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François EHRENMANN

François Ehrenmann, Ingénieur d'études - Administrateur systèmes d'information et bases de données
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#### Administrateur de Systèmes d'informations - Bases de données - Développement Web - Bio-informatique **Activités principales** - Administrateur / Gestionnaire de systèmes d'informations et bases de données - Gestion, développement et maintenance des applications web / bases de données de l'unité et dans le cadre du réseau [EVOLTREE](http://www.evoltree.eu/) ([Quercus Portal](https://quercusportal.pierroton.inra.fr/), [Pinus Portal](https://pinusportal.pierroton.inra.fr/)) - Système d'Informations (SI) de bases interopérables couvrants différents champs (génétique, génomique, écologie). Interopérabilité avec les bases de données et le système d'information [GnpIS](https://urgi.versailles.inra.fr/gnpis/) (URGI Versailles) - Plans de gestions de données (PGD) de projets et [d'unité](https://data.inrae.fr/dataset.xhtml?persistentId=doi:10.15454/XS1RPM) - Référent Données Opérationnel (RDO) département ECODIV - Co-animateur Qualité de l'UMR - Administrateur du [dataverse d'unité BIOGECO](https://data.inrae.fr/dataverse/biogeco) - Membre du [Pôle de Compétence Métier Informatique](https://www6.bordeaux-aquitaine.inrae.fr/biogeco/Poles-de-Competences-Metiers/INFORMATIQUE) de l'unité PCM INFO - Co-pilote de processus SSI pilier Forêt RARe **Participation aux infrastructures de recherche** - Infrastructure de recherche nationale **RARe** (Ressources Agronomiques pour la Recherche) - Pilier Forêt - Infrastructure nationale **IN-SYLVA** regroupant les dispositifs de recherche des Établissements travaillant sur la gestion forestière. Web : https://www6.inra.fr/in-sylva-france/
#### Information Systems Administrator - Databases - Web Development - Bioinformatics **Main activities** - Administrator / Manager of information systems and databases - Management, development and maintenance of web applications / databases of the unit and in the framework of the EVOLTREE network ([Quercus Portal](https://quercusportal.pierroton.inra.fr/), [Pinus Portal](https://pinusportal.pierroton.inra.fr/)) - Information system (IS) of interoperable databases covering different fields (genetics, genomics, ecology). Interoperability with databases and the GnpIS information system (URGI Versailles) - Data management plans (DMP) for projects and units - Operational data referent of the ECODIV department - UMR Quality co-animator - Administrator of the [BIOGECO unit dataverse](https://data.inrae.fr/dataverse/biogeco) - Member of the [Computer Science Expertise Hub of the unit](https://www6.bordeaux-aquitaine.inrae.fr/biogeco_eng/Skill-Units/COMPUTER-SCIENCE) - Co-pilot of the SSI process of the Forêt RARe pillar **Participation in research infrastructures** - National research infrastructure **RARe** (Ressources Agronomiques pour la Recherche) - Forest pillar - **IN-SYLVA** national infrastructure grouping together the research facilities of institutions working on forest management. Web : https://www6.inra.fr/in-sylva-france/

Publications

gregoire-le-provost
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Oak genome reveals facets of long lifespan

Christophe Plomion , Jean-Marc Aury , Joelle Amselem , Thibault Leroy , Florent Murat
Nature Plants, 2018, 4 (7), pp.440-452. ⟨10.1038/s41477-018-0172-3⟩
Article dans une revue hal-01820559v1

Decoding the oak genome: public release of sequence data, assembly, annotation and publication strategies.

Christophe Plomion , Jean-Marc Aury , Joëlle Amselem , Tina Alaeitabar , Valérie Barbe
Molecular Ecology Resources, 2015, 16 (1), pp.254-265. ⟨10.1111/1755-0998.12425⟩
Article dans une revue hal-01579667v1
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The oak gene expression atlas: insights into Fagaceae genome evolution and the discovery of genes regulated during bud dormancy release

Isabelle Lesur , Grégoire G. Le Provost , Pascal Bento , Corinne da Silva , Jean-Charles Leplé
BMC Genomics, 2015, 16 (1), pp.112. ⟨10.1186/s12864-015-1331-9⟩
Article dans une revue hal-02285504v1

De novo assembly of maritime pine transcriptome: implications for forest breeding and biotechnology

Javier Canales , Rocío Bautista , Philippe Label , Josefa Gómez-Maldonado , Isabelle Lesur Kupin Lesur
Plant Biotechnology Journal, 2014, 12 (3), pp.286-299. ⟨10.1111/pbi.12136⟩
Article dans une revue hal-02640932v1
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High-density linkage mapping in a pine tree reveals a genomic region associated with inbreeding depression and provides clues to the extent and distribution of meiotic recombination

Emilie E. Chancerel , Jean-Baptiste J.-B. Lamy , Isabelle Lesur Kupin Lesur , Celine C. Noirot , Christophe C. Klopp
BMC Biology, 2013, 11, 19 p. ⟨10.1186/1741-7007-11-50⟩
Article dans une revue hal-00964786v1
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An integrated information system dedicated to oak genomics and genetics

Joëlle Amselem , Nicolas Francillonne , Célia Michotey , Thomas Letellier , Jean-Marc Aury
PAG XXVI Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States. pp.27 slides
Communication dans un congrès hal-01839185v1

Oak genome sequencing and evolution

Jerome J. Salse , Jean Marc Aury , Florent Murat , Sébastien Faye , Karine Labadie
Genomics and Forest Tree Genetics Conference, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., May 2016, Arcachon, France. 134 p
Communication dans un congrès hal-02741698v1

Sequencing and analysis of the oak transcriptome using RNA-seq technologies

Isabelle Lesur Kupin Lesur , Grégoire G. Le Provost , Céline C. Lalanne , François Ehrenmann , Céline Noirot
IUFRO working group “Genetics of Quercus and Nothofagus”, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., Oct 2012, Bordeaux, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-02806071v1

Development of genomic resources to study the structure, function and evolution of the oak genome

Christophe Plomion , Joelle J. Amselem , Jean-Marc Aury , Catherine Bodenes , Emilie Chancerel
IUFRO working group "Genetics of Quercus and Nothofagus", Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., Oct 2012, Bordeaux, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-01019850v1