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christele Robert-Granie

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Documents
Identifiants chercheurs

Présentation

Directrice de Recherche INRAE à l'UMR GenPhySE (Génétique, Physiologie et Systèmes d’Elevage) à Toulouse. Mes travaux de recherche visent à perfectionner les outils issus des travaux de la génétique quantitative classique, fondée sur le modèle polygénique et proposer des méthodes statistiques et génétiques d'analyse de nouvelles données issues des progrès significatifs réalisés dans la connaissance des génomes d'animaux. Je développe des outils et méthodes (i) pour maximiser les connaissances extraites des expériences de QTL, en particulier la cartographie des QTL et des gènes afin d’étudier le déterminisme génétique des caractères, (ii) pour analyser les données omiques (transcriptomes, métabolomes, protéomes, etc), (iii) pour optimiser l'efficacité de la sélection en incorporant les informations moléculaires dans les modèles d’évaluation génétique. Mes principales recherches ont porté sur la modélisation des hétérogénéités de variance dans les modèles mixtes gaussiens, l'analyse et la modélisation des données longitudinales dans le cadre des modèles mixtes, l'analyse des données 'omiques et le développement de méthodes innovantes et originales en sélection génomique. Je contribue à la définition des orientations stratégiques et scientifique, à l'animation et au fonctionnement du collectif de recherche du département via mes fonctions de Cheffe de Département Adjointe du département Génétique Animale depuis 2018.

Publications

agnes-bonnet
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Differentially expressed genes and gene networks involved in pig ovarian follicular atresia

Elena Mormede , Stéphane Fabre , Agnès Bonnet , Danielle Monniaux , Christèle Robert-Granié
Physiological Genomics, 2017, 49 (2), pp.67-80. ⟨10.1152/physiolgenomics.00069.2016⟩
Article dans une revue hal-01529483v1
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Methods for interpreting lists of affected genes obtained in a DNA microarray experiment

Jakob Hedegaard , Cristina Arce , Silvio Bicciato , Agnès Bonnet , Bart Buitenhuis
BMC Proceedings, 2009, 3, online (Suppl.4), Non paginé. ⟨10.1186/1753-6561-3-S4-S5⟩
Article dans une revue hal-02665629v1
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Pathway results from the chicken data set using GOTM, Pathway studio and ingenuity softwares

Agnès Bonnet , Sandrine Lagarrigue , Laurence Liaubet , Christèle Robert-Granié , Magali San Cristobal
BMC Proceedings, 2009, 3 (Suppl 4), pp.1-6. ⟨10.1186/1753-6561-3-S4-S11⟩
Article dans une revue hal-00730039v1
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A pilot study on transcriptome data analysis of folliculogenesis in pigs

Gwenola Tosser-Klopp , Kim-Anh Lê Cao , Agnès Bonnet , N. Gobert , François Hatey
Animal, 2008, 3 (3), pp.393-401. ⟨10.1017/S1751731108003479⟩
Article dans une revue hal-00658787v1
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In vivo gene expression in granulosa cells during pig terminal follicular development.

Agnès Bonnet , Kim-Anh Lê Cao , M. Sancristobal , F. Benne , Christèle Robert-Granié
Reproduction, 2008, 136 (2), pp.211-24. ⟨10.1530/REP-07-0312⟩
Article dans une revue hal-00960020v1
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Analysis of the real EADGENE data set : Comparison of methods and guidelines for data normalisation and selection of differentially expressed genes

Florence Jaffrezic , Dirk-Jan Koning , P.J. Boettcher , Agnès Bonnet , Bart Buitenhuis
Genetics Selection Evolution, 2007, 39 (6), pp.633-650. ⟨10.1051/gse:2007029⟩
Article dans une revue hal-02657968v1
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Analysis of the real EADGENE data set: Comparison of methods and guidelines for data normalisation and selection of differentially expressed genes (Open Access publication)

Florence Jaffrezic , Dirk-Jan de Koning , Paul J. Boettcher , Agnès Bonnet , Bart Buitenhuis
Genetics Selection Evolution, 2007, 39 (6), pp.633-650
Article dans une revue hal-00894624v1
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Analysis of the real EADGENE data set: Multivariate approaches and post analysis (Open Access publication)

Peter Sørensen , Agnès Bonnet , Bart Buitenhuis , Rodrigue Closset , Sébastien Dejean
Genetics Selection Evolution, 2007, 39 (6), pp.651-668
Article dans une revue hal-00894625v1
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Analysis of the real EADGENE data set : Multivariate approaches and post analysis

Peter Sorensen , Agnès Bonnet , Bart Buitenhuis , Rodrigue Closset , Sébastien Dejean
Genetics Selection Evolution, 2007, 39 (6), pp.651-668
Article dans une revue hal-02658153v1

Unravelling the mechanisms of mammalian ovarian follicular development and atresia: a cattle vs pig transcriptome and proteome study

Nadine Gérard , Gwenola Tosser-Klopp , Francis Benne , Agnès Bonnet , Thierry Delpuech
60. Annual Meeting of the European Association for Animal Production, Aug 2009, Barcelone, Spain
Communication dans un congrès hal-02755880v1

Etude de l'expression des gènes dans les cellules de la granulosa porcine In vivo au cours du développement folliculaire terminal

Agnès Bonnet , Kim-Anh Lê Cao , Magali San Cristobal , Francis Benne , Christèle Robert-Granié
Journées Scientifiques, Département de Génétique Animale, Apr 2008, Lacanau
Communication dans un congrès hal-02817763v1

Pathway results from the chicken data set using several softwares

Agnès Bonnet , Sandrine Lagarrigue , Laurence Liaubet , Christèle Robert-Granié , Magali San Cristobal
EADGENE and SABRE Post-Analyses, Animal Sciences Group, 2008, Lelystad, Netherlands
Communication dans un congrès hal-02811912v1

Pathway results from the chicken data set using several softwares

Agnès Bonnet , Sandrine Lagarrigue , Laurence Liaubet , Christèle Robert-Granié , Magali San Cristobal
EADGENE and SABRE Post-Analyses, Animal Sciences Group, Nov 2008, Lelystad (NL), Netherlands
Communication dans un congrès hal-00729781v1

In vivo gene expression in granulosa cells during pig terminal follicular development

Agnès Bonnet , Kim-Anh Lê Cao , Magali San Cristobal , Francis Benne , Christèle Robert-Granié
Second European Conference on Pig Genomics, Pig Genome II, 2008, Ljubljana, Slovenia
Communication dans un congrès hal-02822121v1

Exploitation de la variabilité génétique intra et inter-espèces pour l'étude du déterminisme génétique du taux d'ovulation

Gwenola Tosser-Klopp , Francis Benne , Loys L. Bodin , Agnès Bonnet , M. Bontoux
Séminaire AGENAE, La Rochelle, Oct 2008, La Rochelle
Communication dans un congrès hal-02823781v1

What makes the ovarian follicle grow? a transcriptome point of view.

Agnès Bonnet , Kim-Anh Lê Cao , Elena Mormede Terenina , Magali San Cristobal , Christèle Robert-Granié
Congrès Embryogenomics, Oct 2007, Paris, France. pp.Inconnu
Communication dans un congrès hal-02821922v1

Exploitation de la variabilité génétique intra et inter-espèces pour l'étude du déterminisme génétique du taux d'ovulation.

Gwenola Tosser-Klopp , Francis Benne , Loys Bodin , Agnès Bonnet , Martine Bontoux
5. Journées AGENAE, Oct 2007, Dourdan, France
Communication dans un congrès hal-02756606v1

Feature selection with random forests for unbalanced multiclass microarray data : application in pig ovarian follicular development

Kim-Anh Lê Cao , Agnès Bonnet , Pascale Besse , Christèle Robert-Granié , Magali San Cristobal
4. Workshop : Statistical methods for post genomic date, 2006, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-02812265v1

Feature selection with random forests for unbalanced multiclass microarray data: application in pig ovarian follicular development

Kim-Anh Lê Cao , Agnès Bonnet , Pascale Besse , Christèle Robert-Granié , Magali San Cristobal
8th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, Belo Horizonte, 2006, Brazil, Brazil
Communication dans un congrès hal-02812669v1

Exploitation de la variabilité génétique intra et inter-espèces pour l'étude du déterminisme génétique du taux d'ovulation

Gwenola Tosser-Klopp , Francis Benne , Agnès Bonnet , Loys L. Bodin , M. Bontoux
Séminaire AGENAE 2006, 28-29 mars 2006, Mar 2006, France
Communication dans un congrès hal-02824971v1