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Daniel Jacob

I am responsible for the design and/or adaptation of (bio)informatics tools facilitating the capture, storage and use of experimental data in the field of metabolomics and associated metadata. I am also responsible, through scientific monitoring of the field, for the development and/or adaptation of data processing methods (data processing & data mining), for the development and/or deployment of solutions allowing the exploration (data explorer), visualization (data visualization) and data accessibility (open data, FAIR).
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Data mining Data management

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annick-moing
stephane-bernillon
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Multi-omics quantitative data of tomato fruit unveils regulation modes of least variable metabolites

Annick Moing , Thierry Berton , Léa Roch , Salimata Diarrassouba , Stéphane Bernillon
BMC Plant Biology, 2023, 23 (365), ⟨10.1186/s12870-023-04370-0⟩
Article dans une revue hal-04183193v1
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PeakForest: a multi-platform digital infrastructure for interoperable metabolite spectral data and metadata management

Nils Paulhe , Cécile Canlet , Annelaure Damont , Lindsay Peyriga , Stéphanie Durand
Metabolomics, 2022, 18 (6), pp.40. ⟨10.1007/s11306-022-01899-3⟩
Article dans une revue hal-03695453v1
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Maize metabolome and proteome responses to controlled cold stress partly mimic early‐sowing effects in the field and differ from those of Arabidopsis

Maria Urrutia , Melisande Blein-Nicolas , Sylvain Prigent , Stéphane Bernillon , Catherine Deborde
Plant, Cell and Environment, 2021, 44 (5), pp.1504-1521. ⟨10.1111/pce.13993⟩
Article dans une revue hal-03107184v1
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Metabolomic characterization of sunflower leaf allows discriminating genotype groups or stress levels with a minimal set of metabolic markers

Olivier Fernandez , Maria Urrutia , Thierry Berton , Stéphane Bernillon , Catherine Deborde
Metabolomics, 2019, 15 (4), pp.56. ⟨10.1007/s11306-019-1515-4⟩
Article dans une revue hal-02487236v1

Characterization of GMO or glyphosate effects on the composition of maize grain and maize-based diet for rat feeding

Stéphane Bernillon , Mickael Maucourt , Catherine Deborde , Sylvain Chéreau , Daniel Jacob
Metabolomics, 2018, 14 (36), pp.1-12. ⟨10.1007/s11306-018-1329-9⟩
Article dans une revue hal-02624451v1
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Metabotyping of 30 maize hybrids under early-sowing conditions reveals potential marker-metabolites for breeding

Nadia Lamari , Vanessa Zhendre , Maria Urrutia , Stéphane Bernillon , Mickael Maucourt
Metabolomics, 2018, 14 (10), pp.132. ⟨10.1007/s11306-018-1427-8⟩
Article dans une revue hal-02539641v1
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Metabolomic profiling in tomato reveals diel compositional changes in fruit affected by source-sink relationships.

Camille Bénard , Stéphane Bernillon , Benoit Biais , Sonia Osorio , Mickael M. Maucourt
Journal of Experimental Botany, 2015, 66 (11), pp.3391-404. ⟨10.1093/jxb/erv151⟩
Article dans une revue hal-02641303v1
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Deciphering genetic diversity and inheritance of tomato fruit weight and composition through a systems biology approach

Laura Pascual-Banuls , Jiaxin Xu , Benoit Biais , Mickael Maucourt , Patricia Ballias
Journal of Experimental Botany, 2013, 64 (18), pp.1-16. ⟨10.1093/jxb/ert349⟩
Article dans une revue hal-01208665v1

MeRy-B: a web knowledgebase for the storage, visualization, analysis and annotation of plant 1H-NMR metabolomic profiles

H. Ferry-Dumazet , L. Gil , C. Deborde , Annick Moing , Stéphane Bernillon
BMC Plant Biology, 2011, 11:104, pp.10.1186/1471-2229-11-104
Article dans une revue hal-00648167v1
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MeRy-B: a web knowledgebase for the storage, visualization, analysis and annotation of plant NMR metabolomic profiles.

Hélène Ferry-Dumazet , Laurent Gil , Catherine Deborde , Annick Moing , Stéphane Bernillon
BMC Plant Biology, 2011, 11, pp.104. ⟨10.1186/1471-2229-11-104⟩
Article dans une revue hal-00645944v1

Proton NMR quantitative profiling for quality assessment of greenhouse-grown tomato fruit

Catherine C. Deborde , Mickael M. Maucourt , Pierre Baldet , Stéphane Bernillon , Benoit Biais
Metabolomics, 2009, 5 (2), pp.183-198. ⟨10.1007/s11306-008-0134-2⟩
Article dans une revue hal-02664640v1

Combining phenotypic, metabolome and proteome data to study maize response to a mild nitrogen deficit

Maria Urrutia , Melisande Blein-Nicolas , Olivier Fernandez , Stéphane Bernillon , Mickael Maucourt
Journées du Protéome Vert, Jun 2022, Gif-sur-Yette, France
Communication dans un congrès hal-03878405v1

Leaf marker metabolites for low nitrogen stress in maize

Maria Urrutia Rosauro , Stéphane Bernillon , M. Maucourt , Catherine Deborde , Daniel Jacob
Plant Biology Europe EPSO/FESPB 2016, Jun 2016, Prague, Czech Republic
Communication dans un congrès hal-01605806v1

Integrative and predictive biology outside the plant: linking computational tools to fleshy fruit systems

Cecile Cabasson , Sophie Colombie , Bertrand Beauvoit , Christine Nazaret , Camille Benard
Colloque Biologie synthétique et systémique, BioSynSys, Jun 2016, Bordeaux, France
Communication dans un congrès hal-02739719v1

La métabolomique : un outil de la génomique fonctionnelle au service de la biologie des systèmes

Dominique D. Rolin , Bertrand Beauvoit , Stéphane Bernillon , Camille Bénard , Patricia Ballias
8e Congrès Jeunes Chercheurs de la SFBV, Société Française de Biologie Végétale (SFBV). FRA., Jun 2014, Tours, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-02801036v1

Using developmental and diurnal compositional changes of tomato to study metabolism

Camille Bénard , Stéphane Bernillon , Benoit Biais , Sonia Osorio-Algar , Mickael M. Maucourt
8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-02793195v1

Diurnal compositional changes of tomato fruit and leaf

Camille Benard , Stéphane Bernillon , Sonia Osorio-Algar , Mickael M. Maucourt , Benoit Biais
Metabolomics 2013, Jul 2013, Glasgow, United Kingdom. 1 p
Communication dans un congrès hal-02803658v1
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Développement d'outils informatiques pour le traitement et l'analyse des données en RMN-1H, dans un contexte d'expériences métabolomiques

Daniel Jacob , Catherine C. Deborde , Stéphane Bernillon , Annick Moing
5. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, Labo/service de l'auteur, Ville service., May 2011, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02747402v1
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Tools and applications in plant metabolomics at Bordeaux Metabolome Fluxome Facility (PMFB; http://www.bordeaux.inra.fr/umr619/NMR.htm)

Catherine C. Deborde , Stéphane Bernillon , Mickael M. Maucourt , Cécile Cabasson , Benoit Biais
5. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, Labo/service de l'auteur, Ville service., May 2011, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02749839v1

Mery-B: a web knowledgebase for the storage, visualization, analysis and annotation of plant metabolomics profiles obtained by NMR

Hélène Ferry-Dumazet , Laurent Gil , Catherine C. Deborde , Annick Moing , Stéphane Bernillon
4. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, May 2010, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-02756823v1

Applications and tools in plant metabolomics at Bordeaux Metabolome-Fluxome Facility

Catherine C. Deborde , Stéphane Bernillon , Mickael M. Maucourt , Cécile Cabasson , Patricia Ballias
Metabolomics 2010, Jun 2010, Amsterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-02757642v1

Mery-B: a web knowledgebase for the storage, visualization, analysis and annotation of plant metabolomics profiles obtained by NMR

Hélène Ferry-Dumazet , Laurent Gil , Catherine C. Deborde , Annick Moing , Stéphane Bernillon
Metabolomics 2010, Jun 2010, Amsterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-02755793v1

Plant metabolomics at Bordeaux Metabolome-Fluxome Facility. Tools and applications at PMFB

Catherine C. Deborde , Stéphane Bernillon , Mickael M. Maucourt , Cécile Cabasson , Isabelle Quintana
4. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, May 2010, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-02756773v1

Tools and applications in plant metabolomics at Bordeaux metabolome-fluxome facility (PMFB)

Stéphane Bernillon , Catherine C. Deborde , Mickael M. Maucourt , Benoit Biais , Karine Pardon
Metabomeeting 2009, Jul 2009, Norwich, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-02753447v1

Mery-B : management and analysis of plant metabolomics 1H-NMR profiles

Daniel Jacob , Hélène Ferry-Dumazet , Laurent Gil , Catherine C. Deborde , Stéphane Bernillon
Metabomeeting 2009, Jul 2009, Norwich, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-02751144v1

The Metabolome pole of the Functional Genomics Platform of Bordeaux

Catherine C. Deborde , Stéphane Bernillon , Cécile Cabasson , Mickael M. Maucourt , Christel Renaud
2. Journées, Dec 2006, Saint Sauves d'Auvergne, France
Communication dans un congrès hal-02753989v1
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TOWARDS A METABOLOMIC CHARACTERISATION OF THE GRAPEVINE RESPONSE TO FLAVESCENCE DORÉE INFECTION BY NMR AND LC-MS PROFILING

Catherine Deborde , Stéphane Bernillon , Josep Valls Fonayet , Daniel Jacob , Sylvie Malembic-Maher
3rd International Plant Spectroscopy Conference, Sep 2022, Nantes, France
Poster de conférence hal-03728068v1
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TOWARDS A METABOLOMIC CHARACTERISATION OF THE GRAPEVINE RESPONSE TO FLAVESCENCE DORÉE INFECTION BY NMR AND LC-MS PROFILING

Catherine Deborde , Stéphane Bernillon , Josep Valls Fonayet , Daniel Jacob , Sylvie Malembic-Maher
Analytics 2022, Sep 2022, Nantes, France
Poster de conférence hal-03728111v1

Characterization of GMO or glyphosate effects on the composition of maize grain and maize-based diet for rat feeding

Stéphane Bernillon , Mickael Maucourt , Sylvain Chéreau , Catherine Deborde , Daniel Jacob
12. Journées Scientifiques du RFMF, May 2019, Clermont-Ferrand, France. pp.109 /P30, 2019, 12. Journées Scientifiques du RFMF
Poster de conférence hal-02556668v1
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MetaboHUB-Bordeaux

Stéphane Bernillon , Cecile Cabasson , Cédric Cassan , Grégory da Costa , Catherine Deborde
Journées Scientifiques INRA-BAP, Sep 2019, Hyères, France. , 2019
Poster de conférence hal-02570809v1

LC-MS and NMR metabolomics study of a tomato (Solanum lycopersicum L.) mutant affected in the fruit pericarp development

Constance Musseau , Stéphane Bernillon , Catherine Deborde , Daniel Jacob , Joana Jorly
12. Journées Scientifiques du RFMF, May 2019, Clermont-Ferrand, France. pp.128/P48, 2019, 12. Journées Scientifiques du RFMF
Poster de conférence hal-02556782v1

Combined metabolomic and proteomic profiling of maize leaf to reveal metabolic responses to cold temperatures

Maria Urrutia , Melisande Blein-Nicolas , Stéphane Bernillon , Catherine Deborde , Mickaël Maucourt
11. Journées Scientifiques du RFMF, May 2018, Liège, Belgium. pp.P25, 2018, 11. Journées Scientifiques du RFMF
Poster de conférence hal-03125712v1

Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and Applications

Catherine C. Deborde , Patricia Ballias , Camille Bénard , Stéphane Bernillon , Thierry Berton
Metabolomics 2016. 12. Annual Conference of the Metabolomics Society, Jun 2016, Dublin, United Kingdom. 2016
Poster de conférence hal-02741696v1

Searching for marker metabolites of crop performance

Annick Moing , Maria Urrutia , Olivier Fernandez , Vanessa Zhendre , Nadia Lamari
Metabolomics 2016. 12. Annual Conference of the Metabolomics Society, Jun 2016, Dublin, United Kingdom. 2016
Poster de conférence hal-02744241v1

Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and Applications

Catherine C. Deborde , Patricia Ballias , Camille Bénard , Stéphane Bernillon , Thierry Berton
10. journées scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF 2016, May 2016, Montpellier, France. 2016
Poster de conférence hal-02743906v1

Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and Applications.

Annick Moing , Catherine C. Deborde , Patricia Ballias , Camille Bénard , Stéphane Bernillon
9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence hal-02743630v1

Cold treatment affects the metabolite profiles of maize leaves

Nadia Lamari , Vanessa Zhendre , Stéphane Bernillon , Mickael M. Maucourt , Catherine C. Deborde
9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence hal-02742488v1

Combining MS and proton NMR metabolomic profiling during tomato fruit development to study environment effect on metabolism

Léa Roch , Stéphane Bernillon , Mickael Maucourt , Catherine Deborde , Camille Benard
12. Solanaceae Conference SOL 2015, Oct 2015, Bordeaux, France. 2015, SOL 2015 - Book of abstracts
Poster de conférence hal-01606414v1

Combining MS and NMR metabolomic profiling during tomato fruit development to study environment effect on metabolism

Léa Roch , Stéphane Bernillon , Mickael M. Maucourt , Catherine C. Deborde , Camille Bénard
9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence hal-02739251v1

Construction and application of reference MS spectral database for metabolite profiling and matrix annotation of plant organisms

Nadia Lamari , Daniel Jacob , Catherine C. Deborde , Annick Moing , Stéphane Bernillon
8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 1 p., 2014
Poster de conférence hal-02798309v1

Combining metabolite and enzymatic profiling during tomato fruit development

Mickael M. Maucourt , Camille Bénard , Benoit Biais , Patricia Ballias , Catherine C. Deborde
8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 1 p., 2014
Poster de conférence hal-02793996v1

Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB IA project. Tools and Applications

Annick Moing , Catherine C. Deborde , Patricia Ballias , Camille Bénard , Stéphane Bernillon
8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 1 p., 2014
Poster de conférence hal-02799366v1

Coordinated methodological developments for plant metabolomics at Bordeaux

Stéphane Bernillon , Benoit Biais , Catherine C. Deborde , Laetitia Fouillen , Yvon Guntz
7. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et de Fluxomique, Jun 2013, Amiens, France. 2013
Poster de conférence hal-02810760v1

On-going method developments in Bordeaux Metabolome Facility

Stéphane Bernillon , Benoit Biais , Catherine C. Deborde , Laetitia Fouillen , Yvon Guntz
Metabolomics 2013 - 9. Annual conference of the Metabolomics Society, Jun 2013, Glasgow, United Kingdom. 2013
Poster de conférence hal-02804388v1

Influence of diurnal factor on compositional changes of tomato fruit and leaf

Camille Benard , Stéphane Bernillon , Sonia Osorio-Algar , Mickael M. Maucourt , Benoit Biais
7. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, Jun 2013, Amiens, France. 2013
Poster de conférence hal-02805301v1

Evolution des profils métabolomiques au cours du développement du mésocarpe et de la graine du fruit de palmier à huile

Etienne Legrand , Mickael M. Maucourt , Catherine C. Deborde , Bertrand Beauvoit , Daniel Jacob
6. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique (RFMF), May 2012, Nantes, France. p. 89, 2012
Poster de conférence hal-02811510v1

Mery-B: a plant metabolomics database and knowledge base

Catherine C. Deborde , Annick Moing , Cécile Cabasson , Stéphane Bernillon , Dominique D. Rolin
Metabolomics 2012, Jun 2012, Washington, United States. 1 p., 2012
Poster de conférence hal-02801976v1