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Francois Moreews

1 INRAE - PEGASE - Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage 2 IRISA - Dyliss - Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences
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biological network modelisation software development bioinformatics semantic web

Publications

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Fixing molecular complexes in BioPAX standards to enrich interactions and detect redundancies using Semantic Web Technologies

Camille Juigné , Olivier Dameron , François Moreews , Florence Gondret , Emmanuelle Becker
Bioinformatics, 2023, 39 (5), pp.btad257. ⟨10.1093/bioinformatics/btad257⟩
Article dans une revue hal-04084869v1
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PAX2GRAPHML: a Python library for large-scale regulation network analysis using BIOPAX

François Moreews , Hugo Simon , Anne Siegel , Florence Gondret , Emmanuelle Becker
Bioinformatics, 2021, 37 (24), pp.4889-4891. ⟨10.1093/bioinformatics/btab441⟩
Article dans une revue hal-03265223v1

An integrated approach to bovine oocyte quality: from phenotype to genes

Leslie Angulo , Catherine Guyader-Joly , Sylvain Auclair , Christelle Hennequet-Antier , Pascal Papillier
Reproduction, Fertility and Development, 2015, 28 (9), ⟨10.1071/RD14353⟩
Article dans une revue hal-01194139v1
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BioShaDock: a community driven bioinformatics shared Docker-based tools registry

François Moreews , Olivier Sallou , Hervé Ménager , Yvan Le Bras , Cyril Monjeaud
Article dans une revue hal-01243520v1
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The BioMart community portal: an innovative alternative to large, centralized data repositories

Damian Smedley , Syed Haider , Steffen Durinck , Luca Pandini , Paolo Provero
Nucleic Acids Research, 2015, 43 (W1), pp.W589-W598. ⟨10.1093/nar/gkv350⟩
Article dans une revue hal-01146849v1
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Characterization of rainbow trout gonad, brain and gill deep cDNA repertoires using a Roche 454-Titanium sequencing approach

Aurélie Le Cam , Julien Bobe , Olivier Bouchez , Cédric Cabeau , Olivier Kah
Gene, 2012, 500 (1), pp.32-39. ⟨10.1016/j.gene.2012.03.053⟩
Article dans une revue hal-01205069v1
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Oocyte-somatic cells interactions, lessons from evolution.

Cathy Charlier , Jérôme Montfort , Olivier Chabrol , Daphné Brisard , Thuy Thao Vi Nguyen
BMC Genomics, 2012, 13 (1), pp.560. ⟨10.1186/1471-2164-13-560⟩
Article dans une revue hal-00753310v1
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BioMart Central Portal: an open database network for the biological community

Jonathan M. Guberman , J. Ai , O. Arnaiz , Baran Joachim , Andrew Blake
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2011, pp.bar041. ⟨10.1093/database/bar041⟩
Article dans une revue inria-00638749v1
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SigReannot-mart: a query environment for expression microarray probe re-annotations.

François Moreews , Gaelle Rauffet , Patrice Dehais , Christophe C. Klopp
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2011, 2011, pp.bar025. ⟨10.1093/database/bar025⟩
Article dans une revue inria-00638684v1
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sigReannot: an oligo-set re-annotation pipeline based on similarities with the Ensembl transcripts and Unigene clusters.

Casel Pierrot , François Moreews , Christophe C. Klopp
BMC Proceedings, 2009, 3 (4), pp.1-5. ⟨10.1186/1753-6561-3-S4-S3⟩
Article dans une revue inria-00435746v1
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Generation and analysis of a 29,745 unique Expressed Sequence Tags from the Pacific oyster (Crassostrea gigas) assembled into a publicly accessible database: the GigasDatabase

Elodie Fleury , Arnaud Huvet , Christophe Lelong , Julien de Lorgeril , Viviane Boulo
BMC Genomics, 2009, 10 (341), pp.341. ⟨10.1186/1471-2164-10-341⟩
Article dans une revue inria-00435769v1
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BioQuali Cytoscape plugin: analysing the global consistency of regulatory networks

Carito Guziolowski , Annabel Bourdé , François Moreews , Anne Siegel
BMC Genomics, 2009, 26 (10), pp.244. ⟨10.1186/1471-2164-10-244⟩
Article dans une revue inria-00429804v1
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Transcriptome profiling of the feeding-to-fasting transition in chicken liver.

Colette Désert , Michel Jacques M.J. Duclos , Pierre Blavy , Frédéric Lecerf , François Moreews
BMC Genomics, 2008, 9 (611), pp.611. ⟨10.1186/1471-2164-9-611⟩
Article dans une revue hal-00729919v1

Accurate prediction of BRCA1 and BRCA2 heterozygous genotype using expression profiling after induced DNA damage.

Zsofia Kote-Jarai , Lucy Matthews , Ana Osorio , Susan Shanley , Ian Giddings
Clinical Cancer Research, 2006, Clin Cancer Res. 2006 Jul 1;12(13):3896-901
Article dans une revue inria-00180301v1

RPBS: a web resource for structural bioinformatics

Cynthia Alland , François Moreews , D. Boens , M. Carpentier , S. Chiusa
Nucleic Acids Research, 2005, Nucleic Acids Res. 2005 Jul 1;33(Web Server issue):W44-9.Click here to read
Article dans une revue inria-00180478v1
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Detection and correction of non-conformities and redundancies in complexes of molecules in BioPAX

Camille Juigné , Olivier Dameron , François Moreews , Florence Gondret , Emmanuelle Becker
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France. pp.1-25
Communication dans un congrès hal-03752473v1

An application suite based on the IFB Container as a Service platform

François Moreews , Olivier Sallou , Olivier Collin
ECCB 2016 (Elixir Talks) , ISCB, Sep 2016, Den Haag, Netherlands
Communication dans un congrès hal-01394295v1
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A curated Domain centric shared Docker registry linked to the Galaxy toolshed

François Moreews , Olivier Sallou , Yvan Le Bras , Grosjean Marie , Cyril Monjeaud
Galaxy Community Conference 2015, Jul 2015, Norwich, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-01160514v1

Integrating GALAXY workflows in a metadata management environment

François Moreews , Yvan Le Bras , Olivier Dameron , Cyril Monjeaud , Olivier Collin
Galaxy Community Conference, Jul 2014, Baltimore, United States
Communication dans un congrès hal-01093058v1
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SLICEE: A Service oriented middleware for intensive scientific computation

Jonathan Piat , François Moreews , Olivier Collin , Dominique Lavenier , Alexandre Cornu
SERVICES 2011, Jul 2011, WASHINGTON DC, United States
Communication dans un congrès inria-00638694v1
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A new method for modeling reactions and regulations to analyze high-throughout data

Pierre Blavy , Florence Gondret , Sven Thiele , Carito Guziolowski , Sandrine Lagarrigue
4. International Symposium on Animal Functional Genomics, Sorcha De Gras; Sorcha De Gras, Oct 2011, Dublin, Ireland
Communication dans un congrès hal-02748096v1

OBIWEE : an open source bioinformatics cloud environment

François Moreews , Jonathan Piat , Olivier Sallou
BOSC 2011 - 12th Annual Bioinformatics Open Source Conference, Jul 2011, Vienne, Austria
Communication dans un congrès inria-00638715v1

Oscile

Cathy Charlier , Jérôme Montfort , Olivier Chabrol , François Moreews , M. Salhab
VIIIe Colloque Agenae / Genanimal, Nov 2010, Bordeaux, France
Communication dans un congrès inria-00540830v1

BioDesc : gestion d'un entrepôt multiformat de descriptions de ressources bioinformatiques

Philippe Picouet , Z. Doughi , Loraine Brillet , Erwan Corre , Christophe Caron
JOBIM, Sep 2010, Montpellier, France
Communication dans un congrès inria-00540815v1

QBIOS: driving toward a trusted distributed bioinformatics service infrastructure

François Moreews
ISMB 2009 - International Conference On Intelligent Systems for Molecular Biology, Jun 2009, Stockholm, Sweden
Communication dans un congrès inria-00435755v1

A framework for building reliable distributed bioinformatics service repositories

François Moreews
ICWS 2009 International Conference on Web Services, Jul 2009, Los Angeles, United States. ⟨10.1109/ICWS.2009.143⟩
Communication dans un congrès inria-00435752v1

Contribution to the annotation of the chicken 20K oligo microarray of ARK-genomics.

Christophe C. Klopp , François Moreews , Michel Aubry , Sandrine Lagarrigue
Plant & Animal Genomes, XVI Conference, 2008, Inconnu, pp.Inconnu
Communication dans un congrès hal-02820463v1

Contribution to the annotation of the chicken 20K oligo microarray of ARK-genomics

C. Klopp , François Moreews , Marc Aubry , Sandrine Lagarrigue
Plant & Animal Genomes, XVI Conference, Jan 2008, San Diego (US), United States
Communication dans un congrès hal-00729110v1

Transcriptome profiling of feeding-to-fasting transition in chicken liver using a chicken 20K oligo microarray

Colette Désert , P. Blavy , François Moreews , Michel Jacques M.J. Duclos , P. Le Roy
Plant & Animal Genomes, XVI Conference, Jan 2008, San Diego (US), United States
Communication dans un congrès hal-00729810v1

Transcriptome Profiling Of Feeding-To-Fasting Transition In Chicken Liver Using A Chicken 20K Oligo Microarray

Colette Désert , Pierre Blavy , François Moreews , Michel Jacques M.J. Duclos , Pascale Le Roy
International Plant & Animal Genomes XVI Conference, Jan 2008, San Diego, United States
Communication dans un congrès inria-00329926v1

Contribution To The Annotations Of The Chicken 20K Oligo Microarray Of ARK-Genomics

Christophe C. Klopp , François Moreews , Marc Aubry , Sandrine Lagarrigue
International Plant & Animal Genomes XVI Conference, Jan 2008, San Diego, United States
Communication dans un congrès inria-00329915v1

GEO EXPORTER : a tools to automate publishing of microarray data to Gene Expression Omnibus

François Moreews
ISMB 2008, The International Society for Computational Biology, Jul 2008, Toronto, Canada
Communication dans un congrès inria-00329898v1

BioWorkFlow: Web Services toolkit and workflow applications evaluation to deploy a confidence network

Marc Wessner , Martin Senger , Franck Samson , Philippe Picouet , François Moreews
Jobim (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques), Jun 2008, Lille, France
Communication dans un congrès inria-00327528v1

Profils transcriptomiques de foies de poulet soumis au jeûne : utilisation d'une puce à ADN de 20000 oligonucléotides

Marc Aubry , Colette Désert , P. Blavy , Frédéric Lecerf , Michel Jacques M.J. Duclos
Journées Scientifiques, Département de Génétique Animale, Apr 2008, Lacanau (FR), France
Communication dans un congrès hal-00729786v1

Profils transcriptomiques de foies de poulet soumis au jeûne : utilisation d'une puce à ADN de 20000 oligonucléotides.

Colette Désert , Pierre Blavy , Frédéric Lecerf , Michel Jacques M.J. Duclos , François Moreews
Journées Scientifiques, Département de Génétique Animale, Apr 2008, Lacanau
Communication dans un congrès hal-02757873v1