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christele Robert-Granie

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Documents
Identifiants chercheurs

Présentation

Directrice de Recherche INRAE à l'UMR GenPhySE (Génétique, Physiologie et Systèmes d’Elevage) à Toulouse. Mes travaux de recherche visent à perfectionner les outils issus des travaux de la génétique quantitative classique, fondée sur le modèle polygénique et proposer des méthodes statistiques et génétiques d'analyse de nouvelles données issues des progrès significatifs réalisés dans la connaissance des génomes d'animaux. Je développe des outils et méthodes (i) pour maximiser les connaissances extraites des expériences de QTL, en particulier la cartographie des QTL et des gènes afin d’étudier le déterminisme génétique des caractères, (ii) pour analyser les données omiques (transcriptomes, métabolomes, protéomes, etc), (iii) pour optimiser l'efficacité de la sélection en incorporant les informations moléculaires dans les modèles d’évaluation génétique. Mes principales recherches ont porté sur la modélisation des hétérogénéités de variance dans les modèles mixtes gaussiens, l'analyse et la modélisation des données longitudinales dans le cadre des modèles mixtes, l'analyse des données 'omiques et le développement de méthodes innovantes et originales en sélection génomique. Je contribue à la définition des orientations stratégiques et scientifique, à l'animation et au fonctionnement du collectif de recherche du département via mes fonctions de Cheffe de Département Adjointe du département Génétique Animale depuis 2018.

Publications

"rachel-rupp"
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RUSTIC – Vers une approche intégrée de la robustesse des petits ruminants

Jean Michel Astruc , Catherine de Boissieu , Diane Buisson , Virginie Clement , Renée de Cremoux
Innovations Agronomiques, 2021, 82, pp.369-396. ⟨10.15454/3c2s-aw55⟩
Article dans une revue hal-03156026v1
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Using sequence variants of a QTL region improves the accuracy of genomic evaluation in French Saanen goats

Estelle Talouarn , Marc Teissier , Philippe Bardou , Hélène Larroque , Virginie Clément
Journal of Dairy Science, 2021, 104 (1), pp.588-601. ⟨10.3168/jds.2020-18837⟩
Article dans une revue hal-03146844v1

Genome wide association analysis on semen volume and milk yield using different strategies of imputation to whole genome sequence in French dairy goats

Estelle Talouarn , Philippe Bardou , Isabelle Palhiere , Claire Oget , Virginie Clément
BMC Genetics, 2020, 21 (1), ⟨10.1186/s12863-020-0826-9⟩
Article dans une revue hal-02548369v1
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Genomic predictions based on haplotypes fitted as pseudo-SNP for milk production and udder type traits and SCS in French dairy goats

Marc Teissier , Hélène Larroque , Luiz F. Brito , Rachel Rupp , Flavio S Schenkel
Journal of Dairy Science, 2020, ⟨10.3168/jds.2020-18662⟩
Article dans une revue hal-02964319v1
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A first step toward genomic selection in the multi-breed French dairy goat population

Céline Carillier , Helene H. Larroque , Isabelle Palhiere Palhière , Virginie Clément , Rachel Rupp
Journal of Dairy Science, 2013, 96 (11), pp.7294-7305. ⟨10.3168/jds.2013-6789⟩
Article dans une revue hal-02651011v1
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Differential response of bovine mammary epithelial cells to Staphylococcus aureus or Escherichia coli agonists of the innate immune system

Florence Gilbert , Patricia Cunha , Kirsty Jensen , Elizabeth J. Glass , Gilles Foucras
Veterinary Research, 2013, 44 (june), Non paginé. ⟨10.1186/1297-9716-44-40⟩
Article dans une revue hal-02644632v1
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Gene Expression Profiling of Dendritic Cells Reveals Important Mechanisms Associated with Predisposition to Staphylococcus Infections

Mehdi Toufeer , Cécile Bonnefont , Eliane Foulon , Cécile Caubet , Christian Tasca
PLoS ONE, 2011, 6, online (8), Non paginé. ⟨10.1371/journal.pone.0022147⟩
Article dans une revue hal-02652741v1
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Genetic parameters for milk somatic cell score and relationship with production and udder type traits in dairy Alpine and Saanen primiparous goats

Rachel Rupp , Virginie Clément , Agnès Piacere , Christèle Robert-Granié , Eduardo Manfredi
Journal of Dairy Science, 2011, 94 (7), pp.3629-3634. ⟨10.3168/jds.2010-3694⟩
Article dans une revue hal-02645061v1
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Transcriptomic analysis of milk somatic cells in mastitis resistant and susceptible sheep upon challenge with Staphylococcus epidermidis and Staphylococcus aureus.

Cécile Bonnefont , Mehdi Toufeer , Cécile Caubet , Eliane Foulon , Christian Tasca
BMC Genomics, 2011, 12 (1), pp.208. ⟨10.1186/1471-2164-12-208⟩
Article dans une revue inserm-00593968v1
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Response to somatic cell count-based selection for mastitits resistance in a divergent selection experiment in sheep

Rachel Rupp , Dominique Bergonier , Stephane Dion , Marie Claude Hygonenq , Marie-Rose Aurel
Journal of Dairy Science, 2009, 92 (3), pp.1203-1219. ⟨10.3168/jds.2008-1435⟩
Article dans une revue hal-02662698v1

Statistical analysis of somatic cell scores via mixed model methodology for longitudinal data.

Christèle Robert-Granié , Jean Louis J. L. Foulley , Elie Maza , Rachel Rupp
Animal Research, 2004, 53, pp.259-273
Article dans une revue hal-02673121v1
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Statistical analysis of somatic cell scores via mixed model methodology for longitudinal data

Christèle Robert-Granié , Jean-Louis Foulley , Elie Maza , Rachel Rupp
Animal Research, 2004, 53 (4), pp.259-273. ⟨10.1051/animres:2004016⟩
Article dans une revue hal-00889932v1

Genomic selection in French Dairy Goats

Virginie Clement , Céline Carillier-Jacquin , Marc Tessier , Rachel Rupp , Gwenola Tosser-Klopp
28. Plant and Animal Genome, Jan 2020, San Diego, United States
Communication dans un congrès hal-03155964v1

Imputation from CaprineSNP50 BeadChip to sequence : a case-study in French Alpine and Saanen data from the VarGoats project

Estelle Talouarn , Philippe Bardou , Gwenola Tosser , Rachel Rupp , Christèle Robert-Granié
PAG XXVII - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2019, San Diego, United States
Communication dans un congrès hal-02790419v1

Les chèvres françaises à l’heure de la sélection génomique

Helene Larroque , Isabelle Palhiere , Céline Carillier-Jacquin , Marc Teissier , Andres Legarra
Journées Scientifiques du Département Génétique Animale - La Génétique Animale et les Interactions, Oct 2018, Dienné, France
Communication dans un congrès hal-02788943v1
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French genomic experience: genomics for all ruminant species

Eric Venot , Anne Barbat , Didier Boichard , Pascal Croiseau , Vincent Ducrocq
2016 Interbull Meeting, Oct 2016, Puerto Varas, Chile
Communication dans un congrès hal-02743221v1
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French genomic experience: genomics for all ruminant species

Eric Venot , Didier Boichard , Vincent Ducrocq , Pascal Croiseau , S. Fritz
40. Biennal session of ICAR, Oct 2016, Puerto Varas, Chile
Communication dans un congrès hal-01606324v1
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Toward genomic breeding programs in French dairy sheep and goats

Helene H. Larroque , Francis F. Barillet , Guillaume G. Baloche , Jean-Michel Astruc , Diane Buisson
10. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP), Aug 2014, Vancouver, Canada
Communication dans un congrès hal-02742056v1
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Genomic selection in the multi-breed French dairy goat population

Céline Carillier , Helene H. Larroque , Isabelle Palhiere Palhière , Virginie Clément , Rachel Rupp
64. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2013, Nantes, France. 665 p
Communication dans un congrès hal-02746496v1

Les recherches en génomique des caprins : Etat d'avancement

Helene H. Larroque , Cyrielle Maroteau , Céline Carillier , Isabelle Palhiere Palhière , Rachel Rupp
Séminaire d'information de la comission caprine de FGE, Sep 2012, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02807743v1

Analyses transcriptomiques de la réponse des cellules de la glande mammaire à Staphylococcus aureus dans deux lignées divergentes de brebis sélectionnées sur la numération cellulaire du lait

Cécile Bonnefont , Gilles Foucras , Mehdi Toufeer , Cécile Caubet , Marie-Rose Aurel
8. Journées du réseau francophone d'Immunologie des Animaux Domestiques (IAD), May 2011, Marcy l'Etoile, France
Communication dans un congrès hal-02746340v1

Méta-analyse des transcriptomes de la réponse à Staphylococcus aureus de deux lignées divergentes de brebis sélectionnées sur la résistance aux infections mammaires

Cécile Bonnefont , Gilles Foucras , Mehdi Toufeer , Cécile Caubet , Marie-Rose Aurel
Journées d'Animation Scientifique du Département de Santé Animale, May 2011, Fréjus, France
Communication dans un congrès hal-02745001v1
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Transcriptional response to Staphylococcus aureus challenge in mammary epithelial cells isolated from genetically selected ewes on milk somatic cell score

Cécile Bonnefont , Pascal P. Rainard , Florence Gilbert , Patricia Cunha , Marie-Rose Aurel
Symposium Animals Genomics Animal Health, May 2010, Paris, France. Abstract, 1 p
Communication dans un congrès hal-02819923v1
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Searching for genes of interest in sheep

Carole Moreno-Romieux Moreno , Jean Michel J. M. Elsen , Andres Legarra , Rachel Rupp , Jacques J. Bouix
8. World Merino Conference, May 2010, Rambouillet, France. pp.1-7
Communication dans un congrès hal-02817254v1
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Differential Transcriptional Response To Staphylococcus aureus Infection In Two Divergent Lines Of Sheep Selected On Milk Somatic Cell Score

Cécile Bonnefont , Gilles Foucras , Mehdi Toufeer , Cécile Caubet , Marie-Rose Aurel
9th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, Aug 2010, Leipzig, Germany. pp.1-4
Communication dans un congrès hal-01521770v1

An integrated genomics approach towards analysis of resistance to mastitis in ruminants

Rachel Rupp , Cécile Bonnefont , Dominique Bergonier , Marie-Rose Aurel , Patrice Martin
9. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, Aug 2010, Leipzig, Germany
Communication dans un congrès hal-01193592v1

Differential transcriptional response to Staphylococcus Aureus infection in two divergent lines of sheep selected on milk somatic cell score

Cécile Bonnefont , Gilles Foucras , Mehdi Toufeer , Cécile Caubet , Marie-Rose Aurel
9. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, Aug 2010, Leipzig, France
Communication dans un congrès hal-02755279v1

Response to mammary infection in two divergent lines of ewes selected on milk somatic cell counts : transcriptomic analyses of milk cells upon challenge

Cécile Bonnefont , Rachel Rupp , Cécile Caubet , Mehdi Toufeer , Christèle Robert-Granié
60. Annual Meeting of the European Association for Animal Production, Aug 2009, Barcelone, Spain
Communication dans un congrès hal-02755188v1

Utilisation dune puce 60 000 SNP pour cartographier finement des QTL affectant des caractères de production, de résistance aux maladies et de comportement chez les ovins

Carole Moreno-Romieux Moreno , Bertrand Servin , Thomas Faraut , Christophe C. Klopp , Rachel Rupp
16. Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, Dec 2009, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02755058v1

Gene expression profiling in divergent lines of sheep for enhanced insight into genetic resistance to mastitis.

Rachel Rupp , Cécile Bonnefont , Christèle Robert-Granié , Gilles Foucras
EADGENE days: Genomics for Aimla Health: Outlook for the Future, 12-15 October 2009, Oct 2009, Paris, pp.Inconnu
Communication dans un congrès hal-02814891v1

Vers la mise en place d'une sélection pour la résistance aux mammites chez les caprins laitiers

Virginie Clément , Hugues Caillat , Agnès Piacere , Eduardo Manfredi , Christèle Robert-Granié
15. Rencontres Recherches Ruminants, Dec 2008, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02755106v1

Sélection divergente basée sur les CCS chez la brebis : un modèle pour l'étude de la résistance génétique aux mammites.

Rachel Rupp , Dominique Bergonier , Stephane Dion , Eliane Foulon , Marie-Rose Aurel
Journées Scientifiques, Département de Génétique Animale, Apr 2008, Lacanau
Communication dans un congrès hal-02752789v1

Présentation du projet ANR 2008 SheepSNPQTL : utilisation de la puce 60 000 SNP pour la cartographie fine de QTL chez les ovins.

Carole Moreno-Romieux Moreno , Andres Legarra , David Robelin , Christèle Robert-Granié , Rachel Rupp
Journées Scientifiques, Département de Génétique Animale, Apr 2008, Lacanau, France
Communication dans un congrès hal-02813290v1

Utilisation de polynomes fractionnaires pour la modélisation de la courbe de moyenne des scores de cellules somatiques du lait.

Christèle Robert-Granié , - Maza E , Rachel Rupp , Jean Louis J. L. Foulley
XXXIVèmes Journées de Statistique, 2002, Bruxelles, Belgique
Communication dans un congrès hal-02764231v1

Use of fractional polynomial for modelling somatic cell scores in dairy cattle

Christèle Robert-Granié , Elie Maza , Rachel Rupp , Jean Louis J. L. Foulley
7. World congress on Genetics Applied to Livestock Production, Aug 2002, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-02758780v1

Heritability of milk lipolysis in French Alpine goats

Hélène Larroque , Christèle Robert-Granié , S. Meurisse , P. Trossat , Laurence Bernard
74. Annual meeting of the european federation of animal science (EAAP), Aug 2023, Lyon, France. Wageningen Academic Publishers, Book of abstracts, 29, pp.263, 2023, Book of abstracts of the 74th annual meeting of the european federation of animal science
Poster de conférence hal-04284022v1

Using sequence data to refine QTL mapping in French dairy goats

Estelle Talouarn , Philippe Bardou , Gwenola Tosser-Klopp , Rachel Rupp , Christèle Robert-Granié
70. Annual Meeting of the European Association for Animal Production (EAAP), Aug 2019, Ghent, Belgium. Wageningen Academic Publishers, Annual Meeting of the European Association for Animal Production, 25 (1ère Ed.), 717 p., 2019, Book of the Abstracts of the 70th Annual Meeting of the European Association for Animal Production (EAAP)
Poster de conférence hal-02737623v1
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Présentation et premiers résultats du programme 1000 génomes caprins : VarGoats

Philippe Bardou , Céline Bourdon , Laure Denoyelle , Thomas Faraut , Estelle Talouarn
Journées Scientifiques du Département de Génétique Animale, Oct 2018, Dienné, France
Poster de conférence hal-03817570v1

Searching for genes of interest in sheep

Carole Moreno-Romieux Moreno , Jean Michel J. M. Elsen , Andres Legarra , Rachel Rupp , Jacques J. Bouix
61. Annual Meeting of the European Association for Animal Production, Aug 2010, Heraklion, Greece. FEZ - EAAP, 16 (1ère Ed), 2010, 61th Annual Meeting of the European Association for Animal Production
Poster de conférence hal-02755092v1

Vers la mise en place d'une sélection pour la résistance aux mammites chez les caprins laitiers

Rachel Rupp , Hugues Caillat , Virginie Clément , Agnès Piacere , Eduardo Manfredi
Journées Scientifiques, Département de Génétique Animale, Apr 2008, Lacanau, France. , 89 p., 2008, Journées Scientifiques, Département de Génétique Animale
Poster de conférence hal-02755877v1