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Hubert Charles

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Identifiants chercheurs

Présentation

Etat Civil ========== *Date et lieu de naissance* : 3 novembre 1969 à Paris XIème *Situation familiale* : marié, 2 enfants *Adresse personnelle* : 38, rue Guillaume Apollinaire 69330 Meyzieu Tel: 06 31 06 75 04 **Site personnel** : [La biodiversité derrière ma porte ](http://biodiversite-derriere-ma-porte.fr) ou retrouvez-moi sur [iNaturalist](https://www.inaturalist.org/lifelists/hub69330?view=tree&details_view=observations&tree_mode=full_taxonomy) *Adresse professionnelle* : Laboratoire de Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), UMR INRA/INSA de Lyon 203, INSA Bât Louis Pasteur, 69 621 Villeurbanne. Tel : 04-72-43-80-74, Email : hubert.charles@insa-lyon.fr Grades et Titres ================ > **2018 :** Chevalier dans l’ordre des Palmes académiques (09/01/2018) > > **2012 :** Professeur des Universités. UMR BF2I, INRA, INSA-Lyon 203. Section CNU 65-Biologie Cellulaire. > > **2007** : Qualification aux fonctions de Professeur des Universités en sections CNU 65-Biologie Cellulaire (07165178138), 67-Biologie des Populations et écologie (07167178138) et 68-Biologie des organismes (07168178138). > > **2006** : Habilitation à Diriger des Recherches soutenue le 12 avril 2006 à l’INSA de Lyon. Analyse du transcriptome de *Buchnera aphidicola*, la bactérie symbiotique du puceron *Acyrthosiphon pisum*. > > **Depuis le** **1er octobre 1998 :** Maître de Conférences. Laboratoire de Biologie Fonctionnelle Insectes et Interactions (Directeur, Y. Rahbé), Titularisation le 01/09/99. > > **1998** : Stage Post-Doctoral d’avril à septembre. UMR CNRS 5558, Université Claude Bernard Lyon 1 (équipe de M. Gouy). *Sujet* : Méthodologie de reconstruction phylogénétique dans les symbioses intracellulaires (à fort taux de A+T et forte vitesse évolutive). > > **1997** : Stage Post-Doctoral d’octobre 97 à mars 98. Zoological Institute, Université de Tokyo, (équipe du Pr. H. Ishikawa). *Sujet* : Carte physique du génome de *Buchnera aphidicola*. > > **1997** : Thèse de Doctorat (Laboratoire de Biologie Appliquée INSA 406). Félicitations du Jury – Prix Malotau de Guerne 1997. Moniteur à l’Université Claude Bernard Lyon 1 (Biomathématiques). > > **1994** : DEA : «Analyse et Modélisation des Systèmes Biologiques». Mention Très Bien. > > **1993** : Professeur du Contingent en Biologie au Lycée militaire d’Autun. > > **1992** : INSA de Lyon, département de Biochimie. Diplôme d'ingénieur biochimiste. > > **1989** : Premier cycle INSA en section Sport-Etudes (Handball).
Civil status ============ *Date and place of birth* : November 3, 1969 in Paris XIth *Family status* : married, 2 children *Personal address* : 38, rue Guillaume Apollinaire 69330 Meyzieu Tel: 06 31 06 75 04 **Personnal website** : [La biodiversité derrière ma porte](http://biodiversite-derriere-ma-porte.fr) or find me at [iNaturalist](https://www.inaturalist.org/lifelists/hub69330?view=tree&details_view=observations&tree_mode=full_taxonomy) *Professional address* : Laboratoire de Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), UMR INRA/INSA de Lyon 203, INSA Bât Louis Pasteur, 69 621 Villeurbanne. Tel : 04-72-43-80-74, Email : hubert.charles@insa-lyon.fr Degrees and titles ================== **2018** : Knight in the order of the Academic Palms (09/01/2018) **2012** : Professor UMR BF2I, INRA, INSA-Lyon 203. Section CNU 65-Cellular Biology. **2007** : Qualification as University Professor in CNU sections 65-Cellular Biology (07165178138), 67-Population Biology and Ecology (07167178138) and 68-Organism Biology (07168178138). **2006** : Habilitation to supervise research defended on April 12, 2006 at INSA Lyon. Analysis of the transcriptome of *Buchnera aphidicola*, the symbiotic bacterium of the aphid *Acyrthosiphon pisum*. **Since October 1, 1998**: Senior Lecturer. Laboratory of Functional Biology of Insects and Interactions (Director, Y. Rahbé), Tenure on 01/09/99. **1998** : Post-Doctoral internship from April to September. UMR CNRS 5558, University Claude Bernard Lyon 1 (M. Gouy's team). Subject : Methodology of phylogenetic reconstruction in intracellular symbioses (with high A+T rate and high evolutionary speed). **1997** : Post-Doctoral internship from October 97 to March 98. Zoological Institute, University of Tokyo, (team of Pr. H. Ishikawa). Subject : Physical map of the genome of *Buchnera aphidicola*. **1997** : PhD thesis (Laboratory of Applied Biology INSA 406). Congratulations of the Jury - Malotau de Guerne Prize 1997. Instructor at the University Claude Bernard Lyon 1 (Biomathematics). **1994** : DEA : "Analysis and Modeling of Biological Systems". Mention Very Good. **1993** : Professor of Biology at the Lycée militaire of Autun. **1992** : INSA of Lyon, department of Biochemistry. Diploma of biochemical engineer. **1989** : First cycle INSA in Sport-Etudes section (Handball).

Publications

801411
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Exploration of the core metabolism of symbiotic bacteria

Cecilia Coimbra Klein , Ludovic Cottret , Janice Kielbassa , Hubert Charles , Christian Gautier
BMC Genomics, 2012, 13 (1), pp.438. ⟨10.1186/1471-2164-13-438⟩
Article dans une revue hal-00784396v1
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A genomic reappraisal of symbiotic function in the aphid/buchnera symbiosis: reduced transporter sets and variable membrane organisations.

Hubert Charles , Severine Balmand , Araceli Lamelas , Ludovic Cottret , Vicente Pérez-Brocal
PLoS ONE, 2011, 6 (12), pp.e29096. ⟨10.1371/journal.pone.0029096⟩
Article dans une revue hal-00659506v1
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CycADS: an annotation database system to ease the development and update of BioCyc databases.

Augusto F Vellozo , Amélie S Véron , Patrice Baa-Puyoulet , Jaime Huerta-Cepas , Ludovic Cottret
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2011, 2011, pp.bar008. ⟨10.1093/database/bar008⟩
Article dans une revue hal-00632965v1
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Graph-based analysis of the metabolic exchanges between two co-resident intracellular symbionts, Baumannia cicadellinicola and Sulcia muelleri, with their insect host, Homalodisca coagulata.

Ludovic Cottret , Paulo Vieira Milreu , Vicente Acuña , Alberto Marchetti-Spaccamela , Leen Stougie
PLoS Computational Biology, 2010, 6 (9), epub ahead of print. ⟨10.1371/journal.pcbi.1000904⟩
Article dans une revue hal-00690650v1
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MetExplore: a web server to link metabolomic experiments and genome-scale metabolic networks.

Ludovic Cottret , David Wildridge , Florence Vinson , Michael P Barrett , Hubert Charles
Nucleic Acids Research, 2010, 38 (Web Server issue), pp.W132-7. ⟨10.1093/nar/gkq312⟩
Article dans une revue hal-00690651v1

Systemic analysis of the symbiotic function of Buchnera aphidicola, the primary endosymbiont of the pea aphid Acyrthosiphon pisum.

Lilia Brinza , José Viñuelas , Ludovic Cottret , Federica Calevro , Yvan Rahbé
Comptes Rendus Biologies, 2009, 332 (11), pp.1034-49. ⟨10.1016/j.crvi.2009.09.007⟩
Article dans une revue hal-00445861v1

Réévaluation génomique de la fonction de transport chez Buchnera, endocytobiote des pucerons : une faible diversité de transporteurs et une organisation membranaire variable

Hubert Charles , Severine Balmand , Araceli Lamelas , Ludovic Cottret , Vicente Pérez-Brocal
4. Réunion Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés, Réseau Biologie Adaptative des Pucerons et des Organismes Associés (BAPOA). FRA., Nov 2011, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02808863v1
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Absence of a core metabolic network common to symbiotic bacteria

Cecilia Coimbra Klein , Ludovic Cottret , Hubert Charles , Christian Gautier , Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos
6. Meeting GDRE-RA Comparative genomics, Nov 2011, Lyon, France. 33 diapositives
Communication dans un congrès hal-02806316v1

Metabolic network comparison of bacteria in the context of symbiosis

Cecilia C. Klein , Ludovic Cottret , Hubert Charles , Christian Gautier , Ana T Vasconcelos
Otto Warburg International Summer School and Research Symposium on Evolutionary Genomics, 2011, Berlin, Germany
Communication dans un congrès hal-00748784v1

The Acyrthosiphon pisum Cyc database (AcypiCyc) created using a novel BioCyc Annotation Database System (CycADS): a useful tool to explore and study the pea aphid metabolism

Stefano Colella , A. Vellozo , Ludovic Cottret , Gérard Febvay , Federica Calevro
5th Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 2, Barcelona, Espagne, juin 2009, Jun 2009, France
Communication dans un congrès hal-00498411v1

AcypiCyc (Acyrthosiphon pisumCyc database) and CycADS (CycAnnotation Database System) : moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses

Stefano Colella , Augusto Vellozo , Ludovic Cottret , Gérard Febvay , Federica Calevro
Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, 2009, Paris, juin 2009, France
Communication dans un congrès hal-02815123v1

AcypiCyc (Acyrthosiphon pisum Cyc database) : a model database to visualize and study the metabolic network underlying the pea aphid-Buchnera symbiosis

Stefano Colella , Augusto Vellozo , Ludovic Cottret , Gérard Febvay , Federica Calevro
6. International Symbiosis Society (ISS) Congress, 2009, Madison, août 2009, United States
Communication dans un congrès hal-02814342v1

AcypiCyc (Acyrthosiphon pisum Cyc database) and CycADS (Cyc Annotation Database System): moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses

Stefano Colella , A. Vellozo , L. Cottret , G. Febvay , Federica Calevro
8th International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), 2009, Catania (Italie), juin 2009, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391280v1

CycADS: an annotation management system for the development and update of BioCyc metabolic network databases

A. Vellozo , Patrice Baa-Puyoulet , A. Veron , Jaime Huerta-Cepas , Ludovic Cottret
1st International Workshop on Information Systems for Insect Pests, Rennes, FRANCE, 2009, France
Communication dans un congrès hal-00496032v1

AcypiCyc (Acyrthosiphon pisumCyc database) and CycADS (CycAnnotation Database System) : moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses

Stefano Colella , Augusto Vellozo , Ludovic Cottret , Gérard Febvay , Federica Calevro
8. International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), 2009, Catania, juin 2009, Italy
Communication dans un congrès hal-02814863v1

Caractérisation et modélisation de la « fonction symbiotique » de Buchnera aphidicola chez le puceron du pois Acyrthosiphon pisum

Hubert Charles , Federica Calevro , Stefano Colella , Jean-Michel Fayard , Gérard Febvay
Séminaire INRA AgroBI, 2008, Bordeaux, décembre 2008, France
Communication dans un congrès hal-02824972v1

Development of the Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) : from genome sequence to metabolic network analyses

Augusto Vellozo , Stefano Colella , Ludovic Cottret , Gérard Febvay , Federica Calevro
Integrative Post-Genomics - IPG'08, 2008, Lyon, novembre 2008, France
Communication dans un congrès hal-02821711v1

Interactions trophiques dans la symbiose puceron - Buchnera : Régulations transcriptionnelles de la réponse à la carence en acides aminés essentiels

Federica Calevro , H. Charles , J.M. Fayard , G. Febvay , Yvan Rahbé
Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, 2008, Paris (France), janvier 2008, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391259v1

Caractérisation et modélisation de la « fonction symbiotique » de Buchnera aphidicola chez le puceron du pois Acyrthosiphon pisum

H. Charles , Federica Calevro , Stefano Colella , J.M. Fayard , G. Febvay
Séminaire INRA AgroBI, 2008, Bordeaux (France), décembre 2008, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391273v1

Development of the Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc): from genome sequence to metabolic network analyses

A. Vellozo , Stefano Colella , L. Cottret , G. Febvay , Federica Calevro
Integrative Post-Genomics - IPG'08, 2008, Lyon (France), novembre 2008, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391519v1

Annotation of metabolism genes: towads the implementation of an Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) to perform metabolic network analyses

Stefano Colella , A. Vellozo , L. Cottret , G. Febvay , Federica Calevro
4th Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 1", 2008, Princetown (USA), juillet 2008, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391279v1

Recherche de précurseurs dans un réseau métabolique

L. Cottret , Vicente Acuna , H. Charles , M.F. Sagot
Réseaux d'interaction : analyse, modélisation et simulation (RIAMS), 2007, Villeurbanne (France), novembre 2007, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391288v1

SymBioCyc: Metabolic data on endosymbiotic, parasitic and free bacteria

L. Cottret , H. Charles , M.F. Sagot
Integrative Post-Genomics - IPG'07, 2007, Lyon (France), novembre 2007, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391290v1

Regulation of expression following nutritional stresses in the reduced genome of Buchnera aphidicola, "Is there any life left?"

Yvan Rahbé , H. Charles , J. Vinuelas , N. Reymond , Federica Calevro
Seminarios del Institut Cavanilles de Biodiversitat i Biologia Evolutiva (ICBiBE) - Univ. Valencia (ESP), 2007, Valencia (Espagne), juin 2007, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391505v1

Régulation génétique et métabolique chez Buchnera aphidicola (AgroBi 2006)

L. Cottret , L. Brinza , J. Vinuelas , G. Duport , Federica Calevro
Journée INRA-INRIA "Insertion des mathématiques dans les approches biologiques : du gène à l'organisme", 2006, Lyon (France), décembre 2006, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391289v1

MetExplore: a web server to link metabolomic experiments and genome-scale metabolic networks

Ludovic Cottret , David Wildridge , Florence Vinson , Michael P. Barrett , Marie-France Sagot
JOBIM 2010, Sep 2010, Montpellier, France. , 1 p., 2010, JOBIM 2010 Montpellier, Journée Ouvertes Biologie Informatique Mathématique, Montpellier, France, 7 - 9 septembre 2010
Poster de conférence hal-02821730v1

Annotation of metabolism genes : towads the implementation of an Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) to perform metabolic network analyses

Stefano Colella , Augusto Vellozo , L. Cottret , Gérard Febvay , Federica Calevro
4. Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 1", 2008, Princetown, juillet 2008, United States. 2008
Poster de conférence hal-02818508v1