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The RNA helicases AtMTR4 and HEN2 target specific subsets of nuclear transcripts for degradation by the nuclear exosome in Arabidopsis thaliana

 Heike Lange , Hélène Zuber , François M. Sement , Johanna Chicher , Lauriane Kuhn , et al.
PLoS Genetics, 2014, 10 (8), pp.e1004564. ⟨10.1371/journal.pgen.1004564⟩
Article dans une revue hal-01197631v1
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Determination of Molecular Subtypes of Diffuse Large B-Cell Lymphoma Using a Reverse Transcriptase Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification Classifier

 Victor Bobée , Philippe Ruminy , Vinciane Marchand , Pierre-Julien Viailly , Ahmad Abdel Sater , et al.
Journal of Molecular Diagnostics, 2017, 19 (6), pp.892-904. ⟨10.1016/j.jmoldx.2017.07.007⟩
Article dans une revue hal-01635760v1

Integrative epigenomic mapping defines four main chromatin states in Arabidopsis

 François Roudier , Ikhlak I. Ahmed , Caroline C. Berard , Alexis A. Sarazin , Tristan Mary-Huard , et al.
EMBO Journal, 2011, 30 (10), pp.1928 - 1938. ⟨10.1038/emboj.2011.103⟩
Article dans une revue hal-00999846v1
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Modèles à variables latentes pour des données issues de tiling arrays. Applications aux expériences de ChIP-chip et de transcriptome.

 Caroline Bérard
Statistiques [math.ST]. AgroParisTech, 2011. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-00656841v1
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MultiChIPmixHMM: an R package for ChIP-chip data analysis modeling spatial dependencies and multiple replicates

 Caroline Berard , Michael Seifert , Tristan Mary-Huard , Marie-Laure Magniette
BMC Bioinformatics, 2013, 14, ⟨10.1186/1471-2105-14-271⟩
Article dans une revue hal-01190745v1
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Modèles à variables latentes pour des données issues de tiling arrays. Applications aux expériences de ChIP-chip et de transcriptome.

 Caroline Bérard
Mathématiques [math]. Ecole Doctorale Agriculture Alimentation Biologie Environnement Santé, 2011. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-02807071v1

Elucidation of the morphogenesis mechanisms in the diatom P. tricornutum using RNA sequencing technology

 Clément Ovide , Marie-Christine Kiefer-Meyer , Wassim Tair , Caroline Bérard , Nicolas Vergne , et al.
17ième Journées de l’Ecole Doctorale NBISE, Apr 2014, Le Havre, France
Poster de conférence hal-02114318v1

Etude des mécanismes de morphogenèse chez la diatomée modèle Phaeodactylum tricornutum par séquençage d’ARN à haut débit (RNA-Seq)

 Clément Ovide , Marie-Christine Kiefer-Meyer , Caroline Bérard , Nicolas Vergne , Thierry Lecroq , et al.
Journées phycologiques de France, Sep 2015, Vannes, France
Communication dans un congrès hal-02076884v1

Unsupervised Classification for Tiling Arrays: ChIP-chip and Transcriptome

 Caroline Berard , Marie-Laure Magniette , Veronique Brunaud , Sebastien Aubourg , Stephane Robin
Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology, 2011, 10 (1), pp.50. ⟨10.2202/1544-6115.1692⟩
Article dans une revue hal-01190201v1

RNA-seq : a new tool to study Phaeodactylum tricornutum morphogenesis

 Clément Ovide , Marie-Christine Kiefer-Meyer , Wassim Tair , Caroline Bérard , Nicolas Vergne , et al.
2nd Journée de l’Institut de Recherche et d’Innovation Biomédicale, Jun 2013, Rouen, France
Poster de conférence hal-02119202v1
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Additive inheritance of histone modifications in Arabidopsis thaliana intra-specific hybrids

 Ali M. Banaei Moghaddam , François Roudier , Michael Seifert , Caroline Bérard , Marie-Laure Martin-Magniette , et al.
Plant Journal, 2011, 67 (4), pp.691-700. ⟨10.1111/j.1365-313X.2011.04628.x⟩
Article dans une revue hal-02645621v1

Towards a better understanding of Phaeodactylum tricornutum’s morphogenesis

 Clément Ovide , Marie-Christine Kiefer-Meyer , Wassim Tair , Caroline Bérard , Nicolas Vergne , et al.
EMBO Workshop, The molecular Life of diatoms, Jun 2013, Paris, France
Poster de conférence hal-02125074v1

Elucidation of the morphogenesis mechanisms in the diatom P. tricornutum using RNA sequencing technology

 Clément Ovide , Marie-Christine Kiefer-Meyer , Wassim Tair , Caroline Bérard , Nicolas Vergne , et al.
17ième Journées de l’Ecole Doctorale NBISE, Apr 2014, Le Havre, France
Communication dans un congrès hal-02109139v1

Modèle de mélange binomial négatif bivarié pour l'analyse de données RNA-Seq

 Mathilde Sautreuil , Caroline Bérard , Gaëlle Chagny , Antoine Channarond , Angelina Roche , et al.
JDS, 2018, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02337265v1

mCNA : a new methodology to improve high-resolution copy number variation analysis from next generation sequencing using unique molecular identifiers.

 Pierre-Julien Viailly , Ahmad Abdel Sater , Hélène Dauchel , Alison Celebi , Caroline Bérard , et al.
JOBIM, 2019, Nantes, France
Communication dans un congrès hal-02337236v1
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R package SMM, Simulation and Estimation of Multi-State Discrete-Time Semi-Markov and Markov Models

 Vlad Stefan Barbu , Caroline Bérard , Mathilde Sautreuil , Dominique Cellier , Nicolas Vergne
2017
Logiciel hal-02337300v1
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SMM: An R Package for Estimation and Simulation of Discrete-time semi-Markov Models

 Vlad Stefan Barbu , Caroline Berard , Dominique Cellier , Mathilde Sautreuil , Nicolas Vergne
The R Journal, 2018
Article dans une revue hal-02337224v1

GC- VC/DGE : a user-friendly web application for Going over Concordance across results from NGS bioinformatics analytic pipelines

 Chloé Cabot , Mary Mélissa , Chadi Saad , Alexandre Renaux , Alexis Bertrand , et al.
ECCB, 2014, Strasbourg, France
Poster de conférence hal-02338005v1
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Mélange de gaussiennes bidimensionnelles pour l'analyse de données de ChIP-chip IP/IP

 Caroline Bérard , Marie-Laure Martin-Magniette , François Roudier , Stéphane Robin
41èmes Journées de Statistique, SFdS, Bordeaux, 2009, Bordeaux, France, France
Communication dans un congrès inria-00386657v1

RNA Sequencing technology will help deciphering the morphogenesis mechanisms in the model diatom Phaeodactylum tricornutum

 Clément Ovide , Marie-Christine Kiefer-Meyer , Caroline Bérard , Nicolas Vergne , Thierry Lecroq , et al.
Journée scientifique du GRR-IRIB, Jun 2015, Mont-Saint-Aignan, France
Communication dans un congrès hal-02076895v1

Estimation paramétrique des chaînes semi-markoviennes pour des données censurées

 Vlad Stefan Barbu , Caroline Bérard , Dominique Cellier , Mathilde Sautreuil , Nicolas Vergne
JDS, 2017, Avignon, France
Communication dans un congrès hal-02337254v1

Statistical methodology for the analysis of multi-sample ChIP-chip experiments

 Tristan Mary-Huard , Marie-Laure Martin-Magniette , Caroline Berard , Stephane Robin
25. International Biometric Conference, Dec 2010, Florianopolis, Brazil. 1 p
Communication dans un congrès hal-01197553v1

Bivariate Negative Binomial Mixture Model for the analysis of RNA-seq data

 Mathilde Sautreuil , Nicolas Vergne , Antoine Channarond , Angelina Roche , Gaëlle Chagny , et al.
JOBIM, 2017, Lille, France
Poster de conférence hal-02337246v1

Hidden Markov Models with mixtures as emission distributions

 Stevenn Volant , Caroline Bérard , Marie-Laure Martin-Magniette , Stéphane Robin
Statistics and Computing, 2014, 24 (4), pp.493-504. ⟨10.1007/s11222-013-9383-7⟩
Article dans une revue pasteur-02612867v1

SMM: An R Package for Estimation and Simulation of Discrete-time semi-Markov Models

 Vlad,stefan Barbu , Caroline Berard , Dominique Cellier , Mathilde Sautreuil , Nicolas Vergne
The R Journal, 2019, 10 (2), pp.226. ⟨10.32614/RJ-2018-050⟩
Article dans une revue hal-02096101v1
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ChIPmix: Mixture model of regressions for two-color ChIP-chip analysis

 Tristan Mary-Huard , Marie-Laure Martin-Magniette , Caroline Berard , Stephane Robin
ECCB'08: 7. European Conference on Computational Biology, Sep 2008, Calgari, Italy. 19 p
Communication dans un congrès hal-01197548v1
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Mélanges gaussiens bidimensionnels pour la comparaison de deux échantillons de chromatine immunoprécipitée

 Caroline Berard , Marie-Laure Martin-Magniette , Alexandra To , François Roudier , Vincent Colot , et al.
La revue MODULAD, 2009, 40, pp.53-68
Article dans une revue hal-01197565v1

ChIPmix: mixture model of regressions for two-color ChIP-chip analysis

 Marie-Laure Magniette , Tristan Mary-Huard , Caroline Berard , Stephane Robin
Bioinformatics, 2008, 24 (16), pp.i181-i186. ⟨10.1093/bioinformatics/btn280⟩
Article dans une revue hal-01197653v1
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Comparative in depth RNA sequencing of P. tricornutum’s morphotypes reveals specific features of the oval morphotype

 Clément Ovide , Marie-Christine Kiefer-Meyer , Caroline Berard , Nicolas Vergne , Thierry Lecroq , et al.
Scientific Reports, 2018, 8 (1), pp.14340. ⟨10.1038/s41598-018-32519-7⟩
Article dans une revue hal-01894856v1

Towards a better understanding of Phaeodactylum tricornutum’s morphogenesis

 Marie-Christine Kiefer-Meyer , Clément Ovide , Wassim Tair , Caroline Bérard , Nicolas Vergne , et al.
Plant Genomics Congress, May 2013, Londres, United Kingdom
Poster de conférence hal-02119212v1
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