Eva Boxenbaum examine l'innovation institutionnelle, notamment le rôle des entreprises dans le changement sociétal. Ses recherches portent sur l'émergence de nouvelles pratiques managériales et les formes organisationnelles adaptées à la collaboration publique-privée. Elle s'intéresse aux secteurs de l'énergie renouvelable, la construction durable, et l'architecture. Elle est responsable du projet ANR IMpACT sur l'émergence de nouvelles catégories juridiques (2014-2017).