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Germain Forestier

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Identifiants chercheurs

Présentation

I'm a professor of computer science working on data science with a special interest in processing temporal data (time series). I mostly apply my work to surgical data science, digital pathology and geosciences. Find more information about my work on my personnal page: <https://germain-forestier.info/>

Publications

cedric-wemmert
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Weakly Supervised Learning using Attention gates for colon cancer histopathological image segmentation

Amina Ben Hamida , Maxime Devanne , Jonathan Weber , Caroline Truntzer , Valentin Derangère
Artificial Intelligence in Medicine, 2022, ⟨10.1016/j.artmed.2022.102407⟩
Article dans une revue hal-03797652v1
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Deep learning for colon cancer histopathological images analysis

Amina Ben Hamida , Maxime Devanne , Jonathan Weber , Caroline Truntzer , Valentin Derangère
Computers in Biology and Medicine, 2021, ⟨10.1016/j.compbiomed.2021.104730⟩
Article dans une revue hal-03321646v1
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Intelligence artificielle et analyse d’images histologiques : Opportunités et challenges

Cédric Wemmert , Jonathan Weber , Germain Forestier
Revue Française d'Histotechnologie, 2020, 32 (1), pp.213-238. ⟨10.25830/afh.rfh.2020.32.213.238⟩
Article dans une revue hal-03979724v1
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Crowdsourcing of Histological Image Labeling and Object Delineation by Medical Students

Anne Grote , Nadine S Schaadt , Germain Forestier , Friedrich Feuerhake , Cédric Wemmert
IEEE Transactions on Medical Imaging, 2019, 38 (5), pp.1284-1294. ⟨10.1109/TMI.2018.2883237⟩
Article dans une revue hal-02299285v1
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Deconstructing the diagnostic reasoning of human versus artificial intelligence

Thierry Pelaccia , Germain Forestier , Cédric Wemmert
CMAJ, 2019, 191 (48), pp.E1332-E1335. ⟨10.1503/cmaj.190506⟩
Article dans une revue hal-02632899v1
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Image analysis of immune cell patterns in the human mammary gland during the menstrual cycle refines lymphocytic lobulitis

Nadine S. Schaadt , Juan Carlos López Alfonso , Ralf Schönmeyer , Anne Grote , Germain Forestier
Breast Cancer Research and Treatment, 2017, 164 (2), pp.305 - 315. ⟨10.1007/s10549-017-4239-z⟩
Article dans une revue hal-01875860v1
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Semi-supervised learning using multiple clusterings with limited labeled data

Germain Forestier , Cédric Wemmert
Information Sciences, 2016, 361–362, pp.48-65. ⟨10.1016/j.ins.2016.04.040⟩
Article dans une revue hal-01355189v2
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In-silico insights on the prognostic potential of immune cell infiltration patterns in the breast lobular epithelium

Juan Carlos López Alfonso , Nadine S Schaadt , Ralf Schönmeyer , Nicolas Brieu , Germain Forestier
Scientific Reports, 2016, 6 (1), ⟨10.1038/srep33322⟩
Article dans une revue hal-01878620v1
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Detection of lobular structures in normal breast tissue

Grégory Apou , Nadine S. Schaadt , Benoît Naegel , Germain Forestier , Ralf Schönmeyer
Computers in Biology and Medicine, 2016, 74, pp.91-102. ⟨10.1016/j.compbiomed.2016.05.004⟩
Article dans une revue hal-01321053v1
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Coastal image interpretation using background knowledge and semantics

Germain Forestier , Cédric Wemmert , Anne Puissant
Computers & Geosciences, 2013, 54, pp.88 - 96. ⟨10.1016/j.cageo.2012.11.023⟩
Article dans une revue hal-01875858v1
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Comparison of optical sensors discrimination ability using spectral libraries

Germain Forestier , Jordi Inglada , Cédric Wemmert , Pierre Gancarski
International Journal of Remote Sensing, 2013, 34 (7), pp.2327 - 2349. ⟨10.1080/01431161.2012.744488⟩
Article dans une revue hal-01875856v1
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Knowledge-based region labeling for remote sensing image interpretation

Germain Forestier , Anne Puissant , Cédric Wemmert , Pierre Gançarski
Computers, Environment and Urban Systems, 2012, 36 (5), pp.470 - 480. ⟨10.1016/j.compenvurbsys.2012.01.003⟩
Article dans une revue hal-01875854v1
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Collaborative clustering with background knowledge

Germain Forestier , Pierre Gançarski , Cédric Wemmert
Data and Knowledge Engineering, 2010, 69 (2), pp.211 - 228. ⟨10.1016/j.datak.2009.10.004⟩
Article dans une revue hal-01875853v1
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Supervised image segmentation using watershed transform, fuzzy classification and evolutionary computation

Sébastien Derivaux , Germain Forestier , Cédric Wemmert , Sébastien Lefèvre
Pattern Recognition Letters, 2010, 31 (15), pp.2364-2374. ⟨10.1016/j.patrec.2010.07.007⟩
Article dans une revue hal-00512749v2
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Multiresolution remote sensing image clustering

Cédric Wemmert , Anne Puissant , Germain Forestier , Pierre Gancarski
IEEE Geoscience and Remote Sensing Letters, 2009, 6 (3), pp.533-537. ⟨10.1109/LGRS.2009.2020825⟩
Article dans une revue halshs-00520632v1
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Multisource Images Analysis Using Collaborative Clustering

Germain Forestier , Cédric Wemmert , Pierre Gancarski
EURASIP Journal on Advances in Signal Processing, 2008, 2008 (1), ⟨10.1155/2008/374095⟩
Article dans une revue hal-01878610v1
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Comparison of deep learning architectures for colon cancer mutation detection

Robin Heckenauer , Jonathan Weber , Cédric Wemmert , Caroline Truntzer , Valentin Derangère
IEEE 36th International Symposium on Computer Based Medical Systems (CBMS 2023), Jun 2023, L'Aquila, Italy. ⟨10.1109/CBMS58004.2023.00244⟩
Communication dans un congrès hal-04168891v1
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Une approche multi-grilles pour la génération automatique d'une carte de sentiers de randonnée à partir de données GPS

Olivier Schirm , Maxime Devanne , Jonathan Weber , Arnaud Lecus , Germain Forestier
ORASIS 2023, Laboratoire LIS, UMR 7020, May 2023, Carqueiranne, France
Communication dans un congrès hal-04219570v1
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Méthodes de classification du cancer du sein pour les microscopes à réalité augmentée

Robin Heckenauer , Jonthan Weber , Cédric Wemmert , Michel Hassenforder , Pierre-Alain Muller
RFIAP 2022 (Congrès Reconnaissance des Formes, Image, Apprentissage et Perception), Jul 2022, Vannes, France
Communication dans un congrès hal-03687423v1
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Ensemble clustering for histopathological images segmentation using convolutional autoencoders

Ilias Rmouque , Jonathan Weber , Maxime Devanne , Germain Forestier , Cédric Wemmert
International Conference on Computer Vision Theory and Applications (VISAPP), Feb 2022, En ligne, France. pp.933-940, ⟨10.5220/0010835300003124⟩
Communication dans un congrès hal-03469780v1
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Segmentation non-supervisée d'images histopathologiques à l'aide d'auto-encodeurs et d'ensemble clustering

Ilias Rmouque , Maxime Devanne , Jonathan Weber , Germain Forestier , Cédric Wemmert
Atelier Apprentissage profond: Théorie et Applications (APTA), Journées Francophones Extraction et Gestion des Connaissances (EGC), Jan 2021, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-03604158v1
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Détection en temps réel des glomérules en pathologie rénale

Robin Heckenauer , Jonathan Weber , Cédric Wemmert , Friedrich Feuerhake , Michel Hassenforder
ORASIS 2021, Centre National de la Recherche Scientifique [CNRS], Sep 2021, Saint Ferréol, France
Communication dans un congrès hal-03339642v1
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Strategies for Training Stain Invariant CNNS

Thomas Lampert , Odyssée Merveille , Jessica Schmitz , Germain Forestier , Friedrich Feuerhake
2019 IEEE 16th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), Apr 2019, Venise, Italy. pp.905-909, ⟨10.1109/ISBI.2019.8759266⟩
Communication dans un congrès hal-02283639v1

Learn and Participate: Crowdsourcing of Image Annotation Supports Interactive Teaching in Histopathology and Involves Medical Students in Systems Medicine Research

Anne Grote , Nadine S. Schaadt , Germain Forestier , Cédric Wemmert , Friederich Feuerhake
Conference of the European Association of Systems Medicine: Big Data - Transition to Practice, Utrecht, Netherlands, janvier 2018, Jan 2018, Utrecht, Netherlands
Communication dans un congrès hal-04549033v1
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Fast segmentation for texture-based cartography of whole slide images

Grégory Apou , Benoit Naegel , Germain Forestier , Friedrich Feuerhake , Cédric Wemmert
International Conference on Computer Vision Theory and Applications (VISAPP), 05-08 January 2014, Lisbon, Portugal, Jan 2014, Lisbon, Portugal. pp.309-319, ⟨10.5220/0004687403090319⟩
Communication dans un congrès hal-04524187v1

Efficient Region-based Classification for Whole Slide Images

Grégory Apou , Benoît Naegel , Germain Forestier , Friedrich Feuerhake , Cédric Wemmert
International Joint Conference on Computer Vision, Imaging and Computer Graphics, 5-8 january 2017, Lisbon, Portugal, Jan 2014, Lisbonne, Portugal. pp.239-256, ⟨10.1007/978-3-319-25117-2_15⟩
Communication dans un congrès hal-03797892v1
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Learning fuzzy rules to characterize objects of interest from remote sensing images

B. Belarte , C. Wemmert , G. Forestier , M. Grizonnet , C. Weber
IEEE Geoscience and Remote Sensing Symposium (IGARSS), Jul 2013, Melbourne, France. ⟨10.1109/IGARSS.2013.6723453⟩
Communication dans un congrès hal-01888500v1
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Mining spectral libraries to study sensors' discrimination ability

Germain Forestier , Jordi Inglada , Cédric Wemmert , Pierre Gancarski
SPIE Europe Remote Sensing, Aug 2009, Berlin, Germany. ⟨10.1117/12.830392⟩
Communication dans un congrès hal-01887503v1
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Extraction de détecteurs d'objets urbains à partir d'une ontologie

Sébastien Derivaux , Germain Forestier , Cédric Wemmert , Sébastien Lefèvre
Journées Francophones Extraction et Gestion des Connaissances (EGC) Atelier Extraction de COnnaissance à partir d'Images (ECOI),, 2008, Sophia Antipolis, France
Communication dans un congrès hal-00516099v1
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On Combining Unsupervised Classification and Ontology Knowledge

Germain Forestier , Cédric Wemmert , Pierre Gancarski
IEEE International Geoscience and Remote Sensing Symposium (IGARSS), Jul 2008, Boston, United States. ⟨10.1109/igarss.2008.4779741⟩
Communication dans un congrès hal-01887351v1
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Ontology-based Object Recognition for Remote Sensing Image Interpretation

Nicolas Durand , Sébastien Derivaux , Germain Forestier , Cédric Wemmert , Pierre Gancarski
IEEE International Conference on Tools with Artificial Intelligence (ICTAI), Oct 2007, Patras, Greece. pp.472-479, ⟨10.1109/ICTAI.2007.111⟩
Communication dans un congrès hal-01463170v2
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Deep Learning for Histopathological Image Analysis

Cédric Wemmert , Jonathan Weber , Friedrich Feuerhake , Germain Forestier
Mourad Elloumi. Deep Learning for Biomedical Data Analysis. Techniques, Approaches, and Applications, Springer, pp.153-169, 2021, 978-3-030-71675-2. ⟨10.1007/978-3-030-71676-9_7⟩
Chapitre d'ouvrage hal-03321639v1