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Phylogenomics and the reconstruction of the tree of life.

 Frédéric Delsuc , Henner Brinkmann , Hervé Philippe
Nature Reviews Genetics, 2005, 6 (5), pp.361-75. ⟨10.1038/nrg1603⟩
Article dans une revue halsde-00193293v1

Collodictyon triciliatum and Diphylleia rotans (=Aulacomonas submarina) form a new family of flagellates (Collodictyonidae) with tubular mitochondrial cristae that is phylogenetically distant from other flagellate groups.

 Guy Brugerolle , Geneviève Bricheux , Herve Philippe , Gérard Coffe
Protist, 2002, 153 (1), pp.59-70
Article dans une revue hal-00783603v1

Bayesian Comparisons of Codon Substitution Models

 Nicolas Rodrigue , Nicolas Lartillot , Herve Philippe
Genetics, 2008, 180 (3), pp.1579-1591. ⟨10.1534/genetics.108.092254⟩
Article dans une revue lirmm-00324423v1
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A Large and Consistent Phylogenomic Dataset Supports Sponges as the Sister Group to All Other Animals

 Paul Simion , Herve Philippe , Denis Baurain , Muriel Jager , Daniel J. Richter , et al.
Current Biology - CB, 2017, 27 (7), pp.958-967. ⟨10.1016/j.cub.2017.02.031⟩
Article dans une revue hal-01681528v1
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Lack of support for Deuterostomia prompts reinterpretation of the first Bilateria

 Paschalia Kapli , Paschalis Natsidis , Daniel Leite , Maximilian Fursman , Nadia Jeffrie , et al.
Science Advances , 2021, 7, pp.eabe2741. ⟨10.1126/sciadv.abe2741⟩
Article dans une revue hal-03046688v1
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The timing of eukaryotic evolution: does a relaxed molecular clock reconcile proteins and fossils?

 Emmanuel J.P. Douzery , Elizabeth A Snell , Eric Bapteste , Frédéric Delsuc , Hervé Philippe
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2004, 101 (43), pp.15386-91. ⟨10.1073/pnas.0403984101⟩
Article dans une revue halsde-00193035v1
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A Dirichlet Process Covarion Mixture Model and Its Assessments Using Posterior Predictive Discrepancy Tests

 Yan Zhou , Henner Brinkmann , Nicolas Rodrigue , Nicolas Lartillot , Herve Philippe
Molecular Biology and Evolution, 2010, 27 (2), pp.371-384. ⟨10.1093/molbev/msp248⟩
Article dans une revue hal-03459113v1

Phylogénie moléculaire

 Samuel Blanquart , Alexis Criscuolo , Christophe J Douady , Emmanuel Douzery , Nicolas Lartillot , et al.
Thierry Lefèvre; Michel Raymond; Frédéric Thomas. Biologie évolutive, De Boeck, 2010, 9782804101619
Chapitre d'ouvrage hal-04001134v1
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Les horloges moléculaires à l'heure de la génomique [Molecular dating in the genomic era]

 Emmanuel J.P. Douzery , Frédéric Delsuc , Herve Philippe
Médecine/Sciences, 2006, 22 (4), pp.374-80. ⟨10.1051/medsci/2006224374⟩
Article dans une revue halsde-00315396v1

Rooting the tree of life: the phylogenetic jury is still out

 Richard Gouy , Denis Baurain , Herve Philippe
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2015, 370 (1678), ⟨10.1098/rstb.2014.0329⟩
Article dans une revue hal-02962700v1
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Consensus assessment of the contamination level of publicly available cyanobacterial genomes

 Luc Cornet , Loic Meunier , Mick van Vlierberghe , R Léonard , Benoit Durieu , et al.
PLoS ONE, 2018, ⟨10.1371/journal.pone.0200323⟩
Article dans une revue hal-02415376v1
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Plasticity of animal genome architecture unmasked by rapid evolution of a pelagic tunicate

 France Denoeud , Simon Henriet , Sutada Mungpakdee , Jean-Marc Aury , Corinne da Silva , et al.
Science, 2010, 330 (6009), pp.1381-1385. ⟨10.1126/science.1194167⟩
Article dans une revue halsde-00544648v1

Genomic data do not support comb jellies as the sister group to all other animals

 Davide Pisani , Walker Pett , Martin Dohrmann , Roberto Feuda , Omar Rota Stabelli , et al.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2015, 112 (50), pp.15402-15407. ⟨10.1073/pnas.1518127112⟩
Article dans une revue hal-02025631v1

Genomic insights into the evolutionary origin of Myxozoa within Cnidaria

 E. Sally Chang , Moran Neuhof , Nimrod Rubinstein , Arik Diamant , Herve Philippe , et al.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2015, 112 (48), pp.14912-14917. ⟨10.1073/pnas.1511468112⟩
Article dans une revue hal-02960250v1
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Origine des Vertébrés : La tunique fait-elle le moine ? [Vertebrate origins: does the tunic make the man?]

 Frédéric Delsuc , Denis Baurain , Herve Philippe
Médecine/Sciences, 2006, 22 (8-9), pp.688-90. ⟨10.1051/medsci/20062289688⟩
Article dans une revue halsde-00315460v1
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Reconstructing trait evolution in plant evo–devo studies

 Pierre-Marc Delaux , Alexander Hetherington , Yoan Coudert , Charles Delwiche , Christophe Dunand , et al.
Current Biology - CB, 2019, 29 (21), pp.R1110-R1118. ⟨10.1016/j.cub.2019.09.044⟩
Article dans une revue hal-02355085v1
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Phylotranscriptomic consolidation of the jawed vertebrate timetree

 Iker Irisarri , Denis Baurain , Henner Brinkmann , Frédéric Delsuc , Jean-Yves Sire , et al.
Nature Ecology & Evolution, 2017, 1 (9), pp.1370-1378. ⟨10.1038/s41559-017-0240-5⟩
Article dans une revue hal-01879160v1
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Mitigating Anticipated Effects of Systematic Errors Supports Sister-Group Relationship between Xenacoelomorpha and Ambulacraria

 Hervé Philippe , Albert J Poustka , Marta Chiodin , Katharina J Hoff , Christophe Dessimoz , et al.
Current Biology - CB, 2019, 29 (11), pp.1818-1826.e6. ⟨10.1016/j.cub.2019.04.009⟩
Article dans une revue hal-02392672v1
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CAT : Un Modèle Phylogénétique Bayésien permettant de prendre en compte l'Hétérogénéité des Processus de Substitution entre Sites dans les Alignements Protéiques

 Nicolas Lartillot , Herve Philippe
Biosystema 22, 22, pp.97-104, 2004, Avenir et pertinence des méthodes d’analyse en phylogénie moléculaire, 2-9068922-22-X
Chapitre d'ouvrage lirmm-00108548v1
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Tunicates and not cephalochordates are the closest living relatives of vertebrates.

 Frédéric Delsuc , Henner Brinkmann , Daniel Chourrout , Herve Philippe
Nature, 2006, 439 (7079), pp.965-8. ⟨10.1038/nature04336⟩
Article dans une revue halsde-00315436v1
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Evaluation of the models handling heterotachy in phylogenetic inference

 Yan Zhou , Nicolas Rodrigue , Nicolas Lartillot , Herve Philippe
BMC Evolutionary Biology, 2007, 7, pp.206-219. ⟨10.1186/1471-2148-7-206⟩
Article dans une revue lirmm-00193702v1
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Assessing Site-Interdependent Phylogenetic Models of Sequence Evolution

 Nicolas Rodrigue , Herve Philippe , Nicolas Lartillot
Molecular Biology and Evolution, 2006, 23 (9), pp.1762-1775. ⟨10.1093/molbev/msl041⟩
Article dans une revue lirmm-00135041v1

Phylogenomic Insights into Animal Evolution

 Maximilian j. Telford , Graham e. Budd , Herve Philippe
Current Biology - CB, 2015, 25 (19), pp.R876-R887. ⟨10.1016/j.cub.2015.07.060⟩
Article dans une revue hal-02960322v1
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Additional molecular support for the new chordate phylogeny.

 Frédéric Delsuc , Georgia Tsagkogeorga , Nicolas Lartillot , Herve Philippe
Genesis, 2008, 46 (11), pp.592-604. ⟨10.1002/dvg.20450⟩
Article dans une revue istex halsde-00338411v1

Phylotranscriptomic analysis of the origin and early diversification of land plants

 Norman Wickett , Siavash Mirarab , Nam Nguyen , Tandy Warnow , Eric Carpenter , et al.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2014, 111 (45), pp.E4859-E4868. ⟨10.1073/pnas.1323926111⟩
Article dans une revue hal-02957997v1
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Phylotranscriptomic evidence for pervasive ancient hybridization among Old World salamanders

 Loïs Rancilhac , Iker Irisarri , Claudio Angelini , Jan Arntzen , Wiesław Babik , et al.
Molecular Phylogenetics and Evolution, 2021, 155, pp.106967. ⟨10.1016/j.ympev.2020.106967⟩
Article dans une revue hal-03100214v1
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A maximum likelihood framework for protein design

 Claudia Kleinman , Nicolas Rodrigue , Cécile Bonnard , Hervé Philippe , Nicolas Lartillot
BMC Bioinformatics, 2006, 7, pp.326-336. ⟨10.1186/1471-2105-7-326⟩
Article dans une revue lirmm-00135040v1

Le rôle des sciences face aux crises environnementales

 Jean-Marc Lévy-Leblond , Laure Teulières , Jean-Michel Hupé , Herve Philippe , Anthony Laurent
32èmes Journées Scientifiques de l'Environnement - Le rôle des sciences face aux crises environnementales : philosophie, responsabilités et engagements, Mar 2021, Créteil, France
Communication dans un congrès hal-03179423v1
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To What Extent Current Limits of Phylogenomics Can Be Overcome?

 Paul Simion , Frédéric Delsuc , Herve Philippe
Scornavacca, Celine; Delsuc, Frédéric; Galtier, Nicolas. Phylogenetics in the Genomic Era, No commercial publisher | Authors open access book, pp.2.1:1--2.1:34, 2020
Chapitre d'ouvrage hal-02535366v1
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Evaluating the usefulness of alignment filtering methods to reduce the impact of errors on evolutionary inferences

 Arnaud Di Franco , Raphaël Poujol , Denis Baurain , Herve Philippe
BMC Evolutionary Biology, 2019, 19 (1), ⟨10.1186/s12862-019-1350-2⟩
Article dans une revue hal-02414477v1
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