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Cecile CABASSON

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Présentation

Plus de 30 ans d'expérience dans l'Enseignement Supérieur et la Recherche ----------------------------------------------------------------- Biographie ----------- Je suis maître de conférences en Physiologie végétale à l'Université de Bordeaux depuis 2000. Mes travaux portent sur le métabolisme et la physiologie des fruits et leur impact sur la croissance, la production de biomasse et la qualité nutritionnelle. Mon lieu de recherche privilégié est l'INRAE, dans l'équipe de recherche Métabolisme, qui collabore avec plusieurs instituts professionnels (INVENIO, ASTHREDOR, CTIFL...). Actuellement, je suis impliquée dans un des Grands programmes de Recherche Bordeaux Plant Science de l'université de Bordeaux (axe "Phytostim"). Je suis membre depuis sa création de la Plateforme MetaboHUB Bordeaux, une structure dédiée à l’analyse du métabolome des plantes et j'adhère au réseau français de métabolomique et de fluxomique (RFMF). Depuis septembre 2021, je suis co-responsable Qualité du système management de la Plateforme Bordeaux Metabolome certifiée ISO 9001:2015. J'enseigne la biologie et la physiologie végétale et la biostatistique à l'Université de Bordeaux en Licence et en Master. J'ai été attachée temporaire à l’enseignement et à recherche (ATER) à l'Université de Bordeaux dans l'équipe de recherche Génie des Procédés de Périgueux (ERAP 1999 à 2001) et à l’Université de Montpellier dans l'équipe de recherche en horticulture à l'INRA d'Avignon (UGALF 1994/1995) ; doctorante à l'Université de Montpellier dans l'équipe de recherche BIOTROP au CIRAD (1990 à 1993). J'ai obtenu la bourse Dufrenoy de l'Académie d'Agriculture de France pour ses travaux sur l'hybridation des agrumes en collaboration avec le professeur J.W. Grosser du Citrus Research & Education Center de l’Université de Gainsville, USA (CREC 1992).Adresse UMR 1332 Coordonnées : Biologie du Fruit et Pathologie, Centre INRAE Bordeaux Nouvelle Aquitaine, 71, avenue Edouard Bourlaux, 33882 Villenave d'Ornon Cedex, France TITRES ------ **Doctorat en Physiologie**, *Université des Sciences & Techniques du Languedoc-Montpellier II (Décembre 1993) Mention très honorable* Ecole doctorale "Biologie des systèmes intégrés Agronomie-Environnement" Laboratoire : CIRAD-BIOTROP Titre de la thèse : Régénération de la Mandrine commune (Citrus deliciosa Ten.) par embryogenèse somatique en milieu liquide. Fusions somatiques et essais de transformation génétique.” Directeur et co-directeur de thèse : Dr. Claude Teisson et Dr. Patrick Ollitrault, CIRAD Montpellier EXPÉRIENCE EN ENSEIGNEMENT -------------------------- **Depuis 2018** **Maître de conférences**, *UF Biologie, Collège Sciences & Technnologies, Université de Bordeaux* UF Biologie : Licence (Physiologie **végétale),** en Master (Biostatistique) Responsable de cinq unités d'enseignement en Master et en Licence. Agronomie des plantes à valeurs santé, Complément alimentaire Securité & innovation, Biostatistique, Bio stage dating, Simulating life. **2000-2018 Maître de conférences**, IUT Périgueux, Université de Bordeaux IV *Département Génie biologique : DUT1 (Biologie cellulaire, Physiologie végétale, Ecologie, Statistique) et DUT2 (Ecophysiologie, Biotechnologie)* *Responsable pédagogique du DUT1 (2001/2002)* *UF Biologie : Master Biologie et Biotechnologie des plantes (Biostatistique)* **1999-2000 Attachée temporaire à l'Enseignement et à la Recherche**, Dép.Génie biologique, IUT Périgueux, Université de Bordeaux IV *Département Génie biologique : DUT1 (Biologie cellulaire, Ecologie, Statistique)* **1993-1994 Attachée temporaire à l'Enseignement et à la Recherche**, Université de Montpellier II *UFR Biologie : Préparation au CAPES, DEUG B (Biologie végétale)* **1996-1999** **Chargée de mission**, Université d'Avignon et des Pays du Vaucluse *Formation continue : DAEU-B (Biologie)* *Département Génie biologique/IUT d'Avignon : Création de l'option Agronomie* **1990-1993 Monitrice de l'enseignement supérieur**, Université Montpellier II *UF Bioologie : DEUG B (Biologie végétale TP/TD)* EXPÉRIENCE EN RECHERCHE ----------------------- **Depuis 2002 UMR 1332 Biologie du fruit & Pathologie (UMR 619 Biologie du fruit jusqu'en 2010), Université de Bordeaux et INRAE** *Rattachée à l'équipe Métabolisme sous la direction du Dr. Yves GIBON (Pr. D. ROLIN jusqu'en 2010), Département des Sciences de l'Environnement* *Thématique de recherche : Etude de la régulation du métabolisme au cours des phases précoces du développement des fruits charnus dans le cadre d’une approche de génomique fonctionnelle chez la tomate.* **2010/2011 UMR 5200, Laboratoire de Biogenèse membranaire, CNRS et Université de Bordeaux** *Détachement dans l'équipe Métabolisme lipidique sous la direction du Dr JJ Bessoule et R. LESSIRE* *Thématique de recherche : Etude du métabolisme des lipides dans la graine de tomate* **1999-2000 Equipe de Recherche Appliquée de Périgueux** *En collaboration avec l'Institut de Chimie de la Matière Condensée de Bordeaux sous la direction du Pr. G. DEMAZEAU* *Thématique de recherche : Application des Hautes Pressions à la conservation des végétaux* **1993-1994 Station de Génétique et d'Amélioration des Fruits et Légumes, INRA Avignon** *Rattachée à l'équipe Amélioration des Curcubitaceae sous la Direction des Dr. M. Pitrat et C. Dogimont* *Thématique de recherche : Amélioration génétique du Melon par hybridation somatique pour l'introgression de gènes d'intérêt dans la résistance aux pathogènes.* **1992** **Citrus Research & Education Center, University of Florida** *Stage doctoral dans le laboratoire de Plant Cell Genetics sous la direction du Pr J.W. Grosser* *Thématique de recherche : Amélioration génétique des Citrus par hybridation somatique pour l'introgression de gènes d'intérêt pour la flaveur des fruits.* PROJETS ------- - *Participation à plusieurs projets nationaux et européens :* Grand Programme de Recherche [Bordeaux Plant Science] (axe "Phytostim") https://www.u-bordeaux.fr/recherche/ambition-scientifique/grands-programmes-de-recherche/BPS (2021-2015). Etude du métabolisme des plantes traitées avec biostimulant ou biocontrôle. Projet Investissement infrastructure nationale en métabolomique et fluxomique [METABOHUB](https://www.metabohub.fr/) (2013-2024). Analyse et gestion des données. Projet [ANR FRIMOUSS](https://anr.fr/Projet-ANR-15-CE20-0009) (2015-2019) sur la modélisation du métabolisme des fruits. Quantification des isoprénoïdes et des nucléotides, gestion des données. Projet [FEDER OPTIFRAISE](https://www.invenio-fl.fr/experimentation-fraise/conduite-culturale/culture-sur-substrat/irrigation/projet-optifraise) (2015-2018) sur la gestion de l'eau en culture hors-sol. Membre du COPIL, experte en physiologie végétale. Projet Erasysbio+[ Fruit Integrative Modelling](https://data.inrae.fr/dataset.xhtml?persistentId=doi:10.15454/95JUTK) (2011-2015). Participation l'échantillonnage et à l'analyse des données. Projet européen STREP META-PHOR Metabolomics for Plants, Health and Outreach (2006-2009). Participation à l'échantillonnage et mise au point de protocoles d'extraction pour l'analyse RMN haut débit. Projet Genoplante GEN036 - MetaboP (2004-2006). Contribution à la création de [Mery-B](http://services.cbib.u-bordeaux.fr/MERYB/) a web knowledgebase for the storage, visualization, analysis and annotation of plant NMR metabolomic profiles et interaction avec le Plant Ontology Consortium pour la mise en place d'une ontologie chez la tomate. Projet Alliance (2005-2006). Collaboration avec la Dr M. Defernez de l'Institut of Food Research à Norwich (UK). Développement d'une méthodologie d'alignement des spectres RMN et d'analyse des données. - *Porteuse de projets locaux :* Projet visiting scholars financé par l’Initiative d'Excellence de Bordeaux (2017). Invitation du Pr J.W Grosser. Projet d’innovation pédagogique financé par l’Initiative d'Excellence de Bordeaux (2015). Création d'un enseignement hybride en Biostatistique. RESPONSABILITES --------------- Membre de la **Plateforme METABOHUB Bordeaux** depuis sa création en 2002, labellisée IBISA en 2008 *Co-responsable du management du système de qualité certifié ISO9001:2015 Membre élue à la **section CNU 66** depuis 2015 (titulaire depuis 2019) Membre élue au **Comité Technique de l'Université de Bordeaux** depuis 2018 Membre élue au **Conseil d' Administration del'IUT de Périgueux** de 2001 à 2004 Membre du groupe fonctionnel pour la mise en place de la Mission d'Appui à la Pédagogie et à l'Innovation de l'Université de Bordeaux (2014) FORMATION --------- **1990 - D.E.A. Sciences Agronomique**, Université Montpellier II, Ecole Nationale Supérieure d'Agronomie de Montpellier Titre : La culture d'anthères chez le blé dur (*Triticum aestivum turgidum ssp. durum* L. : étape de l'androgenèse et variabilité) Directeur et co-directeur : Dr. Marc Coumans et Pr. J.J. Macheix **1989 - Maîtrise Biolgie des Organismes et des Population** **option Recherche**, Université Aix-Marseille III (mention Bien) **1988 - Licence Biologie des Organismes**, Université Aix-Marseille III (mention Bien) **1987 - DUT Génie biologie option Agronomie**, IUT Villers-lès-Nancy, Université Nancy I **1985 - Baccalauréat C,** Académie de Strasbourg

Publications

daniel-jacob65

Integrative and predictive biology outside the plant: linking computational tools to fleshy fruit systems

Cecile Cabasson , Sophie Colombie , Bertrand Beauvoit , Christine Nazaret , Camille Benard
Colloque Biologie synthétique et systémique, BioSynSys, Jun 2016, Bordeaux, France
Communication dans un congrès hal-02739719v1

Using developmental and diurnal compositional changes of tomato to study metabolism

Camille Bénard , Stéphane Bernillon , Benoit Biais , Sonia Osorio-Algar , Mickael M. Maucourt
8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-02793195v1

La métabolomique : un outil de la génomique fonctionnelle au service de la biologie des systèmes

Dominique D. Rolin , Bertrand Beauvoit , Stéphane Bernillon , Camille Bénard , Patricia Ballias
8e Congrès Jeunes Chercheurs de la SFBV, Société Française de Biologie Végétale (SFBV). FRA., Jun 2014, Tours, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-02801036v1

Diurnal compositional changes of tomato fruit and leaf

Camille Benard , Stéphane Bernillon , Sonia Osorio-Algar , Mickael M. Maucourt , Benoit Biais
Metabolomics 2013, Jul 2013, Glasgow, United Kingdom. 1 p
Communication dans un congrès hal-02803658v1
Image document

Tools and applications in plant metabolomics at Bordeaux Metabolome Fluxome Facility (PMFB; http://www.bordeaux.inra.fr/umr619/NMR.htm)

Catherine C. Deborde , Stéphane Bernillon , Mickael M. Maucourt , Cécile Cabasson , Benoit Biais
5. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, Labo/service de l'auteur, Ville service., May 2011, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02749839v1

Plant metabolomics at Bordeaux Metabolome-Fluxome Facility. Tools and applications at PMFB

Catherine C. Deborde , Stéphane Bernillon , Mickael M. Maucourt , Cécile Cabasson , Isabelle Quintana
4. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, May 2010, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-02756773v1

Applications and tools in plant metabolomics at Bordeaux Metabolome-Fluxome Facility

Catherine C. Deborde , Stéphane Bernillon , Mickael M. Maucourt , Cécile Cabasson , Patricia Ballias
Metabolomics 2010, Jun 2010, Amsterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-02757642v1

Mery-B : management and analysis of plant metabolomics 1H-NMR profiles

Daniel Jacob , Hélène Ferry-Dumazet , Laurent Gil , Catherine C. Deborde , Stéphane Bernillon
Metabomeeting 2009, Jul 2009, Norwich, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-02751144v1

Mery-B : Base de Données Métabolomiques dédiée au végétal et outils d’intégration, de visualisation et de traitement statistique de profils RMN 1H

Catherine C. Deborde , Hélène Ferry-Dumazet , Cécile Cabasson , Mickael M. Maucourt , Laurent Gil
2. Journée scientifique du réseau RMN aquitain, Apr 2009, Bordeaux, France
Communication dans un congrès hal-02752654v1

MétaboP: a French initiative supported by Génoplante for the development of analytical and bioinformatic tools for plant metabolomics

Annick Moing , Graham Noctor , Catherine C. Deborde , Mickael M. Maucourt , Christel Renaud
4. International conference, Apr 2006, Reading, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-02754317v1

Metabolome-Fluxome facility at the Plant Systems Biology Institute in Bordeaux, France

Catherine C. Deborde , Mickael M. Maucourt , Christel Renaud , Monique Gaudillère , Cécile Cabasson
4. International conference, Apr 2006, Reading, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-02754805v1

Bioinformatics resources for the study of plant metabolomics

H. Ferry-Dumazet , A. Barre , D. Jacob , A. de Daruvar , Annick Moing
4. International conference, Apr 2006, Reading, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-02754398v1

The Metabolome pole of the Functional Genomics Platform of Bordeaux

Catherine C. Deborde , Stéphane Bernillon , Cécile Cabasson , Mickael M. Maucourt , Christel Renaud
2. Journées, Dec 2006, Saint Sauves d'Auvergne, France
Communication dans un congrès hal-02753989v1

Pôle Métabolome à l'IFR 103 Biologie Végétale Intégrative de Bordeaux

Catherine C. Deborde , Cécile Cabasson , Mickael M. Maucourt , Christel Renaud , Monique Gaudillère
Premières journées scientifiques, Dec 2005, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-02764501v1

Chemical fingerprinting for the evaluation of polar and non polar metabolite changes during fruit development in tomato (Solanum lycopersicum) by means of H NMR

Catherine C. Deborde , G. Fourloubey , Daniel Jacob , Fabien F. Mounet , Cécile Cabasson
6. Colloque national de la SFBV, Apr 2005, Arcachon, France
Communication dans un congrès hal-02762461v1

Un outil informatique générique pour le stockage et le data-mining de données de métabolome de plantes

Hélène Ferry-Dumazet , Daniel Jacob , Aurélien Barré , Cécile Cabasson , Christel Renaud
Premières journées scientifiques, Dec 2005, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-02759485v1
Image document

MetaboHUB-Bordeaux

Stéphane Bernillon , Cecile Cabasson , Cédric Cassan , Grégory da Costa , Catherine Deborde
Journées Scientifiques INRA-BAP, Sep 2019, Hyères, France. , 2019
Poster de conférence hal-02570809v1

Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and Applications

Catherine C. Deborde , Patricia Ballias , Camille Bénard , Stéphane Bernillon , Thierry Berton
10. journées scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF 2016, May 2016, Montpellier, France. 2016
Poster de conférence hal-02743906v1

Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and Applications

Catherine C. Deborde , Patricia Ballias , Camille Bénard , Stéphane Bernillon , Thierry Berton
Metabolomics 2016. 12. Annual Conference of the Metabolomics Society, Jun 2016, Dublin, United Kingdom. 2016
Poster de conférence hal-02741696v1

Combining MS and proton NMR metabolomic profiling during tomato fruit development to study environment effect on metabolism

Léa Roch , Stéphane Bernillon , Mickael Maucourt , Catherine Deborde , Camille Benard
12. Solanaceae Conference SOL 2015, Oct 2015, Bordeaux, France. 2015, SOL 2015 - Book of abstracts
Poster de conférence hal-01606414v1

Combining MS and NMR metabolomic profiling during tomato fruit development to study environment effect on metabolism

Léa Roch , Stéphane Bernillon , Mickael M. Maucourt , Catherine C. Deborde , Camille Bénard
9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence hal-02739251v1

Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and Applications.

Annick Moing , Catherine C. Deborde , Patricia Ballias , Camille Bénard , Stéphane Bernillon
9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence hal-02743630v1

Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB IA project. Tools and Applications

Annick Moing , Catherine C. Deborde , Patricia Ballias , Camille Bénard , Stéphane Bernillon
8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 1 p., 2014
Poster de conférence hal-02799366v1

Combining metabolite and enzymatic profiling during tomato fruit development

Mickael M. Maucourt , Camille Bénard , Benoit Biais , Patricia Ballias , Catherine C. Deborde
8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 1 p., 2014
Poster de conférence hal-02793996v1

Influence of diurnal factor on compositional changes of tomato fruit and leaf

Camille Benard , Stéphane Bernillon , Sonia Osorio-Algar , Mickael M. Maucourt , Benoit Biais
7. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, Jun 2013, Amiens, France. 2013
Poster de conférence hal-02805301v1

Mery-B: a plant metabolomics database and knowledge base

Catherine C. Deborde , Annick Moing , Cécile Cabasson , Stéphane Bernillon , Dominique D. Rolin
Metabolomics 2012, Jun 2012, Washington, United States. 1 p., 2012
Poster de conférence hal-02801976v1

High-resolution 1H-NMR spectroscopy and beyond to explore plant metabolome

Dominique D. Rolin , Catherine C. Deborde , Mickael M. Maucourt , Cécile Cabasson , Florence Fauvelle
Metabolomics Coming of Age with its Technological Diversity, 67 (1ère éd.), Elsevier Ltd, 693 p., 2013, Advances in Botanical Research, 978-0-12-397922-3. ⟨10.1016/B978-0-12-397922-3.00001-0⟩
Chapitre d'ouvrage hal-02811296v1