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Automated SNP detection in expressed sequence tags: statistical considerations and application to maritime pine sequences

 Loïck Le Dantec , David Chagné , David Pot , Olivier Cantin , Pauline Garnier‐géré , et al.
Plant Molecular Biology, 2004, 54, pp.461-470
Article dans une revue hal-00306578v1

PROTICdb: a web-based application to store, track, query, and compare plant proteome data

 Hélène Ferry-Dumazet , Gwenn Houel , Pierre Montalent , Luc Moreau , Olivier Langella , et al.
Proteomics, 2005, 5, pp.2069-2081
Article dans une revue hal-00306584v1

MeRy-B: a web knowledgebase for the storage, visualization, analysis and annotation of plant 1H-NMR metabolomic profiles

 H. Ferry-Dumazet , L. Gil , C. Deborde , Annick Moing , Stéphane Bernillon , et al.
BMC Plant Biology, 2011, 11:104, pp.10.1186/1471-2229-11-104
Article dans une revue hal-00648167v1

PROTICdb: a web-based application to store, track, query, and compare plant proteome data

 Hélène Ferry Dumazet , Gwenn Houel , Pierre Montalent , Luc Moreau , Olivier Langella , et al.
Proteomics, 2005, 5 (8), pp.2069-2081. ⟨10.1002/pmic.200401111⟩
Article dans une revue istex hal-02676901v1

Shaping the surface proteome of minimal bacteria

 Laure Beven , Christine Citti , Pascal Sirand-Pugnet , Dubrana Marie-Pierre , Patricia Thebault , et al.
Congress of the International Organization for Mycoplasmology ; 2010/07/11-16 ; Chianciano Terme (ITA). IOM congress 2010, 2010, Chianciano Terme, Italy
Communication dans un congrès hal-00648772v1

MolliGen 3.0, evolution of a database dedicated to the comparative genomics of mollicutes

 Aurélien Barré , Claire Lemaitre , Patricia Thebault , Antoine de Daruvar , Alain Blanchard , et al.
Congress of the International Organization for Mycoplasmology ; 2010/07/11-16 ; Chianciano Terme (ITA). IOM congress 2010., 2010, Italy
Communication dans un congrès hal-00649151v1

Insights into genome plasticity of the wine-making bacterium Oenococcus oeni strain ATCC BAA-1163 by decryption of its whole genome.

 Elisabeth Bon , Cosette Granvalet , Fabienne Remize , Diliana Dimova , Patrick Lucas , et al.
9th Symposium on Lactic Acid Bacteria, Sep 2008, Egmond aan Zee, Netherlands. pp.A047
Communication dans un congrès inria-00340073v1

Mery-B: a web knowledgebase for the storage, visualization, analysis and annotation of plant metabolomics profiles obtained by NMR

 Hélène Ferry-Dumazet , Laurent Gil , Catherine C. Deborde , Annick Moing , Stéphane Bernillon , et al.
Metabolomics 2010, Jun 2010, Amsterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-02755793v1

ProteomeBinders: planning a European resource of affinity reagents for analysis of the human proteome

 Michael J. Taussing , Oda Stoevesandt , Carl a K Borrebaeck , Andrew R Bradbury , Dolores Cahill , et al.
Nature Methods, 2007, 4, pp.13-17. ⟨10.1038/nmeth0107-13⟩
Article dans une revue hal-00306585v1

MolliGen, a versatile database for the exploration and the comparison of mollicute genomes

 Aurélien Barré , Pascal P. Sirand-Pugnet , Roland Barriot , Antoine de Daruvar , Alain A. Blanchard
JOBIM 2006, Jul 2006, Bordeaux, France
Communication dans un congrès hal-02752803v1

The complete genome sequence of the human urogenital mycoplasma, Mycoplasma hominis

 Sabine Pereyre , Philippe Avenaud , Alain Charron , Pascal P. Sirand-Pugnet , Daniel Jacob , et al.
16. International congress of the International Organization for Mycoplasmology, Jul 2006, Cambridge, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-02756026v1

Annotation transfert based on orthology relationships: reannotation of mycoplasma genomes from the Pneumoniae group

 Aurélien Barré , Vincent Jouffe , Carole Lartigue Prat , Macha Nikolski , Antoine de Daruvar , et al.
JOBIM 2006, Jul 2006, Bordeaux, France
Communication dans un congrès hal-02754083v1
Image document

PROTIC workshop: A bioinformatics environment for proteome data validation, analysis and integration

 Renaud Flores , Johann J. Joets , Olivier Langella , Benoit B. Valot , Michel M. Zivy , et al.
Plant Genomics seminar 2010, Mar 2010, Pont Royal en Provence, France
Communication dans un congrès hal-02758409v1

OENOCOCCUS OENI (alias Leuconostoc oenos) UNE BACTERIE LACTIQUE DU VIN. QUE NOUS APPORTE LE SEQUENCAGE DE SON GENOME?

 Elisabeth Bon , Patrick Lucas , Antoine de Daruvar , Aline Lonvaud-Funel
Rencontres Annuelles de l'ISVV, Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV). Villenave d'Ornon, FRA., Jun 2008, Bordeaux, France
Communication dans un congrès inria-00407904v1

An integrative genomics approach for deciphering the complex interactions between ascorbate metabolism and fruit growth and composition in tomato.

 Virginie Garcia , Rebecca Stevens , Laurent Gil , Louise Gilbert , Noé Gest , et al.
Comptes Rendus Biologies, 2009, 332 (11), pp.1007-21. ⟨10.1016/j.crvi.2009.09.013⟩
Article dans une revue hal-00645936v1

Genome evolution in yeasts.

 Bernard Dujon , David Sherman , Gilles Fischer , Pascal Durrens , Serge Casaregola , et al.
Nature, 2004, 430 (6995), pp.35-44. ⟨10.1038/nature02579⟩
Article dans une revue istex hal-00104411v1

The proteome of maritime pine wood forming tissue

 Jean-Marc Gion , Céline Lalanne , Grégoire Le Provost , Hélène Ferry-Dumazet , Jorge Paiva , et al.
Proteomics, 2005, 5, pp.3731-3751
Article dans une revue hal-00306580v1

New strategy for the representation and the integration of biomolecular knowledge at a cellular scale

 Roland Barriot , Jérôme Poix , Alexis Groppi , Aurélien Barré , Nicolas Goffard , et al.
Actes des 5ème Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques à Montréal (Canada), 2004, Canada. pp.3581-3589
Communication dans un congrès hal-00307645v1

Automated SNP detection in expressed sequence tags : statistical considerations and application to maritime pine sequences

 Loick Le Dantec , David Chagné , David Pot , Olivier Cantin , Pauline Garnier‐géré , et al.
Plant Molecular Biology, 2004, 54 (3), pp.461-470. ⟨10.1023/B:PLAN.0000036376.11710.6f⟩
Article dans une revue istex hal-02679200v1

MolliGen, a versatile database for the exploration and the comparison of mollicute genomes

 Aurélien Barré , Pascal P. Sirand-Pugnet , Antoine de Daruvar , Alain A. Blanchard
International conference, Apr 2007, Ferrare, Italy
Communication dans un congrès hal-02752190v1
Image document

Bioinformatic analysis of ESTs collected by Sanger and pyrosequencing methods for a keystone forest tree species: oak.

 Saneyoshi Ueno , Grégoire Le Provost , Valérie Léger , Christophe C. Klopp , Céline Noirot , et al.
BMC Genomics, 2010, 11, pp.650. ⟨10.1186/1471-2164-11-650⟩
Article dans une revue hal-00645933v1

Large-scale identification of human genes implicated in epidermal barrier function.

 N. Mattiuzzo , E. Toulza , Mf Galliano , N. Jonca , C. Dossat , et al.
Genome Biology, 2007, 8, pp.67-74
Article dans une revue hal-00306571v1

Un outil informatique générique pour le stockage et le data-mining de données de métabolome de plantes

 Hélène Ferry-Dumazet , Daniel Jacob , Aurélien Barré , Cécile Cabasson , Christel Renaud , et al.
Premières journées scientifiques, Dec 2005, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-02759485v1

Mery-B: a web knowledgebase for the storage, visualization, analysis and annotation of plant metabolomics profiles obtained by NMR

 Hélène Ferry-Dumazet , Laurent Gil , Catherine C. Deborde , Annick Moing , Stéphane Bernillon , et al.
4. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, May 2010, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-02756823v1

Mery-B : Base de Données Métabolomiques dédiée au végétal et outils d’intégration, de visualisation et de traitement statistique de profils RMN 1H

 Catherine C. Deborde , Hélène Ferry-Dumazet , Cécile Cabasson , Mickael M. Maucourt , Laurent Gil , et al.
2. Journée scientifique du réseau RMN aquitain, Apr 2009, Bordeaux, France
Communication dans un congrès hal-02752654v1

La diversité des bactéries lactiques du vin, cas particulier d'une espèce: Oenococcus oeni

 Eric Bilhere , Patrick Lucas , Elisabeth Bon , Claire Le Hénaff-Le Marrec , Marguerite Dols-Lafargue , et al.
7ème colloque national "Ressouces Génétiques" (BRG07), Bureau des Ressources Génétiques (BRG). FRA., Oct 2008, Strasbourg, France
Communication dans un congrès inria-00407912v1

Observing metabolic functions at the genome scale.

 Jean-Marc Schwartz , Claire Gaugain , Jose Nacher , Antoine de Daruvar , Minoru Kanehisa
Genome Biology, 2007
Article dans une revue hal-00306566v1

New strategy for the representation and the integration of biomolecular knowledge at a cellular scale

 Roland Barriot , Jerome Poix , Alexis Groppi , Aurélien Barré , Nicolas Goffard , et al.
Nucleic Acids Research, 2004, 32 (12), pp.3581-9. ⟨10.1093/nar/gkh681⟩
Article dans une revue inria-00202722v1

Shaping the surface proteome of minimal bacteria

 Laure Beven , Christine Citti , Pascal P. Sirand-Pugnet , Marie-Pierre Dubrana , Patricia Thébault , et al.
18. Congress of the International Organization for Mycoplasmology, Jul 2010, Chianciano Terme, Italy
Communication dans un congrès hal-02756680v1

Resources for mining mollicute genomes

 Aurélien Barré , Antoine de Daruvar , Alain A. Blanchard , Pascal P. Sirand-Pugnet
Mycoplasmas. Molecular biology, pathogenicity and strategies for control, Horizon Bioscience, 2005, 0-8493-9861-4
Chapitre d'ouvrage hal-02825713v1
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