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Generalization of iterative sampling in autoencoders

 Miguel Solinas , Clovis Galiez , Romain Cohendet , Stéphane Rousset , Marina Reyboz , et al.
2020
Pré-publication, Document de travail cea-02917445v1

Uniclust databases of clustered and deeply annotated protein sequences and alignments

 Milot Mirdita , Lars Von den driesch , Clovis Galiez , Maria Martin , Johannes Söding , et al.
Nucleic Acids Research, 2017, 45 (D1), pp.D170-D176. ⟨10.1093/nar/gkw1081⟩
Article dans une revue hal-02088268v1
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Identifying distant homologous viral sequences in metagenomes using protein structure information

 Martine Boccara , Mathilde Carpentier , Jacques Chomilier , François Coste , Clovis Galiez , et al.
ECCB'14 Workshop on Recent Computational Advances in Metagenomics, Sep 2014, Strasbourg, France
Communication dans un congrès hal-01090987v1
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Amplitude spectrum distance: measuring the global shape divergence of protein fragments

 Clovis Galiez , François Coste
BMC Bioinformatics, 2015, 16 (1), pp.16. ⟨10.1186/s12859-015-0693-y⟩
Article dans une revue hal-01214482v1

VIRALpro: a tool to identify viral capsid and tail sequences

 Clovis Galiez , Magnan Christophe , François Coste , Pierre Baldi
Bioinformatics, 2016, ⟨10.1093/bioinformatics/btv727⟩
Article dans une revue hal-01242251v1

SpacePHARER: Sensitive identification of phages from CRISPR spacers in prokaryotic hosts

 Ruoshi Zhang , Milot Mirdita , Eli Levy Karin , Clovis Norroy , Clovis Galiez , et al.
2020
Pré-publication, Document de travail hal-03025558v1
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Deep learning applied to glacier evolution modelling

 Jordi Bolibar , Antoine Rabatel , Isabelle Gouttevin Gouttevin , Clovis Galiez , Thomas Condom , et al.
The Cryosphere, 2020, 14 (2), pp.565-584. ⟨10.5194/tc-14-565-2020⟩
Article dans une revue hal-02914563v1
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Structural conservation of remote homologues: better and further in contact fragments

 Clovis Galiez , François Coste
3DSIG: Structural Bioinformatics and Computational Biophysics, Jul 2015, Dublin, France
Communication dans un congrès hal-01214506v1
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Nonlinear sensitivity of glacier mass balance to future climate change unveiled by deep learning

 Jordi Bolibar , Antoine Rabatel , Isabelle Gouttevin , Harry Zekollari , Clovis Galiez
Nature Communications, 2022, 13 (1), pp.409. ⟨10.1038/s41467-022-28033-0⟩
Article dans une revue insu-03668394v1
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PHROG: families of prokaryotic virus proteins clustered using remote homology

 Paul Terzian , Eric Olo Ndela , Clovis Galiez , Julien Lossouarn , Rubén Enrique Pérez Bucio , et al.
NAR Genomics and Bioinformatics, 2022, 3 (3), pp.12 P;. ⟨10.1093/nargab/lqab067⟩
Article dans une revue hal-03580568v1

WIsH: who is the host? Predicting prokaryotic hosts from metagenomic phage contigs

 Clovis Galiez , Matthias Siebert , Francois Enault , Jonathan Vincent , Johannes Söding , et al.
Bioinformatics, 2017, 33 (19), pp.3113-3114. ⟨10.1093/bioinformatics/btx383⟩
Article dans une revue hal-02088265v1

Going to extremes – a metagenomic journey into the dark matter of life

 Arnthór Aevarsson , Anna-Karina Kaczorowska , Björn Thor Adalsteinsson , Josefin Ahlqvist , Salam Al-Karadaghi , et al.
FEMS Microbiology Letters, 2021, 368 (12), pp.fnab067. ⟨10.1093/femsle/fnab067⟩
Article dans une revue pasteur-03698255v1
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Fragments structuraux : comparaison, prédictibilité à partir de la séquence et application à l'identification de protéines de virus

 Clovis Galiez
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2015. Français. ⟨NNT : 2015REN1S124⟩
Thèse tel-01328182v1
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A deep learning reconstruction of mass balance series for all glaciers in the French Alps: 1967–2015

 Jordi Bolibar , Antoine Rabatel , Isabelle Gouttevin Gouttevin , Clovis Galiez
Earth System Science Data, 2020, 12 (3), pp.1973-1983. ⟨10.5194/essd-12-1973-2020⟩
Article dans une revue hal-03025553v1
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