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Julie AUBERT

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Unraveling negative biotic interactions determining soil microbial community assembly and functioning

Sana Romdhane , Aymé Spor , Julie Aubert , David Bru , Marie-Christine Breuil
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2022, 16 (1), pp.296-306. ⟨10.1038/s41396-021-01076-9⟩
Article dans une revue hal-03604836v1
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Fine-Tuning of Process Parameters Modulates Specific Metabolic Bacterial Activities and Aroma Compound Production in Semi-Hard Cheese

Wenfan Cao , Julie Aubert , Marie-Bernadette Maillard , Francoise Boissel , Arlette Leduc
Journal of Agricultural and Food Chemistry, 2021, ⟨10.1021/acs.jafc.1c01634⟩
Article dans une revue hal-03313075v1
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Temporal patterns in Ixodes ricinus microbial communities: an insight into tick-borne microbe interactions

E. Lejal , J. Chiquet , J. Aubert , S. Robin , A. Estrada-Peña
Microbiome, 2021, 9 (1), pp.153. ⟨10.1186/s40168-021-01051-8⟩
Article dans une revue hal-03287263v1

Model‐based biclustering for overdispersed count data with application in microbial ecology

Julie Aubert , Sophie Schbath , Stéphane Robin
Methods in Ecology and Evolution, 2021, 12 (6), pp.1050-1061. ⟨10.1111/2041-210X.13582⟩
Article dans une revue hal-03323318v1
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Variational inference for coupled hidden markov models applied to the joint detection of copy number variations

Xiaoqiang Wang , Emilie Lebarbier , Julie Aubert , Stephane Robin
The international journal of biostatistics, 2019, 15 (1), ⟨10.1515/ijb-2018-0023⟩
Article dans une revue hal-02626026v1
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Subclinical endometritis in dairy cattle is associated with distinct mRNA expression patterns in blood and endometrium

Mariam Raliou , Doulaye Dembélé , Anna Düvel , Philippe Bolifraud , J. Aubert
PLoS ONE, 2019, 14 (8), ⟨10.1371/journal.pone.0220244⟩
Article dans une revue hal-02264367v1

Transcriptomic response of Debaryomyces hansenii during mixed culture in a liquid model cheese medium with Yarrowia lipolytica

Reine Malek , Pascal Bonnarme , Francoise Irlinger , Pascale Frey-Klett , Djamila Onesime
International Journal of Food Microbiology, 2018, 264, pp.53-62. ⟨10.1016/j.ijfoodmicro.2017.10.026⟩
Article dans une revue hal-01695894v1
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Translatome analysis at the egg-to-embryo transition in sea urchin

Héloïse Chassé , Julie Aubert , Sandrine Boulben , Gildas Le corguillé , Erwan Corre
Nucleic Acids Research, 2018, 46 (9), pp.4607 - 4621. ⟨10.1093/nar/gky258⟩
Article dans une revue hal-01803500v1

Can soil microbial diversity influence plant metabolites and life history traits of a rhizophagous insect?

Tom Lachaise , Morgane Ourry , Lionel Lebreton , Anne-Yvonne Guillerm-Erckelboudt , Juliette Linglin
Insect Science, 2017, 24 (6), pp.1045-1056. ⟨10.1111/1744-7917.12478⟩
Article dans une revue hal-01661250v1
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Overview of a surface-ripened cheese community functioning by meta-omics analyses

Eric Dugat-Bony , Cecile Straub , Aurélie Teissandier , Djamila Onesime , Valentin Loux
PLoS ONE, 2015, 10 (4), pp.e0124360. ⟨10.1371/journal.pone.0124360⟩
Article dans une revue hal-01195505v1

Elucidating the response of Kluyveromyces lactis to arsenite and peroxide stress and the role of the transcription factor KlYap8

Jenny Veide Vilg , Nallani Vijay Kumar , Ewa Maciaszczyk-Dziubinska , Ewa Sloma , Djamila Onesime
Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms , 2014, 1839 (11), pp.1295 - 1306. ⟨10.1016/j.bbagrm.2014.09.004⟩
Article dans une revue hal-01197637v1

Elucidating the response of Kluyveromyces lactis to arsenite and peroxide stress and the role of the transcription factor KlYap8

Jenny Veide Vilg , Nallani Vijay Kumar , Ewa Maciaszczyk-Dziubinska , Ewa Sloma , Djamila Onesime
Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms , 2014, 1839 (11), pp.1295-1306. ⟨10.1016/j.bbagrm.2014.09.004⟩
Article dans une revue hal-03274354v1

New insights into sulfur metabolism in yeasts as revealed by studies of yarrowia lipolytica

Agnes A. Hebert , Marie-Pierre M.-P. Forquin , Aurelie A. Roux , Julie J. Aubert , Christophe C. Junot
Applied and Environmental Microbiology, 2013, 79 (4), pp.1200 - 1211. ⟨10.1128/AEM.03259-12⟩
Article dans une revue hal-01001589v1

Accumulation of intracellular glycogen and trehalose by [i]Propionibacterium Freudenreichii[/i] under conditions mimicking cheese ripening in the cold

Marion Dalmasso , Julie Aubert , Sergine Even , Hélène Falentin , Marie-Bernadette Maillard
Applied and Environmental Microbiology, 2012, 78 (17), pp.6357-6364. ⟨10.1128/AEM.00561-12⟩
Article dans une revue hal-01191223v1
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A Temporal -omic study of propionibacterium freudenreichii CIRM-BIA1T adaptation strategies in conditions mimicking cheese ripening in the cold

Marion Dalmasso , Julie Aubert , Valérie Briard-Bion , Victoria Chuat , Stéphanie-Marie Deutsch
PLoS ONE, 2012, 7 (1), pp.e29083 (1-15). ⟨10.1371/journal.pone.0029083⟩
Article dans une revue hal-01189567v1

Accumulation of Intracellular Glycogen and Trehalose by Propionibacterium freudenreichii under Conditions Mimicking Cheese Ripening in the Cold

Marion Dalmasso , Julie Aubert , Sergine Even , Hélène Falentin , Marie-Bernadette Maillard
Applied and Environmental Microbiology, 2012, 78 (17), pp.6357-6364. ⟨10.1128/AEM.00561-12⟩
Article dans une revue hal-02363390v1

Correction: A Temporal -omic Study of Propionibacterium freudenreichii CIRM-BIA1 T Adaptation Strategies in Conditions Mimicking Cheese Ripening in the Cold

Marion Dalmasso , Julie Aubert , Valérie Briard-Bion , Victoria Chuat , Stéphanie-Marie Deutsch
Article dans une revue hal-02363413v1

A comprehensive evaluation of normalization methods for Illumina high-throughput RNA sequencing data analysis

Marie-Agnès Dillies , Andrea Rau , Julie Aubert , Christelle Hennequet-Antier , Marine Jeanmougin
Briefings in Bioinformatics, 2012, 14 (6), pp.671-683. ⟨10.1093/bib/bbs046⟩
Article dans une revue hal-00782486v1
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Invading basement membrane matrix is sufficient for MDA-MB-231 breast cancer cells to develop a atable in vivo metastatic phenotype

M. Abdelkarim , N. Vintonenko , A. Starzec , A. Robles , J. Aubert
PLoS ONE, 2011, 6 (8), pp.e23334. ⟨10.1371/journal.pone.0023334⟩
Article dans une revue hal-00705949v1

Specific and extensive endometrial deregulation is present before conception in IVF/ICSI repeated implantation failures (IF) or recurrent miscarriages

Nathalie N. Ledée , Carine C. Munaut , Julie J. Aubert , Valérie V. Sérazin , Mona M. Rahmati
Journal of Pathology, 2011, 225 (4), pp.554-564. ⟨10.1002/path.2948⟩
Article dans une revue hal-01000290v1

Exploration of sulfur metabolism in the yeast Kluyveromyces lactis

Agnes A. Hebert , Marie-Pierre Forquin Forquin-Gomez , Aurélie A. Roux , Julie J. Aubert , Christophe C. Junot
Applied Microbiology and Biotechnology, 2011, 91 (5), pp.1409-1423. ⟨10.1007/s00253-011-3481-2⟩
Article dans une revue hal-01000029v1

Global regulation of the response to sulfur availability in the cheese-related bacterium Brevibacterium aurantiacum

Marie-Pierre M.-P. Forquin , Agnes A. Hebert , Aurélie A. Roux , Julie J. Aubert , Caroline C. Proux
Applied and Environmental Microbiology, 2011, 77 (4), pp.1449-1459. ⟨10.1128/AEM.01708-10⟩
Article dans une revue hal-01000027v1
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Gene expression profiles of bovine caruncular and intercaruncular endometrium at implantation

Nadera Mansouri-Atiia , Julie Aubert , Pierrette Reinaud , Corinne Giraud-Delville , Geraldine Taghouti
Physiological Genomics, 2009, 39 (1), pp.14-27. ⟨10.1152/physiolgenomics.90404.2008⟩
Article dans une revue hal-01197513v1
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Terminal differentiation of goat mammary tissue during pregnancy requires the expression of genes involved in immune functions

Felicie Faucon , Emmanuelle Rebours , Claudia Bevilacqua , Jean-Christophe Helbling , Julie Aubert
Physiological Genomics, 2009, 40 (1), pp.61-82
Article dans une revue hal-01193417v1
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Endometrium as an early sensor of in vitro embryo manipulation technologies

N. Mansouri-Attia , Olivier Sandra , Julie J. Aubert , Séverine Degrelle , Robin E Everts
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2009, 106 (14), pp.5687-5692. ⟨10.1073/pnas.0812722106⟩
Article dans une revue inserm-02440509v1
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Statistical methodology for the analysis of dye-switch microarray experiments

Tristan Mary-Huard , Julie Aubert , Nadera Mansouri , Olivier Sandra , Jean-Jacques Daudin
BMC Bioinformatics, 2008, 9 (98), ⟨10.1186/1471-2105-9-98⟩
Article dans une revue hal-01197510v1
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Normalization for triple-target microarray experiments

Marie-Laure Magniette , Julie Aubert , Avner Bar-Hen , Samira Elftieh , Fréderic Magniette
BMC Bioinformatics, 2008, 9, pp.216. ⟨10.1186/1471-2105-9-216⟩
Article dans une revue hal-01197566v1
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Classification of variations of HSA21 gene expression in down syndrome lymphoblastoid cell lines : impact on disease phenotype

E. Aït Yahya-Graison , Julie Aubert , L. Dauphinot , Isabelle Rivals , Marguerite Prieur
American Journal of Human Genetics, 2007, 81 (3), pp.475-491
Article dans une revue hal-01208111v1

Classification of human chromosome 21 gene-expression variations in down syndrome: Impact on disease phenotypes

E. Aït Yahya-Graison , Julie Aubert , Stephane Robin , L. Dauphinot , I. Rivals
American Journal of Human Genetics, 2007, 81 (3), pp.475-491. ⟨10.1086/520000⟩
Article dans une revue hal-01197498v1
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Profiling at mRNA, protein and metabolite level reveals alterations in renal amino acid handling and glutathione metabolism in kidney tissue of Pept2-I- mice

Isabelle M. Frey , Isabel Rubio-Aliaga , Anne Siewert , Daniela Sailer , Aleksey Drobyshev
Physiological Genomics, 2007, 28 (3), pp.301-310. ⟨10.1152/physiolgenomics.00193.2006⟩
Article dans une revue hal-01197531v1
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Determination of the regulated genes in microarray experiments using local FDR

Julie Aubert , Avner Bar-Hen , Jean-Jacques Daudin , Stephane Robin
BMC Bioinformatics, 2004, 5 (125), ⟨10.1186/1471-2105-5-125⟩
Article dans une revue hal-01208107v1

Nouveaux outils en bioremédiation : prédiction du potentiel de dégradation d’une communauté à partir de sa composition et création de communautés multidégradantes par coalescence

Sylvia Thieffry , Julie J. Aubert , Marion Devers-Lamrani , Fabrice Martin-Laurent , Sana Romdhame
Forum des Jeunes Chercheurs UBFC 2023, Jun 2023, Besançon, France
Communication dans un congrès hal-04147435v1

How do two strains of lactic acid bacteria cooperate to improve soy juice fermentation?

Olivier Harlé , Sandrine Parayre , Jérôme Niay , Florence Valence , Julie J. Aubert
16 th symposium on Bacterial Genetics and Ecology BAGECO 2023, https://bageco2023.org/committees/, Jul 2023, Copenhague., Denmark
Communication dans un congrès hal-04149821v1
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Métatranscriptomique et modèle métabolique pour identifier la succession des métabolismes bactériens en interaction lors de la fabrication d’un fromage modèle à pâte pressée.

Wenfan Cao , Maxime Lecomte , Solène Le Fur , Julie J. Aubert , Marie-Bernadette Maillard
23ème édition du colloque du Club des Bactéries Lactiques, UMR INRAE - Institut Agro STLO (Science et Technologie du Lait et de l’Œuf), Jun 2022, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-03694338v1
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Metatranscriptomics and metabolic modeling to identify bacterial metabolic interactions during the manufacture of a model pressed cheese.

Wenfan Cao , Maxime Lecomte , Solène Le Fur , Julie J. Aubert , Marie-Bernadette Maillard
FOODMICRO 2022, Aug 2022, Athènes, Greece
Communication dans un congrès hal-03781287v1
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How LAB can cooperate to improve soy juice fermentation?

Stéphanie-Marie Deutsch , Olivier Harlé , Jérôme Niay , Florence Valence , Sandrine Parayre
NIZO Plant Protein Functionality Conference, Fred van de Velde (NIZO; chair) René Floris (NIZO) John Giezen (NIZO) Marie-Claire Morley (Elsevier), Oct 2020, Conference - Online., France
Communication dans un congrès hal-02975394v1

Plant genotype: a lever in the interactions between plant and its associated rhizosphere microbiome

Anouk Zancarini , Christine Le Signor , Julie J. Aubert , Sébastien Terrat , Joëlle Ronfort
2nd Plant Microbiome Symposium, Feb 2018, Amsterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-04081016v1

Latent Block Model for metagenomic data

Julie Aubert , Sophie Schbath , Stephane Robin
17. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM 2016), Jun 2016, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-01661249v1

Quels effets la diversité microbienne du sol a-t-elle sur la croissance et la santé des plantes ?

Christophe Mougel , Julie Aubert , Lydia Bousset , Anne-Marie Cortesero , Stéphanie Daval
Colloque de Génomique Environnementale, Oct 2015, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-03349078v1

Latent Block Model for ecological abundance data

Julie Aubert , Sophie Schbath , Christophe Mougel , Stephane Robin
30. European Meeting of Statisticians, Jul 2015, Amsterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-01661254v1

Latent Block Model for ecological abundance data

Julie Aubert
ISB Channel Network, Apr 2015, Nimègues, Netherlands
Communication dans un congrès hal-01661253v1

Modèle à blocs latents pour l'analyse de données métagénomiques

Julie Aubert
46. Journées de Statistique, Jun 2014, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-01197625v1
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Metagenomics data analysis using a latent block model: application to plant-microbial communities interactions in the rhizosphere .

Julie Aubert , Sophie Schbath , Béatrice Laroche
ECMTB14 - European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Jun 2014, Gôteborg, Sweden. pp.1
Communication dans un congrès hal-01197629v1

A multivariate HMM with dependency structure for the detection of copy number variations

Xiaoqiang Wang , Julie J. Aubert , Stephane S. Robin
45e Journées de Statistique de la SfDS, May 2013, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-01589538v1

Resilience in a cheese ecosystem

Julie Aubert , Frédéric Fer , Jean-Marie Beckerich
14. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM 2013, Jul 2013, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-01661259v1

An evaluation of normalization methods for the sequencing depth bias in comparative metagenomics studies

Julie Aubert
5. Workshop Statistical Methods for Post-Genomic Data (SMPGD), Jan 2013, Amsterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-01661252v1

Comprehensive evaluation of normalization methods for High-throughput rnaSequencing Data analysis

Julie Aubert , Marie-Agnes Dillies , Andrea Rau , Christelle Hennequet-Antier , Marine Jeanmougin
4 Workshop of StatSeq COST Action TD0801, Apr 2012, Vérone, Italy
Communication dans un congrès hal-01661260v1

On the use of the negative binomial regression model for comparing differential expression or abundance with ngs data

Julie Aubert , Jean-Jacques Daudin
12.Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM 2011, Institut Pasteur [Paris]. FRA., Jun 2011, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01661248v1

An insight into normal and pathological pregnancies using large-scale microarrays: lessons from microarrays

Gérard Chaouat , Nathalie Rodde , Marie Petitbarat , Roberta Bulla , Mona Rahmati
7. International Workshop on Reproductive Immunology, Immunological Tolerance and Immunology of Preeclampsia, European Society for Reproductive Immunology (ESRI). POL., Aug 2010, Tioman Island, Malaysia. ⟨10.1016/j.jri.2010.12.006⟩
Communication dans un congrès hal-01239519v1

The preconceptional endometrial environment affects both implantation and gestation in human

N. Ledée , J. Aubert , B. Hennuy , C. Munaut , V. Sérazin
7. ESRI, Sep 2009, Marathon, Greece
Communication dans un congrès hal-02754758v1
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Lowess extension to normalize three dyes cDNA microarray experiments

Julie Aubert , Marie-Laure Martin-Magniette , Samira Elftieh , Avner Bar-Hen , Jean-Pierre Renou
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jun 2008, Lille, France
Communication dans un congrès hal-01197563v1
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Impact du conceptus sur le transcriptome de l’endomètre bovin à l’implantation

Olivier Sandra , Nadera Mansouri , Julie Aubert , Pierrette Reinaud , Corinne Giraud-Delville
15. Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, Dec 2008, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01197538v1
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Statistical methodology for the analysis of dye-switch microarray experiments

Tristan Mary-Huard , Julie Aubert , Nadera Mansouri , Olivier Sandra , Jean-Jacques Daudin
24. International Biometric Conference, Jul 2008, Dublin, Ireland. 17 p
Communication dans un congrès hal-01197571v1

AI or IVF-ET technologies differentially affect the bovine endometrial transcriptome at implantation

Olivier Sandra , N. Mansouri-Attia , Pierrette P. Reinaud , J. Aubert , Robin E Everts
24. Annual Meeting of The European Society for Human Reproduction and Embryology (ESHRE), Jul 2008, Barcelone, Spain
Communication dans un congrès hal-02756649v1

Expression de gènes de l'immunité dans le tissu mammaire caprin gestant

Felicie Faucon , Emmanuelle Rebours , Jean-Christophe Helbling , Claudia Bevilacqua , J. Aubert
Journées Scientifiques, Département de Génétique Animale, Apr 2008, Lacanau, France
Communication dans un congrès hal-01193347v1

Gene expression profiles in endometrium of cyclic and pregnant cows during the peri-implantation period

Nadera Mansouri , Laurent Galio , Isabelle Hue , Severine Degrelle , Xavier Vignon
3. EMBIC (EMBryo Implantation Control) Summer School, Sep 2007, Jena, Germany
Communication dans un congrès hal-01197494v1

Statistical analysis for identifying differentially expressed genes in microarrays data, an overview

Jean-Jacques Daudin , Julie Aubert , Nadera Mansouri , G. Chaouat , Olivier Sandra
2. International Meeting Mammalian Embryogenomics, Oct 2007, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01197495v1

Analysis of gene expression profiles in the ruminant endometrium using a 13K microarray

Nadera Mansouri , Olivier Sandra , Julie Aubert , R. Everts , Laurent Galio
2. International Meeting on Mammalian Embryogenomics, Oct 2007, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01197493v1

Identification of genes involved in the implantation process in cattle

Nadera Mansouri , Julie Aubert , R.E. Everts , Laurent Galio , Yvan Heyman
3. EMBIC Summer School, Sep 2007, Jena, Germany
Communication dans un congrès hal-01197496v1

Unraveling biotic interactions determining soil microbial community assembly and functioning

Sana Romdhane , Aymé Spor , Julie Aubert , David Bru , Marie-Christine Breuil
IX. Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne, AFEM 2019, Fonctions et diversité des microbiotes dans les environnements naturels et anthropisés, Nov 2019, Bussang, France. , 2019
Poster de conférence hal-02737617v1
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CHMM : an R package for coupled Hidden Markov Models

Julie Aubert , Xiaoqiang Wang , Emilie Lebarbier , Stephane Robin
R User Conference 2017, Jul 2017, Bruxelles, Belgium. 2017
Poster de conférence hal-01661257v1

Latent Block Model for metagenomic data

Julie Aubert , Sophie Schbath , Stephane Robin
15. European Conference on Computational Biology (ECCB 2016), Workshop "Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM)", Sep 2016, La Haye, Netherlands. , 2016, Proceedings of the 15th European Conference on Computational Biology (ECCB 2016), Workshop "Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM)"
Poster de conférence hal-01661258v1

Combining kinetic modeling and transcriptomic analysis to study the resilience 2014 on a model of microbial ecosystem

Julie Aubert , Frédéric Fer , Jean-Marie Beckerich
ECCB'14 : European Conference on Computational Biology, Sep 2014, Strasbourg, France. , 2014, Proceedings of the 14ème European Conference on Computational Biology
Poster de conférence hal-01661256v1
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How to Design a good RNA-Seq experiment in an interdisciplinary context?

Julie Aubert , Christelle Hennequet-Antier , Cyprien Guerin , Delphine Labourdette , Anne de La Foye
European conference on Computational Biology, Sep 2014, Strasbourg, France. , 2014
Poster de conférence hal-01462728v1

Soil microbial diversity effects on primary production and symbiotic interactions

Clémentine Lepinay , Céline Faivre-Primot , Florence Deau , Julie Aubert , Sébastien Terrat
32. New Phytologist Symposium. Plant interactions with other organisms: molecules, ecology and evolution, Nov 2013, Buenos Aires, Argentina. , 2013
Poster de conférence hal-01197630v1

Adaptation and survival strategies of Propionibacterium freudenreichii under conditions mimicking cheese ripening in the cold

Marion Dalmasso , Julie Aubert , Stéphanie-Marie Deutsch , Hélène Falentin , J. Tanskanen
6.IDF Cheese Ripening & Technology Symposium, May 2012, Madison, France. , 2012
Poster de conférence hal-01191245v1

Stratégie d’adaptation et de survie de Propionibacterium freudenreichii dans des conditions simulant celle du fromage à basse température

Marion Dalmasso , Julie Aubert , Stéphanie-Marie Deutsch , Hélène Falentin , J. Tanskanen
Journéés des Microbiologistes de l'INRA 2012, Nov 2012, L'Isle sur la Sorgue, France. , 2012
Poster de conférence hal-01191287v1

Analyse de l’expression de Kluyveromyces lactis en interaction avec Brevibacterium aurantiacum

A. Hébert , M.P. Forquin , J. Aubert , S. Luiggi , S. Landaud
Journées des Microbiologistes de l’INRA, Nov 2012, L’Isle-sur-la-Sorgue, France. 2012
Poster de conférence hal-01566447v1
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Analyse statistique de données biologiques à haut débit

Julie Aubert
Statistiques [math.ST]. Université Paris Saclay (COmUE), 2017. Français. ⟨NNT : 2017SACLS048⟩
Thèse tel-01721318v1