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Gilles Pilate

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Présentation

### **Équipe Physiologie Moléculaire de la Formation du Bois (BOIS) - "Décryptage des mécanismes moléculaires impliqués dans la formation du bois"** [https://www6.val-de-loire.inrae.fr/biofora/Recherche/Equipe-BOIS ](https://www6.val-de-loire.inrae.fr/biofora/Recherche/Equipe-BOIS) <gilles.pilate@inrae.fr> ### Fonctions Directeur de Recherches à l’UMR BioForA (Biologie intégrée pour la valorisation de la diversité des arbres et de la forêt, rattachée au département ECOFA) Responsable scientifique du LICA (<https://www6.inrae.fr/lica>) Chargé de mission auprès de la Présidence du Centre INRAE Val de Loire ### Diplômes - 2019. **DU BioInformatique Intégrée**, Université Paris Diderot - 2002. **HDR Sciences de la Vie**, CNU section 66, UFR Sciences, Université d’Orléans - 1985-1987. **Thèse de l’Université Paris VI**, Sciences de la Vie, Biologie et Physiologie végétales, Laboratoire d’Ontogenèse expérimentale, Université Paris VI, bourse MRT. Etude du role des phytohormones dans le développement végétatif et floral chez Pseudotsuga menziesii (Mirb.) Franco, par des méthodes immunoenzymatiques. - 1984. **DEA de Biologie et Physiologie Végétales**, Université Paris VI. Contribution à l’étude de la micropropagation de la jojoba, Simmondsia chinensis (Link) Schneid. ### Expériences professionnelles - Novembre 1991-présent. Chercheur INRA puis INRAE, UMR BioForA, Centre Val de Loire - 1989-1991. Research Associate, Conifer Biotechnology Lab, Plant Biotechnology Institute, NRCC, Saskatoon, Saskatchewan, Canada - 1988. Stage post-doctoral, Molecular Genetic Lab, Biological Science Division, NRCC, Ottawa, Ontario, Canada, Summit Canadian fellowship. ### Sociétés savantes - 2009. Elu à l’ “International Academy of Wood Science” ### Thèmes de Recherche / techniques utilisées - Etude des déterminants moléculaires responsable des contraintes mises en place dans le bois de tension (collaboration avec LMGC (CNRS Montpellier) et ECOFOG UMR INRAE CNRS Guyane, projet ANR Blanc ‘Stress in Trees’, thèses de Fernanda Guedes et de Amra Secerovic - Aptitude à la saccharification de bois de peupliers GM à lignines modifiées. Collaboration avec le VIB Ghent, BIA INRAE Nantes, IJPB INRAE Versailles, FARE INRAE Reims - Bois de tension : peluchage et aptitude à la saccharification (projet FP7 EnergyPoplar, projet ANR Blanc Stress in Trees, projet régional OPeNSPeNU) - Vers l’élaboration d’un modèle de construction des parois secondaires des fibres de bois chez le peuplier (thèse de Clément Cuello) - Mise en oeuvre des nouvelles techniques d’édition du génome sur le peuplier (projet PIA Genius
### **Molecular Physiology of Wood Formation Team (BOIS) - "Deciphering molecular mechanisms responsible for wood formation"** <https://www6.val-de-loire.inrae.fr/biofora/Recherche/Equipe-BOIS> <gilles.pilate@inrae.fr> ### Position Research Officer at BioForA UMR (Integrated Biology for Forest and Tree Diversity Valuation, part of the ECOFA Department of INRAE) Scientific Manager of LICA (Tree Cellular Engineering Lab, [https://www6.inrae.fr/lica](https://www6.inrae.fr/lica,)) Assignment manager to the Presidence of INRAE Val de Loire Centre ### Education - 2019. **DU Integrated Bioinformatics**, Paris Diderot University - 2002. **HDR in Life Sciences**, Faculty of Sciences, Orleans University - 1985-1987. **PhD thesis**, Paris VI University, Life Sciences, Plant Biology and Physiology, Experimental Ontogeny Laboratory, fellowship from the French Research Ministry - 1984. **MS degree in Plant Biology and Physiology**, Paris VI University ### Professional experiences - November 1991-present. Research scientist at INRA, now INRAE, BioForA UMR (previously AGPF), Val de Loire Centre - 1989-1991. Research Associate, Conifer Biotechnology Lab, Plant Biotechnology Institute, NRCC, Saskatoon, Saskatchewan, Canada - 1988. Post-doctoral position, Molecular Genetic Laboratory, Biological Science Division, NRCC, Ottawa, Ontario, Canada, Summit Canadian fellowship. ### Academic associations - 2009 : elected at the “International Academy of Wood Science” ### Research area / technical skills - Identification of the molecular mechanisms responsible for the tension stresses present in the cell walls of tension wood fibres. Collaborations with LMGC (CNRS-Montpellier) and ECOFOG (INRAE CNRS UMR in French Guyana, ANR Blanc project ‘Stress in Trees’, PhD of Fernanda Guedes and Amra Secerovic) - Effects of lignin modifications of GM poplar wood on saccharification efficiency. Collaboration with VIB Ghent, BIA (INRAE Nantes), IJPB (INRAE Versailles), FARE (INRAE Reims) - Tension wood : lint and saccharification efficiency (FP7 EnergyPoplar EU project, ANR Blanc project ‘Stress in Trees’, regional project ‘OPeNSPeNU’) - Toward designing a model for secondary cell wall construction in poplar wood fibres (Clément Cuello PhD) - Implementation on poplar of novel genome editing techniques (PIA Genius project)

Publications

nathalie-boizot

Integrative biology of secondary cell wall formation in poplar wood fibers and rays

Clément Cuello , Françoise Laurans , Odile Rogier , Marie-Claude Lesage-Descauses , Nathalie Boizot
XV Cell Wall Meeting, Jul 2019, Cambridge, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-02967651v1
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Characterization of a poplar GM tree with strong alterations in growth and wood anatomy: transgene expression level vs insertion site effects?

Miyuki Takeuchi , Fernanda Trilstz Perassolo Guedes , Françoise Laurans , Marie-Claude Lesage Descauses , Nathalie Boizot
IUFRO Tree Biotech 2017, Jun 2017, Concepcion, Chile
Communication dans un congrès hal-01605241v1

Changements biochimiques pendant la maturation des parois

Fernanda Guedes , Françoise Laurans , Bernard Quemener , Amra Secerovic , Carole Antoine Assor
Workshop final du projet ANR Blanc StressInTrees "Approches couplées physiologique et micro-mécanique de la génération des contraintes de maturation dans le bois de tension", Jun 2017, Orléans, France
Communication dans un congrès hal-01605687v1

Both ChIP-SEQ and in planta gene modification demonstrate the involvement of MYB090 and MYB156 in secondary cell wall formation in poplar

Wassim Lakhal , Nathalie Boizot , Marie-Claude Lesage Descauses , Odile Rogier , Véronique Laine-Prade
INUPRAG-Meeting 2015, Oct 2015, Nancy, France
Communication dans un congrès hal-01604786v1
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Evaluation of non-cellulosic polysaccharide distribution in differentiating and mature poplar tension wood fibres: abundance of rhamnogalacturonan I, presence of acetylated glucomannan and absence of xyloglucan in the G-layer

Fernanda Guedes , Françoise F. Laurans , Bernard Quemener , Carole Assor , Nathalie Boizot
8. Plant Biomechanics International Conference PBM8, Nov 2015, Nagoya, Japan
Communication dans un congrès hal-02742591v1
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Searching for polysaccharides specific to tension wood fibers

Fernanda Guedes , Françoise F. Laurans , Carole Assor , Nathalie Boizot , Marie-Claude Lesage Descauses
7. Plant Biomechanics International Conference, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR UMR INRA / Univ. Clermont 2 : Physiologie Intégrée de l'Arbre Fruitier et Forestier (PIAF) (0547)., Aug 2012, Clermont-Ferrand, France
Communication dans un congrès hal-02746052v1

Identification of the in vivo DNA targets of transcription factors involved in tension wood formation

Annabelle Dejardin , Nathalie Boizot , Carole Latruwe , Martine Decoville , Jean-Charles Leplé
Workshop "Systems biology for plant design", Jul 2009, Wageningen, Netherlands
Communication dans un congrès hal-02756157v1
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Fiber-and ray-specific transcriptomics in poplar wood: what can we learn for the building of secondary cell walls?

Annabelle Déjardin , Clément Cuello , Françoise Laurans , Marie-Claude Lesage-Descauses , Odile Rogier
12èmes journées du Réseau Français des Parois, May 2019, Roscoff, France. 2019
Poster de conférence hal-03289317v1
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Caractérisation des parois de bois de peuplier soumis à des contraintes environnementales

Sophie Le-Gall , Lucie Le Bot , Bérengère Marais , Emilie Masson , David Ropartz
12èmes journées du Réseau Français des Parois, May 2019, Roscoff, France. 2019
Poster de conférence hal-03289320v1

Valorisation des ressources forestières régionales pour la production de moules de cuisson en bois déroulé

Anne Lavalette , Olivier de Bussac , Nathalie Boizot , Jean-Paul Charpentier , Vanina Guerin
8e journées du GDR 3544 Sciences du bois, Nov 2019, Epinal, France
Poster de conférence hal-03557306v1
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Unraveling the function of MYB090 and MYB156 in secondary cell wall formation in poplar using both ChIP-SEQ and in planta gene modification approach

Annabelle Dejardin , Wassim Lakhal , Nathalie Boizot , Marie-Claude Lesage Descauses , Odile Rogier
XIV Cell Wall Meeting, Jun 2016, Chania, Grèce. , 2016, XIV Cell Wall Meeting. Programme and Book of Abstracts
Poster de conférence hal-02740921v1
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Biochemical and histochemical characterization of the polysaccharides present in the G-layer of wild type and AGP-modified transgenic poplars

Fernanda Guedes , Françoise F. Laurans , Carole Assor , Miyuki Takeuchi , Nathalie Boizot
13. Cell Wall Meeting, Jul 2013, Nantes, France. 2013, The 13th Cell Wall Meeting : abstract book
Poster de conférence hal-02748700v1
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Both ChIP-SEQ and in planta gene modification indicate a function of PtaMYB221in lignin biosynthesis and secondary cell wall formation in poplar

Wassim Lakhal , Nathalie Boizot , Marie-Claude Lesage Descauses , Jean-Charles Leplé , Françoise F. Laurans
13. Cell Wall Meeting, Jul 2013, Nantes, France. 2013, The 13th Cell Wall Meeting : abstract book
Poster de conférence hal-02749954v1
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Identification, cibles et diversité de régulateurs expressionnels majeurs impliqués dans la production de biomasse chez le peuplier

Véronique V. Jorge , Jean-Charles Leplé , Vincent Segura , Marie-Claude Lesage Descauses , Redouane El Malki
Séminaire AIP Bio-ressources, Feb 2013, Paris, France. 2013, ⟨10.13140/RG.2.1.3449.0403⟩
Poster de conférence hal-02807304v1
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Identification in vivo des ADN cibles de facteurs de transcription impliqués dans la formation du bois de tension

Pascale Ferrigno , Nathalie Boizot , Wassim Lakhal , Marie-Claude Lesage Descauses , Jean-Charles Leplé
Journées du Réseau Français des Parois, Jun 2011, Villeneuve d’Ascq, France. , 2011, Journées du Réseau Français des Parois. Programme et Résumés
Poster de conférence hal-02745476v1