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Efficient and accurate P-value computation for Position Weight Matrices

 Helene Touzet , Jean-Stéphane Varré
Algorithms for Molecular Biology, 2007, 2 (15), pp.1-12. ⟨10.1186/1748-7188-2-15⟩
Article dans une revue inria-00270263v1

TFM-Explorer: mining cis-regulatory regions in genomes

 Tonon Laurie , Hélène Touzet , Jean-Stéphane Varré
Nucleic Acids Research, 2010, 38 (S2), pp.W286-W292. ⟨10.1093/nar/gkq473⟩
Article dans une revue hal-00823465v1
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Biomanycores, open-source parallel code for many-core bioinformatics

 Mathieu Giraud , Stéphane Janot , Jean-Frédéric Berthelot , Charles Deltel , Laetitia Jourdan , et al.
Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2011), 2011, Vienne, Austria
Communication dans un congrès inria-00623390v1
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Assisted transcriptome reconstruction and splicing orthology

 Samuel Blanquart , Jean-Stéphane Varré , Paul Guertin , Amandine Perrin , Anne Bergeron , et al.
BMC Genomics, 2016, Proceedings of the 14th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Comparative Genomics Satellite Workshop: genomics, 17 (Suppl 10), pp.786. ⟨10.1186/s12864-016-3103-6⟩
Article dans une revue hal-01396410v1
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Complete Sequence, Multichromosomal Architecture and Transcriptome Analysis of the Solanum tuberosum Mitochondrial Genome

 Jean-Stéphane Varré , Nunzio d'Agostino , Pascal Touzet , Sophie Gallina , Rachele Tamburino , et al.
International Journal of Molecular Sciences, 2019, 20, ⟨10.3390/ijms20194788⟩
Article dans une revue hal-02298474v1
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Tandem Halving Problems by DCJ

 Antoine Thomas , Aïda Ouangraoua , Jean-Stéphane Varré
Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Sep 2012, Ljubljana, Slovenia. pp.417-429, ⟨10.1007/978-3-642-33122-0_33⟩
Communication dans un congrès hal-00749019v1
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Genome Halving by Block Interchange

 Antoine Thomas , Aïda Ouangraoua , Jean-Stéphane Varré
BIOINFORMATICS, Feb 2012, Lisboa, Portugal. pp.58-65
Communication dans un congrès hal-00749026v1

Perfect Hashing Structures for Parallel Similarity Searches

 Tuan Tu Tran , Mathieu Giraud , Jean-Stéphane Varré
International Workshop on High Performance Computational Biology (HiCOMB 2015) / International Parallel and Distributed Processing Symposium (IPDPS 2015), 2015, Hyderabad, India. pp.332-341, ⟨10.1109/IPDPSW.2015.105⟩
Communication dans un congrès hal-01153893v1

Genome Dedoubling by DCJ and Reversal

 Antoine Thomas , Jean-Stéphane Varré , Ouangraoua Aïda
BMC Bioinformatics, 2011, 12 (Supplement 9), ⟨10.1186/1471-2105-12-S9-S20⟩
Article dans une revue inria-00635003v1
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A complete protocol for whole-genome sequencing of virus from clinical samples: Application to coronavirus OC43

 Florence Maurier , Delphine Beury , Léa Fléchon , Jean-Stéphane Varré , Hélène Touzet , et al.
Virology, 2019, 531, pp.141-148. ⟨10.1016/j.virol.2019.03.006⟩
Article dans une revue hal-02167880v1

Suivi de la leucémie résiduelle par séquençage haut-débit

 Mathieu Giraud , Mikaël Salson , Marc Duez , Jean-Stéphane Varré , Céline Villenet , et al.
JOBIM, Jul 2013, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-00857581v1

Self-Overlapping Occurrences and Knuth-Morris-Pratt Algorithm for Weighted Matching

 Aude Liefooghe , Helene Touzet , Jean-Stéphane Varré
3rd International Conference on Language and Automata Theory and Applications, Apr 2009, Tarragona, Spain. pp.481-492
Communication dans un congrès inria-00365411v1
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Algorithmes pour la comparaison de génomes et la recherche de signaux cis-régulateurs

 Jean-Stéphane Varré
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2008
HDR tel-00832685v1

Biomanycores, a repository of interoperable open-source code for many-cores bioinformatics

 Jean-Stéphane Varré , Stéphane Janot , Mathieu Giraud
Bioinformatics Open Source Conference (BOSC), Jun 2009, Stockholm, Sweden
Communication dans un congrès inria-00438224v1
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Predicting isoform transcripts: What does the comparison of known transcripts in human, mouse and dog tell us?

 Nicolas Guillaudeux , Catherine Belleannée , Samuel Blanquart , Jean-Stéphane Varré
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. 8, pp.1, 2019, ⟨10.7490/f1000research.1117311.1⟩
Poster de conférence hal-02267357v1
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Debugging long-read genome and metagenome assemblies using string graph analysis

 Pierre Marijon , Jean-Stéphane Varré , Rayan Chikhi
JOBIM 2017- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France.
Poster de conférence hal-01574824v1
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ProCARs: Progressive Reconstruction of Ancestral Gene Orders

 Amandine Perrin , Jean-Stéphane Varré , Samuel Blanquart , Aïda Ouangraoua
BMC Genomics, 2015, 16 (Suppl 5), pp.S6. ⟨10.1186/1471-2164-16-S5-S6⟩
Article dans une revue hal-01217311v1

biomanycores.org: a repository of interoperable open-source code for many-core bioinformatics

 Jean-Frédéric Berthelot , Charles Deltel , Mathieu Giraud , Stéphane Janot , Laetitia Jourdan , et al.
JOBIM 2011, Jul 2011, Paris, France
Communication dans un congrès hal-00637847v1

yacrd and fpa: upstream tools for long-read genome assembly

 Pierre Marijon , Rayan Chikhi , Jean-Stéphane Varré
Bioinformatics, 2020, 36 (12), pp.3894-3896. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa262⟩
Article dans une revue hal-03165276v1

Structural and content diversity of the mitochondrial genome in beet. A comparative genomic analysis. .

 A. Darracq , J.S. Varré , Laurence Maréchal-Drouard , Adeline Courseaux , Vincent Castric , et al.
Genome Biology, 2011, 3, pp.723-736
Article dans une revue hal-00621021v1

Structural and content diversity of mitochondrial genome in beet: a comparative genomic analysis

 Aude Darracq , Jean-Stéphane Varré , Laurence Maréchal-Drouard , Adeline Courseaux , Vincent Castric , et al.
Genome Biology and Evolution, 2011, 3, pp.723-736. ⟨10.1093/gbe/evr042⟩
Article dans une revue hal-00616508v1

A scenario of mitochondrial genome evolution in maize based on rearrangement events

 Aude Darracq , Jean-Stéphane Varré , Pascal Touzet
BMC Genomics, 2010, 11, pp.233. ⟨10.1186/1471-2164-11-233⟩
Article dans une revue hal-00468454v1
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Bit-Parallel Multiple Pattern Matching

 Tuan Tu Tran , Mathieu Giraud , Jean-Stéphane Varré
Parallel Processing and Applied Mathematics / Parallel Biocomputing Conference (PPAM / PBC 11), 2011, Torun, Poland
Communication dans un congrès inria-00637227v1
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Parallel Position Weight Matrices Algorithms

 Mathieu Giraud , Jean-Stéphane Varré
International Symposium on Parallel and Distributed Computing (ISPDC 2009), Jul 2009, Lisboa, Portugal. pp.65-69, ⟨10.1109/ISPDC.2009.31⟩
Communication dans un congrès inria-00438215v1
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Genome dedoubling by DCJ and reversal

 Antoine Thomas , Jean-Stéphane Varré , Aïda Ouangraoua
BMC Bioinformatics, 2011, 12 (Suppl 9), pp.S20. ⟨10.1186/1471-2105-12-S9-S20⟩
Article dans une revue hal-00784416v1

Evolution of plant-like crystalline storage polysaccharide in the protozoan parasite Toxoplasma gondii argues for a red alga ancestry.

 Alexandra Coppin , Jean-Stéphane Varré , Luc Lienard , David Dauvillee , Yann Guerardel , et al.
Journal of Molecular Evolution, 2005, 60, pp.257-267
Article dans une revue hal-00085577v1

Evolution of plant-like crystalline storage polysaccharide in the protozoan parasite Toxoplasma gondii argues for a red alga ancestry

 Alexandra Coppin , Jean-Stéphane Varré , Luc Lienard , David Dauvillée , Yann Guerardel , et al.
Journal of Molecular Evolution, 2005, 60 (2), pp.257-267. ⟨10.1007/s00239-004-0185-6⟩
Article dans une revue istex hal-02680299v1

Graph analysis of fragmented long-read bacterial genome assemblies

 Pierre Marijon , Rayan Chikhi , Jean-Stéphane Varré
Bioinformatics, 2019, ⟨10.1093/bioinformatics/btz219⟩
Article dans une revue hal-02167175v1
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Parallel Position Weight Matrices Algorithms

 Mathieu Giraud , Jean-Stéphane Varré
Parallel Computing, 2011, 37, pp.466-478. ⟨10.1016/j.parco.2010.10.001⟩
Article dans une revue hal-00623404v1
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Manycore high-performance computing in bioinformatics

 Jean-Stéphane Varré , Bertil Schmidt , Stéphane Janot , Mathieu Giraud
Laura Elnitski, Helen Piontkivska, Lonnie R Welch. Advances in Genomic Sequence Analysis and Pattern Discovery, World Scientific, chapter 8, 2011
Chapitre d'ouvrage hal-00563408v1
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