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EROS-DOCK: Protein-Protein Docking Using Exhaustive Branch-and-Bound Rotational Search

 Maria Elisa Ruiz Echartea , Isaure Chauvot de Beauchêne , David Ritchie
Bioinformatics, 2019, 35 (23), pp.5003-5010. ⟨10.1093/bioinformatics/btz434⟩
Article dans une revue hal-02269812v1

Binding Site Identification and Flexible Docking of Single Stranded RNA to Proteins Using a Fragment-Based Approach

 Isaure Chauvot de Beauchêne , Sjoerd Jacob de Vries , Martin Zacharias
PLoS Computational Biology, 2016, ⟨10.1371/journal.pcbi.1004697⟩
Article dans une revue hal-01505852v1
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Modelling ssRNA-protein complexes at atomic resolution

 Isaure Chauvot de Beauchêne , Sjoerd Jacob de Vries , Martin Zacharias
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique & Mathématiques (JOBIM), Jul 2015, Clermont-Ferrand, France
Communication dans un congrès hal-03763641v1

Fragment-based modelling of single stranded RNA bound to RNA recognition motif containing proteins

 Isaure Chauvot de Beauchêne , Sjoerd Jacob de Vries , Martin Zacharias
Nucleic Acids Research, 2016, ⟨10.1093/nar/gkw328⟩
Article dans une revue hal-01505862v1

Raltegravir flexibility and its impact on recognition by the HIV-1 IN targets.

 Rohit Arora , Isaure Chauvot de Beauchêne , Jaroslaw Polansky , Elodie Laine , Luba Tchertanov
Journal of Molecular Recognition, 2013, ⟨10.1002/jmr.2277⟩
Article dans une revue istex hal-01505872v1
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Rapid Design of Knowledge-Based Scoring Potentials for Enrichment of Near-Native Geometries in Protein-Protein Docking

 Alexander Sasse , Sjoerd Jacob de Vries , Christina Eva Maria Schindler , Isaure Chauvot de Beauchêne , Martin Zacharias
PLoS ONE, 2017, ⟨10.1371/journal.pone.0170625⟩
Article dans une revue hal-01505866v1
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CroMaSt: a workflow for assessing protein domain classification by cross-mapping of structural instances between domain databases and structural alignment

 Hrishikesh Dhondge , Isaure Chauvot de Beauchêne , Marie-Dominique Devignes
Bioinformatics Advances, 2023, 3 (1), ⟨10.1093/bioadv/vbad081⟩
Article dans une revue hal-04210856v1
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Docking of RNA Hairpin on Protein Using a Fragment-Based Method

 Antoine Moniot , Rohit Roy , Yann Guermeur , Isaure Chauvot de Beauchêne
JOBIM 2020 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2020, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-02927185v1
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Inferring Epsilon-nets of Finite Sets in a RKHS

 Antoine Moniot , Isaure Chauvot de Beauchêne , Yann Guermeur
Advances in Self-Organizing Maps, Learning Vector Quantization, Clustering and Data Visualization. WSOM - 2022, Jul 2022, Prague, Czech Republic. pp.53-62, ⟨10.1007/978-3-031-15444-7_6⟩
Communication dans un congrès hal-03651323v1
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EROS-DOCK for Pairwise and Multi-body Protein-Protein Docking

 Maria-Elisa Ruiz-Echartea , Isaure Chauvot de Beauchêne , David Ritchie
Journée MASIM2019 (Méthodes Algorithmiques pour les Structures et Interactions Macromoléculaires), Nov 2019, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02391973v1
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Accelerating Protein Docking Calculations using the ATTRACT Coarse­-Grained Force Field and 3D Rotation Maps

 Maria Elisa Ruiz­ Echartea , Isaure Chauvot de Beauchêne , David Ritchie
GGMM 2017 - Groupe de Graphisme et Modélisation Moléculaire, May 2017, Reims, France
Poster de conférence hal-01927271v1

Vers un nouveau traitement des mucopolysaccharidoses ? Recherche d’inhibiteurs de la β1,4-galactosyltransférase 7 (β4GalT7) par des approches combinées de criblage expérimental et virtuel

 Sandrine Gulberti , Isabelle Bertin-Jung , Isaure Chauvot de Beauchêne , Christel Valencia-Schmitt , Pascal Villa , et al.
Colloque Régional de la Fondation Maladies Rares, Feb 2020, Strasbourg, France
Poster de conférence hal-02946974v1
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The First 3D Model of the Full-Length KIT Cytoplasmic Domain Reveals a New Look for an Old Receptor

 François Inizan , Myriam Hanna , Maxim Stolyarchuk , Isaure Chauvot de Beauchêne , Luba Tchertanov
Scientific Reports, 2020, ⟨10.1038/s41598-020-62460-7⟩
Article dans une revue hal-03000379v1
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Characterization of a relaxase belonging to the MOBT family, a widespread family in Firmicutes mediating the transfer of ICEs

 Nicolas Soler , Emilie Robert , Isaure Chauvot de Beauchêne , Philippe Monteiro , Virginie Libante , et al.
Mobile DNA, 2019, 10 (1), pp.1-16. ⟨10.1186/s13100-019-0160-9⟩
Article dans une revue hal-02138843v1

Cryo-EM Data Are Superior to Contact and Interface Information in Integrative Modeling

 Sjoerd Jacob de Vries , Isaure Chauvot de Beauchêne , Christina Eva Maria Schindler , Martin Zacharias
Biophysical Journal, 2016, ⟨10.1016/j.bpj.2015.12.038⟩
Article dans une revue hal-01505863v1

A web interface for easy flexible protein-protein docking with ATTRACT

 Sjoerd Jacob de Vries , Christina Eva Maria Schindler , Isaure Chauvot de Beauchêne , Martin Zacharias
Biophysical Journal, 2015, ⟨10.1016/j.bpj.2014.12.015⟩
Article dans une revue hal-01505828v1
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Data-driven identification of structural patterns associated with RNA binding in RNA Recognition Motif domains

 Hrishikesh Dhondge , Martínez Joel Roca , Vranken Wim , Marie-Dominique Devignes , Isaure Chauvot de Beauchêne
Student Council Symposium (SCS) 2021, Jul 2021, Virtual, France
Poster de conférence hal-03784168v1
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Singular Interface Dynamics of the SARS-CoV-2 Delta Variant Explained with Contact Perturbation Analysis

 Aria Gheeraert , Laurent Vuillon , Laurent Chaloin , Olivier Moncorgé , Thibaut Very , et al.
Journal of Chemical Information and Modeling, 2022, 62 (12), pp.3107-3122. ⟨10.1021/acs.jcim.2c00350⟩
Article dans une revue hal-03708020v1
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EROS: A Protein Docking Algorithm Using a Quaternion pi- Ball Representation for Exhaustive and Accelerated Exploration of 3D Rotational Space

 Maria-Elisa Ruiz-Echartea , Isaure Chauvot de Beauchêne , David Ritchie
GGMM (groupe de graphisme et modélisation moléculaire ), Apr 2019, Nice, France
Poster de conférence hal-02392106v1
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Agglomerative clustering of fragment 3D structures based on pairwise RMSD

 Antoine Moniot , Isaure Chauvot de Beauchêne , Yann Guermeur
ISMB ECCB 2021, Jul 2021, Virtual, France
Poster de conférence hal-03432682v1
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Modeling large protein–glycosaminoglycan complexes using a fragment‐based approach

 Sergey Samsonov , Martin Zacharias , Isaure Chauvot de Beauchêne
Journal of Computational Chemistry, 2019, 40 (14), pp.1429-1439. ⟨10.1002/jcc.25797⟩
Article dans une revue hal-02088192v1
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Protein-protein and peptide-protein docking and refinement using ATTRACT in CAPRI

 Christina Eva Maria Schindler , Isaure Chauvot de Beauchêne , Sjoerd Jacob de Vries , Martin Zacharias
Proteins: Structure, Function, and Genetics, 2017, ⟨10.1002/prot.25196⟩
Article dans une revue hal-01505867v1
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Fragment­ based modeling of protein­-GAG complexes

 Isaure Chauvot de Beauchêne , Sergey A Samsonov , Martin Zacharias
GGMM 2017 - 20e congrès du Groupe de Graphisme et Modelisation Moleculaire, May 2017, Reims, France. pp.1
Poster de conférence hal-01927283v1
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Exploration of DNA processing features unravels novel properties of ICE conjugation in Gram-positive bacteria

 Haifa Laroussi , Yanis Aoudache , Emilie Robert , Virginie Libante , Louise Thiriet , et al.
Nucleic Acids Research, 2022, 50 (14), pp.8127-8142. ⟨10.1093/nar/gkac607⟩
Article dans une revue hal-03881644v1
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NAfragDB: A Multi-Purpose Structural Database of Nucleic-Acid/Protein Complexes for Advances Users

 Antoine Moniot , Sjoerd de Vries , Dave Ritchie , Isaure Chauvot de Beauchêne
21e congrès du Groupe de graphisme et modélisation moléculaire (GGMM), Apr 2019, Nice, France
Communication dans un congrès hal-02393039v1

Characterization of S628N: a novel KIT mutation found in a metastatic melanoma

 Marina Vita , Julie C Tisserand , Isaure Chauvot de Beauchêne , Nicolas Panel , Luba Tchertanov , et al.
JAMA Dermatology, 2014, 150 (12), ⟨10.1001/jamadermatol.2014.1437⟩
Article dans une revue hal-01505849v1
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Hotspot mutations in KIT receptor differentially modulate its allosterically coupled conformational dynamics: impact on activation and drug sensitivity

 Ariane Allain , Isaure Chauvot de Beauchêne , Nicolas Panel , Elodie Laine , Alain Trouvé , et al.
PLoS Computational Biology, 2014, 10 (7), pp.e1003749. ⟨10.1371/journal.pcbi.1003749⟩
Article dans une revue hal-01505833v1
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Docking software performance in protein-glycosaminoglycan systems

 Urszula Uciechowska-Kaczmarzyk , Isaure Chauvot de Beauchêne , Sergey Samsonov
Journal of Molecular Graphics and Modelling, 2019, Journal of Molecular Graphics and Modelling, 90, pp.42-50. ⟨10.1016/j.jmgm.2019.04.001⟩
Article dans une revue hal-02391852v1
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New strategy for optimizing knowledge-based docking parameters: application to ssRNA-protein docking

 Anna Kravchenko , Malika Smaïl-Tabbone , Isaure Chauvot de Beauchêne , Sjoerd Jacob de Vries
JOBIM 2021 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France
Poster de conférence hal-03370998v1
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Modeling large protein–glycosaminoglycan complexes using a fragment‐based approach

 Isaure Chauvot de Beauchêne
2017
Pré-publication, Document de travail hal-01994476v1
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