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Hélène Chiapello
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Documents
Identifiants chercheurs
- helene-chiapello
- 0000-0001-5102-0632
- IdRef : 225345390
Présentation
**Professional experience**
**• INRAE:** research engineer in microbial bioinformatics at the Microbiology and the food chain (MICA) scientific division, MaIAGE (Applied Mathematics and Computer Science, from Genomes to Environment) research unit, INRAE Jouy-en-Josas, France
**• SFBI** (French Society of Bioinformatics): member of the board (2014-2020) and deputy president (2016-2020)
**• IFB** (French Institute of Bioinformatics): co-coordinator of Training (since 2017), member of the steering committee (since 2020) and Elixir deputy Training coordinator (since 2021)
**• DUBii** (University Diploma in Integrative Bioinformatics): Co-head of the diploma (2018, 2019, 2020)
**Education**
• 2016: HDR - Paul Sabatier university (Toulouse 3)
• 1999: PhD - Pierre & Marie Curie university (Paris 6)
• 1990: Master in Biochemistry - Pierre & Marie Curie university (Paris 6)
Publications
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IFB/ELIXIR-FR, the french node of ELIXIRISMB ECCB 2023, International Society for Computational Biology, Jul 2023, Lyon, France
Communication dans un congrès
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ICEscreen: a valuable tool for automatic detection of ICEs and IMEs in FirmicutesRéunion du GDR3546 Eléments transposables, Dec 2022, Paris, France
Communication dans un congrès
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Mobile Genetic Elements transferring by conjugation in the human commensal bacterium Streptococcus salivarius: abundance, diversity and role in the adaptation to environment.Réunion du GDR3546 Eléments transposables, Dec 2021, Paris, France
Communication dans un congrès
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The ICE/IME Finder approach and its application to ICE/IME annotation in Streptococcus.8th symposium on Antimicrobial Resistance in Animal and Environment, Jul 2019, Tours, France
Communication dans un congrès
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A workflow to build a relevant and reduced bacterial dataset from NCBIJOBIM : Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France
Communication dans un congrès
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Evolution et co-évolution des petits ARNs régulateurs et des gènes codants chez les bactériesANSES - Séminaire DEBUG, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES). FRA., Jun 2018, Toulouse, France
Communication dans un congrès
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Integrating Tara oceans data sets using multiple kernels15th European Conference on Computational Biology (ECCB 2016), Workshop "Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM)", Sep 2016, The Hague, Netherlands. pp.3
Communication dans un congrès
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Genome evolution of fungal pathogens from the Magnaporthe oryzae/grisea clade.27th Fungal Genetics Conference - Asilomar Conference Grounds,, Mar 2013, Asilomar, United States. p.76
Communication dans un congrès
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Evolution of the pan-secretome among lineages of Magnaporthe oryzae attacking different host-plants27th Fungal Genetics Conference, Mar 2013, Asilomar, United States. pp.281
Communication dans un congrès
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Deciphering why Salmonella Gallinarum is less invasive in vitro than Salmonella EnteritidisI3S International Symposium Salmonella and Salmonellosis, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA). FRA., May 2013, Saint Malo, France
Communication dans un congrès
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Genomic comparison within Xenorhabdus genus: X. poinarii species characterized by a small genome and attenuated virulence toward insects5. Congress of European Microbiologists (FEMS 2013), Jul 2013, Leipzig, Allemagne
Communication dans un congrès
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The GEMO project: Analysis and comparison of genomes of the fungal pathogen Magnaporthe oryzaeJOBIM-Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2012, Rennes, France. pp.379-380
Communication dans un congrès
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GEMO project: Genetic bases of pathogenicity and host specificity analyzed through comparative and evolutionary genomics in the model fungus Magnaporthe9. Rencontres de Phytopathologie-Mycologie de la Société Française de Phytopathologie (SFP), Jan 2012, Aussois, France. pp.82-82
Communication dans un congrès
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Alignement de génomes bactériens : méthodes, évaluation et exemples d'applications.Seminaire IRISA ( Symbiose ), Jan 2012, Rennes, France
Communication dans un congrès
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Genomic diversity of 24 Propionibacterium freudenreichii 1 strains6 Conference on Functional Genomics of Gram-positive Microorganisms 16 International Conference on Bacilli, Jun 2011, Montecatini, Italy
Communication dans un congrès
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The GEMO project: Analysis and comparison of genomes of the fungal pathogen Magnaporthe oryzaeConférence EMBO, Nov 2011, Sant Feliu de Guixols, Spain. pp.1
Communication dans un congrès
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Evaluation et comparaison de logiciels de visualisation et d’exploration de génomesSeminaire Institut Pasteur, 2011, Paris, France
Communication dans un congrès
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Comparaison et annotation de 9 génomes de MagnaportheRéunion du groupe Champignons du REID, Nov 2011, Paris, France
Communication dans un congrès
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Evaluating Genome Browsers Using a Software Qualification Method EvaluationJOBIM 2010, Sep 2010, Montpellier, France. pp.196
Communication dans un congrès
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GEMO: an innovative project on Evolutionary Genomics of Magnaporthe oryzae8. Rencontres de Phytopathologie-Mycologie de la Société Française de Phytopathologie (SFP), Jan 2010, Aussois, France
Communication dans un congrès
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Web services for microbial genome annotation using data integrationJOBIM 2010 : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Sep 2010, Montpellier, France
Communication dans un congrès
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Origine des Spécificités Phénotypiques de la Levure œnologique a travers une Approche GénomiqueJOBIM 2010 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Sep 2010, Montpellier, France. pp.184
Communication dans un congrès
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Comparison and evolution of closely related genomes: methods and examples of applications in bacteria and fungiSéminaire du LIPM, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Interactions Plantes - Microorganismes (0441)., Nov 2010, Toulouse, France
Communication dans un congrès
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Assessing the robustness of complete bacterial genomeRECOMB-CG 2010, Oct 2010, Ottawa, Canada. ⟨10.1007/978-3-642-16181-0_15⟩
Communication dans un congrès
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Improved sensitivity and reliability of anchor based genome alignmentJOBIM - Journées Ouvertes en Biologie Informatique Mathématiques2009 - Nantes :, Jun 2009, Nantes, France. 259 p
Communication dans un congrès
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Improved Sensitivity And Reliability Of Anchor Based Genome AlignmentJOBIM'09 : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2009, Nantes, France. pp.31-36
Communication dans un congrès
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How to measure the robustness of bacterial genome comparisons?10èmes Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jun 2009, Nantes, France. pp.257
Communication dans un congrès
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FAIR training handbook2023
Ouvrages
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SPiD: a subtilis protein interaction database5 p., 2000
Ouvrages
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Banques et bases de données en biologieBio-Informatique - principes d'utilisation des outils, Editions Quae, 2010
Chapitre d'ouvrage
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Gene predictionFunctional plant genomics, Science Publishers, 2007, 978-1-57808-506-4
Chapitre d'ouvrage
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Databases in biologyFunctional Plant Genomics, Science Publishers, 2007, 978-1-57808-506-4
Chapitre d'ouvrage
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Introduction to bioinformaticsFunctional Plant Genomics, Science Publishers, 2007, 978-1-57808-506-4
Chapitre d'ouvrage
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Annotation and databases : status and prospectsDatabase annotation in molecular biology : principles and practice, Wiley, 2004, 978-0-470-85681-9
Chapitre d'ouvrage
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Prédiction de gènesLa génomique en biologie végétale, INRA Editions, 2004, Science Update, 2-7380-1167-5
Chapitre d'ouvrage
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Banques et bases de données en biologieLa génomique en biologie végétale, INRA Editions, 2004, Science Update, 2-7380-1167-5
Chapitre d'ouvrage
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