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Hubert CHARLES (PR INSA-LYON, UMR INRAE BF2i)

Date et lieu de naissance : 3 novembre 1969 à Paris XIème Situation familiale : marié, 2 enfants Adresse personnelle : 38, rue Guillaume Apollinaire 69330 Meyzieu Tel: 04-78-31-40-66 Adresse professionnelle : Laboratoire de Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), UMR INRA/INSA de Lyon 203, INSA Bât Louis Pasteur, 69 621 Villeurbanne. Tel : 04-72-43-80-85, Fax : 04-72-43-85-34, Email : hubert.charles@insa-lyon.fr Grades et Titres 2018 : Chevalier dans l’ordre des Palmes académiques (09/01/2018) 2012 : Professeur des Universités. UMR BF2I, INRA, INSA-Lyon 203. Section CNU 65-Biologie Cellulaire. PES depuis 2001. 2007 : Qualification aux fonctions de Professeur des Universités en sections CNU 65-Biologie Cellulaire (07165178138), 67-Biologie des Populations et écologie (07167178138) et 68-Biologie des organismes (07168178138). 2006 : Habilitation à Diriger des Recherches soutenue le 12 avril 2006 à l’INSA de Lyon. Analyse du transcriptome de Buchnera aphidicola, la bactérie symbiotique du puceron Acyrthosiphon pisum. Depuis le 1er octobre 1998 : Maître de Conférences. Laboratoire de Biologie Fonctionnelle Insectes et Interactions (Directeur, Y. Rahbé), Titularisation le 01/09/99. 1998 : Stage Post-Doctoral d’avril à septembre. UMR CNRS 5558, Université Claude Bernard Lyon 1 (équipe de M. Gouy). Sujet : Méthodologie de reconstruction phylogénétique dans les symbioses intracellulaires (à fort taux de A+T et forte vitesse évolutive). 1997 : Stage Post-Doctoral d’octobre 97 à mars 98. Zoological Institute, Université de Tokyo, (équipe du Pr. H. Ishikawa). Sujet : Carte physique du génome de Buchnera aphidicola. 1997 : Thèse de Doctorat (Laboratoire de Biologie Appliquée INSA 406). Félicitations du Jury – Prix Malotau de Guerne 1997. Moniteur à l’Université Claude Bernard Lyon 1 (Biomathématiques). 1994 : DEA : «Analyse et Modélisation des Systèmes Biologiques». Mention Très Bien. 1993 : Professeur du Contingent en Biologie au Lycée militaire d’Autun. 1992 : INSA de Lyon, département de Biochimie. Diplôme d'ingénieur biochimiste. 1989 : Premier cycle INSA en section Sport-Etudes (Handball). (Français)

Journal articles35 documents

  • Mélanie Ribeiro Lopes, Nicolas Parisot, Karen Gaget, Cissy Huygens, Sergio Peignier, et al.. Evolutionary novelty in the apoptotic pathway of aphids. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2020, 117 (51), pp.32545-32556. ⟨10.1073/pnas.2013847117⟩. ⟨hal-03052353⟩
  • Jessika Consuegra, Théodore Grenier, Patrice Baa-Puyoulet, Isabelle Rahioui, Houssam Akherraz, et al.. Drosophila-associated bacteria differentially shape the nutritional requirements of their host during juvenile growth. PLoS Biology, Public Library of Science, 2020, 18 (3), pp.e3000681. ⟨10.1371/journal.pbio.3000681⟩. ⟨hal-02919023⟩
  • Jan Philip Oeyen, Patrice Bâa-Puyoulet, Joshua Benoit, Leo Beukeboom, Erich Bornberg-Bauer, et al.. Sawfly genomes reveal evolutionary acquisitions that fostered the mega-radiation of parasitoid and eusocial Hymenoptera. Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2020, 12 (7), pp.1099-1118. ⟨10.1093/gbe/evaa106⟩. ⟨hal-02618254⟩
  • Pierre Simonet, Karen Gaget, Severine Balmand, Mélanie Ribeiro Lopes, Nicolas Parisot, et al.. Bacteriocyte cell death in the pea aphid/ Buchnera symbiotic system. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2018, 115 (8), pp.E1819 - E1828. ⟨10.1073/pnas.1720237115⟩. ⟨hal-01768487⟩
  • Stefano Colella, Nicolas Parisot, Pierre Simonet, Karen Gaget, Gabrielle Duport, et al.. Bacteriocyte Reprogramming to Cope With Nutritional Stress in a Phloem Sap Feeding Hemipteran, the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum. Frontiers in Physiology, Frontiers, 2018, 9, pp.1498. ⟨10.3389/fphys.2018.01498⟩. ⟨hal-01905508⟩
  • Pierre Simonet, Gabrielle Duport, Karen Gaget, Michèle Weiss-Gayet, Stefano Colella, et al.. Direct flow cytometry measurements reveal a fine-tuning of symbiotic cell dynamics according to the host developmental needs in aphid symbiosis. Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2016, 6, pp.19967. ⟨10.1038/srep19967⟩. ⟨hal-01352561⟩
  • Pierre Simonet, Karen Gaget, Nicolas Parisot, Gabrielle Duport, Marjolaine Rey, et al.. Disruption of phenylalanine hydroxylase reduces adult lifespan and fecundity, and impairs embryonic development in parthenogenetic pea aphids. Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2016, 6, pp.1-12. ⟨10.1038/srep34321⟩. ⟨hal-01388523⟩
  • Patrice Baa-Puyoulet, Nicolas Parisot, Gérard Febvay, Jaime Huerta-Cepas, Augusto F Vellozo, et al.. ArthropodaCyc: a CycADS powered collection of BioCyc databases to analyse and compare metabolism of arthropods. Database - The journal of Biological Databases and Curation, Oxford University Press, 2016, pp.1-9. ⟨10.1093/database/baw081⟩. ⟨hal-01352558⟩
  • Panagiotis Sapountzis, Gabrielle Duport, Séverine Balmand, Karen Gaget, Stéphanie Jaubert-Possamai, et al.. New insight into the RNA interference response against cathepsin-L gene in the pea aphid, Acyrthosiphon pisum: Molting or gut phenotypes specifically induced by injection or feeding treatments.. Insect Biochemistry and Molecular Biology, Elsevier, 2014, 51, to be published. ⟨10.1016/j.ibmb.2014.05.005⟩. ⟨hal-01002574⟩
  • Lilia Brinza, Federica Calevro, Hubert Charles. Genomic analysis of the regulatory elements and links with intrinsic DNA structural properties in the shrunken genome of Buchnera. BMC Genomics, BioMed Central, 2013, 14 (1), pp.73. ⟨10.1186/1471-2164-14-73⟩. ⟨hal-00788161⟩
  • Andréane Rabatel, Gérard Febvay, Karen Gaget, Gabrielle Duport, Patrice Baa-Puyoulet, et al.. Tyrosine pathway regulation is host-mediated in the pea aphid symbiosis during late embryonic and early larval development. BMC Genomics, BioMed Central, 2013, 14 (1), pp.235. ⟨10.1186/1471-2164-14-235⟩. ⟨hal-00824527⟩
  • Cecilia Coimbra Klein, Ludovic Cottret, Janice Kielbassa, Hubert Charles, Christian Gautier, et al.. Exploration of the core metabolism of symbiotic bacteria. BMC Genomics, BioMed Central, 2012, 13 (1), pp.438. ⟨10.1186/1471-2164-13-438⟩. ⟨hal-00784396⟩
  • Hubert Charles, Séverine Balmand, Araceli Lamelas, Ludovic Cottret, Vicente Pérez-Brocal, et al.. A genomic reappraisal of symbiotic function in the aphid/buchnera symbiosis: reduced transporter sets and variable membrane organisations.. PLoS ONE, Public Library of Science, 2011, 6 (12), pp.e29096. ⟨10.1371/journal.pone.0029096⟩. ⟨hal-00659506⟩
  • Augusto F Vellozo, Amélie S Véron, Patrice Baa-Puyoulet, Jaime Huerta-Cepas, Ludovic Cottret, et al.. CycADS: an annotation database system to ease the development and update of BioCyc databases.. Database - The journal of Biological Databases and Curation, Oxford University Press, 2011, 2011, pp.bar008. ⟨10.1093/database/bar008⟩. ⟨hal-00632965⟩
  • José Viñuelas, Gérard Febvay, Marie-Gabrielle Duport, Stefano Colella, Jean-Michel Fayard, et al.. Multimodal dynamic response of the Buchnera aphidicola pLeu plasmid to variations in leucine demand of its host, the pea aphid Acyrthosiphon pisum. Molecular Microbiology, Wiley, 2011, 81 (5), pp.1271-1285. ⟨hal-02647020⟩
  • José Viñuelas, Gérard Febvay, Gabrielle Duport, Stefano Colella, Jean-Michel Fayard, et al.. Multimodal dynamic response of the Buchnera aphidicola pLeu plasmid to variations in leucine demand of its host, the pea aphid Acyrthosiphon pisum.. Molecular Microbiology, Wiley, 2011, 81 (5), pp.1271-1285. ⟨10.1111/j.1365-2958.2011.07760.x⟩. ⟨hal-00746846⟩
  • Ludovic Cottret, David Wildridge, Florence Vinson, Michael P Barrett, Hubert Charles, et al.. MetExplore: a web server to link metabolomic experiments and genome-scale metabolic networks.. Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2010, 38 (Web Server issue), pp.W132-7. ⟨10.1093/nar/gkq312⟩. ⟨hal-00690651⟩
  • Ludovic Cottret, Paulo Vieira Milreu, Vicente Acuña, Alberto Marchetti-Spaccamela, Leen Stougie, et al.. Graph-based analysis of the metabolic exchanges between two co-resident intracellular symbionts, Baumannia cicadellinicola and Sulcia muelleri, with their insect host, Homalodisca coagulata.. PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2010, 6 (9), epub ahead of print. ⟨10.1371/journal.pcbi.1000904⟩. ⟨hal-00690650⟩
  • Iagc The International Aphid Genomics Consortium, Federica Calevro, Hubert Charles, Stefano Colella, Gérard Febvay, et al.. Genome Sequence of the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum. PLoS Biology, Public Library of Science, 2010, 8 (2), pp.e1000313. ⟨10.1371/journal.pbio.1000313⟩. ⟨hal-00459970⟩
  • Lilia Brinza, Federica Calevro, Gabrielle Duport, Karen Gaget, Christian Gautier, et al.. Structure and dynamics of the operon map of Buchnera aphidicola sp. strain APS.. BMC Genomics, BioMed Central, 2010, 11 (666), pp.666. ⟨10.1186/1471-2164-11-666⟩. ⟨hal-00632959⟩
  • Sandrine Charles, Hubert Charles. Des espèces en nombre. Interstices, INRIA, 2009. ⟨hal-01350387⟩
  • John Bermingham, Andréane Rabatel, Federica Calevro, José Viñuelas, Gérard Febvay, et al.. Impact of host developmental age on the transcriptome of the symbiotic bacterium Buchnera aphidicola in the pea aphid (Acyrthosiphon pisum).. Applied and Environmental Microbiology, American Society for Microbiology, 2009, 75 (22), pp.7294-7. ⟨10.1128/AEM.01472-09⟩. ⟨hal-00445867⟩
  • Yvan Rahbé, Gérard Febvay, Stefano Colella, Hubert Charles, Federica Calevro. Un vieux couple inséparable à la conquête des plantes vasculaires : le puceron et Buchnera, sa bactérie symbiotique. Comptes Rendus de l'Académie d'Agriculture de France, Académie d'agriculture de France, 2009, 95 (5), pp.78-78. ⟨hal-02657684⟩
  • Lilia Brinza, José Viñuelas, Ludovic Cottret, Federica Calevro, Yvan Rahbé, et al.. Systemic analysis of the symbiotic function of Buchnera aphidicola, the primary endosymbiont of the pea aphid Acyrthosiphon pisum.. Comptes Rendus Biologies, Elsevier Masson, 2009, 332 (11), pp.1034-49. ⟨10.1016/j.crvi.2009.09.007⟩. ⟨hal-00445861⟩
  • José Viñuelas, Federica Calevro, Didier Remond, Jacques Bernillon, Yvan Rahbé, et al.. Conservation of the links between gene transcription and chromosomal organization in the highly reduced genome of Buchnera aphidicola.. BMC Genomics, BioMed Central, 2007, 8, pp.143. ⟨10.1186/1471-2164-8-143⟩. ⟨hal-00373371⟩
  • Yvan Rahbé, Hubert Charles, Federica Calevro, Jean-Christophe Simon, Claude Rispe. Unis pour survivre : les pucerons et leurs bactéries symbiotiques. Biofutur, Elsevier - Cachan : Lavoisier, 2007, 279, pp.49-52. ⟨hal-02655927⟩
  • Sandrine Louis, Bernard Delobel, Frédéric Gressent, Gabrielle Duport, Ousmane Diol, et al.. Broad screening of the legume family for variability in seed insecticidal activities and for the occurrence of the A1b-like knottin peptide entomotoxins.. Phytochemistry, Elsevier, 2007, 68 (4), pp.521-35. ⟨10.1016/j.phytochem.2006.11.032⟩. ⟨hal-00373359⟩
  • Nicolas Sauvion, Hubert Charles, Gérard Febvay, Yvan Rahbé. Effects of jackbean lectin (ConA) on the feeding behaviour and kinetics of intoxication of the pea aphid, Acyrthosiphon pisum. Entomologia Experimentalis et Applicata, Wiley, 2004, pp.31-44. ⟨hal-02670646⟩
  • Federica Calevro, Hubert Charles, Nancie Reymond, Vincent Dugas, Jean-Pierre Cloarec, et al.. Assessment of 35mer amino-modified oligonucleotide based microarray with bacterial samples.. Journal of Microbiological Methods, Elsevier, 2004, 57 (2), pp.207-18. ⟨10.1016/j.mimet.2004.01.009⟩. ⟨hal-00402180⟩
  • Ambre Grenier, Eric Wajnberg, Hubert Charles, Paul Nardon. Variabilité de facteurs biologiques et comportementaux dans les populations des trois espèces de Sitophilus (Coleoptera : Curculionidae) inféodées aux céréales et produits dérivés et leur importance dans la caractérisation des espèces. Annales de la Société Entomologique de France, Taylor & Francis, 2000, 36 (3), pp.223-238. ⟨hal-02691524⟩
  • Abdelaziz Heddi, Hubert Charles, Chaqué Khatchadourian, Guy Bonnot, Paul Nardon. Molecular characterization of the principal symbiotic bacteria of the weevil Sitophilus oryzae: A peculiar G + C content of an endocytobiotic DNA. Journal of Molecular Evolution, Springer Verlag, 1998, 47 (1), pp.52-61. ⟨10.1007/PL00006362⟩. ⟨hal-02695518⟩
  • Hubert Charles, Paul Nardon. La protéine Hsp60 : Chaperon moléculaire de la symbiose intracellulaire. Regard sur la biochimie, Société de chimie biologique, 1997, pp.17-23. ⟨hal-02686732⟩
  • Hubert Charles, Guy Condemine, C. Nardon, Paul Nardon. Genome size characterization of the principal endocellular symbiotic bacteria of the weevil Sitophilus oryzae, using pulsed field gel electrophoresis. Insect Biochemistry and Molecular Biology, Elsevier, 1997, 27 (4), pp.345-350. ⟨hal-02690399⟩
  • Hubert Charles, A. Heddi, J. Guillaud, C. Nardon, Paul Nardon. A molecular aspect of symbiotic interactions between the weevil Sitophilus oryzae and its endosymbiotic bacteria: Over-expression of a chaperonin. Biochemical and Biophysical Research Communications, Elsevier, 1997, 239 (3), pp.769-774. ⟨hal-02689055⟩
  • Hubert Charles, H. Ishikawa, Paul Nardon. Presence of a protein specific of endocytobiosis (symbionin) in the weevil Sitophilus. Comptes rendus de l’Académie des sciences. Série III, Sciences de la vie, Elsevier, 1995, 318, pp.35-41. ⟨hal-02707072⟩

Conference papers47 documents

  • Pierre Simonet, Marie-Gabrielle Duport, Karen Gaget, Michèle Weiss-Gayet, Stefano Colella, et al.. Coordination des dynamiques cellulaires entre bactériocytes et endosymbiotes au cours du développement des insectes : Une nouvelle approche par cytométrie en flux.. Réunion annuelle du REID (Réseau National Ecologie des Interactions Durables), Réseau Ecologie des Interactions Durables (REID). Montferrier/ Lez, FRA., Mar 2015, Villeurbanne, France. ⟨hal-02801005⟩
  • Patrice Bâa-Puyoulet, Mathieu Labernardiere, Nicolas Parisot, Jean-Pierre Gauthier, Gérard Febvay, et al.. From SymbAphidBase to SymbAphidCyc: two companion databases to study and compare aphid symbionts from genomes to metabolic pathways. JOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA). FRA., Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. 1 p. ⟨hal-01208786⟩
  • Mathieu Labernardiere, Patrice Bâa-Puyoulet, Jean-Pierre Gauthier, Gérard Febvay, Federica Calevro, et al.. SymbAphidBase : une base de données nouvelle dédiée aux symbiotes de pucerons pour stocker et visualiser les génomes séquencés en standardisant leurs annotations. 7. Rencontres du réseau Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Réseau Biologie Adaptative des Pucerons et des Organismes Associés (BAPOA). Le Rheu, FRA., Nov 2014, Avignon, France. 1 p. ⟨hal-01208785⟩
  • Hubert Charles. CycADS, BioCyc et MetExplore, une suite d’outils pour la reconstruction, l’exploration et la comparaison de réseaux métaboliques. 1. Atelier Reconstruction de réseaux métaboliques : du génome à la matrice de stoechiométrie, BioSyL. Villeurbanne, FRA. PRES Université de Lyon., Feb 2014, Villeurbanne, France. ⟨hal-02792176⟩
  • Pierre Simonet, Marie-Gabrielle Duport, Karen Gaget, Michèle Weiss-Gayet, Stefano Colella, et al.. Dynamique de la cellule bactériocytaire et des populations symbiotiques au cours du développement du puceron du pois. 7. Rencontres du réseau Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Réseau Biologie Adaptative des Pucerons et des Organismes Associés (BAPOA). Le Rheu, FRA., Nov 2014, Avignon, France. ⟨hal-02795335⟩
  • Patrice Baa-Puyoulet, Augusto F. Vellozo, Jaime Huerta-Cepas, Gérard Febvay, Toni Gabaldon, et al.. The CycADS annotation database system to support the development and update of enriched BioCyc databases. Development of ad hoc BioCyc DB : AcypiCyc, ArthopodaCyc. 13. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (INRIA). Rennes, FRA., Jul 2012, Rennes, France. Pagination multiple. ⟨hal-02747415⟩
  • Lilia Brinza, Federica Calevro, Hubert Charles. Analyse génomique des éléments régulateurs et des propriétés structurales intrinsèques de l'ADN dans le génome réduit de Buchnera. 5. Réunion Réseau BAPOA, Réseau Biologie Adaptative des Pucerons et des Organismes Associés (BAPOA). FRA., Nov 2012, Villeurbanne, France. 22 diapos. ⟨hal-02808160⟩
  • Federica Calevro, Stefano Colella, Gérard Febvay, Hubert Charles. Key genes for symbiosis and development in an emerging genomic model, the pea aphid. Séminaire invité au Dipartimento di Fisiologia e Biochimica, Università di Pisa / Scuola Normale Superiore di Pisa, Universita degli studi di Pisa. Dipartimento di Fisiologia e Biochimica, Pisa, ITA., 2012, Pisa, Italy. ⟨hal-02804850⟩
  • Andréane Rabatel, Marie-Gabrielle Duport, Karen Gaget, Hubert Charles, Gérard Febvay, et al.. Phénotypes induits par l'inactivation fonctionnelle par RNAi du gène ACYPY007803 (phényalanine hydroxylase) chez le puceron du pois. 5. Réunion Réseau BAPOA, Réseau Biologie Adaptative des Pucerons et des Organismes Associés (BAPOA). FRA., Nov 2012, Villeurbanne, France. ⟨hal-02805915⟩
  • Cecilia Coimbra Klein, Ludovic Cottret, Hubert Charles, Christian Gautier, Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos, et al.. Absence of a core metabolic network common to symbiotic bacteria. 6. Meeting GDRE-RA Comparative genomics, Nov 2011, Lyon, France. 33 diapositives. ⟨hal-02806316⟩
  • Cecilia Klein, Ludovic Cottret, Hubert Charles, Christian Gautier, Ana T Vasconcelos, et al.. Metabolic network comparison of bacteria in the context of symbiosis. Otto Warburg International Summer School and Research Symposium on Evolutionary Genomics, 2011, Berlin, Germany. ⟨hal-00748784⟩
  • Hubert Charles, Séverine Balmand, Araceli Lamelas, Ludovic Cottret, Vicente Pérez-Brocal, et al.. Réévaluation génomique de la fonction de transport chez Buchnera, endocytobiote des pucerons : une faible diversité de transporteurs et une organisation membranaire variable. 4. Réunion Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés, Réseau Biologie Adaptative des Pucerons et des Organismes Associés (BAPOA). FRA., Nov 2011, Paris, France. ⟨hal-02808863⟩
  • Marie-France Sagot, Patrice Baa-Puyoulet, Augusto F Vellozo, Jaime Huerta-Cepas, Gérard Febvay, et al.. ArthropodaCyc: a BioCyc database powered by CycADS to study and compare the metabolism of arthropods. 5th Annual Arthropod Genomics Symposium "Arthropod Genomics 2011: Exploring Diversity, Relating Similarity", Jun 2011, Kansas City, United States. ⟨hal-00748601⟩
  • Andréane Rabatel, Gérard Febvay, Karen Gaget, Gabrielle Duport, Nadia Bendridi, et al.. Integration of metabolic pathways and host regulation in symbiosis: tyrosine and cuticular protein biosynthesis during the pea aphid embryonic development. Sixth International Symposium on Molecular Insect Science, 2011, Amsterdam, Netherlands. ⟨hal-00748785⟩
  • Andréane Rabatel, Gérard Febvay, Karen Gaget, Marie-Gabrielle Duport, Yvan Rahbé, et al.. Transcriptome analysis of embryo development in a parthenogenetic and symbiotic insect model, the pea aphid. IPG'10 Integrative Post-Genomics, Centre Jacques Cartier. Lyon, FRA., Nov 2011, Lyon, France. ⟨hal-02814211⟩
  • Hubert Charles, Stefano Colella, Federica Calevro, Gérard Febvay, Yvan Rahbé, et al.. Exploration génomique et fonctionnelle des insectes et de leurs partenaires symbiotiques. Journée Sciences Croisées "Modélisation et Sciences Numériques : nouveaux instruments et opportunités", Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon). Conseil Scientifique de l'INSA, Villeurbanne, FRA., Oct 2010, Villeurbanne, France. n. p. ⟨hal-02804281⟩
  • Hubert Charles, Lilia Brinza. Exploring the regulatory network of Buchnera aphidicola: a case-study of genome evolution in a symbiotic context. Séminaire Rhône-Alpin de Modélisation du Vivant, Jun 2010, Villeurbanne, France. n. p. ⟨hal-02814726⟩
  • Hubert Charles, Lilia Brinza, Federica Calevro. Chromosome organization and gene expression regulation in Buchnera aphidicola, the obligate intracellular bacteria of the pea aphid Acyrthosiphon pisum. 58. Annual Meeting of the Entomological Society of America, Entomological Society of America (ESA). Annapolis, MD, USA., Dec 2010, San Diego, CA, United States. ⟨hal-02757719⟩
  • Andréane Rabatel, Gérard Febvay, Karen Gaget, Marie-Gabrielle Duport, Yvan Rahbé, et al.. Characterization of partenogenetic embryo development in the context of symbiosis using transcriptome analysis in the pea aphid model. EMBO Workshop on Systems Biology of Development, EMBO. Heidelberg, DEU., Aug 2010, Ascona, Switzerland. 1 p. ⟨hal-01231279⟩
  • Andréane Rabatel, Gérard Febvay, Karen Gaget, Marie-Gabrielle Duport, Yvan Rahbé, et al.. Caractérisation transcriptomique du développement embryonnaire et larvaire du puceron du pois Acyrthosiphon pisum. 16. Colloque de Biologie de l’Insecte, Oct 2010, Lyon, France. 126 p. ⟨hal-02755293⟩
  • Nicolas Parisot, Karen Gaget, Stefano Colella, Andréane Rabatel, Federica Calevro, et al.. Annotation et évolution des familles de transporteurs chez le puceron du pois (Acyrthosiphon pisum). 3. Réunion Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (0203)., Oct 2010, Lyon, France. n. p. ⟨hal-02818835⟩
  • Yvan Rahbé, Nicolas Parisot, Karen Gaget, Stefano Colella, Andréane Rabatel, et al.. Genomic analysis of the transport function in the symbiotic system of the pea aphid Acyrthosiphon pisum. 5. Meeting GDRE-RA "Comparative genomics", Institut d'Estudis Catalans (IEC). Barcelona, ESP., Nov 2010, Barcelone, Spain. n. p. ⟨hal-02823073⟩
  • Panagiotis Sapountzis, Marie-Gabrielle Duport, Karen Gaget, Séverine Balmand, Gérard Febvay, et al.. Individual and compartment specific response to RNAi in aphids: each individual matters. 3. Réunion Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (0203)., Oct 2010, Lyon, France. ⟨hal-02821530⟩
  • Yvan Rahbé, Denis Tagu, Guy Condemine, Emmanuel Guiderdoni, Federica Calevro, et al.. Aphicibles : Symbiosis, digestion and reproduction as aphid physiological processes to identify new targets for insecticides. Genoplante 2010, Agence Nationale de la Recherche (ANR). Paris, FRA., Mar 2010, Avignon, France. 40 diapos. ⟨hal-02824684⟩
  • Aurore Gallot, Grégory Guernec, Stefano Colella, Hubert Charles, Stéphanie Jaubert-Possamai, et al.. Genes regulated in early embryogenesis during the switch from parthenogenetic to sexual reproduction in the pea aphid (Acyrthosiphon pisum). 4. Annual Arthropod Genomics Symposium on “Arthropod Genomics: New Approaches and Outcomes”, Kansas State University. Center for Genomic Studies on Arthropods Affecting Human, Animal & Plant Health, Manhattan, USA., Jun 2010, Kansas City, United States. ⟨hal-02755037⟩
  • Augusto Vellozo, Patrice Baa-Puyoulet, A. Véron, J. Huerta-Cepas, Ludovic Cottret, et al.. CycADS : an annotation management system for the development and update of BioCyc metabolic network databases. 1. International Workshop on Information Systems for Insect Pests, 2009, Rennes, novembre 2009, France. ⟨hal-02824448⟩
  • A. Vellozo, Patrice Baa-Puyoulet, A. Veron, Jaime Huerta-Cepas, Ludovic Cottret, et al.. CycADS: an annotation management system for the development and update of BioCyc metabolic network databases. 1st International Workshop on Information Systems for Insect Pests, Rennes, FRANCE, 2009, France. ⟨hal-00496032⟩
  • Federica Calevro, Stefano Colella, Gérard Febvay, Hubert Charles, Yvan Rahbé. Un vieux couple à la conquête des plantes vasculaires : le puceron et sa bactérie symbiotique. Séance commune Académie Agriculture et Académie des Sciences, Académie d'Agriculture de France (AAF). Paris, FRA., Dec 2009, Paris, France. 23 diapos. ⟨hal-02824438⟩
  • Stefano Colella, Augusto Vellozo, Ludovic Cottret, Gérard Febvay, Federica Calevro, et al.. AcypiCyc (Acyrthosiphon pisumCyc database) and CycADS (CycAnnotation Database System) : moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses. 8. International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), 2009, Catania, juin 2009, Italy. ⟨hal-02814863⟩
  • A.C.C. Wilson, P. Ashton, Federica Calevro, Hubert Charles, Stefano Colella, et al.. Genomic insight into the amino acid relations of the pea aphid with its symbiotic bacterium Buchnera aphidicola. 8th International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), Catania, juin 2009, Italy, 2009, Italy. ⟨hal-00497625⟩
  • Lilia Brinza, Federica Calevro, Hubert Charles. Fate of transcription units in the reductive evolution of the genome of Buchnera aphidicola. 6th International Symbiosis Society Congress (6 ISS 2009) Madison, Wisconsin USA, August 9-15 2009, Aug 2009, United States. ⟨hal-00497818⟩
  • S.J. Macdonald, J. Ramsey, G. Jander, Atsushi Nakabachi, G.H. Thomas, et al.. The power of combining genome annotation and systems level modeling.. 5th Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 2", Barcelona, Espagne, Juin 2009, Jun 2009, Spain. ⟨hal-00498405⟩
  • Stefano Colella, A. Vellozo, Ludovic Cottret, Gérard Febvay, Federica Calevro, et al.. The Acyrthosiphon pisum Cyc database (AcypiCyc) created using a novel BioCyc Annotation Database System (CycADS): a useful tool to explore and study the pea aphid metabolism. 5th Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 2, Barcelona, Espagne, juin 2009, Jun 2009, France. ⟨hal-00498411⟩
  • Stefano Colella, Augusto Vellozo, Ludovic Cottret, Gérard Febvay, Federica Calevro, et al.. AcypiCyc (Acyrthosiphon pisumCyc database) and CycADS (CycAnnotation Database System) : moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses. Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, 2009, Paris, juin 2009, France. ⟨hal-02815123⟩
  • Stefano Colella, Augusto Vellozo, Ludovic Cottret, Gérard Febvay, Federica Calevro, et al.. The Acyrthosiphon pisum Cyc database (AcypiCyc) created using a novel BioCyc Annotation Database System (CycADS): a useful tool to explore and study the pea aphid metabolism. 5. Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 2", 2009, Barcelona (juin 2009), Spain. ⟨hal-02815751⟩
  • Stefano Colella, Augusto Vellozo, Ludovic Cottret, Gérard Febvay, Federica Calevro, et al.. AcypiCyc (Acyrthosiphon pisum Cyc database) : a model database to visualize and study the metabolic network underlying the pea aphid-Buchnera symbiosis. 6. International Symbiosis Society (ISS) Congress, 2009, Madison, août 2009, United States. ⟨hal-02814342⟩
  • Andréane Rabatel, Nadia Bendridi, - Duport, G., Marjolaine Rey, Stefano Colella, et al.. Metabolic requirements in essential amino acids in parthenogenetic pea aphid embryos. 8. International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), 2009, Catania, juin 2009, Italy. ⟨hal-02820893⟩
  • Andréane Rabatel, Nadia Bendridi, G. Duport, Marjolaine Rey, Stefano Colella, et al.. Besoins en acides aminés des embryons de femelles parthénogénétiques du puceron du pois. Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, 2009, Paris juin 2009, France. ⟨hal-02816969⟩
  • Andréane Rabatel, Nadia Bendridi, Gabrielle Duport, Marjolaine Rey, Stefano Colella, et al.. Besoins en acides aminés des embryons de femelles parthénogénétiques du puceron du pois.. Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, Jun 2009, PARIS, France. ⟨hal-00511624⟩
  • Augusto Vellozo, Stefano Colella, Ludovic Cottret, Gérard Febvay, Federica Calevro, et al.. Development of the Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) : from genome sequence to metabolic network analyses. Integrative Post-Genomics - IPG'08, 2008, Lyon, novembre 2008, France. ⟨hal-02821711⟩
  • Hubert Charles, Guillaume Beslon, Federica Calevro, J.F. Boulicaut, Jean-Michel Fayard, et al.. Les réseaux métaboliques et génétiques. Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant", 2008, Villeurbanne, juillet 2008, France. ⟨hal-02818952⟩
  • J.F. Boulicaut, Federica Calevro, Hubert Charles, Jean-Michel Fayard, Gérard Febvay, et al.. Transcriptomique. Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant", 2008, Villeurbanne, juillet 2008, France. ⟨hal-02823302⟩
  • Guillaume Beslon, Federica Calevro, Hubert Charles, Jean-Michel Fayard, Carole Knibbe, et al.. Evolution des organismes bactériens. Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant", Jul 2008, Villeurbanne, France. 12 diapos. ⟨hal-02822501⟩
  • Stefano Colella, Augusto Vellozo, L. Cottret, Gérard Febvay, Federica Calevro, et al.. Annotation of metabolism genes : towads the implementation of an Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) to perform metabolic network analyses. 4. Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 1", 2008, Princetown, juillet 2008, United States. ⟨hal-02818508⟩
  • Hubert Charles, Federica Calevro, Stefano Colella, Jean-Michel Fayard, Gérard Febvay, et al.. Caractérisation et modélisation de la « fonction symbiotique » de Buchnera aphidicola chez le puceron du pois Acyrthosiphon pisum. Séminaire INRA AgroBI, 2008, Bordeaux, décembre 2008, France. ⟨hal-02824972⟩
  • Paul Nardon, Hubert Charles, A. Heddi. Un modèle de symbiose : Le charançon Sitophilus oryzae, implications évolutives. Colloque, Jan 1996, Lyon, France. ⟨hal-02770802⟩
  • Hubert Charles, A. Heddi, Paul Nardon. A chaperonin-like in the principal endocytobiotes of the weevil Sitophilus. 6. International colloquium, Sep 1995, Tübingen, Germany. ⟨hal-02769149⟩

Poster communications20 documents

  • Patrice Baa-Puyoulet, Augusto Vellozo, Jaime Huerta-Cepas, Gérard Febvay, Federica Calevro, et al.. Annotating arthropods genome to study and compare their metabolism: the ArthropodaCyc collection of Cyc databases powered by CycADS. 13. European Conference on Computational Biology (ECCB), Sep 2014, Strasbourg, France. 1 p., 2014. ⟨hal-02798101⟩
  • Mathieu Labernardiere, Patrice Baa-Puyoulet, Jean-Pierre Gauthier, Gérard Febvay, Federica Calevro, et al.. SymbAphidBase: a new database dedicated to aphid symbionts to store novel sequenced genomes and standardize their annotations. 13. European Conference on Computational Biology (ECCB), Sep 2014, Strasbourg, France. 1 p., 2014. ⟨hal-02798649⟩
  • Floriant Bellvert, Federica Calevro, Hubert Charles, Stefano Colella, Gérard Febvay, et al.. Génomique fonctionnelle des interactions bactérie / hôte eucaryote : intégration systémique de données génomiques et métaboliques. Journée de la FR41 BioEnvironnement et Santé, Feb 2014, Villeurbanne, France. 1 p., 2014. ⟨hal-02791821⟩
  • Pierre Simonet, Karen Gaget, Marjolaine Rey, Marie-Gabrielle Duport, Hubert Charles, et al.. Métabolisme de la tyrosine et développement parthénogénétique chez le puceron du pois : la fonction centrale de la phenylalanine hydroxylase. 7. Rencontres du réseau Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2014, Avignon, France. 2014. ⟨hal-02795333⟩
  • Pierre Simonet, Panagiotis Sapountzis, Marie-Gabrielle Duport, Séverine Balmand, Karen Gaget, et al.. Cathepsin-L proteinase is involved in cuticle remodeling during the molting process in the pea aphid, Acyrthosiphon pisum. 7. International Symposium on Molecular Insect Science, Jul 2014, Amsterdam, Netherlands. 1 p., 2014. ⟨hal-02797200⟩
  • Pierre Simonet, Karen Gaget, Marjolaine Rey, Marie-Gabrielle Duport, Hubert Charles, et al.. Tyrosine metabolism and parthenogenetic development in a symbiotic insect, the pea aphid: the central function of phenylalanine hydroxylase. 7. International Symposium on Molecular Insect Science, Jul 2014, Amsterdam, Netherlands. 1 p., 2014. ⟨hal-02792558⟩
  • Pierre Simonet, Panagiotis Sapountzis, Marie-Gabrielle Duport, Séverine Balmand, Karen Gaget, et al.. Implication de la cathepsine-L dans le remodelage cuticulaire durant le processus de mue chez le puceron du pois, Acyrthosiphon pisum. 7. Rencontres du réseau Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2014, Avignon, France. 2014. ⟨hal-02795332⟩
  • Patrice Baa-Puyoulet, Augusto Vellozo, Jaime Huerta-Cepas, Gérard Febvay, Toni Gabaldon, et al.. The CycADS annotation database system to support the development and update of enriched BioCyc databases. Development of ad hoc BioCyc DB : AcypiCyc, ArthopodaCyc. 5. Réunion Réseau BAPOA, Nov 2012, Villeurbanne, France. 2012. ⟨hal-02806092⟩
  • Patrice Baa-Puyoulet, Augusto Vellozo, Jaime Huerta-Cepas, Gérard Febvay, Toni Gabaldon, et al.. “ArthropodaCyc”: a BioCyc database powered by CycADS to study and compare the metabolism of arthropods. 5. Annual Arthropod Genomics Symposium “Arthropod Genomics 2011: Exploring Diversity, Relating Similarity”, Jun 2011, Kansas City, United States. 33 p., 2011, Fifth Annual Arthropod Genomics Symposium. ⟨hal-02749029⟩
  • Patrice Baa-Puyoulet, Augusto Vellozo, Jaime Huerta-Cepas, Gérard Febvay, Toni Gabaldon, et al.. Using the “CycADS” annotation management system to develop a BioCyc metabolic network database for sequenced arthropods genomes: first steps towards “ArthropodsCyc”. Rencontres bioinformaticiens et statisticiens de l’INRA, Mar 2011, Versailles, France. 1 p., 2011. ⟨hal-02806205⟩
  • Andréane Rabatel, Gérard Febvay, Karen Gaget, Marie-Gabrielle Duport, Nadia Bendridi, et al.. Integration of metabolic pathways and host regulation in symbiosis: tyrosine and cuticular protein biosynthesis during the pea aphid embryonic development. 6. International Symposium on Molecular Insect Science, Oct 2011, Amsterdam, Netherlands. Elsevier, 2011,  . ⟨hal-02747829⟩
  • Andréane Rabatel, Gérard Febvay, Karen Gaget, Marie-Gabrielle Duport, Nadia Bendridi, et al.. Integration of metabolic pathways and host regulation in symbiosis: tyrosine and cuticular protein biosynthesis during the pea aphid embryonic development. 4. Réunion Réseau BAPOA, Nov 2011, Paris, France. 1 p., 2011. ⟨hal-02805925⟩
  • Ludovic Cottret, David Wildridge, Florence Vinson, Michael P. Barrett, Marie-France Sagot, et al.. MetExplore: a web server to link metabolomic experiments and genome-scale metabolic networks. JOBIM 2010, Sep 2010, Montpellier, France. 1 p., 2010, JOBIM 2010 Montpellier, Journée Ouvertes Biologie Informatique Mathématique, Montpellier, France, 7 - 9 septembre 2010. ⟨hal-02821730⟩
  • Augusto Vellozo, Patrice Baa-Puyoulet, Jaime Huerta-Cepas, Gérard Febvay, Federica Calevro, et al.. Using the “CycADS” annotation management system to develop a BioCyc metabolic network database for sequenced arthropods genomes: first steps towards “ArthropodsCyc”. 4. Annual Arthropod Genomics Symposium on “Arthropod Genomics: New Approaches and Outcomes”, Jun 2010, Kansas City, United States. 45 p., 2010, Fourth Annual Arthropod Genomics Symposium. ⟨hal-02753908⟩
  • Fabrice Legeai, Stefano Colella, Jaime Huerta-Cepas, Jean-Pierre Gauthier, Augusto Vellozo, et al.. A tale of genome, annotations, metabolism and phylogenomics: the pea aphid genome resources. 10. Cold Spring Harbor Laboratory / Wellcome Trust conference on Genome Informatics, Sep 2010, Hinxton, United Kingdom. 1 p., 2010. ⟨hal-01231276⟩
  • Panagiotis Sapountzis, Marie-Gabrielle Duport, Karen Gaget, Séverine Balmand, Stéphanie Jaubert-Possamai, et al.. Réponse tissu-spécifique au traitement par RNAi chez le puceron du pois : une étude cinétique à l’échelle de l’individu. 16. Colloque de Biologie de l’Insecte, Oct 2010, Lyon, France. 126 p., 2010, CB-2010 : 16ème Colloque de Biologie de l'Insecte, Lyon, 18 au 20 octobre 2010. ⟨hal-02755004⟩
  • Panagiotis Sapountzis, Marie-Gabrielle Duport, Karen Gaget, Thomas Horn, Michael Boutros, et al.. Single insect and tissue compartment specific response to RNAi microinjection in aphids: each individual matters. 4. Annual Arthropod Genomics Symposium on “Arthropod Genomics: New Approaches and Outcomes”, Jun 2010, Kansas City, United States. 45 p., 2010, Fourth Annual Arthropod Genomics Symposium. ⟨hal-02755252⟩
  • Nicolas Parisot, Karen Gaget, Stefano Colella, Andréane Rabatel, Federica Calevro, et al.. Analyse génomique de la fonction de transport dans le système symbiotique du puceron du pois Acyrthosiphon pisum. 16. Colloque de Biologie de l’Insecte, Oct 2010, Lyon, France. 126 p., 2010, CBI-2010 : 16ème Colloque de Biologie de l’Insecte, Lyon, 18 au 20 octobre 2010. ⟨hal-02755294⟩
  • Panagiotis Sapountzis, Marie-Gabrielle Duport, Karen Gaget, Thomas Horn, Michael Boutros, et al.. Single insect and tissue compartment specific response to RNAi microinjection in aphids: each individual matters. 4. Annual Arthropod Genomics Symposium on “Arthropod Genomics: New Approaches and Outcomes”, Jun 2010, Kansas City, United States. 1 p., 2010. ⟨hal-02820936⟩
  • Lilia Brinza, Federica Calevro, Marie-Gabrielle Duport, Yvan Rahbé, Pedro da Silva, et al.. Evolution of the regulatory network in Buchnera aphidicola, the obligate intracellular symbiotic bacteria of aphids. 18. Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution, Apr 2010, Lyon, France. 1 p., 2010. ⟨hal-02811608⟩

Book sections3 documents

  • Hubert Charles, Federica Calevro. Définition des séquences sonde pour la PCR et pour les puces à ADN. Denis Tagu and Jean-Loup Risler. Bioinformatique : Principes d'utilisation des outils, Edition Quae, pp.190-198, 2010. ⟨hal-00748569⟩
  • Hubert Charles, Federica Calevro. Définition des séquences sonde pour la PCR et pour les puces à ADN. Bioinformatique : Principes d’utilisation des outils, Editions Quae, 272 p., 2010, Savoir Faire (Quae), 978-2-7592-0870-8 978-2-7592-0870-8. ⟨hal-02813659⟩
  • A. Heddi, Hubert Charles, Yvan Rahbé. Comparative and phylogenetic aspects of two insect endosymbioses : aphids and weevils. Cost 819. Entomopathogenic nematodes. Taxonomy, phylogeny and gnotobiological studies of entomopathogenic nematode bacterium complexes, 1999. ⟨hal-02839808⟩

Preprints, Working Papers, ...1 document

  • Nicolas Parisot, Carlos Vargas-Chavez, Clément Goubert, Patrice Baa-Puyoulet, Séverine Balmand, et al.. The genome of the cereal pest Sitophilus oryzae : a transposable element haven. 2021. ⟨hal-03320933⟩

Theses1 document

  • Hubert Charles. Aspects moléculaires de la bactérie symbiotique principale du charançon des céréales Sitophilus oryzae (Coléoptère, Curculionidae) et études de ses interactions avec l'hôte.. Sciences du Vivant [q-bio]. INSA de Lyon, 1997. Français. ⟨tel-00482251⟩

Habilitation à diriger des recherches1 document

  • Hubert Charles. Analyse du transcriptome de Buchnera aphidicola, la bactérie symbiotique du puceron Acyrthosiphon pisum. Sciences du Vivant [q-bio]. INSA de Lyon, 2006. ⟨tel-00482270⟩