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Codage espace-échelle parcimonieux en présence de bruit non-gaussien. Application à l'analyse de la réplication de l'ADN en molécule unique

 Clara Lage , Nelly Pustelnik , Jean-Michel Arbona , Benjamin Audit
XXIXème Colloque GRETSI Traitement du Signal et des Images, 2023
Article dans une revue hal-04274266v1
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Time-Scale Hybrid Continuous-Discrete Sliding Frank-Wolfe Method

 Clara Lage , Nelly Pustelnik , Jean-Michel Arbona , Benjamin Audit
2024
Pré-publication, Document de travail hal-04146737v2
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Neural network and kinetic modelling of human genome replication reveal replication origin locations and strengths

 Jean-Michel Arbona , Hadi Kabalane , Arach Goldar , Olivier Hyrien , Benjamin Audit
PLoS Computational Biology, 2023, 19 (5), pp.e1011138. ⟨10.1371/journal.pcbi.1011138⟩
Article dans une revue hal-03817417v1
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Inferring the physical properties of yeast chromatin through Bayesian analysis of whole nucleus simulations

 Jean-Michel Arbona , Sébastien Herbert , Emmanuelle Fabre , Christophe Zimmer
Genome Biology, 2016, 18 (1), pp.81. ⟨10.1186/s13059-017-1199-x⟩
Article dans une revue inserm-01517883v1

Genome-wide mapping of individual replication fork velocities using nanopore sequencing

 Bertrand Theulot , Laurent Lacroix , Jean-Michel Arbona , Gael Millot , Etienne Jean , et al.
Nature Communications, 2022, 13 (1), pp.3295. ⟨10.1038/s41467-022-31012-0⟩
Article dans une revue hal-03817406v1
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How to build a yeast nucleus

 Hua Wong , Jean-Michel Arbona , Christophe Zimmer
Nucleus, 2013, 4 (5), pp.361 - 366. ⟨10.4161/nucl.26226⟩
Article dans une revue pasteur-02079519v1

Guided Assembly of Tetramolecular G-Quadruplexes

 Liliya Yatsunyk , Olivier Pietrement , Delphine Albrecht , Phong Lan Thao Tran , Daniel Renčiuk , et al.
ACS Nano, 2013, 7 (7), pp.5701-5710. ⟨10.1021/NN402321G⟩
Article dans une revue mnhn-02619238v1

FORK-seq: replication landscape of the Saccharomyces cerevisiae genome by nanopore sequencing

 Magali Hennion , Jean-Michel Arbona , Laurent Lacroix , Corinne Cruaud , Bertrand Theulot , et al.
Genome Biology, 2020, 21, pp.125. ⟨10.1186/s13059-020-02013-3⟩
Article dans une revue hal-02979039v1

Universal temporal rate of DNA replication origin firing: A balance between origin activation and passivation

 Jean-Michel Arbona , Arach Goldar , Olivier Hyrien , Alain Arneodo , B. Audit
2018
Pré-publication, Document de travail hal-02410505v1
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Organization of DNA Replication Origin Firing in Xenopus Egg Extracts: The Role of Intra-S Checkpoint

 Diletta Ciardo , Olivier Haccard , Hemalatha Narassimprakash , Jean-Michel Arbona , Olivier Hyrien , et al.
Genes, 2021, 12 (8), pp.1224. ⟨10.3390/genes12081224⟩
Article dans une revue hal-03055364v2
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The eukaryotic bell-shaped temporal rate of DNA replication origin firing emanates from a balance between origin activation and passivation

 Jean-Michel Arbona , Arach Goldar , Olivier Hyrien , Alain Arneodo , Benjamin Audit
eLife, 2018, 7, pp.e35192. ⟨10.7554/eLife.35192⟩
Article dans une revue hal-01837938v1
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Organization of DNA replication origin firing in Xenopus egg extracts : the role of intra-S checkpoint

 Diletta Ciardo , Olivier Haccard , Hemalatha Narassimprakash , Jean-Michel Arbona , Olivier Hyrien , et al.
2020
Pré-publication, Document de travail hal-02990823v1
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FORK-seq: replication landscape of the Saccharomyces cerevisiae genome by nanopore sequencing

 Magali Hennion , Jean-Michel Arbona , Laurent Lacroix , Corinne Cruaud , Bertrand Theulot , et al.
Genome Biology, 2020, 21, ⟨10.1186/s13059-020-02013-3⟩
Article dans une revue hal-03055281v1
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Expliquer la classification d'expression de gènes par la méthode des gradients intégrés

 Myriam Bontonou , Jean-Michel Arbona , Benjamin Audit , Pierre. Borgnat
GRETSI, 29e Colloque sur le traitement du signal et des images, GRETSI, Aug 2023, Grenoble, France. pp.1233-1236
Communication dans un congrès hal-04226971v1

FORK-seq: single molecule profiling of DNA replication

 Magali Hennion , Bertrand Theulot , Jean-Michel Arbona , B. Audit , Olivier Hyrien
Yeast functional genomics: Methods and Protocols, 2477, , pp.107-128, 2022, Methods in Molecular Biology
Chapitre d'ouvrage hal-03454731v1

Mapping DNA replication with nanopore sequencing

 Magali Hennion , Jean-Michel Arbona , Corinne Cruaud , Florence Proux , Benoît Le Tallec , et al.
2018, ⟨10.1101/426858⟩
Autre publication scientifique hal-02410486v1
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Chromatin stiffening underlies enhanced locus mobility after DNA damage in budding yeast

 Sébastien Herbert , Alice Brion , Jean-Michel Arbona , Mickaël Lelek , Adeline Veillet , et al.
EMBO Journal, 2017, 36 (17), pp.2595-2608. ⟨10.15252/embj.201695842⟩
Article dans une revue pasteur-02078756v1

Organization of DNA replication origin firing in Xenopus egg extracts : the role of intra-S checkpoint

 Olivier Hyrien , Diletta Ciardo , Olivier Haccard , Hemalatha Narassimprakash , Jean-Michel Arbona , et al.
2020
Pré-publication, Document de travail hal-03052966v1
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Genome-wide mapping of individual replication fork velocities using nanopore sequencing

 Bertrand Theulot , Laurent Lacroix , Jean-Michel Arbona , Gael A Millot , Etienne Jean , et al.
Nature Communications, 2022, 13 (1), pp.3295. ⟨10.1038/s41467-022-31012-0⟩
Article dans une revue pasteur-03693859v1
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