Irène Mestre mène actuellement des recherches pour sa thèse sur les effets de la gestion communautaire des pâturages sur la résilience des communautés rurales au Kirghizistan. Elle travaille également sur les conflits liés aux ressources naturelles telles que les pâturages et l'eau d'irrigation au Kirghizistan et dans les zones frontalières (Tadjikistan-Kirghizistan).
Elle effectue sa thèse avec l'Université Jean Moulin-Lyon 3 (CRGA - UMR 5600) et avec le soutien de l'Institut Français d'Etudes sur l'Asie Centrale et du Centre pour le Développement et l'Environnement de Berne. Elle a également collaboré avec l'Université d'Asie Centrale (Bichkek, Kirghizistan) et différentes organisations non gouvernementales et organisations internationales.