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Dynamic of bacterial and archaeal diversity in a tropical soil over 6 years of repeated organic and inorganic fertilization

 Sophie Sadet-Bourgeteau , Christophe Djemiel , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Frédéric Feder
Frontiers in Microbiology, 2022, 13, pp.1-16. ⟨10.3389/fmicb.2022.943314⟩
Article dans une revue hal-03761659v1

Differential responses of soil microbial biomass, diversity and interactions to land use intensity at a territorial scale

 Amélie Christel , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Nicolas P. A. Saby , F. Mercier , et al.
Science of the Total Environment, 2024, 906, pp.art. 167454. ⟨10.1016/j.scitotenv.2023.167454⟩
Article dans une revue hal-04281882v1
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La caractérisation des communautés microbiennes du sol à l'échelle de la France pour évaluer l’effet de l’usage des sols

 Sébastien Terrat , Battle Karimi , Samuel Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Walid Horrigue , et al.
Innovations Agronomiques, 2018, 69, pp.27-37. ⟨10.15454/IO3VXY⟩
Article dans une revue hal-02002766v1
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Biogeographical patterns of the soil fungal:bacterial ratio across France

 Christophe Djemiel , Samuel Dequiedt , Arthur Bailly , Julie Tripied , Mélanie Lelièvre , et al.
MSphere, 2023, 8, pp.art. e00365-23. ⟨10.1128/msphere.00365-23⟩
Article dans une revue hal-04273989v1
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Targeted Metagenomics of Retting in Flax: The Beginning of the Quest to Harness the Secret Powers of the Microbiota

 Christophe Djemiel , Estelle Goulas , Nelly Badalato , Brigitte Chabbert , Simon Hawkins , et al.
Frontiers in Genetics, 2020, 11, ⟨10.3389/fgene.2020.581664⟩
Article dans une revue hal-03188514v1

SOIL MICROBIOLOGICAL QUALITY: STATE OF THE ART AND IMPORTANCE OF MICROBIAL COMMUNITIES FOR FRENCH AGRICULTURAL SOILS

 Sébastien Terrat , Christophe Djemiel , Samuel Dequiedt , Aurélien Cottin , Battle Karimi , et al.
INTECOL 2022, Aug 2022, Geneve, Suisse ; Hambourg, Allemagne, Switzerland
Communication dans un congrès hal-03963467v1

Quel est l’impact des pratiques d’épandage des effluents d’élevages mixtes « Porcin-Bovin » en zone herbagère du Massif Central sur la microbiologie des sols ?

 Christophe Djemiel , Samuel Dequiedt , Anna Belsic , Virginie Nowak , von Kerssenbrock, Florian , et al.
53èmes Journées de la Recherche Porcine, IFIP : Institut du porc; INRAé : Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, Feb 2021, Paris, France. pp.335-340
Communication dans un congrès hal-03162076v1

Améliorer la valorisation des effluents d’élevage porcin dans un environnement herbager à forte biodiversité

 Sylvie Mugnier , Sophie Sadet-Bourgeteau , Anna Blesic , Samuel S. Dequiedt , Christophe Djemiel , et al.
2021
Autre publication scientifique hal-03162295v1
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Potential of Meta-Omics to Provide Modern Microbial Indicators for Monitoring Soil Quality and Securing Food Production

 Christophe Djemiel , Samuel S. Dequiedt , Battle Karimi , Aurélien Cottin , Walid Horrigue , et al.
Frontiers in Microbiology, 2022, 13, pp.1-20. ⟨10.3389/fmicb.2022.889788⟩
Article dans une revue hal-03715998v1

Re-Clustering tool using an Open-Reference method that improves OTU definition

 Christophe Djemiel , Corentin Journay , Battle Karimi , Samuel S. Dequiedt , Walid Horrigue , et al.
JOBIM 2019 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France
Poster de conférence hal-02325994v1
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µgreen-db: a reference database for the 23S rRNA gene of eukaryotic plastids and cyanobacteria

 Christophe Djemiel , Damien Plassard , Sébastien Terrat , Olivier Crouzet , Joana Sauze , et al.
Scientific Reports, 2020, 10 (1), pp.1-11. ⟨10.1038/s41598-020-62555-1⟩
Article dans une revue hal-02937987v1

Biogeographical patterns of the soil fungal:bacterial ratio across France

 Christophe Djemiel , Samuel Dequiedt , Arthur Bailly , Julie Tripied , Mélanie Lelièvre , et al.
MSphere, 2023, 8 (5), ⟨10.1128/msphere.00365-23⟩
Article dans une revue hal-04549220v1

ReClustOR: a re‐clustering tool using an open‐reference method that improves operational taxonomic unit definition

 Sébastien Terrat , Christophe Djemiel , Corentin Journay , Battle Karimi , Samuel Dequiedt , et al.
Methods in Ecology and Evolution, 2020, 11 (1), pp.168-180. ⟨10.1111/2041-210x.13316⟩
Article dans une revue hal-03129732v1

Biogeography of soil microbial habitats across France

 Battle Karimi , Jean Villerd , Samuel Dequiedt , Sébastien Terrat , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , et al.
Global Ecology and Biogeography, 2020, 29 (8), pp.1399-1411. ⟨10.1111/geb.13118⟩
Article dans une revue hal-03014310v1
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Étude de la diversité du domaine Bacteria et du règne Fungi au cours du rouissage du lin sur champ par une approche de metabarcoding

 Christophe Djemiel
Biodiversité et Ecologie. Université de Lille 1 - Sciences et Technologies, 2017. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-02874045v1

Nouvelles techniques de méta-omiques pour le diagnostic de la qualité microbiologique des sols

 Christophe Djemiel , Sébastien Terrat
Techniques de l’Ingénieur. Techniques d'Analyse, 2019, 10 oct. 2019, pp.GE1052 v1
Article dans une revue hal-03349109v1

Explorer les fonctions microbiennes à partir d'informations taxonomiques : un état de l'art des outils et des méthodes

 Christophe Djemiel , Battle Karimi , Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Pierre-Alain Maron , et al.
5ème colloque du GDR de Génomique Environnementale, Oct 2019, La Rochelle, France
Communication dans un congrès hal-02953283v1

Comment les éleveurs des exploitations mixtes “Porcins – Bovins” du Massif Central gèrent-ils leurs effluents porcins ?

 von Kerssenbrock, Florian , Catherine Husson , Samuel Dequiedt , Christophe Djemiel , Bruno Douniès , et al.
53èmes Journées de la Recherche Porcine, IFIP : Institut du porc; INRAé : Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, Feb 2021, Paris, France. pp.359-360
Communication dans un congrès hal-03162059v1

Biogeographical design of soil microbial habitats

 Battle Karimi , Jean Villerd , Samuel Dequiedt , Sébastien Terrat , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , et al.
5ème colloque du GDR de Génomique Environnementale, Oct 2019, La Rochelle, France
Communication dans un congrès hal-02951841v1
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A pile of pipelines: An overview of the bioinformatics software for metabarcoding data analyses

 Ali Hakimzadeh , Alejandro Abdala Asbun , Davide Albanese , Maria Bernard , Dominik Buchner , et al.
Molecular Ecology Resources, 2023, ⟨10.1111/1755-0998.13847⟩
Article dans une revue hal-04183770v1

Atlas français des champignons du sol

 Christophe Djemiel , Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Claudy Jolivet , Pierre-Alain Maron , et al.
Conférence ADEBIOTECH, Jun 2023, Romainville (93), France
Poster de conférence hal-04146735v1

BIOCOM-PIPE: a new user-friendly metabarcoding pipeline for the characterization of microbial diversity from 16S, 18S and 23S rRNA gene amplicons

 Christophe Djemiel , Samuel Dequiedt , Battle Karimi , Aurélien Cottin , Thibault Girier , et al.
BMC Bioinformatics, 2020, 21 (1), pp.1-21. ⟨10.1186/s12859-020-03829-3⟩
Article dans une revue hal-03014150v1
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Inferring microbiota functions from taxonomic genes: a review

 Christophe Djemiel , Pierre-Alain Maron , Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Aurélien Cottin , et al.
GigaScience, 2022, 11, ⟨10.1093/gigascience/giab090⟩
Article dans une revue hal-03696995v1
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Nuclear genome sequence of the plastid-lacking cryptomonad Goniomonas avonlea provides insights into the evolution of secondary plastids

 Ugo Cenci , Shannon Sibbald , Bruce Curtis , Ryoma Kamikawa , Laura Eme , et al.
BMC Biology, 2018, 16 (1), pp.137. ⟨10.1186/s12915-018-0593-5⟩
Article dans une revue hal-02046523v1
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