Unbiased Estimate of Synonymous and Nonsynonymous Substitution Rates with Nonstationary Base Composition

 Laurent Guéguen , Laurent Duret
Molecular Biology and Evolution, 2018, 35 (3), pp.734-742. ⟨10.1093/molbev/msx308⟩
Article dans une revue hal-02349724v1

Comparison of developmental genome expression in rodent molars reveals extensive developmental system drift

 Marie Sémon , Laurent Guéguen , Coraline Petit , Carine Rey , Anne Lambert , et al.
2021
Pré-publication, Document de travail hal-03449282v1

A Markovian Approach for the Analysis of the Gene Structure

 C. Melodelima , Laurent Guéguen , Christian Gautier , D. Piau
Prague stringology conference, Aug 2006, Prague, Czech Republic. pp.19-35
Communication dans un congrès hal-00428003v1

La notion d'espèce en écologie microbienne

 T. Campillo , Malek Shams , Sally Burr , Martha Helena Ramírez-Bahena , Florent Lassalle , et al.
1er Colloque National d'Ecologie Scientifique, Dec 2010, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-02545628v1

A computational prediction of isochores based on hidden Markov models

 C. Melodelima , Laurent Guéguen , D. Piau , Christian Gautier
Gene, 2006, 385, pp.41-49
Article dans une revue hal-00428004v1

The heterochromatic copies of the LTR retrotransposons as a record of the genomic events that have shaped the Drosophila melanogaster genome

 N. Mugnier , Laurent Guéguen , Cristina Vieira , C. Biémont
Gene, 2008, 411, pp.87-93
Article dans une revue hal-00428114v1
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Horizontal Gene Transfer Regulation in Bacteria as a ‘‘Spandrel'' of DNA Repair Mechanisms

 Saliou Fall , Anne Mercier , Franck Bertolla , Alexandra Calteau , Laurent Gueguen , et al.
PLoS ONE, 2007, 2 (10), pp.e1055-e1066. ⟨10.1371/journal.pone.0001055⟩
Article dans une revue halsde-00182457v1

Duplication, Rearrangement and Reconciliation: A Follow-Up 13 Years Later

 Cedric Chauve , Nadia El-Mabrouk , Laurent Gueguen , Magali Semeria , Eric Tannier
Models and Algorithms for Genome Evolution, 19, Springer, pp.47-62, 2013, Series Computational Molecular Biology, 978-1-4471-5297-2
Chapitre d'ouvrage hal-00847155v1

Identification de fonctions « spécifiques d'espèce » impliquées dans l'individualisation en écovar de l’espèce G8 du complexe Agrobacterium tumefaciens

 Florent Lassalle , Daniel Muller , Denis Costechareyre , David Chapulliot , Celine Lavire , et al.
Journées des Microbiologistes de l'INRA, May 2010, Poitiers, France
Communication dans un congrès hal-02545733v1
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Probabilistic modeling of the evolution of gene synteny within reconciled phylogenies

 Magali Semeria , Eric Tannier , Laurent Guéguen
BMC Bioinformatics, 2015, 16 (Suppl 14), pp.S5. ⟨10.1186/1471-2105-16-S14-S5⟩
Article dans une revue hal-01179596v2
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Efficient gene tree correction guided by genome evolution

 Emmanuel Noutahi , Magali Semeria , Manuel Lafond , Jonathan Seguin , Bastien Boussau , et al.
PLoS ONE, 2016, 11 (8), e0159559 (22 p.). ⟨10.1371/journal.pone.0159559⟩
Article dans une revue hal-01162963v4

Detecting adaptive convergent amino acid evolution

 Carine Rey , Vincent Lanore , Philippe Veber , Laurent Guéguen , Nicolas Lartillot , et al.
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2019, 374 (1777), pp.1-11. ⟨10.1098/rstb.2018.0234⟩
Article dans une revue hal-02330676v1

MareyMap: an R-based tool with graphical interface for estimating recombination rates

 C. Rezvoy , D. Charif , Laurent Guéguen , Gabriel Marais
Bioinformatics, 2007, 23, pp.2188-2189
Article dans une revue hal-00434645v1

Démasquage des gènes spécifiques d'une espèce génomique du complexeAgrobacterium tumefaciens par AFLP et multicapteur à ADN

 Perrine Portier , Denis Costechareyre , Daniel Muller , David Chapulliot , Christine Oger , et al.
7. Colloque national du Bureau des Ressources Génétiques, 2008, Strasbourg, France
Communication dans un congrès hal-02753900v1

Accurate Estimation of Substitution Rates with Neighbor-Dependent Models in a Phylogenetic Context

 Jean Bérard , Laurent Guéguen
Systematic Biology, 2012, 61 (3), pp.510-521. ⟨10.1093/sysbio/sys024⟩
Article dans une revue hal-01019700v1
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Ancestral Genome Estimation Reveals the History of Ecological Diversification in Agrobacterium

 Florent Lassalle , Rémi Planel , Simon Penel , David Chapulliot , Valérie Barbe , et al.
Genome Biology and Evolution, 2017, 9 (12), pp.3413 - 3431. ⟨10.1093/gbe/evx255⟩
Article dans une revue hal-01913841v1

UV-Targeted Dinucleotides Are Not Depleted in Light-Exposed Prokaryotic Genomes

 L. Palmeira , Laurent Guéguen , J.R. Lobry
Molecular Biology and Evolution, 2006, 23, pp.2214-2219
Article dans une revue hal-00428052v1
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Moments of genome evolution by Double Cut-and-Join

 Priscila Biller , Laurent Guéguen , Eric Tannier
BMC Bioinformatics, 2015, 16 (Suppl 14), pp.S7. ⟨10.1186/1471-2105-16-S14-S7⟩
Article dans une revue hal-01179597v2

Sarment: Python modules for HMM analysis and partitioning of sequences

 Laurent Guéguen
Bioinformatics, 2005, 21, pp.3427-3428
Article dans une revue hal-00427761v1
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A Codon Model for Associating Phenotypic Traits with Altered Selective Patterns of Sequence Evolution

 Keren Halabi , Eli Levy Karin , Laurent Guéguen , Itay Mayrose
Systematic Biology, 2021, 70 (3), pp.608-622. ⟨10.1093/sysbio/syaa087⟩
Article dans une revue hal-03253324v1
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Calculs d’inférence dans les arbres phylogénétiques

 Laurent Guéguen
Gilles Didier; Stéphane Guindon. Modèles et méthodes pour l’évolution biologique, ISTE Group, pp.177-202, 2022, 9781789480696. ⟨10.51926/ISTE.9069.ch7⟩
Chapitre d'ouvrage hal-04059719v1
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