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Clement Jonquet

Directeur de recherche – INRAE (MISTEA), Chercheur associé – Université de Montpellier (LIRMM)
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  • 1100640
  • 1096435
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  • http://www.lirmm.fr/~jonquet/

Publications

35792
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French FastContext: a Publicly Accessible System for Detecting Negation, Temporality and Experiencer in French Clinical Notes

Mehdi Mirzapour , Amine Abdaoui , Andon Tchechmedjiev , William Digan , Sandra Bringay
Journal of Biomedical Informatics, 2021, 117, pp.103733. ⟨10.1016/j.jbi.2021.103733⟩
Article dans une revue hal-03184001v1
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Building an effective and efficient background knowledge resource to enhance ontology matching

Amina Annane , Zohra Bellahsene , Faical Azouaou , Clement Jonquet
Journal of Web Semantics, 2018, 51, pp.51-68. ⟨10.1016/j.websem.2018.04.001⟩
Article dans une revue hal-01809627v2
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SIFR Annotator: Ontology-Based Semantic Annotation of French Biomedical Text and Clinical Notes

Andon Tchechmedjiev , Amine Abdaoui , Vincent Emonet , Stella Zevio , Clement Jonquet
BMC Bioinformatics, 2018, 19 (1), pp.405-431. ⟨10.1186/s12859-018-2429-2⟩
Article dans une revue lirmm-01934127v1
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Enhanced Functionalities for Annotating and Indexing Clinical Text with the NCBO Annotator+

Andon Tchechmedjiev , Amine Abdaoui , Vincent Emonet , Soumia Melzi , Jitendra Jonnagaddala
Bioinformatics, 2018, 34 (11), pp.1962-1965. ⟨10.1093/bioinformatics/bty009⟩
Article dans une revue lirmm-01680514v1
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ViewpointS: capturing formal data and informal contributions into an adaptive knowledge graph

Philippe Lemoisson , Guillaume Surroca , Clement Jonquet , Stefano A. Cerri
International Journal of Knowledge and Learning, 2018, 12 (2), ⟨10.1504/IJKL.2017.10012219⟩
Article dans une revue lirmm-01605411v1
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AgroPortal: A vocabulary and ontology repository for agronomy

Clement Jonquet , Anne Toulet , Elizabeth Arnaud , Sophie Aubin , Esther Dzale Yeumo
Computers and Electronics in Agriculture, 2018, 144, pp.126-143. ⟨10.1016/j.compag.2017.10.012⟩
Article dans une revue lirmm-01679502v1
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A novel framework for biomedical entity sense induction

Juan Antonio A Lossio-Ventura , Jiang Bian , Clement Jonquet , Mathieu Roche , Maguelonne Teisseire
Journal of Biomedical Informatics, 2018, 84, pp.31-41. ⟨10.1016/j.jbi.2018.06.007⟩
Article dans une revue lirmm-01851988v2
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Developing data interoperability using standards: A wheat community use case

Esther Dzale Yeumo , Michaël Alaux , Elizabeth Arnaud , Sophie Aubin , Ute Baumann
F1000Research, 2017, 6 (1843), pp.1843. ⟨10.12688/f1000research.12234.1⟩
Article dans une revue lirmm-01652022v2
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NCBO Ontology Recommender 2.0: an enhanced approach for biomedical ontology recommendation

Marcos Martínez-Romero , Clement Jonquet , Martin J. O’connor , John Graybeal , Alejandro Pazos
Journal of Biomedical Semantics, 2017, 8 (21), ⟨10.1186/s13326-017-0128-y⟩
Article dans une revue lirmm-01598848v1
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Biomedical term extraction: overview and a new methodology

Juan Antonio Lossio-Ventura , Clement Jonquet , Mathieu Roche , Maguelonne Teisseire
Information Retrieval Journal, 2016, Medical Information Retrieval, 19 (1), pp.59-99. ⟨10.1007/s10791-015-9262-2⟩
Article dans une revue lirmm-01274539v1
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Towards a mixed approach to extract biomedical terms from text corpus

Juan Antonio Lossio-Ventura , Clement Jonquet , Mathieu Roche , Maguelonne Teisseire
International journal of Knowledge Discovery in Bioinformatics, 2014, 4 (1), pp.1-15. ⟨10.4018/ijkdb.2014010101⟩
Article dans une revue lirmm-00859846v2
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Two years later: the landscape of vocabularies and ontologies in the AgroPortal

Clement Jonquet , Anne Toulet , Vincent Emonet
International Workshop on sources and data integration in agriculture, food and environment using ontologies (IN-OVIVE 2017), Jul 2017, Montpellier, France
Communication dans un congrès lirmm-01598852v1
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Challenges for ontology repositories and applications to biomedicine & agronomy

Clement Jonquet
SIMBig: Symposium on Information Management and Big Data, Sep 2017, Lima, Peru. pp.25-37
Communication dans un congrès lirmm-01679500v1
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French ConText: Détecter la négation, la temporalité et le sujet dans les textes cliniques Français

Amine Abdaoui , Andon Tchechmedjiev , William Digan , Sandra Bringay , Clement Jonquet
SIIM 2017 - 4ème Symposium sur l'Ingénierie de l'Information Médicale, Nov 2017, Toulouse, France
Communication dans un congrès lirmm-01656834v1
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ICD-10 coding of death certificates with the NCBO and SIFR Annotators at CLEF eHealth 2017

Andon Tchechmedjiev , Amine Abdaoui , Vincent Emonet , Clement Jonquet
CLEF: Conference and Labs of the Evaluation Forum, Sep 2017, Dublin, Ireland
Communication dans un congrès lirmm-01605359v1
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Enrichment of French Biomedical Ontologies with UMLS Concepts and Semantic Types for Biomedical Named Entity Recognition Though Ontological Semantic Annotation

Andon Tchechmedjiev , Clement Jonquet
LOTKS: Language, Ontology, Terminology and Knowledge Structures, Sep 2017, Montpellier, France
Communication dans un congrès lirmm-01605517v2
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New Generation Metadata vocabulary for Ontology Description and Publication

Biswanath Dutta , Anne Toulet , Vincent Emonet , Clement Jonquet
11th International Conference on Metadata and Semantics Research (MTSR 2017), Nov 2017, Tallinn, Estonia. pp.173-185, ⟨10.1007/978-3-319-70863-8_17⟩
Communication dans un congrès lirmm-01605783v1
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ViewpointS: When Social Ranking Meets the Semantic Web

Philippe Lemoisson , Guillaume Surroca , Clement Jonquet , Stefano A. Cerri
FLAIRS: Florida Artificial Intelligence Research Society, May 2017, Marco Island, FL, United States. pp.329-334
Communication dans un congrès lirmm-01598842v1
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Reusing the NCBO BioPortal technology for agronomy to build AgroPortal

Clement Jonquet , Anne Toulet , Elizabeth Arnaud , Sophie Aubin , Esther Dzalé-Yeumo
ICBO 2016 - 7th International Conference on Biomedical Ontologies, P. Jaiswal; R. Hoehndorf, Aug 2016, Corvallis, OR, United States
Communication dans un congrès hal-01398251v1
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Réconciliation d'alignements multilingues dans BioPortal

Amina Annane , Vincent Emonet , Faiçal Azouaou , Clement Jonquet
IC 2016 - 27es Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, Jun 2016, Montpellier, France
Communication dans un congrès lirmm-01395900v1
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Subjective and generic distance in ViewpointS: an experiment on WordNet

Guillaume Surroca , Philippe Lemoisson , Stefano A. Cerri , Clement Jonquet
WIMS: Web Intelligence, Mining and Semantics, Jun 2016, Nîmes, France. ⟨10.1145/2912845.2912870⟩
Communication dans un congrès lirmm-01397993v1
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Automatic Biomedical Term Polysemy Detection

Juan Antonio Lossio-Ventura , Clement Jonquet , Mathieu Roche , Maguelonne Teisseire
LREC 2016 - 10th International Conference on Language Resources and Evaluation, May 2016, Portorož, Slovenia. pp.1684-1688
Communication dans un congrès hal-04271452v1
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Selection and Combination of Heterogeneous Mappings to Enhance Biomedical Ontology Matching

Amina Annane , Zohra Bellahsene , Faiçal Azouaou , Clement Jonquet
20th International Conference on Knowledge Engineering and Knowledge Management (EKAW 2016), Nov 2016, Bologne, Italy. pp.19-33, ⟨10.1007/978-3-319-49004-5_2⟩
Communication dans un congrès lirmm-01395883v1
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MuEVo, un vocabulaire multi-expertise (patient/médecin) dédié au cancer du sein

Solène Eholié , Mike Donald Tapi Nzali , Sandra Bringay , Clement Jonquet
IC: Ingénierie des Connaissances, Jun 2016, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-01379272v1
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Modèle de métadonnées dans un portail d'ontologies

Anne Toulet , Vincent Emonet , Clement Jonquet
6èmes Journées Francophones sur les Ontologies (JFO 2016), Shared best paper award, Oct 2016, Bordeaux, France
Communication dans un congrès lirmm-01397388v1
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SIFR BioPortal : Un portail ouvert et générique d’ontologies et de terminologies biomédicales françaises au service de l’annotation sémantique

Clement Jonquet , Amina Annane , Khedidja Bouarech , Vincent Emonet , Soumia Melzi
JFIM: Journées Francophones d'Informatique Médicale, Jun 2016, Genève, Suisse
Communication dans un congrès hal-01398250v1
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MuEVo, a breast cancer Consumer Health Vocabulary built out of web forums

Solène Eholié , Mike Donald Tapi Nzali , Sandra Bringay , Clement Jonquet
SWAT4LS: Semantic Web Applications and Tools for Life Sciences, 2016, Amsterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-01398253v1
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Multilingual Mapping Reconciliation between English-French Biomedical Ontologies

Amina Annane , Vincent Emonet , Faiçal Azouaou , Clement Jonquet
WIMS: Web Intelligence, Mining and Semantics, Jun 2016, Nîmes, France. ⟨10.1145/2912845.2912847⟩
Communication dans un congrès lirmm-01395880v1
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AgroPortal : a proposition for ontology-based services in the agronomic domain

Clement Jonquet , Esther Dzalé-Yeumo , Elizabeth Arnaud , Pierre Larmande
IN-OVIVE, Jun 2015, Rennes, France
Communication dans un congrès lirmm-01172232v1
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Roadmap for a multilingual BioPortal

Clement Jonquet , Vincent Emonet , Mark A. Musen
MSW: Multilingual Semantic Web, Jun 2015, Portoroz, Slovenia
Communication dans un congrès lirmm-01172218v1
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Prédiction de la polysémie pour un terme biomédical

Juan Antonio Lossio-Ventura , Clement Jonquet , Mathieu Roche , Maguelonne Teisseire
12ième Conférence francophone en Recherche d'Information et Applications (CORIA), Mar 2015, Paris, France. pp.437-452
Communication dans un congrès lirmm-01132654v1
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Preference Dissemination by Sharing Viewpoints: Simulating Serendipity

Guillaume Surroca , Philippe Lemoisson , Clement Jonquet , Stefano A. Cerri
IC3K: Knowledge Discovery, Knowledge Engineering and Knowledge Management, Nov 2015, Lisbon, Portugal. pp.402-409, ⟨10.5220/0005636204020409⟩
Communication dans un congrès lirmm-01223078v1
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Diffusion de systèmes de préférences par confrontation de points de vue, vers une simulation de la Sérendipité

Guillaume Surroca , Philippe Lemoisson , Clement Jonquet , Stefano A. Cerri
IC 2015 - 26es Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, INRIA, AFIA, Jul 2015, Rennes, France
Communication dans un congrès lirmm-01172223v1
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Comparing BioPortal and HeTOP: towards a unique biomedical ontology portal?

Julien Grosjean , Lina F. Soualmia , Khedidja Bouarech , Clement Jonquet , Stefan J. Darmoni
IWBBIO: International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering, Apr 2014, Granada, Spain
Communication dans un congrès lirmm-01052583v1
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Representing NCBO Annotator results in standard RDF with the Annotation Ontology

Soumia Melzi , Clement Jonquet
7th Semantic Web Applications and Tools for Life Sciences (SWAT4LS 2014), Poster session, Dec 2014, Berlin, Germany
Communication dans un congrès lirmm-01099869v1
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Extraction automatique de termes combinant différentes informations

Juan Antonio Lossio-Ventura , Clement Jonquet , Mathieu Roche , Maguelonne Teisseire
TALN: Traitement Automatique des Langues Naturelles, Jul 2014, Marseille, France. pp.407-412
Communication dans un congrès lirmm-01020051v1
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Scoring semantic annotations returned by the NCBO Annotator

Soumia Melzi , Clement Jonquet
SWAT4LS: Semantic Web Applications and Tools for Life Sciences, Dec 2014, Berlin, Germany
Communication dans un congrès lirmm-01099860v1
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Integration of Linguistic and Web Information to Improve Biomedical Terminology Extraction

Juan Antonio Lossio-Ventura , Clement Jonquet , Mathieu Roche , Maguelonne Teisseire
IDEAS: International Database Engineering & Applications Symposium, Jul 2014, Porto, Portugal. pp.265-269, ⟨10.1145/2628194.2628208⟩
Communication dans un congrès lirmm-01068547v2
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An Approach to Compare Bio-Ontologies Portals

Julien Grosjean , Lina F. Soualmia , Khedidja Bouarech , Clement Jonquet , Stefan J. Darmoni
MIE: Medical Informatics European, Aug 2014, Istanbul, Turkey
Communication dans un congrès lirmm-01052549v1
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Biomedical Terminology Extraction: A new combination of Statistical and Web Mining Approaches

Juan Antonio Lossio-Ventura , Clement Jonquet , Mathieu Roche , Maguelonne Teisseire
JADT: Journées d'Analyse statistique des Données Textuelles, Jun 2014, Paris, France. pp.421-432
Communication dans un congrès lirmm-01056598v2
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SIFR Project: The Semantic Indexing of French Biomedical Data Resources

Juan Antonio Lossio-Ventura , Clement Jonquet , Mathieu Roche , Maguelonne Teisseire
SIMBig: Symposium on Information Management and Big Data, Juan Antonio Lossio-Ventura; Hugo Alatrista-Salas, Sep 2014, Cusco, Peru. pp.58-61
Communication dans un congrès lirmm-01112901v1
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Gestion du multilinguisme dans un portail d’ontologies: étude de cas pour le NCBO BioPortal

Clement Jonquet , Mark A. Musen
TOTh Workshop, Dec 2014, Bruxelles, Belgique
Communication dans un congrès lirmm-01099882v1
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Yet Another Ranking Function for Automatic Multiword Term Extraction

Juan Antonio Lossio-Ventura , Clement Jonquet , Mathieu Roche , Maguelonne Teisseire
9th International Conference on Natural Language Processing (PolTAL), Sep 2014, Warsaw, Poland. pp.52-64, ⟨10.1007/978-3-319-10888-9_6⟩
Communication dans un congrès lirmm-01068556v1
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Construction et évolution de connaissances par confrontation de points de vue : prototype pour la recherche d'information scientifique

Guillaume Surroca , Philippe Lemoisson , Clement Jonquet , Stefano A. Cerri
IC: Ingénierie des Connaissances, May 2014, Clermont-Ferrand, France. pp.175-186
Communication dans un congrès lirmm-00995948v1
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BIOTEX: A system for Biomedical Terminology Extraction, Ranking, and Validation

Juan Antonio Lossio-Ventura , Clement Jonquet , Mathieu Roche , Maguelonne Teisseire
13th International Semantic Web Conference (ISWC 2014), poster & demo session, Oct 2014, Riva del Garda, Italy. pp.157-160
Communication dans un congrès lirmm-01112894v1
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Combining C-value and Keyword Extraction Methods for Biomedical Terms Extraction

Juan Antonio Lossio-Ventura , Clement Jonquet , Mathieu Roche , Maguelonne Teisseire
LBM: Languages in Biology and Medicine, Dec 2013, Tokyo, Japan
Communication dans un congrès lirmm-01019991v1
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AgroPortal: an ontology repository for agronomy

Clement Jonquet
11th Conference on Information Technology in Agriculture, Food and the Environment (EFITA 2017), Poster session, Jul 2017, Montpellier, France. , 2017
Poster de conférence lirmm-01598854v2
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AgroPortal : A Proposition for Ontology-Based Services in the Agronomic Domain

Clement Jonquet , Esther Dzalé-Yeumo , Elizabeth Arnaud , Pierre Larmande , Anne Toulet
XXIV International Plant & Animal Genome Conference (PAG 2016), Poster session, Jan 2016, San Diego, United States. , P0343, 2016, Systems Biology and Ontologies, Poster session
Poster de conférence lirmm-01397465v1
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AgroPortal: an open repository of ontologies and vocabularies for agriculture and nutrition data

Clement Jonquet , Anne Toulet , Elizabeth Arnaud , Sophie Aubin , Esther Dzalé Yeumo
Ben Schaap. GODAN Summit, Sep 2016, New York, NY, United States. , 2016
Poster de conférence hal-01398252v1
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A Way to Automatically Enrich Biomedical Ontologies

Juan Antonio Lossio-Ventura , Clement Jonquet , Mathieu Roche , Maguelonne Teisseire
P. Evaggelia; M. Sofian; K. Georgia; M. Amelie; T. Letizia; M. Ioana; S. Kostas. 19th International Conference on Extending Database Technology (EDBT 2016), Poster session, Mar 2016, Bordeaux, France. OpenProceedings.org, pp.676-677, 2016, ⟨10.5441/002/edbt.2016.82⟩
Poster de conférence hal-01274540v1
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Semantic Annotation Workflow using Bio-Ontologies

Emmanuel Castanier , Clement Jonquet , Soumia Melzi , Pierre Larmande , Manuel Ruiz
Workshop on Crop Ontology and Phenotyping Data Interoperability, Mar 2014, Montpellier, France. , 1 p., 2014
Poster de conférence lirmm-01052546v1

Facilitating efficient knowledge management and discovery in the Agronomic Sciences

Aravind Venkatesan , Pierre Larmande , Clement Jonquet , Manuel Ruiz , Patrick Valduriez
4th Research Data Alliance Plenary Meeting (RDA P4), Sep 2014, Amsterdam, Netherlands. , 2014
Poster de conférence lirmm-01071822v1
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Semantic Indexing of French Biomedical Data Resources

Clement Jonquet
Project Repository Journal, 3, , pp.16-19, 2019
Chapitre d'ouvrage lirmm-02360615v1