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Gilles Didier

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Publications

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The Cauchy Process on Phylogenies: a Tractable Model for Pulsed Evolution

Paul Bastide , Gilles Didier
Systematic Biology, 2023, 72 (6), pp.1296-1315,. ⟨10.1093/sysbio/syad053⟩
Article dans une revue hal-04061506v2

Editorial: Timetrees: Incorporating fossils and molecules

Michel Laurin , Gilles Didier , Rachel Warnock
Frontiers in Genetics, 2022, 13, ⟨10.3389/fgene.2022.937763⟩
Article dans une revue hal-03709640v1
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Probabilities of tree topologies with temporal constraints and diversification shifts

Gilles Didier
Peer Community Journal, 2021, 1, pp.e65. ⟨10.24072/pcjournal.73⟩
Article dans une revue hal-01865425v1
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Distributions of extinction times from fossil ages and tree topologies: the example of mid-Permian synapsid extinctions

Gilles Didier , Michel Laurin
PeerJ, 2021, 9, pp.e12577. ⟨10.7717/peerj.12577⟩
Article dans une revue hal-03258099v3
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The fossil record of camelids demonstrates a late divergence between Bactrian camel and dromedary

Denis Geraads , Gilles Didier , Andrew Barr , Denné Reed , Michel Laurin
Acta Palaeontologica Polonica, 2020, 65 (2), pp.251-260. ⟨10.4202/app.00727.2020⟩
Article dans une revue hal-02895911v1
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Exact distribution of divergence times from fossil ages and tree topologies

Gilles Didier , Michel Laurin
Systematic Biology, 2020, 69 (6), pp.1068-1087. ⟨10.1101/490003⟩
Article dans une revue hal-01952736v1
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Optimal pattern matching algorithms

Gilles Didier
Journal of Complexity, 2019, 51, pp.79 - 109. ⟨10.1016/j.jco.2018.10.003⟩
Article dans une revue hal-01310164v1
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Testing for correlation between traits under directional evolution

Manuela Royer-Carenzi , Gilles Didier
Journal of Theoretical Biology, 2019, 482, ⟨10.1016/j.jtbi.2019.08.013⟩
Article dans une revue hal-02057232v1
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Parsimony‐based test for identifying changes in evolutionary trends for quantitative characters: implications for the origin of the amniotic egg

Gilles Didier , Olivier Chabrol , Michel Laurin
Cladistics, 2019, 35 (5), pp.576-599. ⟨10.1111/cla.12371⟩
Article dans une revue hal-01609238v1
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Detecting the molecular basis of phenotypic convergence

Olivier Chabrol , Manuela Royer-Carenzi , Pierre Pontarotti , Gilles Didier
Methods in Ecology and Evolution, 2018, 9 (11), pp.2170-2180. ⟨10.1111/2041-210X.13071⟩
Article dans une revue hal-01532965v1
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Identifying communities from multiplex biological networks by randomized optimization of modularity

Gilles Didier , Alberto Valdeolivas , Anaïs Baudot
Article dans une revue hal-01881798v1
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Designing optimal-and fast-on-average pattern matching algorithms

Gilles Didier , Laurent Tichit
Journal of Discrete Algorithms, 2017, 42, pp.45-60
Article dans une revue hal-01310165v1

Likelihood of tree topologies with fossils and diversification rate estimation

Gilles Didier , Marine Fau , Michel Laurin
Systematic Biology, 2017, ⟨10.1093/sysbio/syx045⟩
Article dans une revue hal-01270368v1
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A comparison of ancestral state reconstruction methods for quantitative characters

Manuela Royer-Carenzi , Gilles Didier
Journal of Theoretical Biology, 2016, 404, pp. 126--142. ⟨10.1016/j.jtbi.2016.05.029⟩
Article dans une revue hal-01261430v1

Identifying communities from multiplex biological networks.

Gilles Didier , Christine Brun , Anaïs Baudot
PeerJ, 2015, 3:e1525, ⟨10.7717/peerj.1525⟩
Article dans une revue hal-01255282v1
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Choosing the best ancestral character state reconstruction method.

Manuela Royer-Carenzi , Pierre Pontarotti , Gilles Didier
Mathematical Biosciences, 2013, 242 (1), pp.95-109. ⟨10.1016/j.mbs.2012.12.003⟩
Article dans une revue hal-00830797v1
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The reconstructed evolutionary process with the fossil record

Gilles Didier , Manuela Royer-Carenzi , Michel Laurin
Journal of Theoretical Biology, 2012, 315, pp.26-37. ⟨10.1016/j.jtbi.2012.08.046⟩
Article dans une revue hal-01105197v1

Variable length local decoding and alignment-free sequence comparison

Gilles Didier , Eduardo L Corel , Ivan Laprevotte , Alexander Grossmann , Claudine Landès-Devauchelle
Theoretical Computer Science, 2012, 462, pp.1 - 11. ⟨10.1016/j.tcs.2012.08.005⟩
Article dans une revue hal-01614104v1

Relations between gene regulatory networks and cell dynamics in Boolean models

Gilles Didier , Elisabeth Remy
Discrete Applied Mathematics, 2012, 160 (15), pp.2147 - 2157. ⟨10.1016/j.dam.2012.05.010⟩
Article dans une revue hal-01258494v1
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Mapping multivalued onto Boolean dynamics

Gilles Didier , Elisabeth Remy , Claudine Chaouiya
Journal of Theoretical Biology, 2011, 270 (1), pp.177. ⟨10.1016/j.jtbi.2010.09.017⟩
Article dans une revue hal-00656334v1

Parametric Maximum Parsimonious Reconstruction on Trees

Gilles Didier
Bulletin of Mathematical Biology, 2011, 73, pp.1477-1502. ⟨10.1007/s11538-010-9574-8⟩
Article dans une revue hal-01258496v1

MS4 - Multi-Scale Selector of Sequence Signatures: an alignment-free method for the classification of biological sequences

Gilles Didier , Eduardo L Corel , Florian Pitschi , Ivan Laprevotte , Gilles Grasseau
BMC Bioinformatics, 2010, 11 (1), ⟨10.1186/1471-2105-11-406⟩
Article dans une revue hal-01614124v1
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TranscriptomeBrowser: a powerful and flexible toolbox to explore productively the transcriptional landscape of the Gene Expression Omnibus database

F. Lopez , J. Textoris , A. Bergon , G. Didier , E. Rémy
PLoS ONE, 2008, 3 (12), pp.e4001. ⟨10.1371/journal.pone.0004001⟩
Article dans une revue hal-01595819v1
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Comparing sequences without using alignments: application to HIV/SIV subtyping

Gilles Didier , Laurent Debomy , Maude Pupin , Ming Zhang , Alexander Grossmann
BMC Bioinformatics, 2007, 8 (1), ⟨10.1186/1471-2105-8-1⟩
Article dans une revue inria-00289069v1

Character sets of strings

Gilles Didier , Thomas Schmidt , Jens Stoye , Dekel Tsur
Journal of Discrete Algorithms, 2007, 5 (2), pp.330 - 340. ⟨10.1016/j.jda.2006.03.021⟩
Article dans une revue hal-01614122v1

Mapping sequences by parts

Gilles Didier , Carito Guziolowski
Algorithms for Molecular Biology, 2007, 2, pp.11. ⟨10.1186/1748-7188-2-11⟩
Article dans une revue inria-00180004v1

Local Decoding of Sequences and Alignment-Free Comparison

Gilles Didier , Ivan Laprevotte , Maude Pupin , Alain Hénaut
Journal of Computational Biology, 2006, 13 (8), pp.1465-1476. ⟨10.1089/cmb.2006.13.1465⟩
Article dans une revue inria-00289089v1

Coding with variable block maps

Gilles Didier , Vicente Acuña , Alejandro Maass
Theoretical Computer Science, 2006, 369 (1-3), pp.396 - 405. ⟨10.1016/j.tcs.2006.09.024⟩
Article dans une revue hal-01614117v1

The operons, a criterion to compare the reliability of transcriptome analysis tools: ICA is more reliable than ANOVA, PLS and PCA

Gilles Didier , Anne-Sophie Carpentier , Alessandra Riva , Pierre Tisseur , Alain Hénaut
Computational Biology and Chemistry, 2004, 28 (1), pp.3 - 10. ⟨10.1016/j.compbiolchem.2003.12.001⟩
Article dans une revue hal-01614113v1

GeneANOVA--gene expression analysis of variance

Gilles Didier , P. Brezellec , E. Remy , A. Henaut
Bioinformatics, 2002, 18 (3), pp.490 - 491. ⟨10.1093/bioinformatics/18.3.490⟩
Article dans une revue hal-01614111v1

HIV-1 and HIV-2 LTR Nucleotide Sequences: Assessment of the Alignment by N-block Presentation, "Retroviral Signatures" of Overrepeated Oligonucleotides, and a Probable Important Role of Scrambled Stepwise Duplications/Deletions in Molecular Evolution

Gilles Didier , I. Laprevotte , M. Pupin , E. Coward , C. Terzian
Molecular Biology and Evolution, 2001, 18 (7), pp.1231 - 1245. ⟨10.1093/oxfordjournals.molbev.a003909⟩
Article dans une revue hal-01614106v1

Caractérisation des N-écritures et application à l'étude des suites de complexité ultimement n + cste

Gilles Didier
Theoretical Computer Science, 1999, 215 (1-2), pp.31 - 49. ⟨10.1016/S0304-3975(97)00122-9⟩
Article dans une revue hal-01614129v1

Codages de rotations et fractions continues

Gilles Didier
Journal of Number Theory, 1998, 71 (2), pp.275 - 306. ⟨10.1006/jnth.1998.2246⟩
Article dans une revue hal-01614096v1

Combinatoire des codages de rotations

Gilles Didier
Acta Arithmetica, 1998, 85 (2), pp.157 - 177. ⟨10.4064/aa-85-2-157-177⟩
Article dans une revue hal-01614102v1

Échanges de trois d'intervalles et suites sturmiennes

Gilles Didier
Journal de Théorie des Nombres de Bordeaux, 1997, 9 (2), pp.463-478
Article dans une revue hal-01948117v1

Extinction des ophiacodontidés, édaphosauridés et sphenacodontidés vers la fin du Cisuralien

Michel Laurin , Gilles Didier
Congrès annuel de l'Association Française de Paléontologie, Assocation Française de Paléontologie et Association Géologique Auboise, Aug 2021, Troyes, France. pp.22
Communication dans un congrès hal-03512140v1

Origine de l'œuf amniotique étudiée à l'aide de deux nouvelles méthodes

Gilles Didier , Olivier Chabrol , Michel Laurin
Annual meeting of the Association Paléontologique Française, Apr 2019, Aix-En-Provence, France. pp.38
Communication dans un congrès hal-02612671v1
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Four billion years: the story of an ancient protein family

Gilles Didier , Claudine Landès , Alain Hénaut , Bruno Torrésani
Flandrin, P.; Jaffard, S.; Paul, T.; Torresani, B. Theoretical Physics, Wavelets, Analysis, Genomics, Springer International Publishing, pp.595-616, 2023, Applied and Numerical Harmonic Analysis, ⟨10.1007/978-3-030-45847-8_25⟩
Chapitre d'ouvrage hal-03264942v1

Dater l’arbre du vivant

Michel Laurin , Gilles Didier , Nour-Eddine Jalil
Paléontologie d'aujourd'hui, EDP sciences, pp.164-165, 2022, 978-2-7598-2717-6. ⟨10.1051/978-2-7598-2718-3.c077⟩
Chapitre d'ouvrage hal-03799300v1
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Arbres : combinatoire et modèles

Gilles Didier , Stéphane Guindon
Modèles et méthodes pour l’évolution biologique, iSTE Edition, pp.7-32, 2022, 9781789480696. ⟨10.51926/ISTE.9069.ch1⟩
Chapitre d'ouvrage hal-03485566v1