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Daniel Jacob

I am responsible for the design and/or adaptation of (bio)informatics tools facilitating the capture, storage and use of experimental data in the field of metabolomics and associated metadata. I am also responsible, through scientific monitoring of the field, for the development and/or adaptation of data processing methods (data processing & data mining), for the development and/or deployment of solutions allowing the exploration (data explorer), visualization (data visualization) and data accessibility (open data, FAIR).
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  • 1091002
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Data mining Data management

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annick-moing
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NMR metabolite quantification of a synthetic urine sample: an inter-laboratory comparison of processing workflows

Cécile Canlet , Catherine Deborde , Edern Cahoreau , Grégory da Costa , Roselyne Gautier
Metabolomics, 2023, 19 (7), pp.65. ⟨10.1007/s11306-023-02028-4⟩
Article dans une revue hal-04155487v2
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Multi-omics quantitative data of tomato fruit unveils regulation modes of least variable metabolites

Annick Moing , Thierry Berton , Léa Roch , Salimata Diarrassouba , Stéphane Bernillon
BMC Plant Biology, 2023, 23 (365), ⟨10.1186/s12870-023-04370-0⟩
Article dans une revue hal-04183193v1
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Development, Validation, and Use of 1H-NMR Spectroscopy for Evaluating the Quality of Acerola-Based Food Supplements and Quantifying Ascorbic Acid

Asma Bourafai-Aziez , Daniel Jacob , Gwladys Charpentier , Emmanuel Cassin , Guillaume Rousselot
Molecules, 2022, 27 (17), pp.5614. ⟨10.3390/molecules27175614⟩
Article dans une revue hal-03767989v1
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PeakForest: a multi-platform digital infrastructure for interoperable metabolite spectral data and metadata management

Nils Paulhe , Cécile Canlet , Annelaure Damont , Lindsay Peyriga , Stéphanie Durand
Metabolomics, 2022, 18 (6), pp.40. ⟨10.1007/s11306-022-01899-3⟩
Article dans une revue hal-03695453v1
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Maize metabolome and proteome responses to controlled cold stress partly mimic early‐sowing effects in the field and differ from those of Arabidopsis

Maria Urrutia , Melisande Blein-Nicolas , Sylvain Prigent , Stéphane Bernillon , Catherine Deborde
Plant, Cell and Environment, 2021, 44 (5), pp.1504-1521. ⟨10.1111/pce.13993⟩
Article dans une revue hal-03107184v1
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Putative imbalanced amino acid metabolism in rainbow trout long term fed a plant-based diet as revealed by 1 H-NMR metabolomics

Catherine Deborde , Blandine Madji Hounoum , Annick Moing , Mickaël Maucourt , Daniel Jacob
Journal of Nutritional Science, 2021, 10, pp.e13. ⟨10.1017/jns.2021.3⟩
Article dans une revue hal-03163223v1
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Comparative Metabolomics and Molecular Phylogenetics of Melon (Cucumis melo, Cucurbitaceae) Biodiversity

Annick Moing , J. William Allwood , Asaph Aharoni , John Baker , Michael Beale
Metabolites, 2020, 10 (3), pp.121. ⟨10.3390/metabo10030121⟩
Article dans une revue hal-02533195v1
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Hyperpolarized NMR Metabolomics at Natural 13 C Abundance

Arnab Dey , Benoit Charrier , Estelle Martineau , Catherine Deborde , Elodie Gandriau
Analytical Chemistry, 2020, 92 (22), pp.14867-14871. ⟨10.1021/acs.analchem.0c03510⟩
Article dans une revue hal-03035414v1
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Integrative Metabolomics for Assessing the Effect of Insect (Hermetia illucens) Protein Extract on Rainbow Trout Metabolism

Simon Roques , Catherine Deborde , Laurence Guimas , Yann Marchand , Nadege Richard
Metabolites, 2020, 10 (3), pp.83. ⟨10.3390/metabo10030083⟩
Article dans une revue hal-02570723v1

Biomass composition explains fruit relative growth rate and discriminates climacteric from non-climacteric species

Léa Roch , Sylvain Prigent , Holger Klose , Coffi-Belmys Cakpo , Bertrand Beauvoit
Journal of Experimental Botany, 2020, 71 (19), pp.5823-5836. ⟨10.1093/jxb/eraa302⟩
Article dans une revue hal-02904041v1
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NMR-Based Tissular and Developmental Metabolomics of Tomato Fruit

Martine Lemaire-Chamley , Fabien F. Mounet , Catherine Deborde , Mickael Maucourt , Daniel Jacob
Metabolites, 2019, 9 (5), pp.93. ⟨10.3390/metabo9050093⟩
Article dans une revue hal-02621416v1
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Optimizing 1D 1H-NMR profiling of plant samples for high throughput analysis: extract preparation, standardization, automation and spectra processing

Catherine Deborde , Jean-Xavier J.-X. Fontaine , Daniel Jacob , Adolfo Botana , Valerie Nicaise
Metabolomics, 2019, 15 (3), pp.1-12. ⟨10.1007/s11306-019-1488-3⟩
Article dans une revue hal-02622523v1
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Metabolomic characterization of sunflower leaf allows discriminating genotype groups or stress levels with a minimal set of metabolic markers

Olivier Fernandez , Maria Urrutia , Thierry Berton , Stéphane Bernillon , Catherine Deborde
Metabolomics, 2019, 15 (4), pp.56. ⟨10.1007/s11306-019-1515-4⟩
Article dans une revue hal-02487236v1

Characterization of GMO or glyphosate effects on the composition of maize grain and maize-based diet for rat feeding

Stéphane Bernillon , Mickael Maucourt , Catherine Deborde , Sylvain Chéreau , Daniel Jacob
Metabolomics, 2018, 14 (36), pp.1-12. ⟨10.1007/s11306-018-1329-9⟩
Article dans une revue hal-02624451v1
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nmrML: a community supported open data standard for the description, storage, and exchange of NMR data.

Daniel Schober , Daniel Jacob , Michael Wilson , Joseph A Cruz , Ana Marcu
Analytical Chemistry, 2018, 90 (1), pp.649-656. ⟨10.1021/acs.analchem.7b02795⟩
Article dans une revue hal-02621139v1
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Metabotyping of 30 maize hybrids under early-sowing conditions reveals potential marker-metabolites for breeding

Nadia Lamari , Vanessa Zhendre , Maria Urrutia , Stéphane Bernillon , Mickael Maucourt
Metabolomics, 2018, 14 (10), pp.132. ⟨10.1007/s11306-018-1427-8⟩
Article dans une revue hal-02539641v1

Intestinal microbiota in rainbow trout, Oncorhynchus mykiss, fed diets with different levels of fish-based and plant ingredients: A correlative approach with some plasma metabolites

Francois Joël Gatesoupe , Benoit Fauconneau , Catherine Deborde , Blandine Madji Hounoum , Daniel Jacob
Aquaculture Nutrition, 2018, 24 (5), pp.1563-1576. ⟨10.1111/anu.12793⟩
Article dans une revue hal-01901326v1

NMRProcFlow: a graphical and interactive tool dedicated to 1D spectra processing for NMR-based metabolomics

Daniel Jacob , Catherine Deborde , Marie Lefebvre , Mickael Maucourt , Annick Moing
Metabolomics, 2017, 13 (4), pp.36. ⟨10.1007/s11306-017-1178-y⟩
Article dans une revue hal-01606304v1

Plant metabolism as studied by NMR spectroscopy

Catherine Deborde , Annick Moing , Léa Roch , Daniel Jacob , Dominique Rolin
Progress in Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy, 2017, 102-103, pp.61-97. ⟨10.1016/j.pnmrs.2017.05.001⟩
Article dans une revue hal-01602524v1
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Highly Repeatable Dissolution Dynamic Nuclear Polarization for Heteronuclear NMR Metabolomics

Aurélien Bornet , Mickael Maucourt , Catherine Deborde , Daniel Jacob , Jonas Milani
Analytical Chemistry, 2016, 88 (12), pp.6179-6183. ⟨10.1021/acs.analchem.6b01094⟩
Article dans une revue hal-01366193v1
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Erratum to: COordination of Standards in MetabOlomicS (COSMOS): facilitating integrated metabolomics data access

Reza Salek , Steffen Neumann , Daniel Schober , Jan Hummel , Kenny Billiau
Metabolomics, 2015, 11 (6), pp.1598-1599. ⟨10.1007/s11306-015-0822-7⟩
Article dans une revue hal-02630736v1
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Metabolomic profiling in tomato reveals diel compositional changes in fruit affected by source-sink relationships.

Camille Bénard , Stéphane Bernillon , Benoit Biais , Sonia Osorio , Mickael M. Maucourt
Journal of Experimental Botany, 2015, 66 (11), pp.3391-404. ⟨10.1093/jxb/erv151⟩
Article dans une revue hal-02641303v1
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COordination of Standards in MetabOlomicS (COSMOS): facilitating integrated metabolomics data access

Reza M. Salek , Steffen Neumann , Daniel Schober , Jan Hummel , Kenny Billiau
Metabolomics, 2015, 11 (6), pp.Journal no. 11306. ⟨10.1007/s11306-015-0810-y⟩
Article dans une revue hal-01165673v1
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An efficient spectra processing method for metabolite identification from (1)H-NMR metabolomics data.

Daniel Jacob , Catherine C. Deborde , Annick Moing
Analytical and Bioanalytical Chemistry, 2013, 405, pp.5049-5061. ⟨10.1007/s00216-013-6852-y⟩
Article dans une revue hal-02648547v1
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Deciphering genetic diversity and inheritance of tomato fruit weight and composition through a systems biology approach

Laura Pascual-Banuls , Jiaxin Xu , Benoit Biais , Mickael Maucourt , Patricia Ballias
Journal of Experimental Botany, 2013, 64 (18), pp.1-16. ⟨10.1093/jxb/ert349⟩
Article dans une revue hal-01208665v1
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MeRy-B: a web knowledgebase for the storage, visualization, analysis and annotation of plant NMR metabolomic profiles.

Hélène Ferry-Dumazet , Laurent Gil , Catherine Deborde , Annick Moing , Stéphane Bernillon
BMC Plant Biology, 2011, 11, pp.104. ⟨10.1186/1471-2229-11-104⟩
Article dans une revue hal-00645944v1

MeRy-B: a web knowledgebase for the storage, visualization, analysis and annotation of plant 1H-NMR metabolomic profiles

H. Ferry-Dumazet , L. Gil , C. Deborde , Annick Moing , Stéphane Bernillon
BMC Plant Biology, 2011, 11:104, pp.10.1186/1471-2229-11-104
Article dans une revue hal-00648167v1

An integrative genomics approach for deciphering the complex interactions between ascorbate metabolism and fruit growth and composition in tomato.

Virginie Garcia , Rebecca Stevens , Laurent Gil , Louise Gilbert , Noé Gest
Comptes Rendus Biologies, 2009, 332 (11), pp.1007-21. ⟨10.1016/j.crvi.2009.09.013⟩
Article dans une revue hal-00645936v1

Proton NMR quantitative profiling for quality assessment of greenhouse-grown tomato fruit

Catherine C. Deborde , Mickael M. Maucourt , Pierre Baldet , Stéphane Bernillon , Benoit Biais
Metabolomics, 2009, 5 (2), pp.183-198. ⟨10.1007/s11306-008-0134-2⟩
Article dans une revue hal-02664640v1

1H NMR, GC−EI-TOFMS, and data set correlation for fruit metabolomics: application to spatial metabolite analysis in melon

Benoit Biais , William Allwood , Catherine C. Deborde , Yun Xu , Mickael M. Maucourt
Analytical Chemistry, 2009, 81 (8), pp.2884-2894. ⟨10.1021/ac9001996⟩
Article dans une revue hal-02662211v1

Combining phenotypic, metabolome and proteome data to study maize response to a mild nitrogen deficit

Maria Urrutia , Melisande Blein-Nicolas , Olivier Fernandez , Stéphane Bernillon , Mickael Maucourt
Journées du Protéome Vert, Jun 2022, Gif-sur-Yette, France
Communication dans un congrès hal-03878405v1

Hyperpolarized NMR metabolomics at natural 13C abundance

Arnab Dey , Benoit Charrier , Estelle Martineau , Catherine Deborde , Elodie Gandriau
Hyp21, Sep 2021, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-04432581v1

Hyperpolarized NMR Metabolomics at Natural 13C Abundance

Arnab Dey , Benoit Charrier , Estelle Martineau , Catherine Deborde , Elodie Gandriau
GERM 2021, Apr 2021, En ligne, France
Communication dans un congrès hal-04432708v1
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RMN métabolomique, aliments & nutrition : quelques exemples de la plateforme Métabolome-MetaboHUB -Bordeaux

Catherine Deborde , Blandine Madji Hounoum , Simon Roques , Daniel Jacob , Mickaël Maucourt
Animation scientifique : La Résonance Magnétique Nucléaire dans tous ses états…., UR370 QuaPA et PF AgroResonance, INRAE, Jun 2021, distanciel, France
Communication dans un congrès hal-03728319v1

An overview of NMR applications in metabolite profiling of small molecules for plant metabolism studies

Catherine Deborde , Daniel Jacob , Jean-Xavier J.-X. Fontaine , R. Molinie , Léa Roch
2. International Plant Spectroscopy Conference (IPSC), Mar 2019, Berlin, Germany
Communication dans un congrès hal-02786819v1

NMR-based metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility: 4 short stories

Catherine Deborde , Daniel Jacob , Simon Roques , Léa Roch , Anaïs Clave
A Franco-Israeli Symposium in Magnetic Resonance, Jan 2019, Rehovot, Israel
Communication dans un congrès hal-02786826v1
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NMR-based metabolomics workflow for quality and effect assessment of alternative plant-based diets in rainbow trout.

Catherine Deborde , Blandine Madji Hounoum , Daniel Jacob , Mickael Maucourt , Simon Roques
11èmes JS du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique, May 2018, Liège, Belgium
Communication dans un congrès hal-03058513v1

Integrative and predictive biology outside the plant: linking computational tools to fleshy fruit systems

Cecile Cabasson , Sophie Colombie , Bertrand Beauvoit , Christine Nazaret , Camille Benard
Colloque Biologie synthétique et systémique, BioSynSys, Jun 2016, Bordeaux, France
Communication dans un congrès hal-02739719v1

Leaf marker metabolites for low nitrogen stress in maize

Maria Urrutia Rosauro , Stéphane Bernillon , M. Maucourt , Catherine Deborde , Daniel Jacob
Plant Biology Europe EPSO/FESPB 2016, Jun 2016, Prague, Czech Republic
Communication dans un congrès hal-01605806v1

Development of metabolomics approaches for quality assessment of plant-based diet in rainbow trout

Catherine C. Deborde , Annick Moing , Valentin Joubert , Blandine Madji Hounoum , Daniel Jacob
Aquaculture Europe 2015, European Aquaculture Society (EAS). BEL., Oct 2015, Rotterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-02740877v1

Development of Metabolomics Approaches for Quality Assessment of Plant-Based Diet in Rainbow Trout

Catherine Deborde , Annick Moing , Valentin Joubert , Blandine Madji Hounoum , Daniel Jacob
Meeting Abstracts, 2015, Rotterdam, NLD, Unknown Region. pp.252-253
Communication dans un congrès hal-02139685v1

Using developmental and diurnal compositional changes of tomato to study metabolism

Camille Bénard , Stéphane Bernillon , Benoit Biais , Sonia Osorio-Algar , Mickael M. Maucourt
8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-02793195v1

La métabolomique : un outil de la génomique fonctionnelle au service de la biologie des systèmes

Dominique D. Rolin , Bertrand Beauvoit , Stéphane Bernillon , Camille Bénard , Patricia Ballias
8e Congrès Jeunes Chercheurs de la SFBV, Société Française de Biologie Végétale (SFBV). FRA., Jun 2014, Tours, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-02801036v1

ERVA: a novel method of binning, allowing chemical information to be highlighted, from 1H-NMR metabolics data

Daniel Jacob , Catherine C. Deborde , Annick Moing
7. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, Jun 2013, Amiens, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-02805015v1

MetaboHUB: une infrastructure nationale au service de la métabolomique

Dominique D. Rolin , Alice A. Agasse , Justine Bertrand-Michel , R. R. Cole , B. B. Colsch
Séance thématique "La métabolomique : son application en recherche pharmaceutique et diagnostique", Académie Nationale de Pharmacie. FRA., Feb 2013, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01002248v1

MetaboHUB: a national infrastructure dedicated to metabolomics and fluxomics

Dominique D. Rolin , Alice A. Agasse , Justine Bertrand-Michel , R. R. Cole , B. B. Colsch
7. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et de Fluxomique (RFMF), Jun 2013, Amiens, France
Communication dans un congrès hal-01002241v1

MetaboHUB: a french infrastructure dedicated to metabolomics and fluxomics

Dominique D. Rolin , Alice A. Agasse , Justine Bertrand-Michel , R. R. Cole , Sophie S. Colombie
Metabolomics 2013 - 9. Annual conference of the Metabolomics Society, Jul 2013, Glasgow, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-01002247v1

Diurnal compositional changes of tomato fruit and leaf

Camille Benard , Stéphane Bernillon , Sonia Osorio-Algar , Mickael M. Maucourt , Benoit Biais
Metabolomics 2013, Jul 2013, Glasgow, United Kingdom. 1 p
Communication dans un congrès hal-02803658v1
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Tools and applications in plant metabolomics at Bordeaux Metabolome Fluxome Facility (PMFB; http://www.bordeaux.inra.fr/umr619/NMR.htm)

Catherine C. Deborde , Stéphane Bernillon , Mickael M. Maucourt , Cécile Cabasson , Benoit Biais
5. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, Labo/service de l'auteur, Ville service., May 2011, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02749839v1
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Développement d'outils informatiques pour le traitement et l'analyse des données en RMN-1H, dans un contexte d'expériences métabolomiques

Daniel Jacob , Catherine C. Deborde , Stéphane Bernillon , Annick Moing
5. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, Labo/service de l'auteur, Ville service., May 2011, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02747402v1

Mery-B: a web knowledgebase for the storage, visualization, analysis and annotation of plant metabolomics profiles obtained by NMR

Hélène Ferry-Dumazet , Laurent Gil , Catherine C. Deborde , Annick Moing , Stéphane Bernillon
Metabolomics 2010, Jun 2010, Amsterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-02755793v1

Mery-B: a web knowledgebase for the storage, visualization, analysis and annotation of plant metabolomics profiles obtained by NMR

Hélène Ferry-Dumazet , Laurent Gil , Catherine C. Deborde , Annick Moing , Stéphane Bernillon
4. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, May 2010, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-02756823v1

Plant metabolomics at Bordeaux Metabolome-Fluxome Facility. Tools and applications at PMFB

Catherine C. Deborde , Stéphane Bernillon , Mickael M. Maucourt , Cécile Cabasson , Isabelle Quintana
4. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, May 2010, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-02756773v1

Applications and tools in plant metabolomics at Bordeaux Metabolome-Fluxome Facility

Catherine C. Deborde , Stéphane Bernillon , Mickael M. Maucourt , Cécile Cabasson , Patricia Ballias
Metabolomics 2010, Jun 2010, Amsterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-02757642v1

Mery-B : management and analysis of plant metabolomics 1H-NMR profiles

Daniel Jacob , Hélène Ferry-Dumazet , Laurent Gil , Catherine C. Deborde , Stéphane Bernillon
Metabomeeting 2009, Jul 2009, Norwich, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-02751144v1

Direct correlation of 1H-NMR and GC-EI-TOF-MS profiling data reveals significant spatial localisations and metabolite gradients in Charentais melon fr

William Allwood , Benoit Biais , Catherine C. Deborde , Yun Xu , Mickael M. Maucourt
Metabomeeting 2009, Jul 2009, Norwich, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-02755485v1

Mery-B : Base de Données Métabolomiques dédiée au végétal et outils d’intégration, de visualisation et de traitement statistique de profils RMN 1H

Catherine C. Deborde , Hélène Ferry-Dumazet , Cécile Cabasson , Mickael M. Maucourt , Laurent Gil
2. Journée scientifique du réseau RMN aquitain, Apr 2009, Bordeaux, France
Communication dans un congrès hal-02752654v1

Tools and applications in plant metabolomics at Bordeaux metabolome-fluxome facility (PMFB)

Stéphane Bernillon , Catherine C. Deborde , Mickael M. Maucourt , Benoit Biais , Karine Pardon
Metabomeeting 2009, Jul 2009, Norwich, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-02753447v1

MétaboP: a French initiative supported by Génoplante for the development of analytical and bioinformatic tools for plant metabolomics

Annick Moing , Graham Noctor , Catherine C. Deborde , Mickael M. Maucourt , Christel Renaud
4. International conference, Apr 2006, Reading, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-02754317v1

The Metabolome pole of the Functional Genomics Platform of Bordeaux

Catherine C. Deborde , Stéphane Bernillon , Cécile Cabasson , Mickael M. Maucourt , Christel Renaud
2. Journées, Dec 2006, Saint Sauves d'Auvergne, France
Communication dans un congrès hal-02753989v1

Bioinformatics resources for the study of plant metabolomics

H. Ferry-Dumazet , A. Barre , D. Jacob , A. de Daruvar , Annick Moing
4. International conference, Apr 2006, Reading, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-02754398v1

Metabolome-Fluxome facility at the Plant Systems Biology Institute in Bordeaux, France

Catherine C. Deborde , Mickael M. Maucourt , Christel Renaud , Monique Gaudillère , Cécile Cabasson
4. International conference, Apr 2006, Reading, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-02754805v1

Pôle Métabolome à l'IFR 103 Biologie Végétale Intégrative de Bordeaux

Catherine C. Deborde , Cécile Cabasson , Mickael M. Maucourt , Christel Renaud , Monique Gaudillère
Premières journées scientifiques, Dec 2005, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-02764501v1

Un outil informatique générique pour le stockage et le data-mining de données de métabolome de plantes

Hélène Ferry-Dumazet , Daniel Jacob , Aurélien Barré , Cécile Cabasson , Christel Renaud
Premières journées scientifiques, Dec 2005, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-02759485v1

Chemical fingerprinting for the evaluation of polar and non polar metabolite changes during fruit development in tomato (Solanum lycopersicum) by means of H NMR

Catherine C. Deborde , G. Fourloubey , Daniel Jacob , Fabien F. Mounet , Cécile Cabasson
6. Colloque national de la SFBV, Apr 2005, Arcachon, France
Communication dans un congrès hal-02762461v1

High-resolution 1H-NMR spectroscopy and beyond to explore plant metabolome

Dominique D. Rolin , Catherine C. Deborde , Mickael M. Maucourt , Cécile Cabasson , Florence Fauvelle
Metabolomics Coming of Age with its Technological Diversity, 67 (1ère éd.), Elsevier Ltd, 693 p., 2013, Advances in Botanical Research, 978-0-12-397922-3. ⟨10.1016/B978-0-12-397922-3.00001-0⟩
Chapitre d'ouvrage hal-02811296v1
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TOWARDS A METABOLOMIC CHARACTERISATION OF THE GRAPEVINE RESPONSE TO FLAVESCENCE DORÉE INFECTION BY NMR AND LC-MS PROFILING

Catherine Deborde , Stéphane Bernillon , Josep Valls Fonayet , Daniel Jacob , Sylvie Malembic-Maher
Analytics 2022, Sep 2022, Nantes, France
Poster de conférence hal-03728111v1
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Preliminary results of a MetaboHUB 2.0 inter-laboratory test on 1D 1H NMR metabolite quantification of a synthetic urine.

Catherine Deborde , Patrick Giraudeau , Edern Cahoreau , Gregory da Costa , Roselyne Gautier
Analytics 2022, Sep 2022, Nantes, France
Poster de conférence hal-03728300v1
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TOWARDS A METABOLOMIC CHARACTERISATION OF THE GRAPEVINE RESPONSE TO FLAVESCENCE DORÉE INFECTION BY NMR AND LC-MS PROFILING

Catherine Deborde , Stéphane Bernillon , Josep Valls Fonayet , Daniel Jacob , Sylvie Malembic-Maher
3rd International Plant Spectroscopy Conference, Sep 2022, Nantes, France
Poster de conférence hal-03728068v1

Hyperpolarized NMR metabolomics at natural 13C abundance

Arnab Dey , Benoit Charrier , Estelle Martineau , Catherine Deborde , Elodie Gandriau
ENC 2021, Mar 2021, En ligne, United States
Poster de conférence hal-04433999v1

Hyperpolarized NMR metabolomics at natural 13C abundance

Arnab Dey , Benoit Charrier , Estelle Martineau , Catherine Deborde , Elodie Gandriau
GERM 2021, Apr 2021, En ligne, France
Poster de conférence hal-04433980v1

LC-MS and NMR metabolomics study of a tomato (Solanum lycopersicum L.) mutant affected in the fruit pericarp development

Constance Musseau , Stéphane Bernillon , Catherine Deborde , Daniel Jacob , Joana Jorly
12. Journées Scientifiques du RFMF, May 2019, Clermont-Ferrand, France. pp.128/P48, 2019, 12. Journées Scientifiques du RFMF
Poster de conférence hal-02556782v1

Characterization of GMO or glyphosate effects on the composition of maize grain and maize-based diet for rat feeding

Stéphane Bernillon , Mickael Maucourt , Sylvain Chéreau , Catherine Deborde , Daniel Jacob
12. Journées Scientifiques du RFMF, May 2019, Clermont-Ferrand, France. pp.109 /P30, 2019, 12. Journées Scientifiques du RFMF
Poster de conférence hal-02556668v1
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MetaboHUB-Bordeaux

Stéphane Bernillon , Cecile Cabasson , Cédric Cassan , Grégory da Costa , Catherine Deborde
Journées Scientifiques INRA-BAP, Sep 2019, Hyères, France. , 2019
Poster de conférence hal-02570809v1

NMRProcFLOW: A graphical and interactive tool dedicated to 1D spectra processing for plant NMR metabolomics

Daniel Jacob , Catherine Deborde , Annick Moing
International Plant Spectroscopy Conference (IPSC), Mar 2019, Berlin, Germany. 2019
Poster de conférence hal-02556875v1

Inter laboratory comparison of a revisited protocol for 1D 1H-NMR profiling of plant samples from extract preparation to spectra processing

Catherine Deborde , Roland Molinié , Jean-Xavier J.-X. Fontaine , Adolfo Botana , François Mesnard
EUROMAR - European Magnetic Resonance Meeting, Jul 2018, Nantes, France. 2018
Poster de conférence hal-02737299v1

Combined metabolomic and proteomic profiling of maize leaf to reveal metabolic responses to cold temperatures

Maria Urrutia , Melisande Blein-Nicolas , Stéphane Bernillon , Catherine Deborde , Mickaël Maucourt
11. Journées Scientifiques du RFMF, May 2018, Liège, Belgium. pp.P25, 2018, 11. Journées Scientifiques du RFMF
Poster de conférence hal-03125712v1

Precautions of a revisited protocol for 1D 1H-NMR profiling of plant samples from extract preparation to spectra processing. Preliminary results of an inter laboratory experiments.

Jean-Xavier J.-X. Fontaine , Roland Molinié , Catherine Deborde , Adolfo Botana , Francois Mesnard
11. Journées Scientifiques du RFMF, May 2018, Liège, Belgium. pp.P34, 2018, 11. Journées Scientifiques du RFMF
Poster de conférence hal-03125729v1

NMRProcFlow: A graphical and interactive tool dedicated to 1D spectra processing for NMR-based metabolomics.

Daniel Jacob , Catherine Deborde , Marie Lefebvre , Mickael Maucourt , Annick Moing
EUROMAR - European Magnetic Resonance Meeting, Jul 2018, Nantes, France. 2018
Poster de conférence hal-02733608v1

NMRProcFlow: An easy GUI tool dedicated to 1D NMR spectra processing (1H & 13C) for Metabolomics

Daniel Jacob , Catherine Deborde , Marie Lefebvre , Mickaël Maucourt , Annick Moing
11. Journées Scientifiques du RFMF, May 2018, Liège, Belgium. pp.P24, 2018, 11. Journées Scientifiques du RFMF
Poster de conférence hal-03125691v1

NMR-based metabolomics workflow for characterization and effect assessment of alternative plant-based diets on plasma and microbiote in rainbow trout

Catherine Deborde , Blandine Madji Hounoum , Daniel Jacob , Mickael Maucourt , Simon Roques
EUROMAR - European Magnetic Resonance Meeting, Jul 2018, Nantes, France. 2018
Poster de conférence hal-02160639v1

Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and Applications

Catherine C. Deborde , Patricia Ballias , Camille Bénard , Stéphane Bernillon , Thierry Berton
10. journées scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF 2016, May 2016, Montpellier, France. 2016
Poster de conférence hal-02743906v1

Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and Applications

Catherine C. Deborde , Patricia Ballias , Camille Bénard , Stéphane Bernillon , Thierry Berton
Metabolomics 2016. 12. Annual Conference of the Metabolomics Society, Jun 2016, Dublin, United Kingdom. 2016
Poster de conférence hal-02741696v1

Searching for marker metabolites of crop performance

Annick Moing , Maria Urrutia , Olivier Fernandez , Vanessa Zhendre , Nadia Lamari
Metabolomics 2016. 12. Annual Conference of the Metabolomics Society, Jun 2016, Dublin, United Kingdom. 2016
Poster de conférence hal-02744241v1

EMERODE: nuclEAR MagnEtic Resonance prOfiles DatabasE

Marie Lefebvre , Mickael M. Maucourt , Annick Moing , Dominique D. Rolin , Daniel Jacob
10. journées scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF 2016, May 2016, Montpellier, France. 2016
Poster de conférence hal-02741930v1

Characterization of a plant cell suspension culture of Vitis vinifera: biomass composition assessment before C13-metabolic flux analysis

Angela Machado Vieira , Stéphanie Cluzet , Catherine C. Deborde , Ghislaine Hilbert , Annick Moing
10. journées scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF 2016, May 2016, Montpellier, France. 2016
Poster de conférence hal-02741756v1

Combining MS and proton NMR metabolomic profiling during tomato fruit development to study environment effect on metabolism

Léa Roch , Stéphane Bernillon , Mickael Maucourt , Catherine Deborde , Camille Benard
12. Solanaceae Conference SOL 2015, Oct 2015, Bordeaux, France. 2015, SOL 2015 - Book of abstracts
Poster de conférence hal-01606414v1

Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and Applications.

Annick Moing , Catherine C. Deborde , Patricia Ballias , Camille Bénard , Stéphane Bernillon
9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence hal-02743630v1

Cold treatment affects the metabolite profiles of maize leaves

Nadia Lamari , Vanessa Zhendre , Stéphane Bernillon , Mickael M. Maucourt , Catherine C. Deborde
9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence hal-02742488v1

Combining MS and NMR metabolomic profiling during tomato fruit development to study environment effect on metabolism

Léa Roch , Stéphane Bernillon , Mickael M. Maucourt , Catherine C. Deborde , Camille Bénard
9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence hal-02739251v1
Image document

Vers une annotation RMN 1D et 2D ciblée à partir de matrices de référence

Marie Lefebvre , Julie Pinelli , Nils Paulhe , Vanessa Zhendre , Claire Lopez
9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence hal-02743576v1

MetaboLights: Metabolomics data repository and the role of COSMOS

Reza M. Salek , Kenneth Haug , Pablo Conesa , Mark Williams , Steffen Neumann
8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 1 p., 2014
Poster de conférence hal-02800369v1

nmrML: an XML-based open standard for NMR data storage and exchange

Daniel Schober , Michael Wilson , Daniel Jacob , Annick Moing , Catherine C. Deborde
Metabolomics 2014 - 10. Annual Conference of the Metabolomics Society, Jun 2014, Tsuruoka, Japan. 2014
Poster de conférence hal-02799345v1

Construction and application of reference MS spectral database for metabolite profiling and matrix annotation of plant organisms

Nadia Lamari , Daniel Jacob , Catherine C. Deborde , Annick Moing , Stéphane Bernillon
8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 1 p., 2014
Poster de conférence hal-02798309v1

Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB IA project. Tools and Applications

Annick Moing , Catherine C. Deborde , Patricia Ballias , Camille Bénard , Stéphane Bernillon
8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 1 p., 2014
Poster de conférence hal-02799366v1

Bibliothèques de spectres de RMN 1D et 2D de composés de référence pour la métabolomique végétale

Vanessa Zhendre , Mickael M. Maucourt , Daniel Jacob , Annick Moing , Dominique D. Rolin
8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 1 p., 2014
Poster de conférence hal-02791990v1

Combining metabolite and enzymatic profiling during tomato fruit development

Mickael M. Maucourt , Camille Bénard , Benoit Biais , Patricia Ballias , Catherine C. Deborde
8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 1 p., 2014
Poster de conférence hal-02793996v1

ERVA method for 1H-NMR metabolomics data: a novel binning strategy highlighting chemical information

Daniel Jacob , Catherine C. Deborde , Annick Moing
Metabolomics 2013, Jul 2013, Glasgow, United Kingdom. 1 p., 2013
Poster de conférence hal-02805243v1

On-going method developments in Bordeaux Metabolome Facility

Stéphane Bernillon , Benoit Biais , Catherine C. Deborde , Laetitia Fouillen , Yvon Guntz
Metabolomics 2013 - 9. Annual conference of the Metabolomics Society, Jun 2013, Glasgow, United Kingdom. 2013
Poster de conférence hal-02804388v1

Coordinated methodological developments for plant metabolomics at Bordeaux

Stéphane Bernillon , Benoit Biais , Catherine C. Deborde , Laetitia Fouillen , Yvon Guntz
7. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et de Fluxomique, Jun 2013, Amiens, France. 2013
Poster de conférence hal-02810760v1

Influence of diurnal factor on compositional changes of tomato fruit and leaf

Camille Benard , Stéphane Bernillon , Sonia Osorio-Algar , Mickael M. Maucourt , Benoit Biais
7. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, Jun 2013, Amiens, France. 2013
Poster de conférence hal-02805301v1

Mery-B: a plant metabolomics database and knowledge base

Catherine C. Deborde , Annick Moing , Cécile Cabasson , Stéphane Bernillon , Dominique D. Rolin
Metabolomics 2012, Jun 2012, Washington, United States. 1 p., 2012
Poster de conférence hal-02801976v1

Evolution des profils métabolomiques au cours du développement du mésocarpe et de la graine du fruit de palmier à huile

Etienne Legrand , Mickael M. Maucourt , Catherine C. Deborde , Bertrand Beauvoit , Daniel Jacob
6. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique (RFMF), May 2012, Nantes, France. p. 89, 2012
Poster de conférence hal-02811510v1