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68 résultats

A combinatorial approach to products of Pisot substitutions

Valérie Berthé , Jérémie Bourdon , Timo Jolivet , Anne Siegel
Ergodic Theory and Dynamical Systems, 2016, 36 (6), pp.1757-1794. ⟨10.1017/etds.2014.141⟩
Article dans une revue hal-01196326v1

XII Des données haut-débit à la modélisation des écosystèmes

Damien Eveillard , Xavier Raynaud , Jérémie Bourdon , Alain Franc , Frederic Plewniak
Prospective Génomique Environnementale, , pp.83-89, 2013
Chapitre d'ouvrage hal-01176570v1
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Logic and Linear programs to understand cancer response

Misbah Razzaq , Lokmane Chebouba , Pierre Le Jeune , Hanen Mhamdi , Carito Guziolowski , et al.
2018
Pré-publication, Document de travail hal-01897036v1

La calculette métabolique": une approche de modélisation biochimique pour explorer les contraintes au sein du métabolisme des mammifères

Oumarou Abdou-Arbi , Jérémie Bourdon , Anne Siegel , Jaap J. van Milgen , Sophie Lemosquet
3. Journées d’Animation Scientifique du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage, Oct 2009, Tours, France
Communication dans un congrès hal-02758027v1

Large deviation properties for patterns

Mireille Regnier , Jérémie Bourdon
Journal of Discrete Algorithms, 2013, ⟨10.1016/j.jda.2013.09.004⟩
Article dans une revue hal-00868462v1
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Pattern matching statistics on correlated sources

Jérémie Bourdon , Brigitte Vallée
2008
Pré-publication, Document de travail hal-00210348v1

On the Khintchine constant for centred continued fraction expansions

Jérémie Bourdon
Applied Mathematics E - Notes, 2007, 7, pp.167-174
Article dans une revue hal-00461985v1
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Multivariate Normal Approximation for the Stochastic Simulation Algorithm: limit theorem and applications

Vincent Picard , Anne Siegel , Jérémie Bourdon
SASB - 5th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology, 2014, Munchen, Germany
Communication dans un congrès hal-01079768v1
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Exploring metabolism flexibility in complex organisms through quantitative study of precursor sets for system outputs

Oumarou Abdou-Arbi , Sophie Lemosquet , Jaap J. van Milgen , Anne Siegel , Jérémie Bourdon
BMC Systems Biology, 2014, 8 (1), pp.8. ⟨10.1186/1752-0509-8-8⟩
Article dans une revue hal-00947219v1
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Large-scale regulatory and signaling network assembly through linked open data

Marie Lefebvre , Alban Gaignard , Maxime Folschette , Jérémie Bourdon , Carito Guziolowski
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2021, 2021, pp.baaa113. ⟨10.1093/database/baaa113⟩
Article dans une revue hal-03107317v2

A multi-objective constraint-based approach for modeling genome-scale microbial ecosystems.

Marko Budinich , Jérémie Bourdon , Abdelhalim Larhlimi , Damien Eveillard
PLoS ONE, 2017, 12 (2), pp.e0171744
Article dans une revue hal-01478375v1

Modélisation et prédiction du fonctionnement et de la dynamique des écosystèmes

Damien Eveillard , Xavier Raynaud , Jérémie Bourdon , Alain Franc , Frederic Plewniak
La génomique environnemetale : la révolution du séquençage à haut débit, 2016
Chapitre d'ouvrage hal-01777358v1
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Parallel derivation of isogenic human primed and naive induced pluripotent stem cells

Stéphanie Kilens , Dimitri Meistermann , Diego Moreno , Caroline Chariau , Anne Gaignerie , et al.
Nature Communications, 2018, 9 (1), pp.302 - 314. ⟨10.1038/s41467-017-02107-w⟩
Article dans une revue pasteur-01758726v1

Selected papers from the Computational Methods in Systems Biology 2015 conference

Jérémie Bourdon , Olivier Roux
BioSystems, 149, pp.1-2, 2016, ⟨10.1016/j.biosystems.2016.10.006⟩
N°spécial de revue/special issue hal-02469955v1

A Logic for Checking the Probabilistic Steady-State Properties of Reaction Networks

Vincent Picard , Anne Siegel , Jérémie Bourdon
Journal of Computational Biology, 2017, 24 (8), pp.1--12. ⟨10.1089/cmb.2017.0099⟩
Article dans une revue hal-01552190v1
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Large deviation properties for patterns

Jérémie Bourdon , Mireille Regnier
LSD&LAW 2012, Simon J. Puglisi and Golnaz Badkobeh, Feb 2012, Londres, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-00758251v1

Pattern Matching Statistics on Correlated sources

Jérémie Bourdon , Brigitte Vallée
LATIN 2006, Mar 2006, Chile. pp.224-237
Communication dans un congrès hal-00461975v1

Dynamical Analysis of alpha-Euclidean Algorithms

Jérémie Bourdon , Benoît Daireaux , Brigitte Vallée
Journal of Algorithms in Cognition, Informatics and Logic, 2002, 1 (44), pp.246--285
Article dans une revue hal-00442421v1

Size and Path Length in Patricia Tries: Dynamical Sources Context

Jérémie Bourdon
Random Structures and Algorithms, 2001, 3-4 (19), pp.289--315
Article dans une revue hal-00442432v1
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Sources Probabilistes: des séquences aux systèmes

Jérémie Bourdon
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Nantes, 2012
HDR tel-00776681v1

Probabilistic Modeling of Microbial Metabolic Networks for Integrating Partial Quantitative Knowledge Within the Nitrogen Cycle

Damien Eveillard , Nicholas Bouskill , Damien Vintache , Julien Gras , Bess Ward , et al.
Frontiers in Microbiology, 2019, 9, pp.1-9. ⟨10.3389/fmicb.2018.03298⟩
Article dans une revue hal-01996045v1

Temporal constraints of a gene regulatory network: Refining a qualitative simulation.

Jamil Ahmad , Jérémie Bourdon , Damien Eveillard , Jonathan Fromentin , Olivier Roux , et al.
BioSystems, 2009, 98 (3), pp.149-159. ⟨10.1016/j.biosystems.2009.05.002⟩
Article dans une revue istex hal-00415921v1

Combinations of cytochrome P450 gene polymorphisms enhancing the risk for sporadic colorectal cancer related to red meat consumption.

Sébastien Küry , Bruno Buecher , Sébastien Robiou-Du-Pont , Catherine Scoul , Véronique Sébille , et al.
Cancer Epidemiology, Biomarkers and Prevention, 2007, 16 (7), pp.1460-7. ⟨10.1158/1055-9965.EPI-07-0236⟩
Article dans une revue hal-00415938v1

Multivariate Normal Approximation for the Stochastic Simulation Algorithm: Limit Theorem and Applications

Vincent Picard , Anne Siegel , Jérémie Bourdon
Electronic Notes in Theoretical Computer Science, 2015, 316C, pp.67-82. ⟨10.1016/j.entcs.2015.06.011⟩
Article dans une revue hal-01196533v1

Size and Path Length in Patricia Tries: Dynamical Sources Context

Jérémie Bourdon
Random Structures and Algorithms, 2001, 3-4 (19), pp.289--315
Article dans une revue hal-00442420v1

A generic stoichiometric model to analyse the metabolic flexibility of the mammary gland in lactating dairy cows

Sophie Lemosquet , Oumarou Abdou-Arbi , Anne Siegel , Jocelyne Guinard-Flament , Jaap J. van Milgen , et al.
D. Sauvant, J. Van Milgen, P. Faverdin and N. Friggens. Modelling nutrient digestion and utilization in farm animals, Wageningen Academic Publishers, 2010, 978-90-8686-156-9
Chapitre d'ouvrage inria-00538138v1

Logic and Linear Programs to Understand Cancer Response

Misbah Razzaq , Lokmane Chebouba , Pierre Le Jeune , Hanen Mhamdi , Carito Guziolowski , et al.
Liò P., Zuliani P. (eds) Automated Reasoning for Systems Biology and Medicine. Computational Biology, vol 30. Springer, Cham, pp.191-213, 2019, ⟨10.1007/978-3-030-17297-8_7⟩
Chapitre d'ouvrage hal-02467018v1
Image document

Meneco, a Topology-Based Gap-Filling Tool Applicable to Degraded Genome-Wide Metabolic Networks

Sylvain Prigent , Clémence Frioux , Simon M Dittami , Sven Thiele , Abdelhalim Larhlimi , et al.
PLoS Computational Biology, 2017, 13 (1), pp.32. ⟨10.1371/journal.pcbi.1005276⟩
Article dans une revue hal-01449100v1
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Toll Based Measures for Dynamical Graphs

Jérémie Bourdon , Damien Eveillard
2007
Pré-publication, Document de travail hal-00134078v1

Distribution of Solutions of Multi-objective Assignment Problem and Links with the Efficiency of Solving Methods.

Anthony Przybylski , Jérémie Bourdon , Xavier Gandibleux
GOR 2007, Sep 2007, Saarbrücken, Germany
Communication dans un congrès hal-00465762v1