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curriculum vitae


DOUBLE FORMATION
1996-1997 : DESS d’Informatique en Biologie. Institut Pasteur, Paris.
1995-1996 : Post-doctorat. Leiden, Pays-bas.
1991-1995 : Doctorat de Génétique et Biologie Moléculaire, Université Paris VII.
1990-1991 : DEA de Biologie du Vieillissement, Université Paris VII.
1989-1990 : Maîtrise de Génétique et Biologie Moléculaire, Université Paris XI-Orsay.
1985 : Bac F7 bis Sciences et Technologie de Laboratoire, Lycée Pierre et Marie Curie, Versailles.

EXPERIENCES PROFESSIONNELLES DANS LE DOMAINE DE LA RECHERCHE
2002-2011: Statutaire ingénieur de recherche IR1 CNRS comme superviseur de la plate-forme bioinformatique de l’équipe Genexpress de génomique fonctionnelle et biologie systémique pour la santé (CNRS FRE3375) dirigée par le Dr Charles Auffray. J’assure la direction de l’équipe bioinformatique et assure un rôle d’interface entre les aspects expérimentaux et informatiques du laboratoire. Je fais office de chef de projet, aussi bien au niveau du laboratoire que dans des collaborations nationales et internationales. Notamment :
- Biologie systémique
Cette activité s’inscrit dans le cadre des projets du réseau SYSTEMOSCOPE (http://www.systemoscope.net/) de biologie systémique intégrative qui concerne la physiologie musculaire en relation avec les maladies pulmonaires et cardiaques (collaboration avec les Prs Christophe PISON et Valdur SAKS, Laboratoire de Bioénergétique Fondamentale et Appliquée, Inserm U884, Grenoble). Cette activité a précédé la mise en place de cahier des charges, de suivi et d’orientation du travail dans des projets à l interface de la physique, de la biologie et de l'informatique dans le cadre de projets européens : IMI U-BIOPRED (Unbiased BIOmarkers in PREDiction of respiratory disease outcomes http://www.ubiopred.european-lung-foundation.org/) sur l’asthme sévère et FP7 MeDALL (Mechanisms of the Development of ALLergy , http://medall-fp7.eu/) sur les mécanismes d'initiation de l'allergie de la petite enfance aux jeunes adulte. Par ailleurs, je participe à la mise en place d’un prototype expérimental de biophysique visant à appliquer la théorie de la relativité d’échelle à plusieurs problématiques biologique en collaboration avec le Dr Laurent NOTTALE (LUTH-UMR 8102, Observatoire de Paris-Meudon). Notamment l'application de la relativité d'échelle en biologie à l'analyse du chimiotactisme, des maladies pulmonaires et cardiaques, ainsi qu’une réflexion sur le cerveau.
- Génomique fonctionnelle de l’hématopoïèse et des leucémies (Chine)
En collaboration avec les équipes du Professeur Zhu Chen, Institut d’Hématologie, Shanghai, Chine, dans le cadre du pôle sino-français en génomique et sciences du vivant. Ce projet vise à établir le profil d'expression des gènes dans les cellules souches et progénitrices du système hématopoïétique, afin d'identifier ceux qui y sont exprimés préférentiellement ou spécifiquement. La caractérisation fonctionnelle de ces gènes a contribué à la compréhension des mécanismes de l'hématopoïèse, ainsi qu’à la mise en évidence d’un processus impliquant la contribution des sels d’arsenic (utilisés en médecine chinoise traditionnelle) pour le traitement des leucémies.
- Consortium H-Invitational (Japon)
Coordinateur: Professeur Takashi Gojobori, Integrated Database Group, Biological Information Research Center, National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, Tokyo, Japon. Ce projet a pour but de constituer une base internationale d’annotations intégrées du génome, du transcriptome, du protéome et des pathlogies humaines. Je suis membre du réseau international de collaboration scientifique du Consortium qui comprend les programmes:
Human Full-length cDNA Annotation Invitational (H-Invitational): Etablir un jeu unique de transcrits humains issus de collections de clones d’ADNc de haute qualité. Développer une approche supervisée standardisée d’annotation génomique et fonctionnelle (http://www.h-invitational.jp/).
Human-Anatomical Gene Expression Library (H-ANGEL) : Produire et intégrer des données issues du transcriptome humain normal collectées sur 7 plates-formes de génomique fonctionnelle différentes et incluant 40 tissus distincts (http://www.jbirc.aist.go.jp/hinv/h-angel/).
Human-Disease-Edition Invitational (H-Invitational DE) : Développer des méthodologies intégratives de traitement et d’exploitation de données publiques pour l’exploration de pathologies humaines.
- Résistance des tumeurs colorectales à la chimiothérapie
En collaboration avec l’Institut de Biotechnologie et Pharmacologie (CNRS UMR 5094, Montpellier), le Centre Régional de Lutte contre le Cancer (CRLC, Montpellier), Aventis (Vitry s/Seine).
Ce projet a identifié les gènes ayant un rôle effecteur dans l’émergence de la résistance à un agent anti-tumoral, la camptothécine ou Irinotecan, dans les cancers colorectaux. Nous avons démontré que des différences intrinsèques de l’expression de certains gènes sont à l’origine du processus de chimiorésistance spontanée chez les 50 % des patients ne répondant pas au traitement. Le profil génomique spécifique ainsi défini permet d’envisager un diagnostic de pré-traitement chimio-thérapeutique.
1997-2002: CDD 5 ans CNRS/Synthélabo/Rhône-Poulenc comme bio-informaticien dans l’équipe Genexpress de l’Unité de Génétique Moléculaire et Biologie du Développement (CNRS UPR420/ERS1984/FRE2376, Villejuif) dirigée par le Dr Charles Auffray : Développement de la base de connaissances IMAGE de Genexpress au niveau de la bioinformatique et de la génomique computationnelle. Le travail de l’équipe que je dirigeais a consisté à intégrer des résultats de l’exploration des transcriptomes musculaire, cérébraux, colorectaux, humains et animaux obtenus par hybridation différentielle de réseaux d’ADNc avec les données de séquence et de cartographie d’ADN. Ceci pour constituer une ressource interrogeable pour la génomique fonctionnelle de la physiologie et de la pathologie disponible sur un serveur dédié ( http://annotimg.vjf.cnrs.fr/). Cette ressource est ensuite utilisée pour mettre en évidence des cibles thérapeutique. Notamment :
- Exploration fonctionnelle de protéines impliquées dans le fonctionnement du système musculaire
Caractérisation de gènes exprimés différentiellement dans les muscles de patients atteints de dystrophie musculaire; caractérisation du profil d’expression de 2.000 gènes dans différents tissus et dans les cellules satellites musculaires humaines au cours du vieillissement et de la différenciation; caractérisation fonctionnelle des nouvelles protéines musculaires ainsi mises en évidence.
- Exploration fonctionnelle de protéines impliquées dans le fonctionnement du système nerveux
Mise en évidence et examen approfondi des gènes dont l’expression est spécifique ou restreinte au système nerveux par l’étude de 10.000 gènes à l’aide de la technologie des macro-réseaux d’ADNc. Caractérisation d’un gène exprimé spécifiquement dans les oligodendrocytes, et de groupes de quelques dizaines de gènes dont l’expression est modulée au cours de l’apoptose neuronale. Ceci dans un modèle animal de l’amyotrophie latérale sclérosante en partenariat avec la société Rhône-Poulenc-Aventis et dans un modèle animal de l’ischémie cérébrale en partenariat avec la société Synthélabo-Sanofi.
- Génomique fonctionnelle animale
Dans le domaine de la génomique fonctionnelle animale, nous avons participé à l’exploration du répertoire de gènes bovins dont l’expression est régulée en partenariat avec des équipes de l’INRA pour la recherche d’indicateurs de la qualité des viandes, la compréhension de la différenciation et du fonctionnement du tissu mammaire des ruminants laitiers et l’étude de la tremblante naturelle ovine.
1997-1997: Séjour expérimental de 3 mois à l’Institut Pasteur dans le service informatique dirigé par Laurent Bloch, en collaboration avec l’Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA) :
- Mise à disposition sur le réseau Internet d’un serveur SAMBA (Systolic Accelerator for Molecular Biological Applications : Blast, Smith and Waterman, développement d’interfaces en HTML et CGI en PERL).
1995-1996: Séjour post-doctoral, Department of Genetic Radiation, Laboratoire du Professeur Leon Mullenders, Université de Leiden, Pays-Bas :
- Etude de la réparation préférentielle des lésions UV dans les maladies humaines de la réparation de l’ADN
1991-1995: Thèse de doctorat dans le Laboratoire de Génétique Moléculaire (CNRS UPR42, Villejuif) dirigé par le Pr Alain Sarasin :
- Etude de la réparation des lésions UV dans les maladies humaines de la réparation de l’ADN.
- Recherches des gènes humains impliqués dans la trichothiodystrophie et le xeroderma
- Test biochimique pour l’industrie pharmaceutique.
1990-1991: Stage de DEA, Inserm U129, ICGM, Paris sous la direction du Pr Axel Khan.
- Etude du transcrit des anti-oncogènes au cours du vieillissement cutané.
ORGANISATION DE COLLOQUE
- Membre du Comité local d’organisation des conférences inaugurales du Consortium International SYSTEMOSCOPE organisées à Paris, France (18-21 juin 2003).
- Membre du Comité d’organisation des Conférences TRANSCRIPTOME 2000 et TRANSCRIPTOME 2005 “From Functional Genomics to Systems Biology” organisées par le Consortium IMAGE à l’Institut Pasteur, Paris, France (6-9 novembre 2000) et Shangai, Chine (10-15 novembre 2005). Responsable chargée des relations avec les intervenants et financiers ainsi que de la mise en place des sessions satellites (10 novembre 2000).
- Organisation d’un congrès de DEA.
ANIMATION SCIENTIFIQUE
- Encadrement d’étudiants en DESS et école d’ingénieur en informatique.
- Tuteur dans la formation d’informatique en biologie enseigné à l’institut Pasteur de Paris.
- Encadrement d’étudiants en thèse.
- Encadrement technologique d’étudiants en BTS de biotechnologie.
- Evaluation de publications.
PARTONARIATS, VALORISATION et TRANSFERT DE TECHNOLOGIE
- Conception et mise en place d’une structure d’ingénierie de projets proposant à des partenaires académiques (CNRS, Inserm, INRA), associatifs (AFM, Ligue Nationale Contre le Cancer) et industriels (Aventis) des expertises et solutions technologiques adaptées à leurs programmes en génomique fonctionnelle. Conception de projets, établissement des cahiers des charges et des budgets prévisionnels, développement des procédures adaptées.
- Établissement de cahiers des charges et budgets prévisionnels, pour la mise en place de projets dans le cadre de partenariats.
- Passage d’un prototype expérimental a un produit fini avec la société d informatique Logilab.

 

 


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  • Cédric Nadiras, Eric Eveno, Annie Schwartz, Nara Figueroa-Bossi, Marc Boudvillain. A multivariate prediction model for Rho-dependent termination of transcription. Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2018, 46 (16), pp.8245 - 8260. ⟨10.1093/nar/gky563⟩. ⟨hal-01880575⟩
  • Linda Cambier, Patrice Rassam, Béatrice Chabi, Karima Mezghenna, René Gross, et al.. M19 modulates skeletal muscle differentiation and insulin secretion in pancreatic β-cells through modulation of respiratory chain activity.. Clinical Neurology and Neurosurgery, Elsevier, 2012, 7 (2), pp.e31815. ⟨10.1371/journal.pone.0031815⟩. ⟨hal-00706794⟩
  • J. Bousquet, J. Anto, C. Auffray, M. Akdis, A. Cambon-Thomsen, et al.. MeDALL (Mechanisms of the Development of ALLergy): an integrated approach from phenotypes to systems medicine.. Allergy, Wiley, 2011, 66 (5), pp.596-604. ⟨10.1111/j.1398-9995.2010.02534.x⟩. ⟨hal-00595853⟩
  • Marie-Anne Debily, Sandrine El Marhomy, Virginie Boulanger, Eric Eveno, Régine Mariage-Samson, et al.. A Functional and Regulatory Network Associated with PIP Expression in Human Breast Cancer. PLoS ONE, Public Library of Science, 2009, 4 (3), pp.e4696. ⟨10.1371/journal.pone.0004696⟩. ⟨hal-02115235⟩
  • Chisato Yamasaki, Katsuhiko Murakami, Yasuyuki Fujii, Yoshiharu Sato, Erimi Harada, et al.. The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts. Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2007, 36 (Database), pp.D793-D799. ⟨10.1093/nar/gkm999⟩. ⟨hal-02115283⟩
  • Esther Graudens, Virginie Boulanger, Cindy Mollard, Régine Mariage-Samson, Xavier Barlet, et al.. Deciphering cellular states of innate tumor drug responses. Genome Biology, BioMed Central, 2006, 7 (3), pp.R19. ⟨10.1186/gb-2006-7-3-r19⟩. ⟨hal-02115293⟩
  • Y. Du, Kankan Wang, Hai Fang, Junmin Li, Dakai Xiao, et al.. Coordination of intrinsic, extrinsic, and endoplasmic reticulum-mediated apoptosis by imatinib mesylate combined with arsenic trioxide in chronic myeloid leukemia. Blood, American Society of Hematology, 2006, 107 (4), pp.1582-1590. ⟨10.1182/blood-2005-06-2318⟩. ⟨hal-02115308⟩
  • Motohiko Tanino, Marie-Anne Debily, Takuro Tamura, Teruyoshi Hishiki, Osamu Ogasawara, et al.. The Human Anatomic Gene Expression Library (H-ANGEL), the H-Inv integrative display of human gene expression across disparate technologies and platforms. Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2005, 33 (Database issue), pp.D567-D572. ⟨10.1093/nar/gki104⟩. ⟨hal-02115361⟩
  • S. Imbeaud, Esther Graudens, Virginie Boulanger, Xavier Barlet, Patrick Zaborski, et al.. Towards standardization of RNA quality assessment using user-independent classifiers of microcapillary electrophoresis traces. Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2005, 33 (6), pp.e56-e56. ⟨10.1093/nar/gni054⟩. ⟨hal-02115318⟩
  • Sylvie Bortoli, Valérie Renault, Régine Mariage-Samson, Eric Eveno, Charles Auffray, et al.. Modifications in the myogenic program induced by in vivo and in vitro aging. Gene, Elsevier, 2005, 347 (1), pp.65-72. ⟨10.1016/j.gene.2004.12.029⟩. ⟨hal-02115339⟩
  • P.-Z. Zheng, K.-K. Wang, Q.-H. Huang, Y.-Z. Du, Q.-Y. Zhang, et al.. Systems analysis of transcriptome and proteome in retinoic acid/arsenic trioxide-induced cell differentiation/apoptosis of promyelocytic leukemia. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2005, 102 (21), pp.7653-7658. ⟨10.1073/pnas.0502825102⟩. ⟨hal-02115327⟩
  • Tadashi Imanishi, Takeshi Itoh, Yutaka Suzuki, Claire O'Donovan, Satoshi Fukuchi, et al.. Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones.. PLoS Biology, Public Library of Science, 2004, 2 (6), pp.856-875. ⟨inria-00099938⟩
  • Lydia Riou, Eric Eveno, Anneke van Hoffen, Albert van Zeeland, Alain Sarasin, et al.. Differential Repair of the Two Major UV-Induced Photolesions in Trichothiodystrophy Fibroblasts. Cancer Research, American Association for Cancer Research, 2004, 64 (3), pp.889-894. ⟨10.1158/0008-5472.CAN-03-2070⟩. ⟨hal-02115390⟩
  • Sylvie Bortoli, Valérie Renault, Eric Eveno, Charles Auffray, Gill Butler-Browne, et al.. Gene expression profiling of human satellite cells during muscular aging using cDNA arrays. Gene, Elsevier, 2003, 321, pp.145-154. ⟨10.1016/j.gene.2003.08.025⟩. ⟨hal-02115386⟩
  • Charles Decraene, Bernard Brugg, Merle Ruberg, Eric Eveno, Christiane Matingou, et al.. Identification of genes involved in ceramide-dependent neuronal apoptosis using cDNA arrays.. Genome Biology, BioMed Central, 2002, 3 (8), pp.RESEARCH0042. ⟨inserm-00123593⟩
  • Julien Chuquet, Karim Benchenane, Géraldine Liot, Mónica Fernández-Monreal, Jérôme Toutain, et al.. Matching Gene Expression with Hypometabolism after Cerebral Ischemia in the Nonhuman Primate. Journal of Cerebral Blood Flow and Metabolism, Nature Publishing Group, 2002, 22 (10), pp.1165-1169. ⟨10.1097/01.wcb.0000037987.07114.7c⟩. ⟨hal-02115394⟩
  • E.N. Miyaji, R.T. Johnson, C.S. Downes, Eric Eveno, M. Mezzina, et al.. Characterization of a mutant rat kangaroo cell line with alterations in the cell cycle and DNA repair. Genetics and Molecular Biology, Sociedade Brasileira de Genética, 2000, 23 (3), pp.689-694. ⟨10.1590/S1415-47572000000300031⟩. ⟨hal-02115450⟩
  • G. Pietu, Eric Eveno, Béatrice Soury-Segurens, Nicole-Adeline Fayein, Régine Mariage-Samson, et al.. The Genexpress IMAGE Knowledge Base of the Human Muscle Transcriptome: A Resource of Structural, Functional, and Positional Candidate Genes for Muscle Physiology and Pathologies. Genome Research, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1999, 9 (12), pp.1313-1320. ⟨10.1101/gr.9.12.1313⟩. ⟨hal-02115457⟩
  • Geneviève Pietu, Régine Mariage-Samson, Nicole Fayein, Christiane Matingou, Eric Eveno, et al.. The Genexpress IMAGE Knowledge base of human brain transcriptome : a prototype of integrated resource for functional and computational genomics. Genome Research, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1999, 9 (2), pp.195-209. ⟨hal-00098890⟩
  • L. Zeng, X Quilliet, L Chevallier-Lagente, Eric Eveno, A. Sarasin, et al.. Retrovirus-mediated gene transfer corrects DNA repair defect of xeroderma pigmentosum cells of complementation groups A, B and C. Gene Therapy, Nature Publishing Group, 1997, 4 (10), pp.1077-1084. ⟨10.1038/sj.gt.3300495⟩. ⟨hal-02115463⟩
  • Tanya Stojkovic, Luc Defebvre, Xavier Quilliet, Eric Eveno, Alain Sarasin, et al.. Neurological manifestations in two related xeroderma pigmentosum group d patients: Complications of the late-onset type of the juvenile form. Movement Disorders, Wiley, 1997, 12 (4), pp.616-619. ⟨10.1002/mds.870120428⟩. ⟨hal-02115471⟩
  • M Weeda, Eric Eveno, I Donker, W Vermeulen, O Chevallier-Lagente, et al.. A mutation in the XPB/ERCC3 DNA repair transcription gene, associated with trichothiodystrophy.. American Journal of Human Genetics, Elsevier (Cell Press), 1997, 60 (2), pp.320-9. ⟨hal-02115478⟩
  • Xavier Quilliet, Odile Chevallier-Lagente, Eric Eveno, Tania Stojkovic, Alain Destée, et al.. Long-term complementation of DNA repair deficient human primary fibroblasts by retroviral transduction of the XPD gene. Mutation Research/DNA Repair, Elsevier, 1996, 364 (3), pp.161-169. ⟨10.1016/S0921-8777(96)00024-9⟩. ⟨hal-02115482⟩
  • Eric Eveno, X. Quilliet, O. Chevallier-Lagente, L. Daya-Grosjean, A. Stary, et al.. Stable SV40-transformation and characterisation of some DNA repair properties of fibroblasts from a trichothiodystrophy patient. Biochimie, Elsevier, 1995, 77 (11), pp.906-912. ⟨10.1016/0300-9084(95)90011-X⟩. ⟨hal-02115494⟩
  • Eric Eveno, F Bourre, X Quilliet, O Chevallier-Lagente, L Roza, et al.. Different removal of ultraviolet photoproducts in genetically related xeroderma pigmentosum and trichothiodystrophy diseases.. Cancer Research, American Association for Cancer Research, 1995, 55 (19), pp.4325-32. ⟨hal-02115488⟩
  • M Carreau, Eric Eveno, X Quilliet, O Chevalier-Lagente, A. Benoît, et al.. Development of a new easy complementation assay for DNA repair deficient human syndromes using cloned repair genes.. Carcinogenesis, Oxford University Press (OUP), 1995, 16 (5), pp.1003-9. ⟨hal-02115507⟩
  • Madeleine Carreau, Xavier Quilliet, Eric Eveno, Anna Salvetti, Olivier Danos, et al.. Functional Retroviral Vector for Gene Therapy of Xeroderma Pigmentosum Group D Patients. Human Gene Therapy, Mary Ann Liebert, 1995, 6 (10), pp.1307-1315. ⟨10.1089/hum.1995.6.10-1307⟩. ⟨hal-02115500⟩
  • C Mezzina, Eric Eveno, C Chevallier-Lagente, A. Benoît, C. Carreau, et al.. Correction by the ERCC2 gene of UV sensitivity and repair deficiency phenotype in a subset of trichothiodystrophy cells.. Carcinogenesis, Oxford University Press (OUP), 1994, 15 (8), pp.1493-8. ⟨hal-02115514⟩
  • J.P. Hugnot, H. Gilgenkrantz, P. Chafey, M. Lambert, Eric Eveno, et al.. Expression of the Dystrophin Gene in Cultured Fibroblasts. Biochemical and Biophysical Research Communications, Elsevier, 1993, 192 (1), pp.69-74. ⟨10.1006/bbrc.1993.1382⟩. ⟨hal-02115517⟩