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Gilles Pilate

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Présentation

### **Équipe Physiologie Moléculaire de la Formation du Bois (BOIS) - "Décryptage des mécanismes moléculaires impliqués dans la formation du bois"** [https://www6.val-de-loire.inrae.fr/biofora/Recherche/Equipe-BOIS ](https://www6.val-de-loire.inrae.fr/biofora/Recherche/Equipe-BOIS) <gilles.pilate@inrae.fr> ### Fonctions Directeur de Recherches à l’UMR BioForA (Biologie intégrée pour la valorisation de la diversité des arbres et de la forêt, rattachée au département ECOFA) Responsable scientifique du LICA (<https://www6.inrae.fr/lica>) Chargé de mission auprès de la Présidence du Centre INRAE Val de Loire ### Diplômes - 2019. **DU BioInformatique Intégrée**, Université Paris Diderot - 2002. **HDR Sciences de la Vie**, CNU section 66, UFR Sciences, Université d’Orléans - 1985-1987. **Thèse de l’Université Paris VI**, Sciences de la Vie, Biologie et Physiologie végétales, Laboratoire d’Ontogenèse expérimentale, Université Paris VI, bourse MRT. Etude du role des phytohormones dans le développement végétatif et floral chez Pseudotsuga menziesii (Mirb.) Franco, par des méthodes immunoenzymatiques. - 1984. **DEA de Biologie et Physiologie Végétales**, Université Paris VI. Contribution à l’étude de la micropropagation de la jojoba, Simmondsia chinensis (Link) Schneid. ### Expériences professionnelles - Novembre 1991-présent. Chercheur INRA puis INRAE, UMR BioForA, Centre Val de Loire - 1989-1991. Research Associate, Conifer Biotechnology Lab, Plant Biotechnology Institute, NRCC, Saskatoon, Saskatchewan, Canada - 1988. Stage post-doctoral, Molecular Genetic Lab, Biological Science Division, NRCC, Ottawa, Ontario, Canada, Summit Canadian fellowship. ### Sociétés savantes - 2009. Elu à l’ “International Academy of Wood Science” ### Thèmes de Recherche / techniques utilisées - Etude des déterminants moléculaires responsable des contraintes mises en place dans le bois de tension (collaboration avec LMGC (CNRS Montpellier) et ECOFOG UMR INRAE CNRS Guyane, projet ANR Blanc ‘Stress in Trees’, thèses de Fernanda Guedes et de Amra Secerovic - Aptitude à la saccharification de bois de peupliers GM à lignines modifiées. Collaboration avec le VIB Ghent, BIA INRAE Nantes, IJPB INRAE Versailles, FARE INRAE Reims - Bois de tension : peluchage et aptitude à la saccharification (projet FP7 EnergyPoplar, projet ANR Blanc Stress in Trees, projet régional OPeNSPeNU) - Vers l’élaboration d’un modèle de construction des parois secondaires des fibres de bois chez le peuplier (thèse de Clément Cuello) - Mise en oeuvre des nouvelles techniques d’édition du génome sur le peuplier (projet PIA Genius
### **Molecular Physiology of Wood Formation Team (BOIS) - "Deciphering molecular mechanisms responsible for wood formation"** <https://www6.val-de-loire.inrae.fr/biofora/Recherche/Equipe-BOIS> <gilles.pilate@inrae.fr> ### Position Research Officer at BioForA UMR (Integrated Biology for Forest and Tree Diversity Valuation, part of the ECOFA Department of INRAE) Scientific Manager of LICA (Tree Cellular Engineering Lab, [https://www6.inrae.fr/lica](https://www6.inrae.fr/lica,)) Assignment manager to the Presidence of INRAE Val de Loire Centre ### Education - 2019. **DU Integrated Bioinformatics**, Paris Diderot University - 2002. **HDR in Life Sciences**, Faculty of Sciences, Orleans University - 1985-1987. **PhD thesis**, Paris VI University, Life Sciences, Plant Biology and Physiology, Experimental Ontogeny Laboratory, fellowship from the French Research Ministry - 1984. **MS degree in Plant Biology and Physiology**, Paris VI University ### Professional experiences - November 1991-present. Research scientist at INRA, now INRAE, BioForA UMR (previously AGPF), Val de Loire Centre - 1989-1991. Research Associate, Conifer Biotechnology Lab, Plant Biotechnology Institute, NRCC, Saskatoon, Saskatchewan, Canada - 1988. Post-doctoral position, Molecular Genetic Laboratory, Biological Science Division, NRCC, Ottawa, Ontario, Canada, Summit Canadian fellowship. ### Academic associations - 2009 : elected at the “International Academy of Wood Science” ### Research area / technical skills - Identification of the molecular mechanisms responsible for the tension stresses present in the cell walls of tension wood fibres. Collaborations with LMGC (CNRS-Montpellier) and ECOFOG (INRAE CNRS UMR in French Guyana, ANR Blanc project ‘Stress in Trees’, PhD of Fernanda Guedes and Amra Secerovic) - Effects of lignin modifications of GM poplar wood on saccharification efficiency. Collaboration with VIB Ghent, BIA (INRAE Nantes), IJPB (INRAE Versailles), FARE (INRAE Reims) - Tension wood : lint and saccharification efficiency (FP7 EnergyPoplar EU project, ANR Blanc project ‘Stress in Trees’, regional project ‘OPeNSPeNU’) - Toward designing a model for secondary cell wall construction in poplar wood fibres (Clément Cuello PhD) - Implementation on poplar of novel genome editing techniques (PIA Genius project)

Publications

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Alterations in the phenylpropanoid pathway affect poplar ability for ectomycorrhizal colonisation and susceptibility to root-knot nematodes

Marc Behr , Fabien Baldacci-Cresp , Annegret Kohler , Kris Morreel , Geert Goeminne
Mycorrhiza, 2020, 30 (5), pp.555-566. ⟨10.1007/s00572-020-00976-6⟩
Article dans une revue hal-02948350v1
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Analytical Py-GC/MS of Genetically Modified Poplar for the Increased Production of Bio-aromatics

Gorugantu Sribala , Hilal Ezgi Toraman , Steffen Symoens , Annabelle Déjardin , Gilles Pilate
Computational and Structural Biotechnology Journal, 2019, 17, pp.599 - 610. ⟨10.1016/j.csbj.2019.04.007⟩
Article dans une revue hal-02622567v1

Certification for gene-edited forests

Steven H. Strauss , Wout Boerjan , Vincent Chiang , Adam Costanza , Heather Coleman
Science, 2019, 365 (6455), pp.767 - 768. ⟨10.1126/science.aay6165⟩
Article dans une revue hal-02620207v1

The effect of altered lignin composition on mechanical properties of CINNAMYL ALCOHOL DEHYDROGENASE (CAD) deficient poplars

Merve Ozparpucu , Notburga Gierlinger , Ingo Burgert , Rebecca van Acker , Ruben Vanholme
Planta, 2018, 247 (4), pp.887 - 897. ⟨10.1007/s00425-017-2828-z⟩
Article dans une revue hal-02621180v1

Application of Py-GC/MS coupled with PARAFAC2 and PLS-DA to study fast pyrolysis of genetically engineered poplars

Hilal E. Toraman , Victor Abrahamsson , Ruben Vanholme , Rebecca van Acker , Frederik Ronsse
Journal of Analytical and Applied Pyrolysis, 2018, 129, pp.101 - 111. ⟨10.1016/j.jaap.2017.11.022⟩
Article dans une revue hal-02621206v1

Different Routes for Conifer- and Sinapaldehyde and Higher Saccharification upon Deficiency in the Dehydrogenase CAD1

Rebecca van Acker , Annabelle Dejardin , Sandrien Desmet , Lennart Hoengenaert , Ruben Vanholme
Plant Physiology, 2017, 175 (3), pp.1018 - 1039. ⟨10.1104/pp.17.00834⟩
Article dans une revue hal-02624701v1

EU Regulations Impede Market Introduction of GM Forest Trees

René Custers , Detlef Bartsch , Matthias Fladung , Ove Nilsson , Gilles G. Pilate
Trends in Plant Science, 2016, 21 (4), pp.283 - 285. ⟨10.1016/j.tplants.2016.01.015⟩
Article dans une revue hal-02630896v1
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Improved saccharification and ethanol yield from field-grown transgenic poplar deficient in cinnamoyl-CoA reductase

Rebecca van Acker , Jean-Charles Leplé , Dirk Aerts , Véronique Storme , Geert Goeminne
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2014, 111 (2), pp.845-850. ⟨10.1073/pnas.1321673111⟩
Article dans une revue hal-01204007v1

Downregulation of cinnamoyl-coenzyme A reductase in poplar: multiple-level phenotyping reveals effects on cell wall polymer metabolism and structure

Jean-Charles Leplé , Rébecca Dauwe , Kris Morreel , Véronique Storme , Catherine Lapierre
The Plant cell, 2007, 19 (11), pp.3669-3691. ⟨10.1105/tpc.107.054148⟩
Article dans une revue hal-01203850v1