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Similarity Search for Scientific Workflows

 Johannes Starlinger , Bryan Brancotte , Sarah Cohen-Boulakia , Ulf Leser
Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), 2014, 7 (12), pp.1143-1154. ⟨10.14778/2732977.2732988⟩
Article dans une revue hal-01066046v1
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The iPPI-DB initiative: a community-centered database of protein–protein interaction modulators

 Rachel Torchet , Karen Druart , Luis Checa Ruano , Alexandra Moine-Franel , Hélène Borges , et al.
Bioinformatics, 2021, 37 (1), pp.89-96. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa1091⟩
Article dans une revue hal-03252561v1
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EDAM, the life-science ontology for data analysis and management

 Lucie Lamothe , Alban Gaignard , Mads Kierkegaard , Hager Eldakroury , Melissa Black , et al.
JOBIM, Jul 2022, Rennes, France. ⟨10.5281/zenodo.6769072⟩
Poster de conférence hal-03702557v1
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Efficient, robust and effective rank aggregation for massive biological datasets

 Pierre Andrieu , Bryan Brancotte , Laurent Bulteau , Sarah Cohen-Boulakia , Alain Denise , et al.
Future Generation Computer Systems, 2021, 124, pp.406-421. ⟨10.1016/j.future.2021.06.013⟩
Article dans une revue hal-03388443v1

Rank aggregation with ties: Experiments and Analysis

 Bryan Brancotte , Bo Yang , Guillaume Blin , Sarah Cohen-Boulakia , Alain Denise , et al.
The 41st International Conference on Very Large Data Bases, Aug 2015, Kohala Coast, Hawaï, United States
Communication dans un congrès hal-01152098v1

Gene List significance at-a-glance with GeneValorization.

 Bryan Brancotte , Anne Biton , Isabelle Bernard-Pierrot , François Radvanyi , Fabien Reyal , et al.
Bioinformatics, 2011, 27 (8), pp.1187-9. ⟨10.1093/bioinformatics/btr073⟩
Article dans une revue inria-00627865v1

Interrogation de bases de données biologiques publiques par reformulation de requêtes et classement des résultats avec ConQuR-Bio

 Bryan Brancotte , Bastien Rance , Alain Denise , Sarah Cohen-Boulakia
JOBIM: Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , pp.35 slides, 2015
Poster de conférence hal-01167840v1
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EDAM Browser: visualization of EDAM and annotated bioinformatics resources

 Hager Eldakroury , Sakshi Dhamija , Rashika Rathi , Drashti Patoliya , Guneet Singh , et al.
BOSC, Jul 2021, Online, France
Poster de conférence hal-04122666v1
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Rank aggregation with ties: Experiments and Analysis

 Bryan Brancotte , Bo Yang , Guillaume Blin , Sarah Cohen-Boulakia , Alain Denise , et al.
Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), 2015, Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), 8 (11), pp.1202-1213. ⟨10.14778/2809974.2809982⟩
Article dans une revue hal-01165336v1
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Community curation of bioinformatics software and data resources

 Jon Ison , Hervé Ménager , Bryan Brancotte , Erik Jaaniso , Ahto Salumets , et al.
Briefings in Bioinformatics, 2019, pp.bbz075. ⟨10.1093/bib/bbz075⟩
Article dans une revue pasteur-02770716v1
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Viral Host Range database, an online tool for recording, analyzing and disseminating virus-host interactions

 Quentin Lamy-Besnier , Bryan Brancotte , Hervé Ménager , Laurent Debarbieux
Bioinformatics, 2021, 60 (4), pp.921-925. ⟨10.1093/bioinformatics/btab070⟩
Article dans une revue pasteur-03166905v1
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A reusable tree-based web-visualization to browse EDAM ontology, and contribute to it.

 Bryan Brancotte , Christophe Blanchet , Hervé Ménager
Journal of Open Source Software, 2018, 3 (27), pp.698. ⟨10.21105/joss.00698⟩
Article dans une revue pasteur-02770161v1
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A comprehensive resource for Bordetella genomic epidemiology and biodiversity studies

 Sébastien Bridel , Valérie Bouchez , Bryan Brancotte , Sofia Hauck , Nathalie Armatys , et al.
Nature Communications, 2022, 13 (1), pp.3807. ⟨10.1038/s41467-022-31517-8⟩
Article dans une revue pasteur-03754631v1
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Reliability-Aware and Graph-Based Approach for Rank Aggregation of Biological Data

 Pierre Andrieu , Bryan Brancotte , Laurent Bulteau , Sarah Cohen-Boulakia , Alain Denise , et al.
2019 15th International Conference on eScience (eScience), Sep 2019, San Diego, France. pp.136-145, ⟨10.1109/eScience.2019.00022⟩
Communication dans un congrès hal-02527738v1
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Trait selection strategy in multi-trait GWAS: Boosting SNPs discoverability

 Yuka Suzuki , Hervé Ménager , Bryan Brancotte , Raphaël Vernet , Cyril Nerin , et al.
2023
Pré-publication, Document de travail hal-04368562v1
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Insyght : Analyse evolutionary conserved CDS, orthologs, syntenies, pan-genome, fusion, etc., for your bacteria of interest

 Thomas Lacroix , Valentin Loux , Jonathan Lorenzo , Bryan Brancotte , Christophe Blanchet , et al.
Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB), Apr 2018, Paris, France. , 2018
Poster de conférence hal-02736501v1
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Multi-Cloud deployment for microbial genomes analysis

 Jonathan Lorenzo , Bryan Brancotte , Thomas Lacroix , Mohamed Bedri , Jean-Francois Gibrat , et al.
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. , pp.234, 2017, JOBIM 2017- LILLE
Poster de conférence hal-01605864v1
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Redesign of iPPI-DB, a database for modulators of Protein-Protein Interactions

 Rachel Torchet , Alexandra Moine-Franel , Hélène Borges , Bryan Brancotte , Olivia Doppelt-Azeroual , et al.
JOBIM (Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques), Société Française de BioInformatique; GdR Bioinformatique Moléculaire; Institut Francais de Bioinformatique, Jul 2019, Nantes, France
Communication dans un congrès pasteur-02867265v1
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Agrégation de classements avec égalités : algorithmes, guides à l'utilisateur et applications aux données biologiques

 Bryan Brancotte
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud - Paris XI, 2015. Français. ⟨NNT : 2015PA112184⟩
Thèse tel-01252694v1
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High-Resolution Typing of Staphylococcus epidermidis Based on Core Genome Multilocus Sequence Typing To Investigate the Hospital Spread of Multidrug-Resistant Clones

 Anne Jamet , Julien Guglielmini , Bryan Brancotte , Mathieu Coureuil , Daniel Euphrasie , et al.
Journal of Clinical Microbiology, 2021, 59 (3), ⟨10.1128/JCM.02454-20⟩
Article dans une revue hal-03218144v1
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ConQuR-Bio: Consensus Ranking with Query Reformulation for Biological Data

 Bryan Brancotte , Bastien Rance , Alain Denise , Sarah Cohen-Boulakia
10th International Conference, Data Integration in the Life Sciences, Jul 2014, Lisbon, Portugal. pp.128 - 142, ⟨10.1007/978-3-319-08590-6_13⟩
Communication dans un congrès hal-01091053v1
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