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Hubert Charles

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Identifiants chercheurs

Présentation

Etat Civil ========== *Date et lieu de naissance* : 3 novembre 1969 à Paris XIème *Situation familiale* : marié, 2 enfants *Adresse personnelle* : 38, rue Guillaume Apollinaire 69330 Meyzieu Tel: 06 31 06 75 04 **Site personnel** : [La biodiversité derrière ma porte ](http://biodiversite-derriere-ma-porte.fr) ou retrouvez-moi sur [iNaturalist](https://www.inaturalist.org/lifelists/hub69330?view=tree&details_view=observations&tree_mode=full_taxonomy) *Adresse professionnelle* : Laboratoire de Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), UMR INRA/INSA de Lyon 203, INSA Bât Louis Pasteur, 69 621 Villeurbanne. Tel : 04-72-43-80-74, Email : hubert.charles@insa-lyon.fr Grades et Titres ================ > **2018 :** Chevalier dans l’ordre des Palmes académiques (09/01/2018) > > **2012 :** Professeur des Universités. UMR BF2I, INRA, INSA-Lyon 203. Section CNU 65-Biologie Cellulaire. > > **2007** : Qualification aux fonctions de Professeur des Universités en sections CNU 65-Biologie Cellulaire (07165178138), 67-Biologie des Populations et écologie (07167178138) et 68-Biologie des organismes (07168178138). > > **2006** : Habilitation à Diriger des Recherches soutenue le 12 avril 2006 à l’INSA de Lyon. Analyse du transcriptome de *Buchnera aphidicola*, la bactérie symbiotique du puceron *Acyrthosiphon pisum*. > > **Depuis le** **1er octobre 1998 :** Maître de Conférences. Laboratoire de Biologie Fonctionnelle Insectes et Interactions (Directeur, Y. Rahbé), Titularisation le 01/09/99. > > **1998** : Stage Post-Doctoral d’avril à septembre. UMR CNRS 5558, Université Claude Bernard Lyon 1 (équipe de M. Gouy). *Sujet* : Méthodologie de reconstruction phylogénétique dans les symbioses intracellulaires (à fort taux de A+T et forte vitesse évolutive). > > **1997** : Stage Post-Doctoral d’octobre 97 à mars 98. Zoological Institute, Université de Tokyo, (équipe du Pr. H. Ishikawa). *Sujet* : Carte physique du génome de *Buchnera aphidicola*. > > **1997** : Thèse de Doctorat (Laboratoire de Biologie Appliquée INSA 406). Félicitations du Jury – Prix Malotau de Guerne 1997. Moniteur à l’Université Claude Bernard Lyon 1 (Biomathématiques). > > **1994** : DEA : «Analyse et Modélisation des Systèmes Biologiques». Mention Très Bien. > > **1993** : Professeur du Contingent en Biologie au Lycée militaire d’Autun. > > **1992** : INSA de Lyon, département de Biochimie. Diplôme d'ingénieur biochimiste. > > **1989** : Premier cycle INSA en section Sport-Etudes (Handball).
Civil status ============ *Date and place of birth* : November 3, 1969 in Paris XIth *Family status* : married, 2 children *Personal address* : 38, rue Guillaume Apollinaire 69330 Meyzieu Tel: 06 31 06 75 04 **Personnal website** : [La biodiversité derrière ma porte](http://biodiversite-derriere-ma-porte.fr) or find me at [iNaturalist](https://www.inaturalist.org/lifelists/hub69330?view=tree&details_view=observations&tree_mode=full_taxonomy) *Professional address* : Laboratoire de Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), UMR INRA/INSA de Lyon 203, INSA Bât Louis Pasteur, 69 621 Villeurbanne. Tel : 04-72-43-80-74, Email : hubert.charles@insa-lyon.fr Degrees and titles ================== **2018** : Knight in the order of the Academic Palms (09/01/2018) **2012** : Professor UMR BF2I, INRA, INSA-Lyon 203. Section CNU 65-Cellular Biology. **2007** : Qualification as University Professor in CNU sections 65-Cellular Biology (07165178138), 67-Population Biology and Ecology (07167178138) and 68-Organism Biology (07168178138). **2006** : Habilitation to supervise research defended on April 12, 2006 at INSA Lyon. Analysis of the transcriptome of *Buchnera aphidicola*, the symbiotic bacterium of the aphid *Acyrthosiphon pisum*. **Since October 1, 1998**: Senior Lecturer. Laboratory of Functional Biology of Insects and Interactions (Director, Y. Rahbé), Tenure on 01/09/99. **1998** : Post-Doctoral internship from April to September. UMR CNRS 5558, University Claude Bernard Lyon 1 (M. Gouy's team). Subject : Methodology of phylogenetic reconstruction in intracellular symbioses (with high A+T rate and high evolutionary speed). **1997** : Post-Doctoral internship from October 97 to March 98. Zoological Institute, University of Tokyo, (team of Pr. H. Ishikawa). Subject : Physical map of the genome of *Buchnera aphidicola*. **1997** : PhD thesis (Laboratory of Applied Biology INSA 406). Congratulations of the Jury - Malotau de Guerne Prize 1997. Instructor at the University Claude Bernard Lyon 1 (Biomathematics). **1994** : DEA : "Analysis and Modeling of Biological Systems". Mention Very Good. **1993** : Professor of Biology at the Lycée militaire of Autun. **1992** : INSA of Lyon, department of Biochemistry. Diploma of biochemical engineer. **1989** : First cycle INSA in Sport-Etudes section (Handball).

Publications

nicolas-parisot
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Differential responses of Ceratitis capitata to infection by the entomopathogenic fungus Purpureocillium lilacinum

Wafa Djobbi , Meriem Msaad Guerfali , Agnès Vallier , Kamel Charaabi , Hubert Charles
PLoS ONE, 2023, 18 (9), pp.e0286108. ⟨10.1371/journal.pone.0286108⟩
Article dans une revue hal-04227067v1
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Evolutionary novelty in the apoptotic pathway of aphids

Mélanie Ribeiro Lopes , Nicolas Parisot , Karen Gaget , Cissy Huygens , Sergio Peignier
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2020, 117 (51), pp.32545-32556. ⟨10.1073/pnas.2013847117⟩
Article dans une revue hal-03052353v1
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Drosophila-associated bacteria differentially shape the nutritional requirements of their host during juvenile growth

Jessika Consuegra , Théodore Grenier , Patrice Baa-Puyoulet , Isabelle Rahioui , Houssam Akherraz
PLoS Biology, 2020, 18 (3), pp.e3000681. ⟨10.1371/journal.pbio.3000681⟩
Article dans une revue hal-02919023v1
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Sawfly genomes reveal evolutionary acquisitions that fostered the mega-radiation of parasitoid and eusocial Hymenoptera

Jan Philip Oeyen , Patrice Baa-Puyoulet , Joshua Benoit , Leo Beukeboom , Erich Bornberg-Bauer
Genome Biology and Evolution, 2020, 12 (7), pp.1099-1118. ⟨10.1093/gbe/evaa106⟩
Article dans une revue hal-02618254v1
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Bacteriocyte Reprogramming to Cope With Nutritional Stress in a Phloem Sap Feeding Hemipteran, the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum

Stefano Colella , Nicolas Parisot , Pierre Simonet , Karen Gaget , Gabrielle Duport
Frontiers in Physiology, 2018, 9, pp.1498. ⟨10.3389/fphys.2018.01498⟩
Article dans une revue hal-01905508v1
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Bacteriocyte cell death in the pea aphid/ Buchnera symbiotic system

Pierre Simonet , Karen Gaget , Severine Balmand , Mélanie Ribeiro Lopes , Nicolas Parisot
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2018, 115 (8), pp.E1819 - E1828. ⟨10.1073/pnas.1720237115⟩
Article dans une revue hal-01768487v1
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ArthropodaCyc: a CycADS powered collection of BioCyc databases to analyse and compare metabolism of arthropods

Patrice Baa-Puyoulet , Nicolas Parisot , Gérard Febvay , Jaime Huerta-Cepas , Augusto F Vellozo
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2016, pp.1-9. ⟨10.1093/database/baw081⟩
Article dans une revue hal-01352558v1
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Disruption of phenylalanine hydroxylase reduces adult lifespan and fecundity, and impairs embryonic development in parthenogenetic pea aphids

Pierre Simonet , Karen Gaget , Nicolas Parisot , Gabrielle Duport , Marjolaine Rey
Scientific Reports, 2016, 6, pp.1-12. ⟨10.1038/srep34321⟩
Article dans une revue hal-01388523v1

A genome-wide annotation of transcription factors in the pea aphid, Acyrthosiphon pisum, and the related database, ATFdb

Nicolas Parisot , Mélanie Ribeiro Lopes , Hubert Charles , Sergio Peignier , Patrice Baa-Puyoulet
BAPOA 2023 - 13e Rencontre du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés, Nov 2023, Villeurbanne, France
Communication dans un congrès hal-04524595v1

Analysis of the inhibitor of aPoptosis (IAP) repertoire in insects reveals a complex pattern of gene losses and amplifications

Mélanie Ribeiro Lopes , Jousselin Emmanuelle , Patrice Baa-Puyoulet , C. Huygens , Karen Gaget
Incontri di diversità delle forme e degli animali, Università di Pisa, 2021, Pisa, Italy
Communication dans un congrès hal-03514196v1

Analysis of the Inhibitor of aPoptosis (IAP) repertoire in insects reveals a complex pattern of gene losses and amplifications

Mélanie Ribeiro Lopes , Nicolas Parisot , Sergio Peignier , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport
Webinaires BAPOA 2021, 2021, Villeurbanne (virtual), France
Communication dans un congrès hal-03514209v1

IAP (Inhibitor-of-Apoptosis Protein) gene family expansion and functional diversification in aphids

Mélanie Ribeiro Lopes , Nicolas Parisot , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Abdelaziz Heddi
UK-France joint Meeting Aphid Special Interest Group – BAPOA, Apr 2019, Rothamsted, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-03512999v1

Rôle clé du bactériocyte dans la résilience du puceron aux stress nutritionnels

Federica Calevro , Nicolas Parisot , Mélanie Ribeiro Lopes , Stefano Colella , Karen Gaget
11ème Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2018, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-03514026v1

Bacteriocyte reprogramming to cope with nutritional stress in a phloem sap feeding hemipteran, the pea aphid Acyrthosiphon pisum

Nicolas Parisot , Mélanie Ribeiro Lopes , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Patrice Baa-Puyoulet
France-Israel PRC Meeting – The role of metabolic interactions in shaping the bacterial endosymbiotic community of Hemyptera, Nov 2018, Villeurbanne, France
Communication dans un congrès hal-03514051v1

Another way to die for bacteriocytes in the aphid/Buchnera symbiotic system

Mélanie Ribeiro Lopes , Pierre Simonet , Karen Gaget , Severine Balmand , Kurt Buhler
Journée des doctorants du département SPE, Jun 2018, Nice, France
Communication dans un congrès hal-03510629v1

A novel cell death process is involved in the elimination of bacteriocytes and their symbionts through aphid aging

Mélanie Ribeiro Lopes , Pierre Simonet , Karen Gaget , Severine Balmand , Nicolas Parisot
France-Israel PRC Meeting – The role of metabolic interactions in shaping the bacterial endosymbiotic community of Hemyptera, Nov 2018, Villeurbanne, France
Communication dans un congrès hal-03514078v1

Bacteriocyte reprogramming to cope with nutritional stress in a phloem sap feeding hemipteran, the pea aphid Acyrthosiphon pisum

Nicolas Parisot , Stefano Colella , Mélanie Ribeiro Lopes , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport
International Partner Days, Oct 2018, Villeurbanne (INSA-Lyon), France
Communication dans un congrès hal-03514034v1

Expansion of genes encoding Apoptosis Inhibitor Proteins (IAPs) and their role in a novel bacteriocyte cell death process in aphid symbiosis

Mélanie Ribeiro Lopes , Nicolas Parisot , Karen Gaget , Pierre Simonet , Severine Balmand
22. Evolutionary Biology Meeting, Sep 2018, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-03509938v1

Life history traits and tissue-specific gene expression changes underlying the symbiotic pea aphid resilience to a tyrosine and phenylalanine depleted diet

Nicolas Parisot , Pierre Simonet , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Patrice Baa-Puyoulet
9. Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2016, Amiens, France
Communication dans un congrès hal-03506796v1

The long-term relationship with Buchnera aphidicola imposes another way to die for Acyrthosiphon pisum bacteriocytes

Pierre Simonet , Severine Balmand , Karen Gaget , Karine Buhler , Nicolas Parisot
9. Réunion annuelle du Réseau BAPOA (Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés), Nov 2016, Amiens, France
Communication dans un congrès hal-03506794v1

Une nouvelle forme de mort cellulaire impliquée dans la dégénérescence des cellules bactériocytaires chez le puceron du pois, Acyrthosiphon pisum

Pierre Simonet , Severine Balmand , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Nicolas Parisot
18. Colloque Biologie de l'Insecte, Jun 2016, Tours, France
Communication dans un congrès hal-03506790v1
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From SymbAphidBase to SymbAphidCyc: two companion databases to study and compare aphid symbionts from genomes to metabolic pathways

Patrice Baa-Puyoulet , Mathieu Labernardiere , Nicolas Parisot , Jean-Pierre Gauthier , Gérard Febvay
JOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA). FRA., Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-01208786v1

Genomic analysis of the transport function in the symbiotic system of the pea aphid Acyrthosiphon pisum

Yvan Rahbé , Nicolas Parisot , Karen Gaget , Stefano Colella , Andréane Rabatel
5. Meeting GDRE-RA "Comparative genomics", Institut d'Estudis Catalans (IEC). Barcelona, ESP., Nov 2010, Barcelone, Spain. n. p
Communication dans un congrès hal-02823073v1

Annotation et évolution des familles de transporteurs chez le puceron du pois (Acyrthosiphon pisum)

Nicolas Parisot , Karen Gaget , Stefano Colella , Andréane Rabatel , Federica Calevro
3. Réunion Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (0203)., Oct 2010, Lyon, France. n. p
Communication dans un congrès hal-02818835v1

Genome assembly of the cereal aphid Sipha maydis, a model for the study of dual endosymbiosis in insects

François Renoz , Nicolas Parisot , Patrice Baa-Puyoulet , Léo Gerlin , Samir Fakhour
13e Rencontre du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2023, Villeurbanne, France
Poster de conférence hal-04524568v1

From genomes to metabolism reconstruction: companion collections of databases to study symbiotic interactions between insects and their bacterial symbionts.

Patrice Baa-Puyoulet , Nicolas Parisot , Sergio Peignier , Federica Calevro , Hubert Charles
12. Rencontre du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), May 2022, Nice, France
Poster de conférence hal-03810352v1

High-throughput genomics and transcriptomics to decipher host-symbiont molecular dialogue in the cereal weevil Sitophilus oryzae andSodalis pierantonius endosymbiotic association

Nicolas Parisot , Mariana Galvão Ferrarini , Clément Goubert , Carlos Vargas-Chávez , Agnès Vallier
ISS 2022 - 10th Congress of the International Symbiosis Society, Jul 2022, Lyon, France
Poster de conférence hal-03810657v1

From genomes to metabolism reconstruction: companion collections of databases to study symbiotic interactions between insects and their bacterial symbionts

Patrice Baa-Puyoulet , Nicolas Parisot , Sergio Peignier , Federica Calevro , Hubert Charles
13. Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), 2020, Nice (virtuel), France
Poster de conférence hal-03514174v1

Bacteriocyte reprogramming to maintain organismal homeostasis under nutritional stress in aphid symbiosis

Nicolas Parisot , Stefano Colella , Pierre Simonet , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport
UK-France joint Meeting Aphid Special Interest Group – BAPOA, Apr 2019, Rothamsted, United Kingdom
Poster de conférence hal-03513048v1

Bacteriocyte reprogramming to cope with nutritional stress in a phloem sap feeding hemipteran, the pea aphid Acyrthosiphon pisum

Nicolas Parisot , Mélanie Ribeiro Lopes , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Patrice Baa-Puyoulet
UK-France joint Meeting Aphid Special Interest Group – BAPOA, Apr 2019, Harpenden, United Kingdom
Poster de conférence hal-03741333v1

A novel cell death process eliminates both bacteriocytes and their symbionts in the pea aphid/Buchnera symbiotic system

Mélanie Ribeiro Lopes , Pierre Simonet , Karen Gaget , Severine Balmand , Nicolas Parisot
UK-France joint Meeting Aphid Special Interest Group – BAPOA, Apr 2019, Rothamsted, United Kingdom
Poster de conférence hal-03513018v1

Bacteriocyte reprogramming to maintain organismal homeostasis under nutritional stress in aphid symbiosis

Nicolas Parisot , Stefano Colella , Pierre Simonet , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport
XIth European Congress of Entomology, Jul 2018, Naples, Italy
Poster de conférence hal-03509885v1

A novel cell death process eliminates both bacteriocytes and their symbionts in the pea aphid/Buchnera symbiotic system

Mélanie Ribeiro Lopes , Pierre Simonet , Karen Gaget , Severine Balmand , Nicolas Parisot
11. European Congress of Entomology, Jul 2018, Naples, Italy
Poster de conférence hal-03509913v1

Evaluating the essentiality of the primary endosymbiont of the rice weevil Sitophilus oryzae through genome analysis

Carlos Vargas-Chavez , Nicolas Parisot , C. Goubert , Patrice Baa-Puyoulet , Severine Balmand
VI Meeting of the Spanish Society for Evolutionary Biology (SESBE), Jan 2018, Palma de Mallorca, Spain
Poster de conférence hal-03514015v1

A novel cell death process eliminates both bacteriocytes and their symbionts in the pea aphid/Buchnera symbiotic system

Mélanie Ribeiro Lopes , Pierre Simonet , Karen Gaget , Severine Balmand , Nicolas Parisot
International Partner Days, Oct 2018, Villeurbanne (INSA-Lyon), France
Poster de conférence hal-03514067v1

The draft genome sequence of the rice weevil Sitophilus oryzae as a model to explore the host-symbiont interactions in a nascent stage of endosymbiosis

Carlos Vargas-Chavez , Nicolas Parisot , Clément Goubert , Patrice Baa-Puyoulet , Severine Balmand
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), Jun 2016, Lyon, France
Poster de conférence hal-03506786v1

Analyse génomique de la fonction de transport dans le système symbiotique du puceron du pois Acyrthosiphon pisum

Nicolas Parisot , Karen Gaget , Stefano Colella , Andréane Rabatel , Federica Calevro
16. Colloque de Biologie de l’Insecte, Oct 2010, Lyon, France. , 126 p., 2010, CBI-2010 : 16ème Colloque de Biologie de l’Insecte, Lyon, 18 au 20 octobre 2010
Poster de conférence hal-02755294v1