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248

Hubert CHARLES (PR INSA-LYON, UMR INRAE BF2i)


Civil status

Date and place of birth : November 3, 1969 in Paris XIth

Family status : married, 2 children

Personal address :
38, rue Guillaume Apollinaire
69330 Meyzieu
Tel: 06 31 06 75 04

Personnal website : La biodiversité derrière ma porte or find me at iNaturalist


Professional address :
Laboratoire de Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), UMR INRA/INSA de Lyon 203, INSA Bât Louis Pasteur, 69 621 Villeurbanne.
Tel : 04-72-43-80-74, Email : hubert.charles@insa-lyon.fr

Degrees and titles


    2018 : Knight in the order of the Academic Palms (09/01/2018)

    2012 : Professor UMR BF2I, INRA, INSA-Lyon 203. Section CNU 65-Cellular Biology.

    2007 : Qualification as University Professor in CNU sections 65-Cellular Biology (07165178138), 67-Population Biology and Ecology (07167178138) and 68-Organism Biology (07168178138).

    2006 : Habilitation to supervise research defended on April 12, 2006 at INSA Lyon. Analysis of the transcriptome of Buchnera aphidicola, the symbiotic bacterium of the aphid Acyrthosiphon pisum.

    Since October 1, 1998: Senior Lecturer. Laboratory of Functional Biology of Insects and Interactions (Director, Y. Rahbé), Tenure on 01/09/99.

    1998 : Post-Doctoral internship from April to September. UMR CNRS 5558, University Claude Bernard Lyon 1 (M. Gouy's team). Subject : Methodology of phylogenetic reconstruction in intracellular symbioses (with high A+T rate and high evolutionary speed).

    1997 : Post-Doctoral internship from October 97 to March 98. Zoological Institute, University of Tokyo, (team of Pr. H. Ishikawa). Subject : Physical map of the genome of Buchnera aphidicola.

    1997 : PhD thesis (Laboratory of Applied Biology INSA 406). Congratulations of the Jury - Malotau de Guerne Prize 1997. Instructor at the University Claude Bernard Lyon 1 (Biomathematics).

    1994 : DEA : "Analysis and Modeling of Biological Systems". Mention Very Good.

    1993 : Professor of Biology at the Lycée militaire of Autun.

    1992 : INSA of Lyon, department of Biochemistry. Diploma of biochemical engineer.

    1989 : First cycle INSA in Sport-Etudes section (Handball).


Journal articles54 documents

  • Nicolas Parisot, Carlos Vargas-Chávez, Clément Goubert, Patrice Baa-Puyoulet, Séverine Balmand, et al.. The transposable element-rich genome of the cereal pest Sitophilus oryzae. BMC Biology, BioMed Central, 2021, 19 (1), pp.1-29. ⟨10.1186/s12915-021-01158-2⟩. ⟨hal-03432029⟩
  • Sylvain Benhamou, Isabelle Rahioui, Hélène Henri, Hubert Charles, Pedro da Silva, et al.. Cytotype Affects the Capability of the Whitefly Bemisia tabaci MED Species To Feed and Oviposit on an Unfavorable Host Plant. mBio, American Society for Microbiology, 2021, 12 (6), pp.1-16. ⟨10.1128/mBio.00730-21⟩. ⟨hal-03432050⟩
  • Mélanie Ribeiro Lopes, Nicolas Parisot, Karen Gaget, Cissy Huygens, Sergio Peignier, et al.. Evolutionary novelty in the apoptotic pathway of aphids. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2020, 117 (51), pp.32545-32556. ⟨10.1073/pnas.2013847117⟩. ⟨hal-03052353⟩
  • Jessika Consuegra, Théodore Grenier, Patrice Baa-Puyoulet, Isabelle Rahioui, Houssam Akherraz, et al.. Drosophila-associated bacteria differentially shape the nutritional requirements of their host during juvenile growth. PLoS Biology, Public Library of Science, 2020, 18 (3), pp.e3000681. ⟨10.1371/journal.pbio.3000681⟩. ⟨hal-02919023⟩
  • Sandrine Charles, Hubert Charles. Modèles de croissance des micro-organismes, in Micro-organismes & biodiversité. Textes et documents pour la classe, SCEREN-CNDP (2002-2013), CANOPE (2014- ), INRDP (1967- ), 2020, Micro-organisme et Biodiversité, 1130, pp.60-63. ⟨hal-03505980⟩
  • Jan Philip Oeyen, Patrice Bâa-Puyoulet, Joshua Benoit, Leo Beukeboom, Erich Bornberg-Bauer, et al.. Sawfly genomes reveal evolutionary acquisitions that fostered the mega-radiation of parasitoid and eusocial Hymenoptera. Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2020, 12 (7), pp.1099-1118. ⟨10.1093/gbe/evaa106⟩. ⟨hal-02618254⟩
  • Stefano Colella, Nicolas Parisot, Pierre Simonet, Karen Gaget, Gabrielle Duport, et al.. Bacteriocyte Reprogramming to Cope With Nutritional Stress in a Phloem Sap Feeding Hemipteran, the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum. Frontiers in Physiology, Frontiers, 2018, 9, pp.1498. ⟨10.3389/fphys.2018.01498⟩. ⟨hal-01905508⟩
  • Pierre Simonet, Karen Gaget, Severine Balmand, Mélanie Ribeiro Lopes, Nicolas Parisot, et al.. Bacteriocyte cell death in the pea aphid/ Buchnera symbiotic system. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2018, 115 (8), pp.E1819 - E1828. ⟨10.1073/pnas.1720237115⟩. ⟨hal-01768487⟩
  • Pierre Simonet, Karen Gaget, Nicolas Parisot, Gabrielle Duport, Marjolaine Rey, et al.. Disruption of phenylalanine hydroxylase reduces adult lifespan and fecundity, and impairs embryonic development in parthenogenetic pea aphids. Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2016, 6, pp.1-12. ⟨10.1038/srep34321⟩. ⟨hal-01388523⟩
  • Patrice Baa-Puyoulet, Nicolas Parisot, Gérard Febvay, Jaime Huerta-Cepas, Augusto F Vellozo, et al.. ArthropodaCyc: a CycADS powered collection of BioCyc databases to analyse and compare metabolism of arthropods. Database - The journal of Biological Databases and Curation, Oxford University Press, 2016, pp.1-9. ⟨10.1093/database/baw081⟩. ⟨hal-01352558⟩
  • Pierre Simonet, Gabrielle Duport, Karen Gaget, Michèle Weiss-Gayet, Stefano Colella, et al.. Direct flow cytometry measurements reveal a fine-tuning of symbiotic cell dynamics according to the host developmental needs in aphid symbiosis. Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2016, 6, pp.19967. ⟨10.1038/srep19967⟩. ⟨hal-01352561⟩
  • Panagiotis Sapountzis, Gabrielle Duport, Séverine Balmand, Karen Gaget, Stéphanie Jaubert-Possamai, et al.. New insight into the RNA interference response against cathepsin-L gene in the pea aphid, Acyrthosiphon pisum: Molting or gut phenotypes specifically induced by injection or feeding treatments.. Insect Biochemistry and Molecular Biology, Elsevier, 2014, 51, to be published. ⟨10.1016/j.ibmb.2014.05.005⟩. ⟨hal-01002574⟩
  • Lilia Brinza, Federica Calevro, Hubert Charles. Genomic analysis of the regulatory elements and links with intrinsic DNA structural properties in the shrunken genome of Buchnera. BMC Genomics, BioMed Central, 2013, 14 (1), pp.73. ⟨10.1186/1471-2164-14-73⟩. ⟨hal-00788161⟩
  • Andréane Rabatel, Gérard Febvay, Karen Gaget, Gabrielle Duport, Patrice Baa-Puyoulet, et al.. Tyrosine pathway regulation is host-mediated in the pea aphid symbiosis during late embryonic and early larval development. BMC Genomics, BioMed Central, 2013, 14 (1), pp.235. ⟨10.1186/1471-2164-14-235⟩. ⟨hal-00824527⟩
  • Cecilia Coimbra Klein, Ludovic Cottret, Janice Kielbassa, Hubert Charles, Christian Gautier, et al.. Exploration of the core metabolism of symbiotic bacteria. BMC Genomics, BioMed Central, 2012, 13 (1), pp.438. ⟨10.1186/1471-2164-13-438⟩. ⟨hal-00784396⟩
  • José Viñuelas, Gérard Febvay, Gabrielle Duport, Stefano Colella, Jean-Michel Fayard, et al.. Multimodal dynamic response of the Buchnera aphidicola pLeu plasmid to variations in leucine demand of its host, the pea aphid Acyrthosiphon pisum.. Molecular Microbiology, Wiley, 2011, 81 (5), pp.1271-1285. ⟨10.1111/j.1365-2958.2011.07760.x⟩. ⟨hal-00746846⟩
  • Hubert Charles, Séverine Balmand, Araceli Lamelas, Ludovic Cottret, Vicente Pérez-Brocal, et al.. A genomic reappraisal of symbiotic function in the aphid/buchnera symbiosis: reduced transporter sets and variable membrane organisations.. PLoS ONE, Public Library of Science, 2011, 6 (12), pp.e29096. ⟨10.1371/journal.pone.0029096⟩. ⟨hal-00659506⟩
  • Augusto F Vellozo, Amélie S Véron, Patrice Baa-Puyoulet, Jaime Huerta-Cepas, Ludovic Cottret, et al.. CycADS: an annotation database system to ease the development and update of BioCyc databases.. Database - The journal of Biological Databases and Curation, Oxford University Press, 2011, 2011, pp.bar008. ⟨10.1093/database/bar008⟩. ⟨hal-00632965⟩
  • Iagc The International Aphid Genomics Consortium, Federica Calevro, Hubert Charles, Stefano Colella, Gérard Febvay, et al.. Genome Sequence of the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum. PLoS Biology, Public Library of Science, 2010, 8 (2), pp.e1000313. ⟨10.1371/journal.pbio.1000313⟩. ⟨hal-00459970⟩
  • A. C. C. Wilson, P. D. Ashton, F. Calevro, H. Charles, Stefano Colella, et al.. Genomic insight into the amino acid relations of the pea aphid, Acyrthosiphon pisum, with its symbiotic bacterium Buchnera aphidicola.. Insect Molecular Biology, Wiley, 2010, 19 Suppl 2 (S2), pp.249-58. ⟨10.1111/j.1365-2583.2009.00942.x⟩. ⟨hal-00539196⟩
  • Lilia Brinza, Federica Calevro, Gabrielle Duport, Karen Gaget, Christian Gautier, et al.. Structure and dynamics of the operon map of Buchnera aphidicola sp. strain APS.. BMC Genomics, BioMed Central, 2010, 11 (666), pp.666. ⟨10.1186/1471-2164-11-666⟩. ⟨hal-00632959⟩
  • Ludovic Cottret, David Wildridge, Florence Vinson, Michael P Barrett, Hubert Charles, et al.. MetExplore: a web server to link metabolomic experiments and genome-scale metabolic networks.. Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2010, 38 (Web Server issue), pp.W132-7. ⟨10.1093/nar/gkq312⟩. ⟨hal-00690651⟩
  • Ludovic Cottret, Paulo Vieira Milreu, Vicente Acuña, Alberto Marchetti-Spaccamela, Leen Stougie, et al.. Graph-based analysis of the metabolic exchanges between two co-resident intracellular symbionts, Baumannia cicadellinicola and Sulcia muelleri, with their insect host, Homalodisca coagulata.. PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2010, 6 (9), epub ahead of print. ⟨10.1371/journal.pcbi.1000904⟩. ⟨hal-00690650⟩
  • Lilia Brinza, José Viñuelas, Ludovic Cottret, Federica Calevro, Yvan Rahbé, et al.. Systemic analysis of the symbiotic function of Buchnera aphidicola, the primary endosymbiont of the pea aphid Acyrthosiphon pisum.. Comptes Rendus Biologies, Elsevier, 2009, 332 (11), pp.1034-49. ⟨10.1016/j.crvi.2009.09.007⟩. ⟨hal-00445861⟩
  • John Bermingham, Andréane Rabatel, Federica Calevro, José Viñuelas, Gérard Febvay, et al.. Impact of host developmental age on the transcriptome of the symbiotic bacterium Buchnera aphidicola in the pea aphid (Acyrthosiphon pisum).. Applied and Environmental Microbiology, American Society for Microbiology, 2009, 75 (22), pp.7294-7. ⟨10.1128/AEM.01472-09⟩. ⟨hal-00445867⟩
  • Yvan Rahbé, Gérard Febvay, Stefano Colella, Hubert Charles, Federica Calevro. Un vieux couple inséparable à la conquête des plantes vasculaires : le puceron et Buchnera, sa bactérie symbiotique. Comptes Rendus de l'Académie d'Agriculture de France, Académie d'agriculture de France, 2009, 95 (5), pp.78-78. ⟨hal-02657684⟩
  • Sandrine Charles, Hubert Charles. Des espèces en nombre. Interstices, INRIA, 2009. ⟨hal-01350387⟩
  • Sandrine Louis, Bernard Delobel, Frédéric Gressent, Gabrielle Duport, Ousmane Diol, et al.. Broad screening of the legume family for variability in seed insecticidal activities and for the occurrence of the A1b-like knottin peptide entomotoxins.. Phytochemistry, Elsevier, 2007, 68 (4), pp.521-35. ⟨10.1016/j.phytochem.2006.11.032⟩. ⟨hal-00373359⟩
  • José Viñuelas, Federica Calevro, Didier Remond, Jacques Bernillon, Yvan Rahbé, et al.. Conservation of the links between gene transcription and chromosomal organization in the highly reduced genome of Buchnera aphidicola.. BMC Genomics, BioMed Central, 2007, 8, pp.143. ⟨10.1186/1471-2164-8-143⟩. ⟨hal-00373371⟩
  • Yvan Rahbé, H. Charles, F. Calevro, Jean-Christophe Simon, C. Rispe. Unis pour survivre : les pucerons et leurs bactéries symbiotiques. Biofutur, Elsevier - Cachan : Lavoisier, 2007, 279, pp.49-52. ⟨hal-00391504⟩
  • N. Reymond, F. Calevro, J. Vinuelas, N. Morin, Yvan Rahbé, et al.. Different levels of transcriptional regulation due to trophic constraints in the reduced genome of Buchnera aphidicola APS. Applied and Environmental Microbiology, American Society for Microbiology, 2006, 72 (12), pp.7760-7766. ⟨10.1128/AEM.01118-06⟩. ⟨hal-00391509⟩
  • H. Charles, F. Calevro, J. Vinuelas, J.M. Fayard, Yvan Rahbé. Codon usage bias and tRNA over-expression in Buchnera aphidicola after aromatic amino acid nutritional stress on its host Acyrthosiphon pisum. Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2006, 34 (16), pp.4583-4592. ⟨10.1093/nar/gkl597⟩. ⟨hal-00391277⟩
  • F. Laforest, A. Tchounikine, T. Chaari, H. Charles, F. Calevro. SITRANS: a web information system for microarray experiments. Studies in Health Technology and Informatics, IOS Press, 2005, 116, pp.33-38. ⟨hal-00391451⟩
  • H. Charles, F. Calevro, N. Reymond, Yvan Rahbé, G. Febvay, et al.. Bioinformatique des puces à ADN et application à l'analyse du transcriptome de Buchnera aphidicola. L'Echo des Puys, INRA Clermont-Ferrand, 2005, 79, pp.6. ⟨hal-00391275⟩
  • Cédric Lefèvre, Hubert Charles, Agnès Vallier, Bernard Delobel, Brian Farrell, et al.. Endosymbiont Phylogenesis in the Dryophthoridae Weevils: Evidence for Bacterial Replacement. Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP), 2004, 21 (6), pp.965 - 973. ⟨10.1093/molbev/msh063⟩. ⟨hal-03504074⟩
  • Federica Calevro, Hubert Charles, Nancie Reymond, Vincent Dugas, Jean-Pierre Cloarec, et al.. Assessment of 35mer amino-modified oligonucleotide based microarray with bacterial samples.. Journal of Microbiological Methods, Elsevier, 2004, 57 (2), pp.207-18. ⟨10.1016/j.mimet.2004.01.009⟩. ⟨hal-00402180⟩
  • N. Reymond, H. Charles, L. Duret, F. Calevro, G. Beslon, et al.. ROSO : Research on Optimized Oligonucleotide Probes for Microarrays. Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2004, 20, pp.271-273. ⟨hal-00427641⟩
  • Nicolas Sauvion, Hubert Charles, Gérard Febvay, Yvan Rahbé. Effects of jackbean lectin (ConA) on the feeding behaviour and kinetics of intoxication of the pea aphid, Acyrthosiphon pisum. Entomologia Experimentalis et Applicata, Wiley, 2004, pp.31-44. ⟨hal-02670646⟩
  • C. Pascal, Bernard Pintureau, Hubert Charles, C. Katchadourian, Simon Grenier, et al.. Relationship between Wolbachia density and sex-ratio in a Trichogramma strain. Agrociencia, Colegio de Postgraduados, 2004, 8 (2), pp.11-22. ⟨hal-03504092⟩
  • Paul Nardon, Hubert Charles, Bernard Delobel, Lefèvre Cédric, Abdelaziz Heddi. Symbiosis in the Dryophtoridae weevils (Coleoptera : Curculionoidea): morphological variability of symbiotic interacellular bacteria. Symbiosis, Springer Verlag, 2003, 34 (3), pp.231-251. ⟨hal-03504070⟩
  • Paul Nardon, Lefèvre Cédric, B. Delobel, Hubert Charles, Abdelaziz Heddi. Occurence of endosymbiosis in Dryophtoridae weevils: cytological insights into bacterial symbiotic structures. Symbiosis, Springer Verlag, 2002, 33, pp.227-241. ⟨hal-03504053⟩
  • Bernard Pintureau, Simon Grenier, Abdelaziz Heddi, Hubert Charles. Biodiversity of Wolbachia and of their effects in Trichograma (Hymenoptera : Trichogrammatidae). Annales de la Société Entomologique de France, 2002, 38 (4), pp.333-338. ⟨hal-03504068⟩
  • Abdelaziz Heddi, Hubert Charles, Chaqué Khatchadourian. Intracellular bacterial symbiosis in the genus Sitophilus: the 'biological individual' concept revisited. Research in Microbiology, Elsevier, 2001, 152 (5), pp.431-437. ⟨10.1016/S0923-2508(01)01216-5⟩. ⟨hal-03504033⟩
  • H. Charles, A. Heddi, Yvan Rahbé. A putative insect intracellular endosymbiont stem clade, within the Enterobacteriaceae, infered from phylogenetic analysis based on a heterogeneous model of DNA evolution.. Comptes rendus de l’Académie des sciences. Série III, Sciences de la vie, Elsevier, 2001, 324 (5), pp.489-94. ⟨10.1016/S0764-4469(01)01328-2⟩. ⟨hal-00402188⟩
  • Bernard Pintureau, Sophie Chaudier, François Lassablière, Hubert Charles, Simon Grenier. Addition of wsp Sequences to the Wolbachia Phylogenetic Tree and Stability of the Classification. Journal of Molecular Evolution, Springer Verlag, 2000, 51 (4), pp.374 - 377. ⟨10.1007/s002390010099⟩. ⟨hal-03504043⟩
  • Grenier A.M., Eric Wajnberg, Hubert Charles, Paul Nardon. Variabilité de facteurs biologiques et comportementaux dans les populations des trois espèces de Sitophilus (Coleoptera : Curculionidae) inféodées aux céréales et produits dérivés et leur importance dans la caractérisation des espèces. Annales de la Société Entomologique de France, Taylor & Francis, 2000, 36 (3), pp.223-238. ⟨hal-02691524⟩
  • Abdelaziz Heddi, Anne-Marie Grenier, Chaqué Khatchadourian, Hubert Charles, Paul Nardon. Four intracellular genomes direct weevil biology: Nuclear, mitochondrial, principal endosymbiont, and Wolbachia. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 1999, 96, pp.6814-6819. ⟨10.1073/pnas.96.12.6814⟩. ⟨hal-03504040⟩
  • H. Charles, Dominique Mouchiroud, J.R. Lobry, I. Gonçalves, Yvan Rahbé. Gene size reduction in the bacterial aphid endosymbiont, Buchnera.. Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP), 1999, 16 (12), pp.1820-1822. ⟨10.1093/oxfordjournals.molbev.a026096⟩. ⟨hal-00402189⟩
  • Hubert Charles, Hajime Ishikawa. Physical and Genetic Map of the Genome of Buchnera, the Primary Endosymbiont of the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum. Journal of Molecular Evolution, Springer Verlag, 1998, 48 (2), pp.142-150. ⟨10.1007/pl00006452⟩. ⟨hal-03505975⟩
  • Abdelaziz Heddi, Hubert Charles, Chaqué Khatchadourian, Guy Bonnot, Paul Nardon. Molecular characterization of the principal symbiotic bacteria of the weevil Sitophilus oryzae: A peculiar G + C content of an endocytobiotic DNA. Journal of Molecular Evolution, Springer Verlag, 1998, 47 (1), pp.52-61. ⟨10.1007/PL00006362⟩. ⟨hal-02695518⟩
  • Hubert Charles, Paul Nardon. La protéine Hsp60 : Chaperon moléculaire de la symbiose intracellulaire. Regard sur la biochimie, Société de chimie biologique, 1997, pp.17-23. ⟨hal-02686732⟩
  • Hubert Charles, Guy Condemine, C. Nardon, Paul Nardon. Genome size characterization of the principal endocellular symbiotic bacteria of the weevil Sitophilus oryzae, using pulsed field gel electrophoresis. Insect Biochemistry and Molecular Biology, Elsevier, 1997, 27 (4), pp.345-350. ⟨hal-02690399⟩
  • Hubert Charles, A. Heddi, J. Guillaud, C. Nardon, Paul Nardon. A molecular aspect of symbiotic interactions between the weevil Sitophilus oryzae and its endosymbiotic bacteria: Over-expression of a chaperonin. Biochemical and Biophysical Research Communications, Elsevier, 1997, 239 (3), pp.769-774. ⟨hal-02689055⟩
  • Hubert Charles, H. Ishikawa, Paul Nardon. Presence of a protein specific of endocytobiosis (symbionin) in the weevil Sitophilus. Comptes rendus de l’Académie des sciences. Série III, Sciences de la vie, Elsevier, 1995, 318, pp.35-41. ⟨hal-02707072⟩

Conference papers131 documents

  • Mélanie Ribeiro Lopes, Jousselin Emmanuelle, Patrice Baa-Puyoulet, C. Huygens, Karen Gaget, et al.. Analysis of the inhibitor of aPoptosis (IAP) repertoire in insects reveals a complex pattern of gene losses and amplifications. Incontri di diversità delle forme e degli animali, Università di Pisa, 2021, Pisa, Italy. ⟨hal-03514196⟩
  • Mélanie Ribeiro Lopes, Nicolas Parisot, Sergio Peignier, Karen Gaget, Marie-Gabrielle Duport, et al.. Analysis of the Inhibitor of aPoptosis (IAP) repertoire in insects reveals a complex pattern of gene losses and amplifications. Webinaires BAPOA 2021, 2021, Villeurbanne (virtual), France. ⟨hal-03514209⟩
  • Sylvain Benhamou, Isabelle Rahioui, Hélène Henri, Hubert Charles, Pedro da Silva, et al.. Role of symbionts in insects’ ecological diversification: cytotype influences exploitation of an unfavorable host plant in the sap-feeder Bemisia tabaci. DECRYPthèse E2M2 Edition 20, May 2021, Villeurbanne, France. ⟨hal-03514227⟩
  • Sylvain Benhamou, Isabelle Rahioui, Hélène Henri, Hubert Charles, Pedro da Silva, et al.. Role of symbionts in insects’ ecological diversification: cytotype influences exploitation of an unfavorable host plant in the whitefly Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae). G-RREMI 2021 - Groupe Régional de Recherche en Microbiologie des Interactions, 2021, Villeurbanne (virtual), France. ⟨hal-03514239⟩
  • Hubert Charles. les défis de l’agriculture de demain. Fête de la sciences 2020, Oct 2020, Villeurbanne, France. ⟨hal-03513103⟩
  • Hubert Charles. Quelques questions de société vues par la science. Atelier scolaire de la Fête de la science 2020, Nov 2020, Villeurbanne, France. ⟨hal-03513111⟩
  • Mélanie Ribeiro Lopes, Nicolas Parisot, Karen Gaget, Marie-Gabrielle Duport, Abdelaziz Heddi, et al.. IAP (Inhibitor-of-Apoptosis Protein) gene family expansion and functional diversification in aphids. UK-France joint Meeting Aphid Special Interest Group – BAPOA, Apr 2019, Rothamsted, United Kingdom. ⟨hal-03512999⟩
  • Hubert Charles, Patrice Baa-Puyoulet. The challenge of annotating and reconstructing metabolic networks for the comprehension of the physiology of aphids and other insects. 2. Annual meeting of Japan-France Plant-Insect-Symbiont Interaction network (PISI-net), Nov 2019, Le Rheu, France. ⟨hal-03513078⟩
  • Federica Calevro, Nicolas Parisot, Mélanie Ribeiro Lopes, Stefano Colella, Karen Gaget, et al.. Rôle clé du bactériocyte dans la résilience du puceron aux stress nutritionnels. 11ème Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2018, Rennes, France. ⟨hal-03514026⟩
  • Nicolas Parisot, Stefano Colella, Mélanie Ribeiro Lopes, Karen Gaget, Marie-Gabrielle Duport, et al.. Bacteriocyte reprogramming to cope with nutritional stress in a phloem sap feeding hemipteran, the pea aphid Acyrthosiphon pisum. International Partner Days, Oct 2018, Villeurbanne (INSA-Lyon), France. ⟨hal-03514034⟩
  • Nicolas Parisot, Mélanie Ribeiro Lopes, Karen Gaget, Marie-Gabrielle Duport, Patrice Baa-Puyoulet, et al.. Bacteriocyte reprogramming to cope with nutritional stress in a phloem sap feeding hemipteran, the pea aphid Acyrthosiphon pisum. France-Israel PRC Meeting – The role of metabolic interactions in shaping the bacterial endosymbiotic community of Hemyptera, Nov 2018, Villeurbanne, France. ⟨hal-03514051⟩
  • Mélanie Ribeiro Lopes, Pierre Simonet, Karen Gaget, Severine Balmand, Nicolas Parisot, et al.. A novel cell death process is involved in the elimination of bacteriocytes and their symbionts through aphid aging. France-Israel PRC Meeting – The role of metabolic interactions in shaping the bacterial endosymbiotic community of Hemyptera, Nov 2018, Villeurbanne, France. ⟨hal-03514078⟩
  • Mélanie Ribeiro Lopes, Nicolas Parisot, Karen Gaget, Pierre Simonet, Severine Balmand, et al.. Expansion of genes encoding Apoptosis Inhibitor Proteins (IAPs) and their role in a novel bacteriocyte cell death process in aphid symbiosis. 22. Evolutionary Biology Meeting, Sep 2018, Marseille, France. ⟨hal-03509938⟩
  • Hubert Charles, Patrice Baa-Puyoulet. Atelier Bases de données génomiques et métaboliques : présentation des bases BioCyc développées dans l’UMR BF2I. 11ème Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA),, Nov 2018, Rennes, France. ⟨hal-03510598⟩
  • Mélanie Ribeiro Lopes, Pierre Simonet, Karen Gaget, Severine Balmand, Kurt Buhler, et al.. Another way to die for bacteriocytes in the aphid/Buchnera symbiotic system. Journée des doctorants du département SPE, Jun 2018, Nice, France. ⟨hal-03510629⟩
  • Patrice Baa-Puyoulet, Hubert Charles, Federica Calevro. AphidCyc, une collection de bases de données métaboliques dédiée à l'étude et la comparaison du métabolisme chez les pucerons. 11ème Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2018, Rennes, France. ⟨hal-03510642⟩
  • Carlos Vargas-Chavez, Nicolas Parisot, Clément Goubert, Patrice Baa-Puyoulet, Severine Balmand, et al.. Exploring host-symbiont interactions through whole genome sequencing of the rice weevil Sitophilus oryzae. Immuninv 2017, Jun 2017, Lyon, France. ⟨hal-03506802⟩
  • Mélanie Ribeiro Lopes, Pierre Simonet, Karen Gaget, Marie-Gabrielle Duport, Severine Balmand, et al.. Effecteurs et inhibiteurs de l’apoptose chez le puceron du pois : annotation et implication dans la mort cellulaire bactériocytaire. 10. Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2017, Colmar, France. ⟨hal-03506807⟩
  • Hubert Charles. Biologie systémique de la symbiose : de la génomique des partenaires à la physiologie des interactions. Séminaire SPE sur la Biologie des Systèmes, Mar 2016, Toulouse, France. ⟨hal-03506781⟩
  • Pierre Simonet, Severine Balmand, Karen Gaget, Marie-Gabrielle Duport, Nicolas Parisot, et al.. Une nouvelle forme de mort cellulaire impliquée dans la dégénérescence des cellules bactériocytaires chez le puceron du pois, Acyrthosiphon pisum. 18. Colloque Biologie de l'Insecte, Jun 2016, Tours, France. ⟨hal-03506790⟩
  • Hubert Charles, Federica Calevro, Gérard Febvay, Patrice Baa-Puyoulet, Marie-Gabrielle Duport, et al.. Systems biology of symbiosis: from partners’ genomics to physiology of interactions. First Meeting of the PRC Israel-France, Sep 2016, Villeurbanne, France. ⟨hal-03506791⟩
  • Hubert Charles. Problèmes simples en bioinformatique pour les grands défis de la biologie à haut débit. Journée Nationales de l’APMEP « A la lumière des mathématiques »,, Oct 2016, Villeurbanne, France. ⟨hal-03506792⟩
  • Pierre Simonet, Severine Balmand, Karen Gaget, Karine Buhler, Nicolas Parisot, et al.. The long-term relationship with Buchnera aphidicola imposes another way to die for Acyrthosiphon pisum bacteriocytes. 9. Réunion annuelle du Réseau BAPOA (Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés), Nov 2016, Amiens, France. ⟨hal-03506794⟩
  • Nicolas Parisot, Pierre Simonet, Karen Gaget, Marie-Gabrielle Duport, Patrice Baa-Puyoulet, et al.. Life history traits and tissue-specific gene expression changes underlying the symbiotic pea aphid resilience to a tyrosine and phenylalanine depleted diet. 9. Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2016, Amiens, France. ⟨hal-03506796⟩
  • Hubert Charles. Animateur de la table ronde « Training the next generation ».. 1. Journée Visalys From data to models - a multi-scale view on living systems, Mar 2016, Lyon, France. ⟨hal-03506797⟩
  • Pierre Simonet, Marie-Gabrielle Duport, Karen Gaget, Severine Balmand, Stefano Colella, et al.. Direct flow cytometry measurements and cell imaging reveal a fine-tuning of endosymbiont and bacteriocyte cell dynamics during aphid development. UK – France joint meeting on Aphids (Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés – Aphids Special Interest Group of Royal Entomological Sociaty), Nov 2015, Paris, France. ⟨hal-03506775⟩
  • Patrice Bâa-Puyoulet, Mathieu Labernardiere, Nicolas Parisot, Jean-Pierre Gauthier, Gérard Febvay, et al.. From SymbAphidBase to SymbAphidCyc: two companion databases to study and compare aphid symbionts from genomes to metabolic pathways. JOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA). FRA., Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. 1 p. ⟨hal-01208786⟩
  • Pierre Simonet, Marie-Gabrielle Duport, Karen Gaget, Michèle Weiss-Gayet, Stefano Colella, et al.. Coordination des dynamiques cellulaires entre bactériocytes et endosymbiotes au cours du développement des insectes : Une nouvelle approche par cytométrie en flux.. Réunion annuelle du REID (Réseau National Ecologie des Interactions Durables), Réseau Ecologie des Interactions Durables (REID). Montferrier/ Lez, FRA., Mar 2015, Villeurbanne, France. ⟨hal-02801005⟩
  • Hubert Charles. CycADS, BioCyc et MetExplore, une suite d’outils pour la reconstruction, l’exploration et la comparaison de réseaux métaboliques. 1. Atelier Reconstruction de réseaux métaboliques : du génome à la matrice de stoechiométrie, BioSyL. Villeurbanne, FRA. PRES Université de Lyon., Feb 2014, Villeurbanne, France. ⟨hal-02792176⟩
  • Pierre Simonet, Marie-Gabrielle Duport, Karen Gaget, M. Weiss-Gayet, Stefano Colella, et al.. Dynamique de la cellule bactériocytaire et des populations symbiotiques au cours du développement du puceron du pois. 7èmes journées du Réseau BAPOA (Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés), 2014, Avignon, France. ⟨hal-03513906⟩
  • Pierre Simonet, Marie-Gabrielle Duport, Karen Gaget, Michèle Weiss-Gayet, Stefano Colella, et al.. Dynamique de la cellule bactériocytaire et des populations symbiotiques au cours du développement du puceron du pois. 7. Rencontres du réseau Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Réseau Biologie Adaptative des Pucerons et des Organismes Associés (BAPOA). Le Rheu, FRA., Nov 2014, Avignon, France. ⟨hal-02795335⟩
  • Mathieu Labernardiere, Patrice Bâa-Puyoulet, Jean-Pierre Gauthier, Gérard Febvay, Federica Calevro, et al.. SymbAphidBase : une base de données nouvelle dédiée aux symbiotes de pucerons pour stocker et visualiser les génomes séquencés en standardisant leurs annotations. 7. Rencontres du réseau Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Réseau Biologie Adaptative des Pucerons et des Organismes Associés (BAPOA). Le Rheu, FRA., Nov 2014, Avignon, France. 1 p. ⟨hal-01208785⟩
  • Karen Gaget, Marie-Gabrielle Duport, Marjolaine Rey, Severine Balmand, Hubert Charles, et al.. L'inactivation par RNAi du gène codant la phénylalanine hydrolase dans les compartiments symbiotiques provoque une baisse de la fécondité et des défauts de développement chez le puceron du pois, Acyrthosiphon pisum. Réunion du GRREMI (Groupe Régional de Recherche en Microbiologie des Interactions), Oct 2013, Lyon, France. ⟨hal-03506724⟩
  • Marjolaine Rey, Floriant Bellvert, Marie-Gabrielle Duport, Patrice Baa-Puyoulet, Federica Calevro, et al.. Analyse métabolomique de la symbiose entre le puceron Acyrthosiphon pisum et la bactérie Buchnera aphidicola. 7èmes Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, Jun 2013, Amiens, France. ⟨hal-03506751⟩
  • Marjolaine Rey, Floriant Bellvert, Marie-Gabrielle Duport, Patrice Baa-Puyoulet, Federica Calevro, et al.. Symbiose puceron – Buchnera : approche métabolomique chez Acyrthosiphon pisum. 6èmes journées du Réseau BAPOA (Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés, Oct 2013, Montpellier, France. ⟨hal-03506758⟩
  • Panagiotis Sapountzis, Karen Gaget, Marie-Gabrielle Duport, G. Febvay, Hubert Charles, et al.. dsRNAi in aphids induces variable individual and tissue responses, and phenotypes specific to the administration methods. Cycle de séminaires en Biophysique et Biologie Moléculaire de la Cellule et du Développement, Dipartimento di Fisiologia e Biochimica, Università di Pisa / Scuola Normale Superiore di Pisa, Oct 2013, Pisa, Italy. ⟨hal-03506764⟩
  • Hubert Charles, Federica Calevro, Stefano Colella, Gérard Febvay. Organisation, gene expression regulation and DNA structural properties in the shrunken genome of Buchnera, the endosymbiont of aphids. 1. International Research Workshop Lyon- France / São Paulo - Brazil, Nov 2013, Lyon, France. ⟨hal-03506769⟩
  • Andréane Rabatel, Marie-Gabrielle Duport, Karen Gaget, Hubert Charles, Gérard Febvay, et al.. Phénotypes induits par l'inactivation fonctionnelle par RNAi du gène ACYPY007803 (phényalanine hydroxylase) chez le puceron du pois. 5. Journées du Réseau BAPOA (Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés), Nov 2012, Lyon, France. ⟨hal-03506379⟩
  • Yvan Rahbé, Denis Tagu, Guy Condemine, E Guiderdoni, Federica Calevro, et al.. Aphicibles - Symbiosis, digestion and reproduction as aphid physiological processes to identify new targets for insecticides. ANR - Colloque Plant Genomics 2012, Apr 2012, Pont Royal en Provence, France. ⟨hal-03506701⟩
  • Patrice Baa-Puyoulet, Augusto F. Vellozo, Jaime Huerta-Cepas, Gérard Febvay, Toni Gabaldon, et al.. The CycADS annotation database system to support the development and update of enriched BioCyc databases. Development of ad hoc BioCyc DB : AcypiCyc, ArthopodaCyc. 13. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (INRIA). Rennes, FRA., Jul 2012, Rennes, France. Pagination multiple. ⟨hal-02747415⟩
  • Federica Calevro, Stefano Colella, Gérard Febvay, Hubert Charles. Key genes for symbiosis and development in an emerging genomic model, the pea aphid. Séminaire invité au Dipartimento di Fisiologia e Biochimica, Università di Pisa / Scuola Normale Superiore di Pisa, Universita degli studi di Pisa. Dipartimento di Fisiologia e Biochimica, Pisa, ITA., 2012, Pisa, Italy. ⟨hal-02804850⟩
  • Lilia Brinza, Federica Calevro, Hubert Charles. Analyse génomique des éléments régulateurs et des propriétés structurales intrinsèques de l'ADN dans le génome réduit de Buchnera. 5. Réunion Réseau BAPOA, Réseau Biologie Adaptative des Pucerons et des Organismes Associés (BAPOA). FRA., Nov 2012, Villeurbanne, France. 22 diapos. ⟨hal-02808160⟩
  • Cecilia Klein, Ludovic Cottret, Hubert Charles, Christian Gautier, Ana T Vasconcelos, et al.. Metabolic network comparison of bacteria in the context of symbiosis. Otto Warburg International Summer School and Research Symposium on Evolutionary Genomics, 2011, Berlin, Germany. ⟨hal-00748784⟩
  • Cecilia Coimbra Klein, Ludovic Cottret, Hubert Charles, Christian Gautier, Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos, et al.. Absence of a core metabolic network common to symbiotic bacteria. 6. Meeting GDRE-RA Comparative genomics, Nov 2011, Lyon, France. 33 diapositives. ⟨hal-02806316⟩
  • Hubert Charles, Séverine Balmand, Araceli Lamelas, Ludovic Cottret, Vicente Pérez-Brocal, et al.. Réévaluation génomique de la fonction de transport chez Buchnera, endocytobiote des pucerons : une faible diversité de transporteurs et une organisation membranaire variable. 4. Réunion Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés, Réseau Biologie Adaptative des Pucerons et des Organismes Associés (BAPOA). FRA., Nov 2011, Paris, France. ⟨hal-02808863⟩
  • Andréane Rabatel, Gérard Febvay, Karen Gaget, Marie-Gabrielle Duport, Yvan Rahbé, et al.. Transcriptome analysis of embryo development in a parthenogenetic and symbiotic insect model, the pea aphid. IPG'10 Integrative Post-Genomics, Centre Jacques Cartier. Lyon, FRA., Nov 2011, Lyon, France. ⟨hal-02814211⟩
  • Patrice Baa-Puyoulet, Augusto F Vellozo, Jaime Huerta-Cepas, Gérard Febvay, T. Gabaldon, et al.. ArthropodaCyc: a BioCyc database powered by CycADS to study and compare the metabolism of arthropods. 5th Annual Arthropod Genomics Symposium "Arthropod Genomics 2011: Exploring Diversity, Relating Similarity", Jun 2011, Kansas City, United States. ⟨hal-00748601⟩
  • Andréane Rabatel, Gérard Febvay, Karen Gaget, Gabrielle Duport, Nadia Bendridi, et al.. Integration of metabolic pathways and host regulation in symbiosis: tyrosine and cuticular protein biosynthesis during the pea aphid embryonic development. Sixth International Symposium on Molecular Insect Science, 2011, Amsterdam, Netherlands. ⟨hal-00748785⟩
  • Panagiotis Sapountzis, Marie-Gabrielle Duport, Karen Gaget, Séverine Balmand, Gérard Febvay, et al.. Individual and compartment specific response to RNAi in aphids: each individual matters. 3. Réunion Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (0203)., Oct 2010, Lyon, France. ⟨hal-02821530⟩
  • Yvan Rahbé, Denis Tagu, Guy Condemine, Emmanuel Guiderdoni, Federica Calevro, et al.. Aphicibles : Symbiosis, digestion and reproduction as aphid physiological processes to identify new targets for insecticides. Genoplante 2010, Agence Nationale de la Recherche (ANR). Paris, FRA., Mar 2010, Avignon, France. 40 diapos. ⟨hal-02824684⟩
  • Hubert Charles, Stefano Colella, Federica Calevro, Gérard Febvay, Yvan Rahbé, et al.. Exploration génomique et fonctionnelle des insectes et de leurs partenaires symbiotiques. Journée Sciences Croisées "Modélisation et Sciences Numériques : nouveaux instruments et opportunités", Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon). Conseil Scientifique de l'INSA, Villeurbanne, FRA., Oct 2010, Villeurbanne, France. n. p. ⟨hal-02804281⟩
  • Andréane Rabatel, Gérard Febvay, Karen Gaget, Marie-Gabrielle Duport, Yvan Rahbé, et al.. Characterization of partenogenetic embryo development in the context of symbiosis using transcriptome analysis in the pea aphid model. EMBO Workshop on Systems Biology of Development, EMBO. Heidelberg, DEU., Aug 2010, Ascona, Switzerland. 1 p. ⟨hal-01231279⟩
  • Nicolas Parisot, Karen Gaget, Stefano Colella, Andréane Rabatel, Federica Calevro, et al.. Annotation et évolution des familles de transporteurs chez le puceron du pois (Acyrthosiphon pisum). 3. Réunion Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (0203)., Oct 2010, Lyon, France. n. p. ⟨hal-02818835⟩
  • Yvan Rahbé, Nicolas Parisot, Karen Gaget, Stefano Colella, Andréane Rabatel, et al.. Genomic analysis of the transport function in the symbiotic system of the pea aphid Acyrthosiphon pisum. 5. Meeting GDRE-RA "Comparative genomics", Institut d'Estudis Catalans (IEC). Barcelona, ESP., Nov 2010, Barcelone, Spain. n. p. ⟨hal-02823073⟩
  • Hubert Charles, Lilia Brinza. Exploring the regulatory network of Buchnera aphidicola: a case-study of genome evolution in a symbiotic context. Séminaire Rhône-Alpin de Modélisation du Vivant, Jun 2010, Villeurbanne, France. n. p. ⟨hal-02814726⟩
  • Andréane Rabatel, Gérard Febvay, Karen Gaget, Marie-Gabrielle Duport, Yvan Rahbé, et al.. Caractérisation transcriptomique du développement embryonnaire et larvaire du puceron du pois Acyrthosiphon pisum. 16. Colloque de Biologie de l’Insecte, Oct 2010, Lyon, France. 126 p. ⟨hal-02755293⟩
  • Hubert Charles, Lilia Brinza, Federica Calevro. Chromosome organization and gene expression regulation in Buchnera aphidicola, the obligate intracellular bacteria of the pea aphid Acyrthosiphon pisum. 58. Annual Meeting of the Entomological Society of America, Entomological Society of America (ESA). Annapolis, MD, USA., Dec 2010, San Diego, CA, United States. ⟨hal-02757719⟩
  • Aurore Gallot, Grégory Guernec, Stefano Colella, Hubert Charles, Stéphanie Jaubert-Possamai, et al.. Genes regulated in early embryogenesis during the switch from parthenogenetic to sexual reproduction in the pea aphid (Acyrthosiphon pisum). 4. Annual Arthropod Genomics Symposium on “Arthropod Genomics: New Approaches and Outcomes”, Kansas State University. Center for Genomic Studies on Arthropods Affecting Human, Animal & Plant Health, Manhattan, USA., Jun 2010, Kansas City, United States. ⟨hal-02755037⟩
  • Andréane Rabatel, Nadia Bendridi, - Duport, G., Marjolaine Rey, Stefano Colella, et al.. Metabolic requirements in essential amino acids in parthenogenetic pea aphid embryos. 8. International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), 2009, Catania, juin 2009, Italy. ⟨hal-02820893⟩
  • A.C.C. Wilson, P. Ashton, Federica Calevro, Hubert Charles, Stefano Colella, et al.. Genomic insight into the amino acid relations of the pea aphid with its symbiotic bacterium Buchnera aphidicola. 8th International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), Catania, juin 2009, Italy, 2009, Italy. ⟨hal-00497625⟩
  • Lilia Brinza, Federica Calevro, Hubert Charles. Fate of transcription units in the reductive evolution of the genome of Buchnera aphidicola. 6th International Symbiosis Society Congress (6 ISS 2009) Madison, Wisconsin USA, August 9-15 2009, Aug 2009, United States. ⟨hal-00497818⟩
  • Andréane Rabatel, Nadia Bendridi, Gabrielle Duport, Marjolaine Rey, Stefano Colella, et al.. Besoins en acides aminés des embryons de femelles parthénogénétiques du puceron du pois.. Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, Jun 2009, PARIS, France. ⟨hal-00511624⟩
  • S.J. Macdonald, J. Ramsey, G. Jander, Atsushi Nakabachi, G.H. Thomas, et al.. The power of combining genome annotation and systems level modeling.. 5th Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 2", Barcelona, Espagne, Juin 2009, Jun 2009, Spain. ⟨hal-00498405⟩
  • Stefano Colella, A. Vellozo, Ludovic Cottret, Gérard Febvay, Federica Calevro, et al.. The Acyrthosiphon pisum Cyc database (AcypiCyc) created using a novel BioCyc Annotation Database System (CycADS): a useful tool to explore and study the pea aphid metabolism. 5th Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 2, Barcelona, Espagne, juin 2009, Jun 2009, France. ⟨hal-00498411⟩
  • Federica Calevro, Stefano Colella, Gérard Febvay, Hubert Charles, Yvan Rahbé. Un vieux couple à la conquête des plantes vasculaires : le puceron et sa bactérie symbiotique. Séance commune Académie Agriculture et Académie des Sciences, Académie d'Agriculture de France (AAF). Paris, FRA., Dec 2009, Paris, France. 23 diapos. ⟨hal-02824438⟩
  • Stefano Colella, Augusto Vellozo, Ludovic Cottret, Gérard Febvay, Federica Calevro, et al.. AcypiCyc (Acyrthosiphon pisumCyc database) and CycADS (CycAnnotation Database System) : moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses. 8. International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), 2009, Catania, juin 2009, Italy. ⟨hal-02814863⟩
  • Stefano Colella, Augusto Vellozo, Ludovic Cottret, Gérard Febvay, Federica Calevro, et al.. AcypiCyc (Acyrthosiphon pisumCyc database) and CycADS (CycAnnotation Database System) : moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses. Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, 2009, Paris, juin 2009, France. ⟨hal-02815123⟩
  • Stefano Colella, Augusto Vellozo, Ludovic Cottret, Gérard Febvay, Federica Calevro, et al.. AcypiCyc (Acyrthosiphon pisum Cyc database) : a model database to visualize and study the metabolic network underlying the pea aphid-Buchnera symbiosis. 6. International Symbiosis Society (ISS) Congress, 2009, Madison, août 2009, United States. ⟨hal-02814342⟩
  • A. Vellozo, Patrice Baa-Puyoulet, A. Veron, Jaime Huerta-Cepas, Ludovic Cottret, et al.. CycADS: an annotation management system for the development and update of BioCyc metabolic network databases. 1st International Workshop on Information Systems for Insect Pests, Rennes, FRANCE, 2009, France. ⟨hal-00496032⟩
  • Stefano Colella, A. Vellozo, L. Cottret, G. Febvay, F. Calevro, et al.. AcypiCyc (Acyrthosiphon pisum Cyc database) and CycADS (Cyc Annotation Database System): moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses. 8th International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), 2009, Catania (Italie), juin 2009, France. pp.1-1. ⟨hal-00391280⟩
  • A. Rabatel, N. Bendridi, G. Duport, Stefano Colella, J. Bermingham, et al.. Metabolic requirements in essential amino acids in parthenogenetic pea aphid embryos. 8th International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), 2009, Catania (Italie), juin 2009, France. pp.1-1. ⟨hal-00391499⟩
  • Augusto Vellozo, Stefano Colella, Ludovic Cottret, Gérard Febvay, Federica Calevro, et al.. Development of the Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) : from genome sequence to metabolic network analyses. Integrative Post-Genomics - IPG'08, 2008, Lyon, novembre 2008, France. ⟨hal-02821711⟩
  • Hubert Charles, Federica Calevro, Stefano Colella, Jean-Michel Fayard, Gérard Febvay, et al.. Caractérisation et modélisation de la « fonction symbiotique » de Buchnera aphidicola chez le puceron du pois Acyrthosiphon pisum. Séminaire INRA AgroBI, 2008, Bordeaux, décembre 2008, France. ⟨hal-02824972⟩
  • Guillaume Beslon, Federica Calevro, Hubert Charles, Jean-Michel Fayard, Carole Knibbe, et al.. Evolution des organismes bactériens. Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant", Jul 2008, Villeurbanne, France. 12 diapos. ⟨hal-02822501⟩
  • Hubert Charles, Guillaume Beslon, Federica Calevro, J.F. Boulicaut, Jean-Michel Fayard, et al.. Les réseaux métaboliques et génétiques. Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant", 2008, Villeurbanne, juillet 2008, France. ⟨hal-02818952⟩
  • J.F. Boulicaut, Federica Calevro, Hubert Charles, Jean-Michel Fayard, Gérard Febvay, et al.. Transcriptomique. Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant", 2008, Villeurbanne, juillet 2008, France. ⟨hal-02823302⟩
  • G. Beslon, F. Calevro, H. Charles, J.M. Fayard, C. Knibbe, et al.. Evolution des organismes bactériens. Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant", 2008, Villeurbanne (France), juillet 2008, France. pp.1-1. ⟨hal-00391156⟩
  • Jean-François Boulicaut, F. Calevro, H. Charles, J.M. Fayard, G. Febvay, et al.. Transcriptomique. Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant", 2008, Villeurbanne (France), juillet 2008, France. pp.1-1. ⟨hal-00391255⟩
  • F. Calevro, H. Charles, J.M. Fayard, G. Febvay, Yvan Rahbé, et al.. Interactions trophiques dans la symbiose puceron - Buchnera : Régulations transcriptionnelles de la réponse à la carence en acides aminés essentiels. Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, 2008, Paris (France), janvier 2008, France. pp.1-1. ⟨hal-00391259⟩
  • H. Charles, G. Beslon, F. Calevro, Jean-François Boulicaut, J.M. Fayard, et al.. Les réseaux métaboliques et génétiques. Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant", 2008, Villeurbanne (France), juillet 2008, France. pp.1-1. ⟨hal-00391271⟩
  • H. Charles, F. Calevro, Stefano Colella, J.M. Fayard, G. Febvay, et al.. Caractérisation et modélisation de la « fonction symbiotique » de Buchnera aphidicola chez le puceron du pois Acyrthosiphon pisum. Séminaire INRA AgroBI, 2008, Bordeaux (France), décembre 2008, France. pp.1-1. ⟨hal-00391273⟩
  • Stefano Colella, A. Vellozo, L. Cottret, G. Febvay, F. Calevro, et al.. Annotation of metabolism genes: towads the implementation of an Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) to perform metabolic network analyses. 4th Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 1", 2008, Princetown (USA), juillet 2008, France. pp.1-1. ⟨hal-00391279⟩
  • A. Vellozo, Stefano Colella, L. Cottret, G. Febvay, F. Calevro, et al.. Development of the Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc): from genome sequence to metabolic network analyses. Integrative Post-Genomics - IPG'08, 2008, Lyon (France), novembre 2008, France. pp.1-1. ⟨hal-00391519⟩
  • H. Charles. Le transcriptome de Buchnera aphidicola, la bactérie symbiotique intracellulaire des pucerons, est-il dégénéré ou hyperspécialisé ?. Séminaires de Biostatistique - Faculté de Médecine Lyon Sud, 2007, Lyon (France), mars 2007, France. pp.1-1. ⟨hal-00391270⟩
  • L. Cottret, Vicente Acuna, H. Charles, M.F. Sagot. Recherche de précurseurs dans un réseau métabolique. Réseaux d'interaction : analyse, modélisation et simulation (RIAMS), 2007, Villeurbanne (France), novembre 2007, France. pp.1-1. ⟨hal-00391288⟩
  • L. Cottret, H. Charles, M.F. Sagot. SymBioCyc: Metabolic data on endosymbiotic, parasitic and free bacteria. Integrative Post-Genomics - IPG'07, 2007, Lyon (France), novembre 2007, France. pp.1-1. ⟨hal-00391290⟩
  • J. Vinuelas, F. Calevro, D. Remond, J. Bernillon, Yvan Rahbé, et al.. Conservation de la relation entre niveau d'expression des gènes et organisation du chromosome chez Buchnera aphidicola, symbiote primaire des pucerons : exemple d'un génome réduit mais non dégénéré. XVème Colloque de Physiologie de l'Insecte, Jul 2007, Rennes, France. pp.1-1. ⟨hal-00373311⟩
  • J. Bermingham, F. Calevro, J. Vinuelas, H. Charles, T. Wilkinson. Comparative analysis of gene expression in the aphid-Buchnera symbiosis: the role of Buchnera in the nutrition of aphid embryos. Society of Experimental Biology Annual Main Meeting 2007 (SEB 2007), 2007, Glasgow (UK), avril 2007, France. pp.1-1. ⟨hal-00391155⟩
  • L. Brinza, F. Calevro, H. Charles. IGOIM, une méthode d'inférence de réseaux génétiques utilisant l'information mutuelle. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM) - Journée satellite "Analyse statistique du transcriptome", 2007, Marseille (France), juillet 2007, France. pp.1-1. ⟨hal-00391258⟩
  • Yvan Rahbé, H. Charles, J. Vinuelas, N. Reymond, F. Calevro, et al.. Regulation of expression following nutritional stresses in the reduced genome of Buchnera aphidicola, "Is there any life left?". Seminarios del Institut Cavanilles de Biodiversitat i Biologia Evolutiva (ICBiBE) - Univ. Valencia (ESP), 2007, Valencia (Espagne), juin 2007, France. pp.1-1. ⟨hal-00391505⟩
  • H. Charles. Transcriptomic and metabolic analysis of Buchnera aphidicola. First meeting GDRE-RA "Comparative genomics", 2006, Lyon (France), novembre 2006, France. pp.1-1. ⟨hal-00391269⟩
  • J. Vinuelas, F. Calevro, J. Bernillon, Didier Remond, Yvan Rahbé, et al.. Relationships between gene expression and genome properties in Buchnera aphidicola, the primary endosymbiont of the pea aphid. 5th International of Symbiosis Society Congress, Aug 2006, Autriche. ⟨hal-00506826⟩
  • J. Vinuelas, F. Calevro, Didier Remond, J. Bernillon, Yvan Rahbé, et al.. Spatial transcriptomic patterns in the genome of the endosymbiotic bacterium Buchnera aphidicola. Theoretical Approaches for the Genome Workshop, Nov 2006, France. ⟨hal-00506911⟩
  • L. Brinza, C. Armenise, E. Leproult, A. Paun, P. da Silva, et al.. Bioinformatics analysis of the nucleoid associated protein FIS in Buchnera aphidicola, the intracellular symbiotic bacteria of aphids. Integrative Post-Genomics - IPG'06, 2006, Lyon (France), novembre-décembre 2006, France. pp.1-1. ⟨hal-00391257⟩
  • F. Calevro, N. Reymond, J. Vinuelas, G. Febvay, Yvan Rahbé, et al.. Metabolic interactions between the bacterium Buchnera aphidicola and its obligate symbiotic partner, the pea aphid: nutritional studies combined with transcriptome analyses. 5th International Symbiosis Society (ISS) Congress, 2006, Vienna (Autriche), août 2006, France. pp.1-1. ⟨hal-00391262⟩
  • F. Calevro, N. Reymond, J. Vinuelas, A. Groppi, A. Barre, et al.. Buchnera aphidicola: evidences for transcriptional regulation in a degenerated genome. Colloque INRA "Apports de la génomique à la physiologie et la pathologie de l'insecte", 2006, Montpellier (France), mars 2006, France. pp.1-1. ⟨hal-00391267⟩
  • H. Charles, F. Calevro, J. Vinuelas, G. Febvay, Yvan Rahbé, et al.. Buchnera aphidicola, endocytobiote du puceron : transcriptome d'un génome "dégénéré". Rencontres 2006 des Microbiologistes de l'INRA, 2006, Dourdan (France), juin 2006, France. pp.1-1. ⟨hal-00391278⟩
  • L. Cottret, L. Brinza, J. Vinuelas, G. Duport, F. Calevro, et al.. Régulation génétique et métabolique chez Buchnera aphidicola (AgroBi 2006). Journée INRA-INRIA "Insertion des mathématiques dans les approches biologiques : du gène à l'organisme", 2006, Lyon (France), décembre 2006, France. pp.1-1. ⟨hal-00391289⟩
  • J. Vinuelas, F. Calevro, J. Bernillon, D. Remond, Yvan Rahbé, et al.. Relationship between gene expression and genome properties in Buchnera aphidicola, the primary endosymbiont of the pea aphid Acyrthosiphon pisum. 5th International Symbiosis Society (ISS) Congress, 2006, Vienna (Autriche), août 2006, France. pp.1-1. ⟨hal-00391524⟩
  • J. Vinuelas, F. Calevro, D. Remond, J. Bernillon, Yvan Rahbé, et al.. Spatial transcriptomic patterns in the genome of the endosymbiotic bacterium Buchnera aphidicola. Workshop "Theoretical Approaches for the Genome", 2006, Annecy-le-Vieux (France), novembre 2006, France. pp.1-1. ⟨hal-00391525⟩
  • H. Charles. Transcriptome analysis of Buchnera aphidicola using ANOVA model in a crossed factorial experiment. Workshop on statistical analysis of postgenomic data - INAPG, 2005, Paris (France), avril 2005, France. pp.1-1. ⟨hal-00391268⟩
  • F. Calevro, N. Reymond, N. Morin, A. Dumitru, Yvan Rahbé, et al.. Analyse transcriptomique de la réponse de Buchnera aphidicola à un stress métabolique subi par son hôte le puceron du pois, Acyrthosiphon pisum. Journées Reseau Ecologie et Interactions Durables (REID), 2005, Lyon (France), janvier 2005, France. pp.1-1. ⟨hal-00391260⟩
  • F. Calevro, N. Reymond, N. Morin, Yvan Rahbé, J. Bernillon, et al.. Global transcriptional responses of Buchnera aphidicola to aromatic amino acid limitation in the diet of its symbiotic partner, the phloem sap feeding insect Acyrthosiphon pisum. Society of Experimental Biology Annual Main Meeting 2005 (SEB 2005), 2005, Barcelona (Espagne), juillet 2005, France. pp.S226. ⟨hal-00391261⟩
  • F. Calevro, N. Reymond, J. Vinuelas, A. Groppi, A. Barre, et al.. Buchnera aphidicola: evidences for transcriptional regulation in a degenerated genome. Integrative Post-Genomics - IPG'05, 2005, Lyon (France), novembre-décembre 2005, France. pp.1-1. ⟨hal-00391266⟩
  • H. Charles, F. Calevro. Gene expression measurements with microarray technology in bacteria: transcriptomic analysis af the symbiotic bacteria, Buchnera aphidicola, in nutritional stress conditions of its aphid host Acyrthosiphon pisum. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM) - Journée satellite Vicanne, 2005, Lyon (France), juillet 2005, France. pp.1-1. ⟨hal-00391272⟩
  • H. Charles, F. Calevro, N. Reymond, N. Morin, Yvan Rahbé, et al.. Genomewide transcriptional changes associated with nutritional alterations affecting phenylalanine and tyrosine metabolism in Buchnera aphidicola. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), 2005, Lyon (France), juillet 2005, France. pp.1-1. ⟨hal-00391274⟩
  • H. Charles, F. Calevro, J. Vinuelas. Transcriptional responses of Buchnera aphidicola to combined amino acid and osmotic stress in the diet of its symbiotic partner, Acyrthosiphon pisum. COST853: Agricultural Biomarkers for Array-Technology - Combined WG4 & WG5 meetings "Chip production and analysis, and environmental monitoring", 2005, Lyon (France), novembre 2005, France. pp.1-1. ⟨hal-00391276⟩
  • F. Laforest, A. Tchounikine, T. Chaari, H. Charles, F. Calevro. SITRANS: a web information system for microarray experiments. XIX International Congress of the European Federation for Medical Informatics, 2005, Genève (Suisse), août-septembre 2005, France. pp.33-38. ⟨hal-00391450⟩
  • Yvan Rahbé, F. Calevro, H. Charles, G. Febvay, Denis Tagu. Of lice and plants: metabolite flows in the trophic pathway of phloem feeding insects as analysed through genomic and EST data from the aphid symbiosis. Society of Experimental Biology Annual Main Meeting 2005 (SEB 2005), 2005, Barcelona (Espagne), juillet 2005, France. pp.S233. ⟨hal-00391503⟩
  • Hubert Charles. Analyse statistique des données d'expression : utilisation des librairies bioconductor pour l'analyse des données de puces à ADN. Formation CNRS : Puces à ADN, Dec 2004, Lyon, France. ⟨hal-03506628⟩
  • M.H. Rouillat, Vincent Dugas, Federica Calevro, J.P. Cloarec, Hubert Charles, et al.. Influence of probe sequence and strand lenght on the morphology and structuration of DNA chip. Nano 8 : 8. International Conference of nanometer scale science and technology, Jul 2004, Venise, Italy. ⟨hal-03506638⟩
  • Federica Calevro, Hubert Charles, Nancie Reymond, Vincent Dugas, J.P. Cloarec, et al.. Analyse du transcriptome de Buchnera, la bactérie symbiotique intracellulaire des pucerons : une approche méthodologique. 14. Colloque de Physiologie de l’Insecte, Apr 2003, Amiens, France. ⟨hal-03506495⟩
  • Abdelaziz Heddi, Cédric Lefèvre, Hubert Charles, Agnès Vallier. La symbiose bactérienne intracellulaire chez les insectes Dryophthoridés : aspects moléculaires et évolutifs. Rencontres 2003 des Microbiologistes de l'INRA, May 2003, Dourdan, France. ⟨hal-03506591⟩
  • Hubert Charles. Choix des séquences sondes à déposer sur les puces. Formation CNRS : Puces à ADN, Jun 2003, Lyon, France. ⟨hal-03506603⟩
  • Yvan Rahbé, Z Al Ayoubi, Federica Calevro, Hubert Charles, Jean-Michel Fayard, et al.. Buchnera aphidicola, bactérie endosymbiotique des pucerons : génomes et physiologie symbiotique. 4. Colloque de Physiologie de l’Insecte, Apr 2003, Amiens, France. ⟨hal-03506623⟩
  • Hubert Charles. Présentation des données biologiques à l'attention des non biologistes. Journées de Post-Génomique de la Doua - JPGD'02, Mar 2002, villeurbanne, France. ⟨hal-03506444⟩
  • Hubert Charles, Nancie Reymond, Guillaume Beslon, Laurent Duret, Jean-Michel Fayard. ROSO: A software to search optimized oligonucleotide probes for microarrays. COST853: Agricultural Biomarkers for Array-Technology, Sep 2002, Waedenswill, Switzerland. ⟨hal-03506465⟩
  • Abdelaziz Heddi, Cédric Lefèvre, Hubert Charles. Impact of endosymbiosis on the Dryophthoridae insect diversity. 7. European Congress of Entomology, Oct 2002, Thessaloniki, Greece. ⟨hal-03506469⟩
  • Cédric Lefèvre, Hubert Charles, Bernard Delobel, Paul Nardon, Agnès Vallier, et al.. Origine des bactéries symbiotiques intracellulaires des Dryophtoridae : analyse phylogénétique basée sur un modèle d'évolution de l'ADN non homogène. 5. Conférence Internationale Francophone d'Entomologie., Jul 2002, Montréal, Canada. ⟨hal-03506478⟩
  • Cédric Lefèvre, Hubert Charles, Bernard Delobel, Paul Nardon, Agnès Vallier, et al.. Origine des bactéries symbiotiques intracellulaires des Dryophtoridae : analyse phylogénétique basée sur un modèle d'évolution de l'ADN non homogène. ALPHY 2002, Apr 2002, Lyon, France. ⟨hal-03506481⟩
  • Cédric Lefèvre, Hubert Charles, Bernard Delobel, Paul Nardon, Abdelaziz Heddi. Caractérisation et phylogénie des bactéries symbiotiques intracellulaires des charançons de la famille des Rhynchophoridae. Journées de Post-Génomique de la Doua - JPGD'01, Apr 2001, villeurbanne, France. ⟨hal-03506427⟩
  • Cédric Lefèvre, Hubert Charles, Bernard Delobel, Paul Nardon, Agnès Vallier, et al.. Caractérisation et phylogénie des bactéries symbiotiques intracellulaires des charançons de la famille des Dryophthoridae. Réseau "Biodiversité et Ecologie Microbienne" : adaptation, variabilité, diversité, Sep 2001, Aussois, France. ⟨hal-03506432⟩
  • Abdelaziz Heddi, Cédric Lefèvre, Hubert Charles, Katchadourian C.. Insects and intracellular bacterial associations: impact on insect development and evolution. 9. International Congress on Invertebrate Reproduction and Developement, Jul 2001, Grahamstown, South Africa. ⟨hal-03506440⟩
  • Bernard Pintureau, Simon Grenier, Abdelaziz Heddi, Hubert Charles. Biodiversité des Wolbachia et des effets que ces bactéries induisent chez leurs hôtes. Fonctions de la Biodiversité Microbienne : comprendre pour gérer, May 2000, Aussois, France. ⟨hal-03506407⟩
  • Abdelaziz Heddi, Hubert Charles, Katchadourian C.. Coexistence de deux bactéries symbiotiques intracellulaires dans les charançons du genre Sitophilus : aspects physiologiques et évolutifs. Fonctions de la Biodiversité Microbienne : comprendre pour gérer, May 2000, Aussois, France. ⟨hal-03506410⟩
  • Hubert Charles, Yvan Rahbé, Paul Nardon, Abdelaziz Heddi. Les bactéries intracellulaires des insectes : Phylogénie et évolution moléculaire. Rencontre des Microbiologistes de l'INRA, Apr 1999, Dourdan, France. ⟨hal-03506398⟩
  • Abdelaziz Heddi, Hubert Charles, Yvan Rahbé. Comparative and phylogenetic aspects of two insect endocytobioses : aphids and weevils. COST meeting : Bacterial symbionts on survival of entomopathogenic nematodes, Apr 1998, Wellesbourne, United States. ⟨hal-03506400⟩
  • Abdelaziz Heddi, Paul Nardon, Anne-Marie Grenier, Hubert Charles. Density control of the principal endosymbiote of the weevil Sitophilus oryzae. 2. International Congress on Symbiosis, Apr 1997, Boston, United States. ⟨hal-03506396⟩
  • Hubert Charles, Paul Nardon. Analysis of specific proteins of symbiosis in the weevil Sitophilus. 20.International Congress of Entomology, Aug 1996, Firenze, Italy. ⟨hal-03506388⟩
  • Paul Nardon, Hubert Charles, A. Heddi. Un modèle de symbiose : Le charançon Sitophilus oryzae, implications évolutives. Colloque, Jan 1996, Lyon, France. ⟨hal-02770802⟩
  • Hubert Charles, A. Heddi, Paul Nardon. A chaperonin-like in the principal endocytobiotes of the weevil Sitophilus. 6. International colloquium, Sep 1995, Tübingen, Germany. ⟨hal-02769149⟩

Poster communications53 documents

  • Patrice Baa-Puyoulet, Nicolas Parisot, Sergio Peignier, Federica Calevro, Hubert Charles. From genomes to metabolism reconstruction: companion collections of databases to study symbiotic interactions between insects and their bacterial symbionts. 13. Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), 2020, Nice (virtuel), France. ⟨hal-03514174⟩
  • Mélanie Ribeiro Lopes, Pierre Simonet, Karen Gaget, Severine Balmand, Nicolas Parisot, et al.. A novel cell death process eliminates both bacteriocytes and their symbionts in the pea aphid/Buchnera symbiotic system. UK-France joint Meeting Aphid Special Interest Group – BAPOA, Apr 2019, Rothamsted, United Kingdom. ⟨hal-03513018⟩
  • Nicolas Parisot, Stefano Colella, Pierre Simonet, Karen Gaget, Marie-Gabrielle Duport, et al.. Bacteriocyte reprogramming to maintain organismal homeostasis under nutritional stress in aphid symbiosis. UK-France joint Meeting Aphid Special Interest Group – BAPOA, Apr 2019, Rothamsted, United Kingdom. ⟨hal-03513048⟩
  • Carlos Vargas-Chavez, Nicolas Parisot, C. Goubert, Patrice Baa-Puyoulet, Severine Balmand, et al.. Evaluating the essentiality of the primary endosymbiont of the rice weevil Sitophilus oryzae through genome analysis. VI Meeting of the Spanish Society for Evolutionary Biology (SESBE), Jan 2018, Palma de Mallorca, Spain. ⟨hal-03514015⟩
  • Mélanie Ribeiro Lopes, Pierre Simonet, Karen Gaget, Severine Balmand, Nicolas Parisot, et al.. A novel cell death process eliminates both bacteriocytes and their symbionts in the pea aphid/Buchnera symbiotic system. International Partner Days, Oct 2018, Villeurbanne (INSA-Lyon), France. ⟨hal-03514067⟩
  • Nicolas Parisot, Stefano Colella, Pierre Simonet, Karen Gaget, Marie-Gabrielle Duport, et al.. Bacteriocyte reprogramming to maintain organismal homeostasis under nutritional stress in aphid symbiosis. XIth European Congress of Entomology, Jul 2018, Naples, Italy. ⟨hal-03509885⟩
  • Mélanie Ribeiro Lopes, Pierre Simonet, Karen Gaget, Severine Balmand, Nicolas Parisot, et al.. A novel cell death process eliminates both bacteriocytes and their symbionts in the pea aphid/Buchnera symbiotic system. 11. European Congress of Entomology, Jul 2018, Naples, Italy. ⟨hal-03509913⟩
  • Carlos Vargas-Chavez, Nicolas Parisot, Clément Goubert, Patrice Baa-Puyoulet, Severine Balmand, et al.. The draft genome sequence of the rice weevil Sitophilus oryzae as a model to explore the host-symbiont interactions in a nascent stage of endosymbiosis. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), Jun 2016, Lyon, France. ⟨hal-03506786⟩
  • Floriant Bellvert, Federica Calevro, Hubert Charles, Stefano Colella, Gérard Febvay, et al.. Génomique fonctionnelle des interactions bactérie / hôte eucaryote : intégration systémique de données génomiques et métaboliques. Journée de la FR41 BioEnvironnement et Santé, Feb 2014, Villeurbanne, France. 1 p., 2014. ⟨hal-02791821⟩
  • Pierre Simonet, Karen Gaget, Marjolaine Rey, Marie-Gabrielle Duport, Hubert Charles, et al.. Tyrosine metabolism and parthenogenetic development in a symbiotic insect, the pea aphid: the central function of phenylalanine hydroxylase. 7. International Symposium on Molecular Insect Science, Jul 2014, Amsterdam, Netherlands. 1 p., 2014. ⟨hal-02792558⟩
  • Pierre Simonet, Panagiotis Sapountzis, Marie-Gabrielle Duport, Séverine Balmand, Karen Gaget, et al.. Implication de la cathepsine-L dans le remodelage cuticulaire durant le processus de mue chez le puceron du pois, Acyrthosiphon pisum. 7. Rencontres du réseau Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2014, Avignon, France. 2014. ⟨hal-02795332⟩
  • Pierre Simonet, Karen Gaget, Marjolaine Rey, Marie-Gabrielle Duport, Hubert Charles, et al.. Métabolisme de la tyrosine et développement parthénogénétique chez le puceron du pois : la fonction centrale de la phenylalanine hydroxylase. 7. Rencontres du réseau Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2014, Avignon, France. 2014. ⟨hal-02795333⟩
  • Pierre Simonet, Panagiotis Sapountzis, Marie-Gabrielle Duport, Séverine Balmand, Karen Gaget, et al.. Cathepsin-L proteinase is involved in cuticle remodeling during the molting process in the pea aphid, Acyrthosiphon pisum. 7. International Symposium on Molecular Insect Science, Jul 2014, Amsterdam, Netherlands. 1 p., 2014. ⟨hal-02797200⟩
  • Mathieu Labernardiere, Patrice Baa-Puyoulet, Jean-Pierre Gauthier, Gérard Febvay, Federica Calevro, et al.. SymbAphidBase: a new database dedicated to aphid symbionts to store novel sequenced genomes and standardize their annotations. 13. European Conference on Computational Biology (ECCB), Sep 2014, Strasbourg, France. 1 p., 2014. ⟨hal-02798649⟩
  • Patrice Baa-Puyoulet, Augusto Vellozo, Jaime Huerta-Cepas, Gérard Febvay, Federica Calevro, et al.. Annotating arthropods genome to study and compare their metabolism: the ArthropodaCyc collection of Cyc databases powered by CycADS. 13. European Conference on Computational Biology (ECCB), Sep 2014, Strasbourg, France. 1 p., 2014. ⟨hal-02798101⟩
  • Patrice Baa-Puyoulet, Augusto Vellozo, Jaime Huerta-Cepas, Gérard Febvay, Federica Calevro, et al.. The CycADS annotation database system to support the development and update of enriched BioCyc databases: development of ad hoc BioCyc DB (AcypiCyc, ArthropodaCyc. 8. Meeting of the International Aphid Genomics Consortium, Jan 2013, Harpenden, United Kingdom. ⟨hal-03506707⟩
  • Patrice Baa-Puyoulet, Stefano Colella, Augusto Vellozo, Jaime Huerta-Cepas, Gérard Febvay, et al.. « ArthropodaCyc » : une collection de bases de données enrichies à l’aide de CycADS pour étudier et comparer le métabolisme des arthropodes.. 17. Colloque de Biologie de l’Insecte - CBI-2013, Oct 2013, Montpellier, France. ⟨hal-03506713⟩
  • Karen Gaget, Marie-Gabrielle Duport, Marjolaine Rey, Severine Balmand, Hubert Charles, et al.. Diminution de fécondité et défauts de développement induits par l’inactivation fonctionnelle par RNAi du gène codant la phénylalanine hydroxylase chez le puceron du pois, Acyrthosiphon. 17. Colloque de Biologie de l’Insecte - CBI-2013, Oct 2013, Montpellier, France. ⟨hal-03506719⟩
  • Andréane Rabatel, Karen Gaget, Marie-Gabrielle Duport, Hubert Charles, Gérard Febvay, et al.. Phenotypic effects of ACYPI007803 knockdown by RNAi in the pea aphid. 8. Meeting of the International Aphid Genomics Consortium., Jan 2013, Harpenden, United Kingdom. ⟨hal-03506744⟩
  • Patrice Baa-Puyoulet, Augusto Vellozo, Jaime Huerta-Cepas, Gérard Febvay, Toni Gabaldon, et al.. The CycADS annotation database system to support the development and update of enriched BioCyc databases. Development of ad hoc BioCyc DB : AcypiCyc, ArthopodaCyc. 5. Réunion Réseau BAPOA, Nov 2012, Villeurbanne, France. 2012. ⟨hal-02806092⟩
  • Andréane Rabatel, Gérard Febvay, Karen Gaget, Marie-Gabrielle Duport, Nadia Bendridi, et al.. Integration of metabolic pathways and host regulation in symbiosis: tyrosine and cuticular protein biosynthesis during the pea aphid embryonic development. 6. International Symposium on Molecular Insect Science, Oct 2011, Amsterdam, Netherlands. Elsevier, 2011,  . ⟨hal-02747829⟩
  • Patrice Baa-Puyoulet, Augusto Vellozo, Jaime Huerta-Cepas, Gérard Febvay, Toni Gabaldon, et al.. “ArthropodaCyc”: a BioCyc database powered by CycADS to study and compare the metabolism of arthropods. 5. Annual Arthropod Genomics Symposium “Arthropod Genomics 2011: Exploring Diversity, Relating Similarity”, Jun 2011, Kansas City, United States. 33 p., 2011, Fifth Annual Arthropod Genomics Symposium. ⟨hal-02749029⟩
  • Patrice Baa-Puyoulet, Augusto Vellozo, Jaime Huerta-Cepas, Gérard Febvay, Toni Gabaldon, et al.. Using the “CycADS” annotation management system to develop a BioCyc metabolic network database for sequenced arthropods genomes: first steps towards “ArthropodsCyc”. Rencontres bioinformaticiens et statisticiens de l’INRA, Mar 2011, Versailles, France. 1 p., 2011. ⟨hal-02806205⟩
  • Andréane Rabatel, Gérard Febvay, Karen Gaget, Marie-Gabrielle Duport, Nadia Bendridi, et al.. Integration of metabolic pathways and host regulation in symbiosis: tyrosine and cuticular protein biosynthesis during the pea aphid embryonic development. 4. Réunion Réseau BAPOA, Nov 2011, Paris, France. 1 p., 2011. ⟨hal-02805925⟩
  • Panagiotis Sapountzis, Marie-Gabrielle Duport, Karen Gaget, Thomas Horn, Michael Boutros, et al.. Single insect and tissue compartment specific response to RNAi microinjection in aphids: each individual matters. 4. Annual Arthropod Genomics Symposium on “Arthropod Genomics: New Approaches and Outcomes”, Jun 2010, Kansas City, United States. 1 p., 2010. ⟨hal-02820936⟩
  • Ludovic Cottret, David Wildridge, Florence Vinson, Michael P. Barrett, Marie-France Sagot, et al.. MetExplore: a web server to link metabolomic experiments and genome-scale metabolic networks. JOBIM 2010, Sep 2010, Montpellier, France. 1 p., 2010, JOBIM 2010 Montpellier, Journée Ouvertes Biologie Informatique Mathématique, Montpellier, France, 7 - 9 septembre 2010. ⟨hal-02821730⟩
  • Augusto Vellozo, Patrice Baa-Puyoulet, Jaime Huerta-Cepas, Gérard Febvay, Federica Calevro, et al.. Using the “CycADS” annotation management system to develop a BioCyc metabolic network database for sequenced arthropods genomes: first steps towards “ArthropodsCyc”. 4. Annual Arthropod Genomics Symposium on “Arthropod Genomics: New Approaches and Outcomes”, Jun 2010, Kansas City, United States. 45 p., 2010, Fourth Annual Arthropod Genomics Symposium. ⟨hal-02753908⟩
  • Lilia Brinza, Federica Calevro, Marie-Gabrielle Duport, Yvan Rahbé, Pedro da Silva, et al.. Evolution of the regulatory network in Buchnera aphidicola, the obligate intracellular symbiotic bacteria of aphids. 18. Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution, Apr 2010, Lyon, France. 1 p., 2010. ⟨hal-02811608⟩
  • Nicolas Parisot, Karen Gaget, Stefano Colella, Andréane Rabatel, Federica Calevro, et al.. Analyse génomique de la fonction de transport dans le système symbiotique du puceron du pois Acyrthosiphon pisum. 16. Colloque de Biologie de l’Insecte, Oct 2010, Lyon, France. 126 p., 2010, CBI-2010 : 16ème Colloque de Biologie de l’Insecte, Lyon, 18 au 20 octobre 2010. ⟨hal-02755294⟩
  • Panagiotis Sapountzis, Marie-Gabrielle Duport, Karen Gaget, Séverine Balmand, Stéphanie Jaubert-Possamai, et al.. Réponse tissu-spécifique au traitement par RNAi chez le puceron du pois : une étude cinétique à l’échelle de l’individu. 16. Colloque de Biologie de l’Insecte, Oct 2010, Lyon, France. 126 p., 2010, CB-2010 : 16ème Colloque de Biologie de l'Insecte, Lyon, 18 au 20 octobre 2010. ⟨hal-02755004⟩
  • Fabrice Legeai, Stefano Colella, Jaime Huerta-Cepas, Jean-Pierre Gauthier, Augusto Vellozo, et al.. A tale of genome, annotations, metabolism and phylogenomics: the pea aphid genome resources. 10. Cold Spring Harbor Laboratory / Wellcome Trust conference on Genome Informatics, Sep 2010, Hinxton, United Kingdom. 1 p., 2010. ⟨hal-01231276⟩
  • Lilia Brinza, Federica Calevro, J. Vinuelas, Christian Gautier, Hubert Charles. Chromosome organisation in Buchnera: a dynamic active structure involved in gene expression regulation. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), Jun 2009, Nantes, France. ⟨hal-03506644⟩
  • Stefano Colella, Augusto Vellozo, L. Cottret, Gérard Febvay, Federica Calevro, et al.. Annotation of metabolism genes : towads the implementation of an Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) to perform metabolic network analyses. 4. Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 1", 2008, Princetown, juillet 2008, United States. 2008. ⟨hal-02818508⟩
  • J. Vinuelas, F. Calevro, J. Bernillon, Yvan Rahbé, G. Febvay, et al.. Genomic DNA: an attractive candidate for microarray data normalization. Integrative Post-Genomics - IPG'05, 2005, Lyon (France), novembre-décembre 2005, France. pp.1-1, 2005. ⟨hal-00391523⟩
  • Cédric Lefèvre, Hubert Charles, Agnès Vallier, Brian Farell, Abdelaziz Heddi. Phylogeny of intracellular symbiotic bacteria in the Dryophthoridae family: evidence for bacterial replacement in insect symbioses. Conférence Jacques Monod "Ecology and Evolution of Host-Parasite Relationships, Sep 2004, Roscoff, France. ⟨hal-03506631⟩
  • Federica Calevro, Hubert Charles, Nancie Reymond, Vincent Dugas, J.P. Cloarec, et al.. A preliminary methodological approach to study the transcriptome of Buchnera, the intracellular symbiotic bacteria of aphids. Journées de Post-Génomique de la Doua - JPGD'03, May 2003, Villeurbanne, France. ⟨hal-03506498⟩
  • Hubert Charles, Federica Calevro, Nancie Reymond, Frederique Laforest, Anne Tchounikine, et al.. Bioinformatique du transcriptome de Buchnera, symbiote intracellulaire des pucerons. Rencontres 2003 des Microbiologistes de l'INRA, May 2003, Dourdan, France. ⟨hal-03506503⟩
  • Nancie Reymond, Hubert Charles, Guillaume Beslon, Laurent Duret, Jean-Michel Fayard. ROSO: a software to search optimized oligonucleotide probes for microarrays. 14. Rencontres Régionales de la Recherche, Oct 2003, Saint-Etienne, France. ⟨hal-03506598⟩
  • Guillaume Beslon, Hubert Charles, Jean-Michel Fayard, Olivier Gandrillon, Olivier Mazet. Modeling evolution through a genetic regulation network. Journées de Post-Génomique de la Doua - JPGD'02, Mar 2002, Villeurbanne, France. ⟨hal-03506447⟩
  • Guillaume Beslon, Hubert Charles, Jean-Michel Fayard, Olivier Gandrillon, Olivier Mazet, et al.. Functional space approach for evolutionary algorithms. Journées de Post-Génomique de la Doua - JPGD'02, Mar 2002, Villeurbanne, France. ⟨hal-03506453⟩
  • Federica Calevro, Hubert Charles, Nancie Reymond, J.P. Cloarec, Yvan Rahbé, et al.. Analyse du transcriptome de Buchnera: développement d'une première puce à ADN. Journées de Post-Génomique de la Doua - JPGD'02, Mar 2002, Villeurbanne, France. ⟨hal-03506459⟩
  • Hubert Charles, Jean-Michel Fayard, Frederique Laforest, Anne Tchounikine. Système d'Information Transcriptome pour la plate-forme de la génopole Rhône-Alpes. Journées de Post-Génomique de la Doua - JPGD'02, Mar 2002, Villeurbanne, France. ⟨hal-03506466⟩
  • Cédric Lefèvre, Hubert Charles, Bernard Delobel, Paul Nardon, Abdelaziz Heddi. Histoire évolutive d'une symbiose : du parasitisme au mutualisme chez les charançons Dryophthoridae. 13. Rencontres Régionales de la Recherche, Sep 2002, Grenoble, France. ⟨hal-03506471⟩
  • Cédric Lefèvre, Hubert Charles, Bernard Delobel, Paul Nardon, Agnès Vallier, et al.. Origine des bactéries symbiotiques intracellulaires des Dryophtoridae : analyse phylogénétique basée sur un modèle d'évolution de l'ADN non homogène. Intersciences 2002, Colloque des doctorants scientifiques de Lyon, Apr 2002, Villeurbanne, France. ⟨hal-03506473⟩
  • Nancie Reymond, Hubert Charles, Guillaume Beslon, Laurent Duret, Jean-Michel Fayard. ROSO : A Software to Search Optimized Oligonucleotide Probes for Microarrays. 10. International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), Aug 2002, Edmonton, Canada. ⟨hal-03506483⟩
  • Nancie Reymond, Hubert Charles, Guillaume Beslon, Jean-Michel Fayard. ROSO : un logiciel de recherche et d'optimisation des sondes oligonucléotidiques. Journées de Post-Génomique de la Doua - JPGD'02, Mar 2002, Villeurbanne, France. ⟨hal-03506485⟩
  • Nancie Reymond, Hubert Charles, Guillaume Beslon, Jean-Michel Fayard. ROSO : un logiciel de recherche et d'optimisation des sondes oligonucléotidiques destinées aux puces à ADN. Intersciences 2002, Colloque des doctorants scientifiques de Lyon, Apr 2002, Villeurbanne, France. ⟨hal-03506486⟩
  • Nancie Reymond, Hubert Charles, Guillaume Beslon, Jean-Michel Fayard. ROSO : un logiciel de recherche et d'optimisation des sondes oligonucléotidiques destinées aux puces à ADN. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), Jun 2002, Saint-Malo, France. ⟨hal-03506488⟩
  • Hubert Charles, Nancie Reymond, Y. Rahbé, Abdelaziz Heddi, Jean-Michel Fayard. Etude du transcriptome de Buchnera aphidicola. Journées de Post-Génomique de la Doua - JPGD'01, Apr 2001, villeurbanne, France. ⟨hal-03506423⟩
  • Nancie Reymond, Hubert Charles, Guillaume Beslon, Jean-Michel Fayard. Développement d'un logiciel d'optimisation de sondes oligonucléotidiques destinées aux puces à ADN. Journées de Post-Génomique de la Doua - JPGD'01, Apr 2001, villeurbanne, France. ⟨hal-03506436⟩
  • Paul Nardon, Hubert Charles, Bernard Delobel, Christiane Nardon, Abdelaziz Heddi. Biodiversity of symbiosis in the Rhynchophoridae weevils. 18. International Congress of zoology, Sep 2000, Athenes, Greece. ⟨hal-03506415⟩
  • Hubert Charles, Abdelaziz Heddi, Paul Nardon. Caractérisation moléculaire de la bactérie principale du charançon des céréales Sitophilus oryzae (Coleoptera, Curculionidae). 12. Colloque de Physiologie de l'Insecte, Oct 1997, Nice, France. ⟨hal-03506391⟩
  • Hubert Charles, Paul Nardon. A chaperonin in the endocytobiosis of the weevil Sitophilus oryzae. 7. European Congress on Biotechnology, Feb 1995, Nice, France. ⟨hal-03506387⟩

Book sections8 documents

  • Hubert Charles. Modélisation : complexifier ou simplifier ?. Modélisation : succès et limites, publication des actes du colloques de l’académie des technologies du 6/12/2016, CNRS, pp.81-88, 2016. ⟨hal-03506007⟩
  • Hubert Charles, Federica Calevro. Définition des séquences sonde pour la PCR et pour les puces à ADN. Bioinformatique : Principes d’utilisation des outils, Editions Quae, 272 p., 2010, Savoir Faire (Quae), 978-2-7592-0870-8 978-2-7592-0870-8. ⟨hal-02813659⟩
  • Nancie Reymond, Hubert Charles, Sophie Rome, Jacques Marti. Les données d’expression. Informatique pour l’analyse du transcriptome, Hermes Science Publications, pp.45-65, 2004, 2-7462-0850-4. ⟨hal-03506005⟩
  • Paul Nardon, Hubert Charles. Morphological aspects of symbiosis. Joseph Seckbach. Cellular Origin and Life in Extreme Habitats, 4, Kluwer Academic Publishers, pp.13-44, 2002, Symbiosis, Mechanisms and Model Systems, ISBN: 978-94-017-3958-0. ⟨hal-03506001⟩
  • Hubert Charles, Paul Nardon. Intracellular symbiotic bacteria within insects. Enigmatic Microorganisms and Life in Extreme Environments, Springer, pp.651-660, 1999, 978-0-7923-5492-5. ⟨hal-03505998⟩
  • A. Heddi, Hubert Charles, Yvan Rahbé. Comparative and phylogenetic aspects of two insect endosymbioses : aphids and weevils. Cost 819. Entomopathogenic nematodes. Taxonomy, phylogeny and gnotobiological studies of entomopathogenic nematode bacterium complexes, 1999. ⟨hal-02839808⟩
  • Paul Nardon, Hubert Charles, Abdelaziz Heddi. Un modèle de symbiose : le charançon Sitophilus oryzae, implications evolutives. Jean-Marie EXBRAYAT, Janine FLATIN. L'évolution Philosophique. Science, Histoire ou Philosophie, Librairie Philosophique, pp.297-305, 1997, 2-7116-8302-8. ⟨hal-03505994⟩
  • Hubert Charles, Abdelaziz Heddi, Paul Nardon. A chaperonin-like in the principal endocytobiotes of the weevil Sitophilus.. Hainfried E.A. Schenk Reinhold G. Herrmann Kwang W. Jeon Norbert E. Müller Werner Schwemmler. Eukaryotism and Symbiosis : intertaxonic combination versus symbiotic adaptation, Springer, pp.395-402, 1997, 978-3-540-63375-4. ⟨hal-03505990⟩

Theses1 document

  • Hubert Charles. Aspects moléculaires de la bactérie symbiotique principale du charançon des céréales Sitophilus oryzae (Coléoptère, Curculionidae) et études de ses interactions avec l'hôte.. Sciences du Vivant [q-bio]. INSA de Lyon, 1997. Français. ⟨tel-00482251⟩

Habilitation à diriger des recherches1 document

  • Hubert Charles. Analyse du transcriptome de Buchnera aphidicola, la bactérie symbiotique du puceron Acyrthosiphon pisum. Sciences du Vivant [q-bio]. INSA de Lyon, 2006. ⟨tel-00482270⟩