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A combinatorial approach to products of Pisot substitutions

 Valérie Berthé , Jérémie Bourdon , Timo Jolivet , Anne Siegel
Ergodic Theory and Dynamical Systems, 2016, 36 (6), pp.1757-1794. ⟨10.1017/etds.2014.141⟩
Article dans une revue hal-01196326v1
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Logic and Linear programs to understand cancer response

 Misbah Razzaq , Lokmane Chebouba , Pierre Le Jeune , Hanen Mhamdi , Carito Guziolowski , et al.
2018
Pré-publication, Document de travail hal-01897036v1

La calculette métabolique": une approche de modélisation biochimique pour explorer les contraintes au sein du métabolisme des mammifères

 Oumarou Abdou-Arbi , Jérémie Bourdon , Anne Siegel , Jaap J. van Milgen , Sophie Lemosquet
3. Journées d’Animation Scientifique du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage, Oct 2009, Tours, France
Communication dans un congrès hal-02758027v1

On the Khintchine constant for centred continued fraction expansions

 Jérémie Bourdon
Applied Mathematics E - Notes, 2007, 7, pp.167-174
Article dans une revue hal-00461985v1

Large deviation properties for patterns

 Mireille Regnier , Jérémie Bourdon
Journal of Discrete Algorithms, 2013, ⟨10.1016/j.jda.2013.09.004⟩
Article dans une revue hal-00868462v1
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Pattern matching statistics on correlated sources

 Jérémie Bourdon , Brigitte Vallée
2008
Pré-publication, Document de travail hal-00210348v1

XII Des données haut-débit à la modélisation des écosystèmes

 Damien Eveillard , Xavier Raynaud , Jérémie Bourdon , Alain Franc , Frederic Plewniak
Prospective Génomique Environnementale, , pp.83-89, 2013
Chapitre d'ouvrage hal-01176570v1

Probabilistic Modeling of Microbial Metabolic Networks for Integrating Partial Quantitative Knowledge Within the Nitrogen Cycle

 Damien Eveillard , Nicholas Bouskill , Damien Vintache , Julien Gras , Bess Ward , et al.
Frontiers in Microbiology, 2019, 9, pp.1-9. ⟨10.3389/fmicb.2018.03298⟩
Article dans une revue hal-01996045v1

Combinations of cytochrome P450 gene polymorphisms enhancing the risk for sporadic colorectal cancer related to red meat consumption.

 Sébastien Küry , Bruno Buecher , Sébastien Robiou-Du-Pont , Catherine Scoul , Véronique Sébille , et al.
Cancer Epidemiology, Biomarkers and Prevention, 2007, 16 (7), pp.1460-7. ⟨10.1158/1055-9965.EPI-07-0236⟩
Article dans une revue hal-00415938v1

Multivariate Normal Approximation for the Stochastic Simulation Algorithm: Limit Theorem and Applications

 Vincent Picard , Anne Siegel , Jérémie Bourdon
Electronic Notes in Theoretical Computer Science, 2015, 316C, pp.67-82. ⟨10.1016/j.entcs.2015.06.011⟩
Article dans une revue hal-01196533v1

Size and Path Length in Patricia Tries: Dynamical Sources Context

 Jérémie Bourdon
Random Structures and Algorithms, 2001, 3-4 (19), pp.289--315
Article dans une revue hal-00442420v1

A generic stoichiometric model to analyse the metabolic flexibility of the mammary gland in lactating dairy cows

 Sophie Lemosquet , Oumarou Abdou-Arbi , Anne Siegel , Jocelyne Guinard-Flament , Jaap J. van Milgen , et al.
D. Sauvant, J. Van Milgen, P. Faverdin and N. Friggens. Modelling nutrient digestion and utilization in farm animals, Wageningen Academic Publishers, 2010, 978-90-8686-156-9
Chapitre d'ouvrage inria-00538138v1

Logic and Linear Programs to Understand Cancer Response

 Misbah Razzaq , Lokmane Chebouba , Pierre Le Jeune , Hanen Mhamdi , Carito Guziolowski , et al.
Liò P., Zuliani P. (eds) Automated Reasoning for Systems Biology and Medicine. Computational Biology, vol 30. Springer, Cham, pp.191-213, 2019, ⟨10.1007/978-3-030-17297-8_7⟩
Chapitre d'ouvrage hal-02467018v1
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Meneco, a Topology-Based Gap-Filling Tool Applicable to Degraded Genome-Wide Metabolic Networks

 Sylvain Prigent , Clémence Frioux , Simon M Dittami , Sven Thiele , Abdelhalim Larhlimi , et al.
PLoS Computational Biology, 2017, 13 (1), pp.32. ⟨10.1371/journal.pcbi.1005276⟩
Article dans une revue hal-01449100v1

Temporal constraints of a gene regulatory network: Refining a qualitative simulation.

 Jamil Ahmad , Jérémie Bourdon , Damien Eveillard , Jonathan Fromentin , Olivier Roux , et al.
BioSystems, 2009, 98 (3), pp.149-159. ⟨10.1016/j.biosystems.2009.05.002⟩
Article dans une revue istex hal-00415921v1
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Multivariate Normal Approximation for the Stochastic Simulation Algorithm: limit theorem and applications

 Vincent Picard , Anne Siegel , Jérémie Bourdon
SASB - 5th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology, 2014, Munchen, Germany
Communication dans un congrès hal-01079768v1
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Exploring metabolism flexibility in complex organisms through quantitative study of precursor sets for system outputs

 Oumarou Abdou-Arbi , Sophie Lemosquet , Jaap J. van Milgen , Anne Siegel , Jérémie Bourdon
BMC Systems Biology, 2014, 8 (1), pp.8. ⟨10.1186/1752-0509-8-8⟩
Article dans une revue hal-00947219v1
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Large-scale regulatory and signaling network assembly through linked open data

 Marie Lefebvre , Alban Gaignard , Maxime Folschette , Jérémie Bourdon , Carito Guziolowski
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2021, 2021, pp.baaa113. ⟨10.1093/database/baaa113⟩
Article dans une revue hal-03107317v2

A multi-objective constraint-based approach for modeling genome-scale microbial ecosystems.

 Marko Budinich , Jérémie Bourdon , Abdelhalim Larhlimi , Damien Eveillard
PLoS ONE, 2017, 12 (2), pp.e0171744
Article dans une revue hal-01478375v1

Modélisation et prédiction du fonctionnement et de la dynamique des écosystèmes

 Damien Eveillard , Xavier Raynaud , Jérémie Bourdon , Alain Franc , Frederic Plewniak
La génomique environnemetale : la révolution du séquençage à haut débit, 2016
Chapitre d'ouvrage hal-01777358v1
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Parallel derivation of isogenic human primed and naive induced pluripotent stem cells

 Stéphanie Kilens , Dimitri Meistermann , Diego Moreno , Caroline Chariau , Anne Gaignerie , et al.
Nature Communications, 2018, 9 (1), pp.302 - 314. ⟨10.1038/s41467-017-02107-w⟩
Article dans une revue pasteur-01758726v1

Distribution of Solutions of Multi-objective Assignment Problem and Links with the Efficiency of Solving Methods.

 Anthony Przybylski , Jérémie Bourdon , Xavier Gandibleux
GOR 2007, Sep 2007, Saarbrücken, Germany
Communication dans un congrès hal-00465762v1

Exploring the metabolic flexibility of the mammary gland of dairy cows through flux-balance analysis

 Sophie Lemosquet , O. Abdou Arbi , Jaap J. van Milgen , Anne Siegel , J. Bourdon
Meeting of the Animal Science Modelling Group, Jul 2013, Indianapolis, United States. , Canadian Journal of Animal Science, 93 (4), 2013, Canadian Journal of Animal Science
Poster de conférence hal-01210552v1

Computational Methods in Systems Biology - 13th International Conference, CMSB 2015, Nantes, France, September 16-18, 2015, Proceedings

 Olivier F. Roux , Jérémie Bourdon
Olivier F. Roux and Jérémie Bourdon. Springer, 9308, 2015, Lecture Notes in Computer Science, 978-3-319-23400-7. ⟨10.1007/978-3-319-23401-4⟩
Ouvrages hal-01371899v1

A statistical method for PWM clustering

 Solenne Carat , Rémi Houlgatte , Jérémie Bourdon
Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Jul 2009, Moscou, Russia. pp.59-60
Communication dans un congrès hal-00415980v1

Bayesian Integrative Modeling of Genome-Scale Metabolic and Regulatory Networks

 Hanen Mhamdi , Jérémie Bourdon , Abdelhalim Larhlimi , Mourad Elloumi
Informatics, 2020, 7 (1), pp.1. ⟨10.3390/informatics7010001⟩
Article dans une revue hal-02458270v1

Modelization of the regulation of protein synthesis following fertilization in sea urchin shows requirement of two processes: a destabilization of eIF4E:4E-BP complex and a great stimulation of the 4E-BP-degradation mechanism, both rapamycin-sensitive

 Sébastien Laurent , Adrien Richard , Odile Mulner-Lorillon , Julia Morales , Didier Flament , et al.
Frontiers in Genetics, 2014, 5, pp.117. ⟨10.3389/fgene.2014.00117⟩
Article dans une revue hal-01079758v1

A generic stoichiometric model to analyse the metabolic flexibility of the mammary gland in lactating dairy cows

 Sophie Lemosquet , Oumarou Abdou Arbi , S. Siegel , Jocelyne Guinard-Flament , Jaap J. van Milgen , et al.
INRA. 7. International Workshop on Modelling Nutrient Digestion and Utilisation in Farm Animals, Sep 2009, Paris, France. Wageningen Academic Publishers, pp.279-288, 2010, Modelling nutrient digestion and utilisation in farm animals
Poster de conférence hal-02758319v1
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Toward systems biology in brown algae to explore acclimation and adaptation to the shore environment.

 Thierry Tonon , Damien Eveillard , Sylvain Prigent , Jérémie Bourdon , Philippe Potin , et al.
OMICS, 2011, 15 (12), pp.883-892. ⟨10.1089/omi.2011.0089⟩
Article dans une revue hal-00661751v1
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Toll Based Measures for Dynamical Graphs

 Jérémie Bourdon , Damien Eveillard
2007
Pré-publication, Document de travail hal-00134078v1
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