Estelle Chaix

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Publications

	Persistance du SARS-CoV-2, responsable de la COVID-19, sur les aliments et les surfaces des ateliers en industries agroalimentaires Estelle Chaix , Ngoc-Du Martin Luong , Sandra Martin-Latil Industries Alimentaires et Agricoles, 2023, pp.23-27 Article dans une revue anses-04143993v1
	An agent-based model to simulate SARS-CoV-2 contamination of surfaces and meat cuts in processing plants Ngoc-Du Martin Luong , Laurent Guillier , Michel Federighi , Yvonnick Guillois , Pauline Kooh International Journal of Food Microbiology, 2023, 404, pp.110321. ⟨10.1016/j.ijfoodmicro.2023.110321⟩ Article dans une revue anses-04169721v1
	Vente de produits en vrac : comment la mettre en place en toute sécurité ? Estelle Chaix , Elissa Khamisse , Stéphane Leconte , Pauline Kooh , Cécilia Solal The Conversation France, 2022 Article dans une revue anses-03564720v1
	Risk of Monkeypox virus (MPXV) transmission through the handling and consumption of food Estelle Chaix , Mickaël Boni , Laurent Guillier , Stéphane Bertagnoli , Alexandra Mailles Microbial Risk Analysis, 2022, 22, pp.100237. ⟨10.1016/j.mran.2022.100237⟩ Article dans une revue anses-03898801v1
	Database of SARS-CoV-2 and coronaviruses kinetics relevant for assessing persistence in food processing plants Ngoc-Du Martin Luong , Laurent Guillier , Sandra Martin-Latil , Christophe Batejat , India Leclercq Scientific Data , 2022, 9 (1), pp.654. ⟨10.1038/s41597-022-01763-y⟩ Article dans une revue anses-03832274v1
	Guidance Level for Brevetoxins in French Shellfish Nathalie Arnich , Eric Abadie , Zouher Amzil , Marie-Yasmine Dechraoui Bottein , Katia Comte Marine drugs, 2021, 19 (9), pp.520. ⟨10.3390/md19090520⟩ Article dans une revue anses-03350437v1
	Modelling the inactivation of viruses from the Coronaviridae family in response to temperature and relative humidity in suspensions or surfaces. Laurent Guillier , Sandra Martin-Latil , Estelle Chaix , Anne Thébault , Nicole Pavio Applied and Environmental Microbiology, 2020, ⟨10.1128/AEM.01244-20⟩ Article dans une revue pasteur-02908234v1
	Text-mining tools for extracting information about microbial biodiversity in food Estelle Chaix , Louise Deleger , Robert Bossy , Claire Nédellec Food Microbiology, 2019, 81, pp.63-75. ⟨10.1016/j.fm.2018.04.011⟩ Article dans une revue hal-02628265v1
	Validation of a predictive model coupling gas transfer and microbial growth in fresh food packed under modified atmosphere Valérie Guillard , Olivier Couvert , Valérie Stahl , Aurélie Hanin , Catherine Denis Food Microbiology, 2016, 58, pp.43-55. ⟨10.1016/j.fm.2016.03.011⟩ Article dans une revue hal-01607135v1
	CO2 and O2 solubility and diffusivity data in food products stored in data warehouse structured by ontology Valérie V. Guillard , Patrice Buche , Juliette Dibie-Barthelemy , Stéphane Dervaux , Filippo Acerbi Data in Brief, 2016, 7, pp.1556-1559. ⟨10.1016/j.dib.2016.04.044⟩ Article dans une revue hal-01357730v1
	Performance of a non-invasive methodology for assessing oxygen diffusion in liquid and solid food products Estelle Chaix , Carole Guillaume , Nathalie Gontard , Valérie Guillard Journal of Food Engineering, 2016, 171, pp.87-94. ⟨10.1016/j.jfoodeng.2015.10.014⟩ Article dans une revue hal-01269384v1
	Conception assistée d’emballage sous atmosphère modifiée Dominique Thuault , Estelle Chaix , Rim Touhami , Véronique Huchet , Patrice Buche Industries Alimentaires et Agricoles, 2015, Dossier Emballage (sept-oct), pp.18-24 Article dans une revue hal-01231247v1
	Diffusivity and solubility of CO2 in dense solid food products Estelle Chaix , Carole Guillaume , Nathalie Gontard , Valérie Guillard Journal of Food Engineering, 2015, 166, pp.1-9. ⟨10.1016/j.jfoodeng.2015.05.023⟩ Article dans une revue hal-01269248v1
	Mechanistic model coupling gas exchange dynamics and Listeria monocytogenes growth in modified atmosphere packaging of non respiring food Estelle Chaix , Bertrand Broyart , O. Couvert , Carole Guillaume , Nathalie Gontard Food Microbiology, 2015, 51, pp.192-205. ⟨10.1016/j.fm.2015.05.017⟩ Article dans une revue hal-01269206v1
	Predictive microbiology coupled with gas (O2/CO2) transfer in food/packaging systems: how to develop an efficient decision support tool for food packaging dimensioning Estelle Chaix , Olivier Couvert , Carole Guillaume , Nathalie N. Gontard , Valérie Guillard Comprehensive Reviews in Food Science and Food Safety, 2015, 14 (1), pp.1-21. ⟨10.1111/1541-4337.12117⟩ Article dans une revue hal-02632580v1
	Oxygen and Carbon Dioxide Solubility and Diffusivity in Solid Food Matrices: A Review of Past and Current Knowledge Estelle Chaix , Carole Guillaume , Valérie Guillard Comprehensive Reviews in Food Science and Food Safety, 2014, 13 (3), pp.261 - 286. ⟨10.1111/1541-4337.12058⟩ Article dans une revue hal-01268528v1

	Avis de l'Anses relatif à un document d’appui aux lignes directrices de l’arrêté du 7 mars 2011 relatives à l’évaluation de l'efficacité antimicrobienne des auxiliaires technologiques utilisés comme agents de décontamination des denrées d’origine végétale Régine Talon , Michel Baccaunaud , Frédéric Borges , Gilles Bornert , Catherine Chubilleau Saisine n°2022-SA-0136, Anses. 2023, 55 p Rapport anses-04453336v1
	Avis de l’Anses portant sur des « recommandations relatives à la réduction du risque de transmission du virus Monkeypox (MPXV) lié à la manipulation et la consommation des denrées alimentaires Nadia Haddad , Stéphane Bertagnoli , Mickaël Boni , Olivier Ferraris , Alexandra Mailles Saisine n° 2022-SA-0110, Anses. 2022, 33 p Rapport anses-04026519v1
	Avis de l'Anses relatif aux modalités de maîtrise du risque lié à la présence de dangers microbiologiques dans les fromages et autres produits laitiers fabriqués à partir de lait cru Florence Dubois-Brissonnet , Frédéric Auvray , Olivier Cerf , Céline Delbès , Philippe Fravalo Saisine n° 2019-SA-0033, Anses. 2022, 126 p Rapport anses-03889040v1
	Les brévétoxines dans les coquillages, données de toxicité, d’occurrence et microalgues productrices Raphaële Le Garrec , Eric Abadie , Zouher Amzil , Marie-Yasmine Bottein , Katia Comte [0] Saisine n° 2020-SA-0020, Anses. 2021, pp.180 Rapport anses-03338904v1
	Note d’appui scientifique et technique de l’Anses relatif au traitement thermique des coquillages contaminés par des norovirus Laurent Guillier , Nathalie Arnich , Estelle Chaix , Moez Sanaa , Anne Thebault Saisine n°2020-SA-0128, 2020, 8 p Rapport anses-04509967v1

	MPV : Réservoirs animaux, risques de transmission aux animaux autochtones hors d’Afrique Nadia Haddad , Christophe Cordevant , Estelle Chaix , Florence Etoré , Catherine Collignon 42ème réunion interdisciplinaire de Chimiothérapie anti-infectieuse (RICAI), ACAI, Dec 2022, Paris Palais des congrès, France Communication dans un congrès hal-04533392v1
	Sale of food products without packaging: the consumer as a key player in food safety Estelle Chaix , Nathalie Arnich , Bernard Caron , Catherine Chubilleau , Alain Gonthier SafeConsume International Conference, Jun 2022, Bucharest, Romania Communication dans un congrès hal-03719766v1
	Bacteria Biotope at BioNLP Open Shared Tasks 2019 Robert Bossy , Louise Deleger , Estelle Chaix , Mouhamadou Ba , Claire Nédellec 5th Workshop on BioNLP Open Shared Tasks BioNLP-OST@EMNLP-IJCNLP 2019, Association for Computational Linguistics, Jin-Dong Kim; Claire Nédellec; Robert Bossy; Louise Deléger, Nov 2019, Hong-Kong, Hong Kong SAR China. ⟨10.18653/v1/D19-5719⟩ Communication dans un congrès hal-02437609v1
	L'ontologie OntoBiotope pour l'étude de la biodiversité microbienne Claire Nédellec , Estelle Chaix , Robert Bossy , Louise Deleger , Sandra Derozier EGC'2018: 18èmes Conférence Internationale sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances, Jan 2018, Paris, France Communication dans un congrès hal-02737399v1
	Reconstruction and visualisation of gene regulatory networks from different provenances : application at Arabidopsis thaliana Estelle Chaix , Robert Bossy , Claire Nédellec BLAH4, Jan 2018, Tokyo, Japan. 2 p Communication dans un congrès hal-02786388v1
	A text mining approach to enhance knowledge of food microorganisms Estelle Chaix , Robert R. Bossy , Louise Deleger , Claire Nédellec Next Generation Challenges in Food Microbiology, FoodMicro, Aug 2018, Athens, Greece Communication dans un congrès hal-04420417v1
	Recovering the complexity in scientific knowledge: towards automatically reconstructing the maize floral transition gene regulatory network Adrienne Ressayre , Natalia Conde E Silva , Catherine Damerval , Fabien Chardon , Yves Deveaux International Conférence on Ecological Science, Oct 2018, Paris, France Communication dans un congrès hal-04420441v1
	Text mining tools for extracting information about microbial biodiversity in food Estelle Chaix , Louise Deleger , Robert Bossy , Claire Nédellec Microbial Spoilers in Food 2017, Association pour le Développement de la Recherche Appliquée aux Industries Agricoles et Alimentaires (ADRIA). FRA., Jun 2017, Quimper, France. pp.95 Communication dans un congrès hal-01602552v1
	Text-mining needs of the food microbiology research community Estelle Chaix , Sophie Aubin , Louise Deleger , Claire Nédellec 2017 EFITA WCCA Congress, Jul 2017, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-01580677v1
	Integration of Alvis within the OpenMinTeD platform as Galaxy utilities Jean-Baptiste Bohuon , Mouhamadou Ba , Estelle Chaix , Robert Bossy , Claire Nédellec Galaxy Community Conference, Jun 2017, Montpellier, France. pp.1, ⟨10.5281/zenodo.200370⟩ Communication dans un congrès hal-01556276v1
	Text-mining and ontologies: new approaches to knowledge discovery of microbial diversity Claire Nédellec , Robert Bossy , Estelle Chaix , Louise Deleger 4th International Conference on Microbial Diversity 2017, Oct 2017, Bari, Italy Communication dans un congrès hal-02736151v1
	Florilège: a database gathering microbial phenotypes of food interest Hélène Falentin , Estelle Chaix , Bedis Dridi , Philippe Bessieres , S Buchin 2017 Scientific MEM days: Journées scientifiques MEM (Métaomiques et écosystèmes microbiens), Jan 2017, Paris, France Communication dans un congrès hal-01607327v1
	Shared Task SeeDev : Extraction de régulations impliquées dans le développement de la graine d’Arabidopsis thaliana à partir de publications scientifiques Estelle Chaix , Bertrand Dubreucq , Dialekti Valsamou , Abdelhak Fatihi , Louise Deleger Les journées Bioinformatique de l'Inra, Mar 2016, Montpellier, France. pp.1 Communication dans un congrès hal-01455855v1
	Overview of the bacteria biotope task at BioNLP shared task Louise Deleger , Robert Bossy , Estelle Chaix , Mouhamadou Ba , Arnaud Ferré BioNLP Shared Task, Aug 2016, Berlin, Germany. pp.101 Communication dans un congrès hal-01455857v1
	OntoBiotope: une ontologie pour croiser les habitats microbiens avec les analyses de génomes. Robert Bossy , Estelle Chaix , Louise Deleger , Arnaud Ferré , Mouhamadou Ba Les journées Bioinformatique de l'Inra, Mar 2016, Montpellier, France. pp.1 Communication dans un congrès hal-01455856v1
	Overview of the regulatory network of plant seed development (SeeDev) task at the BioNLP shared task 2016 Estelle Chaix , Bertrand Dubreucq , Abdelhak Fatihi , Dialekti Valsamou , Robert Bossy BioNLP Shared Task, Aug 2016, Berlin, Germany. pp.113 Communication dans un congrès hal-01455854v1
	Information extraction from articles for the elaboration of the regulatory networks involved in Arabidopsis seed development Bertrand Dubreucq , Dialekti Valsamou , Abdelhak Fatihi , Estelle Chaix , Robert Bossy 26th International Conference on Arabidopsis Research, Jul 2015, Paris, France Communication dans un congrès hal-01524850v1
	Knowledge model of regulatory networks involved in Arabidopsis seed development for information extraction and integration from text Estelle Chaix , Bertrand Dubreucq , Dialekti Valsamou , Abdelhak Fatihi , Robert Bossy BioCreative 5, Sep 2015, Madrid, Spain Communication dans un congrès hal-01512197v1
	Les gaz et l'aliment. Les éléments déterminant de l'efficacité des gaz vis-à-vis des microorganismes Estelle Chaix Efficacité des atmosphères modifiées sur la qualité microbiologique des aliments, Association pour le Développement de la Recherche Appliquée aux Industries Agricoles et Alimentaires (ADRIA). FRA., Sep 2015, Saint Pierre de Quiberon, France Communication dans un congrès hal-01603755v1
	Information extraction challenge Gene Regulation Network in Arabidopsis thaliana (GRNA) Estelle Chaix , Bertrand Dubreucq , Dialekti Valsamou , Abdelhak Fatihi , Robert Bossy Paris-Saclay Center for Data Science: Open Software Initiative (OSI), Oct 2015, Orsay, France. pp.14 slides, ⟨10.13140/RG.2.1.4286.6326⟩ Communication dans un congrès hal-01603453v1
	CO2 kinetics in cheese matrix at 20°C position from interface (mm) A new methodology to monitor CO 2 transfer and determine its diffusivity and solubility in solid food Estelle Chaix , Valérie Guillard 2012 EFFoST Annual Meeting - A Lunch Box for Tomorrow : An interactive combination of integrated analysis and specialized knowledge of food, Nov 2012, Montpellier, France. pp.1 Communication dans un congrès hal-01601871v1
	Evaluation of O2 transfer in the food/packaging system for a better shelf life evaluation of modified atmosphere food packaging. Estelle Chaix , Valérie Guillard 2012 EFFoST Annual Meeting - A Lunch Box for Tomorrow : An interactive combination of integrated analysis and specialized knowledge of food, Nov 2012, Montpellier, France. pp.2 Communication dans un congrès hal-01601670v1

	Bacteria biotope annotation guidelines Robert Bossy , Claire Nédellec , Julien Jourde , Mouhamadou Ba , Estelle Chaix 2019, 30 p Autre publication scientifique hal-02787110v1
	Annotation Guidelines BIONLP-ST 2016 SeeDev task Estelle Chaix , Bertrand B. Dubreucq , Dialekti Valsamou , Abdelhak Fatihi , Louise Deleger 2016, pp.47 Autre publication scientifique hal-02795594v1

	Omnicrobe, an open-access database of microbial habitats and phenotypes using a comprehensive text mining and data fusion approach Sandra Dérozier , Robert Bossy , Louise Deléger , Mouhamadou Ba , Estelle Chaix 2022 Pré-publication, Document de travail hal-03828105v1

	Pathobiome analyses in vegetable food products Anne-Laure Boutigny , Quentin Pouderoux , Christine Tayeh , A. Fraisse , Jaime Aguayo 12th International Congress of Plant Pathology, Aug 2023, LYON, France. , Poster Poster de conférence anses-04450015v1
	Omnicrobe : une base de données d’habitats et de phénotypes microbiens Hélène Falentin , Olivier Harlé , Sandra Derozier , Louise Deléger , Estelle Chaix 23ème édition du colloque du Club des Bactéries Lactiques, Jun 2022, Rennes, France. , 2022 Poster de conférence hal-03694214v1
	Project SACADA: SARS-CoV-2 transmission in meat processing plants Estelle Chaix , Christophe Batéjat , G. Boué , S. Duret , Michel Federighi FoodMicro2022, Aug 2022, Athene, Greece. Poster de conférence anses-03903141v1
	An agent-based model to predict SARS-CoV-2 contamination of surfaces and meat cuts in processing plants Ngoc-Du Martin Luong , Laurent Guillier , Estelle Chaix , Michel Federighi , Pauline Kooh FoodMicro2022, Aug 2022, Athene, Greece. Poster de conférence anses-03903173v1
	Florilege, a database gathering microbial habitats, phenotypes and uses Sandra Derozier , Louise Deleger , Estelle Chaix , Reda Mekdad , Mouhamadou Ba JOBIM 2020, Jun 2020, Montpellier, France Poster de conférence hal-02904156v1
	FLORILEGE: an integrative database using text mining and ontologies Estelle Chaix , Sandra Derozier , Louise Deleger , Hélène Falentin , Jean-Baptiste Bohuon JOBIM 2018, Jul 2018, Marseille, France. , 2018, ABSTRACTS JOBIM 2018 Poster de conférence hal-01827946v1
	Florilege : a database gathering microbial phenotypes of food interest Hélène Falentin , Estelle Chaix , Bedis Dridi , Philippe Bessieres , S Buchin 4th International Conference on Microbial Diversity 2017, Oct 2017, Bari, Italy. , 2017 Poster de conférence hal-01651302v1
	A decision support tool to predict mass transfer and microorganism growth in modified atmosphere packagingof fresh food products Estelle Chaix , Bertrand Broyart , Carole Guillaume , Olivier Couvert , Valérie Guillard 2012 EFFoST Annual Meeting - A Lunch Box for Tomorrow : An interactive combination of integrated analysis and specialized knowledge of food, Nov 2012, Montpellier, France. 2012 Poster de conférence hal-01628134v1

	Caractérisation et modélisation des transferts de gaz (O2 /CO2) dans le système emballage/aliment en lien avec les réactions de croissance microbienne (microbiologie prévisionnelle) Estelle Chaix Chemical and Process Engineering. Université Montpellier 2 (Sciences et Techniques), 2014. English. ⟨NNT : ⟩ Thèse tel-02800533v1

Estelle Chaix

Publications

Persistance du SARS-CoV-2, responsable de la COVID-19, sur les aliments et les surfaces des ateliers en industries agroalimentaires

An agent-based model to simulate SARS-CoV-2 contamination of surfaces and meat cuts in processing plants

Vente de produits en vrac : comment la mettre en place en toute sécurité ?

Risk of Monkeypox virus (MPXV) transmission through the handling and consumption of food

Database of SARS-CoV-2 and coronaviruses kinetics relevant for assessing persistence in food processing plants

Guidance Level for Brevetoxins in French Shellfish

Modelling the inactivation of viruses from the Coronaviridae family in response to temperature and relative humidity in suspensions or surfaces.

Text-mining tools for extracting information about microbial biodiversity in food

Validation of a predictive model coupling gas transfer and microbial growth in fresh food packed under modified atmosphere

CO2 and O2 solubility and diffusivity data in food products stored in data warehouse structured by ontology

Performance of a non-invasive methodology for assessing oxygen diffusion in liquid and solid food products

Conception assistée d’emballage sous atmosphère modifiée

Diffusivity and solubility of CO2 in dense solid food products

Mechanistic model coupling gas exchange dynamics and Listeria monocytogenes growth in modified atmosphere packaging of non respiring food

Predictive microbiology coupled with gas (O2/CO2) transfer in food/packaging systems: how to develop an efficient decision support tool for food packaging dimensioning

Oxygen and Carbon Dioxide Solubility and Diffusivity in Solid Food Matrices: A Review of Past and Current Knowledge

Avis de l'Anses relatif à un document d’appui aux lignes directrices de l’arrêté du 7 mars 2011 relatives à l’évaluation de l'efficacité antimicrobienne des auxiliaires technologiques utilisés comme agents de décontamination des denrées d’origine végétale

Avis de l’Anses portant sur des « recommandations relatives à la réduction du risque de transmission du virus Monkeypox (MPXV) lié à la manipulation et la consommation des denrées alimentaires

Avis de l'Anses relatif aux modalités de maîtrise du risque lié à la présence de dangers microbiologiques dans les fromages et autres produits laitiers fabriqués à partir de lait cru

Les brévétoxines dans les coquillages, données de toxicité, d’occurrence et microalgues productrices

Note d’appui scientifique et technique de l’Anses relatif au traitement thermique des coquillages contaminés par des norovirus

MPV : Réservoirs animaux, risques de transmission aux animaux autochtones hors d’Afrique

Sale of food products without packaging: the consumer as a key player in food safety

Bacteria Biotope at BioNLP Open Shared Tasks 2019

L'ontologie OntoBiotope pour l'étude de la biodiversité microbienne

Reconstruction and visualisation of gene regulatory networks from different provenances : application at Arabidopsis thaliana

A text mining approach to enhance knowledge of food microorganisms

Recovering the complexity in scientific knowledge: towards automatically reconstructing the maize floral transition gene regulatory network

Text mining tools for extracting information about microbial biodiversity in food

Text-mining needs of the food microbiology research community

Integration of Alvis within the OpenMinTeD platform as Galaxy utilities

Text-mining and ontologies: new approaches to knowledge discovery of microbial diversity

Florilège: a database gathering microbial phenotypes of food interest

Shared Task SeeDev : Extraction de régulations impliquées dans le développement de la graine d’Arabidopsis thaliana à partir de publications scientifiques

Overview of the bacteria biotope task at BioNLP shared task

OntoBiotope: une ontologie pour croiser les habitats microbiens avec les analyses de génomes.

Overview of the regulatory network of plant seed development (SeeDev) task at the BioNLP shared task 2016

Information extraction from articles for the elaboration of the regulatory networks involved in Arabidopsis seed development

Knowledge model of regulatory networks involved in Arabidopsis seed development for information extraction and integration from text

Les gaz et l'aliment. Les éléments déterminant de l'efficacité des gaz vis-à-vis des microorganismes

Information extraction challenge Gene Regulation Network in Arabidopsis thaliana (GRNA)

CO2 kinetics in cheese matrix at 20°C position from interface (mm) A new methodology to monitor CO 2 transfer and determine its diffusivity and solubility in solid food

Evaluation of O2 transfer in the food/packaging system for a better shelf life evaluation of modified atmosphere food packaging.

Bacteria biotope annotation guidelines

Annotation Guidelines BIONLP-ST 2016 SeeDev task

Omnicrobe, an open-access database of microbial habitats and phenotypes using a comprehensive text mining and data fusion approach

Pathobiome analyses in vegetable food products

Omnicrobe : une base de données d’habitats et de phénotypes microbiens

Project SACADA: SARS-CoV-2 transmission in meat processing plants

An agent-based model to predict SARS-CoV-2 contamination of surfaces and meat cuts in processing plants

Florilege, a database gathering microbial habitats, phenotypes and uses

FLORILEGE: an integrative database using text mining and ontologies

Florilege : a database gathering microbial phenotypes of food interest

A decision support tool to predict mass transfer and microorganism growth in modified atmosphere packagingof fresh food products

Caractérisation et modélisation des transferts de gaz (O2 /CO2) dans le système emballage/aliment en lien avec les réactions de croissance microbienne (microbiologie prévisionnelle)