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NG6: Integrated next generation sequencing storage and processing environment.

 Jérôme J. Mariette , Frédéric Escudié , Nicolas Allias , Gérald Salin , Céline Noirot , et al.
BMC Genomics, 2012, 13 (1), pp.462. ⟨10.1186/1471-2164-13-462⟩
Article dans une revue inserm-00733481v1
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rnaspace.org - a web application for noncoding RNA identification

 Marie-Josée Cros , Antoine de Monte , Jérôme J. Mariette , Philippe Bardou , Daniel Gautheret , et al.
JOBIM 2010 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Sep 2010, Montpellier, France. 2010
Poster de conférence hal-02819250v1

Jflow: a workflow management system for web applications

 Jérôme J. Mariette , Frédéric Escudié , Philippe Bardou , Ibouniyamine Ibrahime , Céline Noirot , et al.
Bioinformatics, 2016, 32 (3), pp.456-458. ⟨10.1093/bioinformatics/btv589⟩
Article dans une revue hal-02631131v1
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ASTERICS: A Tool for the ExploRation and Integration of omiCS data

 Élise Maigné , Céline Noirot , Jérôme J. Mariette , Yaa Adu Kesewaah , Sébastien Dejean , et al.
Journée Régional Bioinfo/Biostat, Dec 2022, Toulouse, France
Poster de conférence hal-03882998v1
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Novel Avian Coronavirus and Fulminating Disease in Guinea Fowl, France

 Etienne Liais , Guillaume Croville , Jérôme J. Mariette , Maxence Delverdier , Marie-Noêlle Lucas , et al.
Emerging Infectious Diseases, 2014, 20 (1), pp.105-108. ⟨10.3201/eid2001.130774⟩
Article dans une revue hal-02638202v1
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Des noyaux pour les omiques

 Jérôme J. Mariette , Nathalie Vialaneix
Intégration de Données Biologiques, 2022
Chapitre d'ouvrage hal-03809784v1
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Feature selection for kernel methods in systems biology

 Celine Brouard , Jérôme J. Mariette , Rémi Flamary , Nathalie Vialaneix
NAR Genomics and Bioinformatics, 2022, 4 (1), ⟨10.1093/nargab/lqac014⟩
Article dans une revue hal-03601435v1
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The ruminal level of trans-10 fatty acids of dairy cows is linked to the composition of bacterial community

 Asma Zened , Sylvie Combes , Laurent L. Cauquil , Jérôme J. Mariette , Chloé Rousseau , et al.
4. Congress of European Microbiologists, FEMS, Jun 2011, Genève, Switzerland. 1p, 2011
Poster de conférence hal-02806622v1

Jflow: a workflow management system for web applications

 Jérôme J. Mariette , Frédéric Escudié , Philippe Bardou , Ibouniyamine Ibrahime , Céline Noirot , et al.
2016
Logiciel hal-02795849v1
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Unsupervised variable selection for kernel methods in systems biology

 Jérôme J. Mariette , Celine Brouard , Remi Flamary , Nathalie Vialaneix
Journée Régionale de Bioinformatique et Biostatistique, Génopole Toulouse, Oct 2019, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-02787253v1
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Conserved white rot enzymatic mechanism for wood decay in the Basidiomycota genus Pycnoporus

 Shingo Miyauchi , Hayat Hage , Elodie Drula , Laurence Lesage-Meessen , Jean-Guy Berrin , et al.
DNA Research, 2020, ⟨10.1093/dnares/dsaa011⟩
Article dans une revue hal-02868456v2

Complete Genome Sequence of a Field Strain of Peste des Petits Ruminants Virus Isolated during 2010-2014 Epidemics in Senegal

 Habib Salami , Guillaume Croville , Olivier Kwiatek , Jérôme J. Mariette , Christophe C. Klopp , et al.
Genome Announcements, 2014, 2 (5), ⟨10.1128/genomeA.00772-14⟩
Article dans une revue hal-02630225v1
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jvenn: an interactive Venn diagram viewer

 Philippe Bardou , Jérôme J. Mariette , Frédéric Escudié , Christophe Djemiel , Christophe C. Klopp
BMC Bioinformatics, 2014, 15 (1), pp.293. ⟨10.1186/1471-2105-15-293⟩
Article dans une revue hal-02640484v1

mixKernel: Omics Data Integration Using Kernel Methods

 Jérôme J. Mariette , Nathalie Vialaneix
2017
Logiciel hal-02791779v1
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Flight Quotas Hold the Most Significant Potential for Reducing Carbon Emissions from Academic Travel

 Tamara Ben-Ari , Gaëlle Lefort , Jérôme J. Mariette , Olivier Aumont , Laurent Jeanneau , et al.
2023
Pré-publication, Document de travail hal-04264960v1
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Unsupervised multiple kernel learning for heterogeneous data integration

 Jérôme J. Mariette , Nathalie Vialaneix
Bioinformatics, 2018, 34 (6), pp.1009-1015. ⟨10.1093/bioinformatics/btx682⟩
Article dans une revue hal-01738461v1

An avian coronavirus associated with fulminating disease of guinea fowl

 Mariette Ducatez , Etienne Liais , Guillaume Croville , Léni Corrand , Maxence Delverdier , et al.
1st Annual COST Action FA1207 meeting, 2013, Germany
Communication dans un congrès hal-02805928v1
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Molecular detection and characterization of duck respiratory viruses using unbiased high-throughput sequencing

 Etienne Liais , Guillaume Croville , Jérôme J. Mariette , Christophe C. Klopp , Fabrice Lagoutte , et al.
ESVV 2012, european society for veterinary virology (ESVV)., Sep 2012, Madrid, Spain
Communication dans un congrès hal-01191333v1
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Efficient interpretable variants of online SOM for large dissimilarity data

 Jérôme J. Mariette , Madalina Olteanu , Nathalie Vialaneix
Neurocomputing, 2017, 225, pp.31-48. ⟨10.1016/j.neucom.2016.11.014⟩
Article dans une revue hal-01465340v1
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Bagged kernel SOM

 Jérôme J. Mariette , Madalina Olteanu , Julien Boelaert , Nathalie Vialaneix
10th International Workshop, WSOM 2014, Hochschule Esslingen University of Applied Sciences. DEU., Jul 2014, Mittweida, Germany. pp.45-54, ⟨10.1007/978-3-319-07695-9⟩
Communication dans un congrès hal-01018374v1

The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution

 Shusei Sato , Satoshi Tabata , Hideki Hirakawa , Erika Asamizu , Kenta Shirasawa , et al.
Nature, 2012, 485 (7400), pp.635-641. ⟨10.1038/nature11119⟩
Article dans une revue hal-02651748v1

Experimental quantification of pollen with DNA metabarcoding using ITS1 and trnL

 Sandra Baksay , André Pornon , Monique Burrus , Jérôme J. Mariette , Christophe Andalo , et al.
Scientific Reports, 2020, 10 (1), ⟨10.1038/s41598-020-61198-6⟩
Article dans une revue hal-02929123v1
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Integrating Tara oceans data sets using multiple kernels

 Jérôme J. Mariette , Helene H. Chiapello , Nathalie N. Villa-Vialaneix
15th European Conference on Computational Biology (ECCB 2016), Workshop "Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM)", Sep 2016, The Hague, Netherlands. pp.3
Communication dans un congrès hal-02792439v1
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ASTERICS: A Tool for the ExploRation and Integration of omiCS data

 Élise Maigné , Céline Noirot , Jérôme J. Mariette , Yaa Adu Kesewaah , Sébastien Dejean , et al.
ECCB: 21st European Conference on Computational Biology, Sep 2022, Sitges, Spain. , 2022, ⟨10.7490/f1000research.1119290.1⟩
Poster de conférence hal-03890660v1
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Using metabarcoding to reveal and quantify plant-pollinator interactions.

 André Pornon , Nathalie Escaravage , Monique Burrus , Hélène Holota , Aurélie Khimoun , et al.
Scientific Reports, 2016, 6, pp.27282. ⟨10.1038/srep27282⟩
Article dans une revue hal-01333538v1
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Détection moléculaire et caractérisation de virus respiratoires du canard par une approche de séquençage à haut débit

 Etienne Liais , Guillaume Croville , Jérôme J. Mariette , Christophe C. Klopp , Cécile Donnadieu , et al.
Journée SEVAB, Nov 2012, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-01191337v1
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An avian coronavirus associated with fulminating disease of guinea fowl

 Etienne Liais , Guillaume Croville , Jérôme J. Mariette , Maxence Delverdier , Marie-Noêlle Lucas , et al.
8th International Symposium on Avian Corona- and Metapneumoviruses and Complicating Pathogens, 2014, Rauishozhausen, Germany
Communication dans un congrès hal-02740721v1

RNAspace: an integrated environment for the prediction, annotation and analysis of non-coding RNA

 Marie-Josée Cros , Antoine de Monte , Jérôme J. Mariette , Philippe Bardou , Daniel Gautheret , et al.
12.Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM 2011, Jun 2011, Paris, France. 2011
Poster de conférence hal-02810153v1

Characterization of a microbiota of intestinal origin in white adipose tissue and stroma vascular fraction from healthy and patients according to their BMI

 M. M. Serino , E. E. Luche , P. P. Klopp , C. C. Chabo , Olivier O. Bouchez , et al.
Congrès de la Société Francophone du Diabète, Mar 2011, Genève, Switzerland. pp.A32
Communication dans un congrès hal-01001551v1
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Metabolic adaptation to a high-fat diet is associated with a change in the gut microbiota.

 Matteo Serino , Elodie Luche , Sandra Gres , Audrey Baylac , Mathieu Bergé , et al.
Gut, 2012, 61 (4), pp.543-53. ⟨10.1136/gutjnl-2011-301012⟩
Article dans une revue inserm-00726182v1
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