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johann confais
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Documents
Affiliations actuelles
- 1068954
- 1002240
Identifiants chercheurs
johann-confais-
0000-0003-2945-5036
- Google Scholar : https://scholar.google.fr/citations?user=s6B4qnYAAAAJ
Présentation
Activité INRAE :
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- **Février 2018 :** UR Génomique Info (URGI) 1164 INRAE, Université Paris-Saclay dans l'équipe Analyse des génomes (ANAGEN)
- **Octobre 2012 :** UMR Biologie et gestion des risques en agriculture (BIOGER) 1290 AgroParisTech, INRAE, Université Paris-Saclay dans l'équipe Evolution et Génomique des Interactions plantes Pathogènes (EGIP)
- **Octobre 2006 :** UMR Biologie et gestion des risques en agriculture (BIOGER) 1290 AgroParisTech, INRAE, Université Paris-Saclay dans l'équipe Antifongiques, Mode d'Action et Résistance (AMAR)
Publications
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REPET v3.02019
Logiciel
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Evolutionary Dynamics of Transposable Elements in Brachypodium distachyon Based on a Pangenomic ApproachInternational Plant & Animal Genome (PAG 31), Jan 2024, San Diego, United States
Communication dans un congrès
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How to use REPET for de novo TE annotation11th RepeatExplorer Workshop on the Application of Next Generation Sequencing to Repetitive DNA Analysis, Laboratory of Molecular Cytogenetics of the Biology Centre CAS, May 2023, České Budějovice, Czech Republic
Communication dans un congrès
hal-04117937v1
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PlantBioinfoPF (URGI) et son offre de service d'annotation des éléments transposables dans les génomesJournées du PEPI IBIS 2023, PEPI Ingénierie Bio Informatique et Statistique pour les données haut-débit (IBIS), Sep 2023, Paris, France
Communication dans un congrès
hal-04195707v1
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Linking heterogeneous data from model plant species in a graph databaseSéminaire résidentiel INRAE Semantic Linked Data édition 2023, réseau IN-OVIVE "Intégration de sources/masses de données hétérogènes et ontologies", Oct 2023, Agde, France
Communication dans un congrès
hal-04237621v1
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Practical training III : REPET pipeline11th RepeatExplorer Workshop on the Application of Next Generation Sequencing to Repetitive DNA Analysis, Laboratory of Molecular Cytogenetics of the Biology Centre CAS, May 2023, České Budějovice, Czech Republic
Communication dans un congrès
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Characterization of Transposable Elements in Pangenomes24th National Congress on Transposable Elements 2023 (CNET 2023), French research community working on transposable elements (CNET), Jul 2023, Perpignan, France
Communication dans un congrès
hal-04158362v1
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REPET novelties : a versatile and modular packageCNET 2023 : 24th National Congress on Transposable Elements 2023, French research community working on transposable elements (CNET), Jul 2023, Perpignan, France
Communication dans un congrès
hal-04156193v1
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Insertion et exploitation de données hétérogènes dans un graphe de connaissanceJournées du PEPI IBIS 2023, PEPI Ingénierie Bio Informatique et Statistique pour les données haut-débit (IBIS), Sep 2023, Paris, France
Communication dans un congrès
hal-04208925v1
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Characterization of Transposable Elements in PangenomesJournées du PEPI IBIS 2023, PEPI Ingénierie Bio Informatique et Statistique pour les données haut-débit (IBIS), Sep 2023, Paris, France
Communication dans un congrès
hal-04283863v1
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Characterization of Transposable Elements in PangenomesGDR CNRS 3546 Mobil-ET Annual Meeting, Mobil-ET GDR CNRS 3546, Dec 2022, Paris, France
Communication dans un congrès
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RepetDB: a unified resource for transposable element referencesJournées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) 2022, SFBI; IFB; GDR BIM, Jul 2022, Rennes, France
Communication dans un congrès
hal-03819882v1
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Transposable elements, from their annotation to their integration into knowledge graphsJournée thématique - Annotation, Intelligence Artificielle et Text-mining, PEPI IBIS, Nov 2022, Jouy-en-Josas, France
Communication dans un congrès
hal-03876510v1
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Characterization of Transposable Elements in Pangenomes23rd National Congress on Transposable Elements (CNET 2022), French research community working on transposable elements (CNET), Jul 2022, Gif-Sur-Yvette, France
Communication dans un congrès
hal-03819044v1
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REPET evolutions: faster and easier23rd National Congress on Transposable Elements (CNET 2022), French research community working on transposable elements (CNET), Jul 2022, Gif-Sur-Yvette, France
Communication dans un congrès
hal-03815061v1
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Multiple expansion and contraction events in two major chemosensory gene families in aphidsCongrès de la Société Européenne de Biologie Evolutive, Aug 2022, Prague, Czech Republic
Communication dans un congrès
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Demo session : REPET6th Uppsala Transposon Symposium, Oct 2022, Uppsala, Sweden
Communication dans un congrès
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Mise en relation de données hétérogènes chez l’espèce modèle Arabidopsis thaliana dans une base de données grapheWork4Graph Integration, Dec 2021, Paris, France
Communication dans un congrès
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A first glimpse into the genetic architecture of pathogenicity of Zymoseptoria tritici on bread wheat29. Fungal genetics conference Asilomar 17, Mar 2017, Pacific Grove, CA, United States. p.246
Communication dans un congrès
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Leaf blotch on durum wheat in France:characterization of the species complex responsible of the disease with a focus on Parastagonospora nodorum9.International symposium on Septoria diseases of cereals, Apr 2016, Paris, France. p.31
Communication dans un congrès
hal-02799258v1
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Resolution of population structure in the wheat pathogen Zymoseptoria tritici using either 12 or 4000 microsatellite markers9.International symposium on Septoria diseases of cereals, Apr 2016, Paris, France. p.68
Communication dans un congrès
hal-01531631v1
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Population genetic structure and host specialization in the fungal plant pathogen Zymoseptoria tritici9.International symposium on Septoria diseases of cereals, Apr 2016, Paris, France. p.16
Communication dans un congrès
hal-02799804v1
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The power of GWAS to detect natural genetic variation associated with pathogeny in Zymoseptoria tritici9.International symposium on Septoria diseases of cereals, Apr 2016, Paris, France. p.17
Communication dans un congrès
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Spécialisation d’hôte et structuration des populations de Zymoseptoria triticiJournées Jean Chevaugeon 2016 (JJC) - 11èmes Rencontres de Phytopathologie - Mycologie, Société Française de Phytopathologie (SFP), Jan 2016, Aussois, France. p.15
Communication dans un congrès
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Expression profiles of Mycosphaerella graminicola candidate effector genes10es Rencontres de Phytopathologie-Mycologie de la Société Française de Phytopathologie (SFP), Jan 2014, Aussois, France. p. 101
Communication dans un congrès
hal-01019611v1
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Spécialisation d’hôte et structure des populations de Mycosphaerella graminicola, agent de la Septoriose du blé36ème colloque « Petit pois déridé », Aug 2014, Orsay, France
Communication dans un congrès
hal-01584444v1
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Host specialization and structure of Mycosphaerella graminicola populationsMycosphaerella graminicola / Zymoseptoria tritici European Workshop, Sep 2014, exeter, United Kingdom
Communication dans un congrès
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Expression patterns of candidate effector genesMycosphaerella graminicola / Zymoseptoria tritici European Workshop, Aug 2013, Harpenden, United Kingdom
Communication dans un congrès
hal-02804080v1
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Comparaison de méthodes de suivi de la sensibilité de Botrytis cinerea aux fongicides Carboxamides9. Rencontres de Phytopathologie-Mycologie de la Société Française de Phytopathologie (SFP), Jan 2012, Aussois, France. pp.87-87
Communication dans un congrès
hal-01000248v1
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Recent evolution of fungicide resistance in French populations of Mycosphaerella graminicolaCrop protection in Southern Britain A.o.A. Biologists, Feb 2011, Cambridge, United Kingdom
Communication dans un congrès
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Experimental strategies to unravel the MDR mechanism in new emergent phenotypes of M. graminicola highly resistant to several DMIs8. International Symposium on Mycosphaerella and Stagonospora Diseases of Cereals, Sep 2011, Mexico, Mexico. pp.38
Communication dans un congrès
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Evolution of resistance to fungicides in populations of Mycosphaerella graminicola:emergence of new phenotypes highly resistant to DMIsEPPO Workshop on Azole fungicides and Septoria leaf blotch control, Dec 2010, harpenden, United Kingdom
Communication dans un congrès
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Characterisation of French powdery mildew populations infecting triticale9ème conférence internationale sur les maladies des plantes, Dec 2009, Tours, France
Communication dans un congrès
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Use of replicative genomic libraries to clone fungicide resistance alleles3rd Botrytis Genome Workshop, Sep 2008, Tenerife, Spain
Communication dans un congrès
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Genetic diversity and structuring factors for Botrytis cinerea french populations7. Journées Jean Chevaugeon, Jan 2008, Aussois, France
Communication dans un congrès
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Effect of host plants on sympatric genetic differentiations in french populations of Botrytis cinerea. Abstract14. International Botrytis Symposium, Oct 2007, Cape Town, South Africa
Communication dans un congrès
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Resistance to fungicides and genetic diversity among Botrytis cinerea populations. Abstract14. International Botrytis Symposium, Oct 2007, Cape Town, South Africa
Communication dans un congrès
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Genetic diversity and structuring factors for Botrytis cinerea french populations14. International Botrytis Symposium, Oct 2007, Cape Town, South Africa
Communication dans un congrès
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Feeding behavior of neonate oblique banded leafroller: determination of ingested volumes by fluorescence spectroscopy50th Annual Meeting of the Entomological Society of America, Nov 2002, Fort Lauderdale, United States
Communication dans un congrès
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