Recherche - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu

Filtrer vos résultats

45 résultats
Page :
triés par
Image document

PASTEC: an automatic transposable element classification tool

 Claire Hoede , Sandie Arnoux , Mark Moissette , Timothée Chaumier , Olivier Inizan , et al.
PLoS ONE, 2014, 9 (5), pp.e91929. ⟨10.1371/journal.pone.0091929⟩
Article dans une revue hal-02639360v1
Image document

aes, the gene encoding the esterase B in Escherichia coli, is a powerful phylogenetic marker of the species.

 Mathilde Lescat , Claire Hoede , Olivier Clermont , Louis Garry , Pierre Darlu , et al.
BMC Microbiology, 2009, 9 (1), pp.273. ⟨10.1186/1471-2180-9-273⟩
Article dans une revue inserm-00663545v1
Image document

Human Adipose-Derived Stem Cells Expanded Under Ambient Oxygen Concentration Accumulate Oxidative DNA Lesions and Experience Procarcinogenic DNA Replication Stress

 Rémy Bétous , Marie-Laure Renoud , Claire Hoede , Ignacio González , Natalie Jones , et al.
Stem Cells Translational Medicine, 2016, 6 (1), pp.68-76. ⟨10.5966/sctm.2015-0401⟩
Article dans une revue hal-01604404v1
Image document

Impact of amoxicillin therapy on pre-weaned calves intestinal microbiota and its resistome

 Thibault Destanque , Tony Rochegüe , Joanna Fourquet , Marisa Haenni , Jean-Yves Madec , et al.
10th FEMS Congress of European Microbiologists, Jul 2023, Hambourg, Germany
Poster de conférence anses-04276223v1
Image document

The benefits of long read HiFi sequencing for metabarcoding analysis

 Adrien Castinel , Jean Mainguy , Sylvie Combes , Carole Iampietro , Christine Gaspin , et al.
PACBIO DISCOVERIES ROADSHOW PARIS, PACBIO, May 2022, Paris, France
Communication dans un congrès hal-03740586v1
Image document

metagWGS: a workflow to analyse short and long HiFi metagenomic reads

 Joanna Fourquet , Maïna Vienne , Jean Mainguy , Vincent Darbot , Pierre Martin , et al.
ECCB2022, Sep 2022, Sitges, Spain
Poster de conférence hal-03788263v1

REPET

 Hadi Quesneville , Timothée Flutre , Olivier Inizan , Claire Hoede , Elodie Duprat , et al.
2010
Logiciel hal-02820937v1
Image document

Impact des processus de mutation et de recombinaison sur la diversité génomique au sein de l’espèce Escherichia coli

 Claire Hoede
Génétique. Université Paris 7 - Denis Diderot, 2010. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-01621655v2
Image document

Intracellular Salmonella Paratyphi A is motile and differs in the expression of flagella-chemotaxis, SPI-1 and carbon utilization pathways in comparison to intracellular S. Typhimurium

 Helit Cohen , Claire Hoede , Felix Scharte , Charles Coluzzi , Emiliano Cohen , et al.
PLoS Pathogens, 2022, 18 (4), 35 p. ⟨10.1371/journal.ppat.1010425⟩
Article dans une revue hal-03690615v1
Image document

Phylodynamic Study of the Conserved RNA Structure Encompassing the Hemagglutinin Cleavage Site Encoding Region of H5 and H7 Low Pathogenic Avian Influenza Viruses

 Gabriel Dupré , Claire Hoede , Thomas Figueroa , Pierre Bessière , Stéphane Bertagnoli , et al.
Virus Evolution, 2021, 7 (2), pp. 1-16. ⟨10.1093/ve/veab093⟩
Article dans une revue hal-03440020v1

metagWGS : a workflow to analyse short or long HiFi metagenomic reads

 Joanna Fourquet , Maïna Vienne , Jean Mainguy , Vincent Darbot , Pierre Martin , et al.
Bioinfo Biosta Genotoul day, Dec 2022, Castanet Tolosan, France
Communication dans un congrès hal-03944382v1

Selection Acts on DNA Secondary Structures to Decrease Transcriptional Mutagenesis

 Claire Hoede , Erick Denamur , Olivier Tenaillon
PLoS Genetics, 2006, 2 (11), pp.e176. ⟨10.1371/journal.pgen.0020176⟩
Article dans une revue hal-03612432v1

RNAbrowse: RNA-Seq de novo assembly results browser

 Jérôme J. Mariette , Céline Noirot , Ibouniyamine Nabihoudine , Philippe Bardou , Claire Hoede , et al.
2014
Logiciel hal-02795847v1
Image document

Use cases and improvements of REPET package : pipeline and tools to identify and annotate TEs in genomic sequences

 Véronique Jamilloux , Olivier Inizan , Sandie Arnoux , Timothée Flutre , Claire Hoede , et al.
17. Congrès National des Elements Transposables, Jul 2011, Lyon, France. 2011
Poster de conférence hal-01190364v1
Image document

Host tropism and host-pathogen interplay of typhoidal Salmonella enterica

 Ludovic Mallet , Claire Hoede , Franck Cerruti , Annick Moisan , Christine Gaspin , et al.
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. , 2017, Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques. JOBIM 2017
Poster de conférence hal-01603254v1
Image document

Strengths and limits of long read metabarcoding

 Jean Mainguy , Adrien Castinel , Olivier Bouchez , Sylvie Combes , Carole Iampietro , et al.
ECCB 2022, Sep 2022, Meliá Sitges, Spain
Poster de conférence hal-03848228v1

Widely rhythmic transcriptome in Calanus finmarchicus during the high Arctic summer solstice period

 Laura Payton , Lukas Hüppe , Céline Noirot , Claire Hoede , Kim Last , et al.
iScience, 2021, 24 (1), pp.101927. ⟨10.1016/j.isci.2020.101927⟩
Article dans une revue hal-03414451v1
Image document

Unraveling the evolution and coevolution of small regulatory RNAs and coding genes in Listeria

 Franck Cerutti , Ludovic Mallet , Anaïs Painset , Claire Hoede , Annick Moisan , et al.
BMC Genomics, 2017, 18 (1), pp.882. ⟨10.1186/s12864-017-4242-0⟩
Article dans une revue pasteur-01740259v1

Links between transcription, environmental adaptation and gene variability in escherichia coli: correlations between gene expression and gene variability reflect growth efficiencies

 Jean-Paul Feugeas , Jérôme Tourret , Adrien Launay , Odile Bouvet , Claire Hoede , et al.
Molecular Biology and Evolution, 2016, 33 (10), pp.2515 - 2529. ⟨10.1093/molbev/msw105⟩
Article dans une revue hal-02641264v1
Image document

A Long Read project to find optimal technologic combinations for genome assembly and variability, epigenetic marks detection and metagenomic analysis

 Carole Iampietro , Camille Eché , Adrien Castinel , Rémy-Félix Serre , Christophe C. Klopp , et al.
PAG XXVIII, Plant and Animal Genome, Jan 2020, San Diego, United States. 2020
Poster de conférence hal-02947690v1
Image document

Avancées réalisées en métabarcoding et en métagénomique dans le cadre du projet SeqOccIn grâce au séquençage longs fragments

 Denis Milan , Jean Mainguy , Adrien Castinel , Olivier Bouchez , Sylvie Combes , et al.
Colloque INRAE Genomics 2022, May 2022, Orléans, France. , 2022
Poster de conférence hal-03776011v1
Image document

Effector diversification within compartments of the Leptosphaeria maculans genome affected by Repeat-Induced Point mutations

 T. Rouxel , J. Grandaubert , Jk. Hane , Claire Hoede , Angela P. van de Wouw , et al.
Nature Communications, 2011, 2, pp.202. ⟨10.1038/ncomms1189⟩
Article dans une revue hal-00841751v1
Image document

Improving microbial taxonomic profiling with long read technologies

 Jean Mainguy , Adrien Castinel , Olivier Bouchez , Sylvie Combes , Carole Iampietro , et al.
JOBIM2020, Jun 2020, Montpellier (virtuel), France
Poster de conférence hal-03177058v1
Image document

Whole metagenome analysis with metagWGS

 Joanna Fourquet , Adeline Chaubet , Hélène Chiapello , Christine Gaspin , Marisa Haenni , et al.
JOBIM 2019, Jul 2019, Nantes, France. , 2019
Poster de conférence hal-02788137v1
Image document

metagWGS: a workflow to analyse short and long HiFi metagenomic reads Taxonomic profile HiFi vs Short reads assembly

 Joanna Fourquet , Jean Mainguy , Maïna Vienne , Céline Noirot , Pierre Martin , et al.
JOBIM 2022, Jul 2022, Rennes, France. Actes des exposés (keynotes, contributions orales, mini-symposia) : JOBIM2022_proceedings_oral.pdf (23 Mo) et actes des posters et démos : JOBIM2022_proceedings_posters_demos.pdf (19 Mo). ⟨10.15454/1.5572369328961167E12⟩
Poster de conférence hal-03771202v1
Image document

Benefits of PacBio HiFi long reads for metagenomic whole genome analysis

 Adrien Castinel , Jean Mainguy , Olivier Bouchez , Sylvie Combes , Carole Iampietro , et al.
Environmental And Agronomical Genomics Symposium, Oct 2021, Tours, France
Poster de conférence hal-03538657v1

Hippocode: A project to improve the annotation of equine non-coding RNAs involved in the Regulation of mitochondrial functions

 Sophie Dhorne-Pollet , Anne Boland-Augé , Robert Olaso , Claire Hoede , Christine Gaspin , et al.
8th Targeting Mitochondria world congress, Oct 2017, Berlin, Germany. 2017
Poster de conférence hal-02786720v1

Contribution of Recombination to the Evolution of Human Immunodeficiency Viruses Expressing Resistance to Antiretroviral Treatment

 Tamara Nora , Charlotte Charpentier , Olivier Tenaillon , Claire Hoede , François Clavel , et al.
Journal of Virology, 2007, 81 (14), pp.7620-7628. ⟨10.1128/JVI.00083-07⟩
Article dans une revue hal-03611831v1
Image document

Remodeling of the cycling transcriptome of the oyster Crassostrea gigas by the harmful algae Alexandrium minutum

 Laura Payton , Mickael Perrigault , Claire Hoede , Jean-Charles Massabuau , Mohamedou Sow , et al.
Scientific Reports, 2017, 7, ⟨10.1038/s41598-017-03797-4⟩
Article dans une revue hal-01605998v1

Genome expansion and gene loss in powdery mildew fungi reveal tradeoffs in extreme parasitism

 Pietro D Spanu , James C Abbott , Joelle J. Amselem , Timothy A. Burgis , Darren M Soanes , et al.
Science, 2010, 330 (6010), pp.1543-1546. ⟨10.1126/science.1194573⟩
Article dans une revue hal-02664949v1
Page :