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Determination of Molecular Subtypes of Diffuse Large B-Cell Lymphoma Using a Reverse Transcriptase Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification Classifier
Victor Bobée
,
Philippe Ruminy
,
Vinciane Marchand
,
Pierre-Julien Viailly
,
Ahmad Abdel Sater
,
et al.
Article dans une revue
hal-01635760v1
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Integrative epigenomic mapping defines four main chromatin states in Arabidopsis
François Roudier
,
Ikhlak I. Ahmed
,
Caroline C. Berard
,
Alexis A. Sarazin
,
Tristan Mary-Huard
,
et al.
Article dans une revue
hal-00999846v1
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Etude des mécanismes de morphogenèse chez la diatomée modèle Phaeodactylum tricornutum par séquençage d’ARN à haut débit (RNA-Seq)
Clément Ovide
,
Marie-Christine Kiefer-Meyer
,
Caroline Bérard
,
Nicolas Vergne
,
Thierry Lecroq
,
et al.
Journées phycologiques de France, Sep 2015, Vannes, France
Communication dans un congrès
hal-02076884v1
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Unsupervised Classification for Tiling Arrays: ChIP-chip and Transcriptome
Caroline Berard
,
Marie-Laure Magniette
,
Veronique Brunaud
,
Sebastien Aubourg
,
Stephane Robin
Article dans une revue
hal-01190201v1
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RNA-seq : a new tool to study Phaeodactylum tricornutum morphogenesis
Clément Ovide
,
Marie-Christine Kiefer-Meyer
,
Wassim Tair
,
Caroline Bérard
,
Nicolas Vergne
,
et al.
2nd Journée de l’Institut de Recherche et d’Innovation Biomédicale, Jun 2013, Rouen, France
Poster de conférence
hal-02119202v1
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The RNA helicases AtMTR4 and HEN2 target specific subsets of nuclear transcripts for degradation by the nuclear exosome in Arabidopsis thaliana
Heike Lange
,
Hélène Zuber
,
François M. Sement
,
Johanna Chicher
,
Lauriane Kuhn
,
et al.
Article dans une revue
hal-01197631v1
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mCNA : a new methodology to improve high-resolution copy number variation analysis from next generation sequencing using unique molecular identifiers.
Pierre-Julien Viailly
,
Ahmad Abdel Sater
,
Hélène Dauchel
,
Alison Celebi
,
Caroline Bérard
,
et al.
JOBIM, 2019, Nantes, France
Communication dans un congrès
hal-02337236v1
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R package SMM, Simulation and Estimation of Multi-State Discrete-Time Semi-Markov and Markov Models
Vlad Stefan Barbu
,
Caroline Bérard
,
Mathilde Sautreuil
,
Dominique Cellier
,
Nicolas Vergne
2017
Logiciel
hal-02337300v1
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SMM: An R Package for Estimation and Simulation of Discrete-time semi-Markov Models
Vlad Stefan Barbu
,
Caroline Berard
,
Dominique Cellier
,
Mathilde Sautreuil
,
Nicolas Vergne
The R Journal, 2018
Article dans une revue
hal-02337224v1
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GC- VC/DGE : a user-friendly web application for Going over Concordance across results from NGS bioinformatics analytic pipelines
Chloé Cabot
,
Mary Mélissa
,
Chadi Saad
,
Alexandre Renaux
,
Alexis Bertrand
,
et al.
ECCB, 2014, Strasbourg, France
Poster de conférence
hal-02338005v1
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Modèles à variables latentes pour des données issues de tiling arrays. Applications aux expériences de ChIP-chip et de transcriptome.
Caroline Bérard
Statistiques [math.ST]. AgroParisTech, 2011. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse
tel-00656841v1
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MultiChIPmixHMM: an R package for ChIP-chip data analysis modeling spatial dependencies and multiple replicates
Caroline Berard
,
Michael Seifert
,
Tristan Mary-Huard
,
Marie-Laure Magniette
Article dans une revue
hal-01190745v1
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Modèles à variables latentes pour des données issues de tiling arrays. Applications aux expériences de ChIP-chip et de transcriptome.
Caroline Bérard
Mathématiques [math]. Ecole Doctorale Agriculture Alimentation Biologie Environnement Santé, 2011. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse
tel-02807071v1
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Elucidation of the morphogenesis mechanisms in the diatom P. tricornutum using RNA sequencing technology
Clément Ovide
,
Marie-Christine Kiefer-Meyer
,
Wassim Tair
,
Caroline Bérard
,
Nicolas Vergne
,
et al.
17ième Journées de l’Ecole Doctorale NBISE, Apr 2014, Le Havre, France
Poster de conférence
hal-02114318v1
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Towards a better understanding of Phaeodactylum tricornutum’s morphogenesis
Clément Ovide
,
Marie-Christine Kiefer-Meyer
,
Wassim Tair
,
Caroline Bérard
,
Nicolas Vergne
,
et al.
EMBO Workshop, The molecular Life of diatoms, Jun 2013, Paris, France
Poster de conférence
hal-02125074v1
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Additive inheritance of histone modifications in Arabidopsis thaliana intra-specific hybrids
Ali M. Banaei Moghaddam
,
François Roudier
,
Michael Seifert
,
Caroline Bérard
,
Marie-Laure Martin-Magniette
,
et al.
Article dans une revue
hal-02645621v1
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Elucidation of the morphogenesis mechanisms in the diatom P. tricornutum using RNA sequencing technology
Clément Ovide
,
Marie-Christine Kiefer-Meyer
,
Wassim Tair
,
Caroline Bérard
,
Nicolas Vergne
,
et al.
17ième Journées de l’Ecole Doctorale NBISE, Apr 2014, Le Havre, France
Communication dans un congrès
hal-02109139v1
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Modèle de mélange binomial négatif bivarié pour l'analyse de données RNA-Seq
Mathilde Sautreuil
,
Caroline Bérard
,
Gaëlle Chagny
,
Antoine Channarond
,
Angelina Roche
,
et al.
JDS, 2018, Paris, France
Communication dans un congrès
hal-02337265v1
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Hidden Markov Models with mixtures as emission distributions
Stevenn Volant
,
Caroline Bérard
,
Marie-Laure Martin-Magniette
,
Stéphane Robin
Article dans une revue
pasteur-02612867v1
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Estimation paramétrique des chaînes semi-markoviennes pour des données censurées
Vlad Stefan Barbu
,
Caroline Bérard
,
Dominique Cellier
,
Mathilde Sautreuil
,
Nicolas Vergne
JDS, 2017, Avignon, France
Communication dans un congrès
hal-02337254v1
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Statistical methodology for the analysis of multi-sample ChIP-chip experiments
Tristan Mary-Huard
,
Marie-Laure Martin-Magniette
,
Caroline Berard
,
Stephane Robin
25. International Biometric Conference, Dec 2010, Florianopolis, Brazil. 1 p
Communication dans un congrès
hal-01197553v1
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Bivariate Negative Binomial Mixture Model for the analysis of RNA-seq data
Mathilde Sautreuil
,
Nicolas Vergne
,
Antoine Channarond
,
Angelina Roche
,
Gaëlle Chagny
,
et al.
JOBIM, 2017, Lille, France
Poster de conférence
hal-02337246v1
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RNA Sequencing technology will help deciphering the morphogenesis mechanisms in the model diatom Phaeodactylum tricornutum
Clément Ovide
,
Marie-Christine Kiefer-Meyer
,
Caroline Bérard
,
Nicolas Vergne
,
Thierry Lecroq
,
et al.
Journée scientifique du GRR-IRIB, Jun 2015, Mont-Saint-Aignan, France
Communication dans un congrès
hal-02076895v1
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Mélange de gaussiennes bidimensionnelles pour l'analyse de données de ChIP-chip IP/IP
Caroline Bérard
,
Marie-Laure Martin-Magniette
,
François Roudier
,
Stéphane Robin
41èmes Journées de Statistique, SFdS, Bordeaux, 2009, Bordeaux, France, France
Communication dans un congrès
inria-00386657v1
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Mélanges gaussiens bidimensionnels pour la comparaison de deux échantillons de chromatine immunoprécipitée
Caroline Berard
,
Marie-Laure Martin-Magniette
,
Alexandra To
,
François Roudier
,
Vincent Colot
,
et al.
La revue MODULAD, 2009, 40, pp.53-68
Article dans une revue
hal-01197565v1
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ChIPmix: mixture model of regressions for two-color ChIP-chip analysis
Marie-Laure Magniette
,
Tristan Mary-Huard
,
Caroline Berard
,
Stephane Robin
Article dans une revue
hal-01197653v1
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SMM: An R Package for Estimation and Simulation of Discrete-time semi-Markov Models
Vlad,stefan Barbu
,
Caroline Berard
,
Dominique Cellier
,
Mathilde Sautreuil
,
Nicolas Vergne
Article dans une revue
hal-02096101v1
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ChIPmix: Mixture model of regressions for two-color ChIP-chip analysis
Tristan Mary-Huard
,
Marie-Laure Martin-Magniette
,
Caroline Berard
,
Stephane Robin
ECCB'08: 7. European Conference on Computational Biology, Sep 2008, Calgari, Italy. 19 p
Communication dans un congrès
hal-01197548v1
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Cell wall biochemical alterations during Agrobacterium -mediated expression of haemagglutinin-based influenza virus-like vaccine particles in tobacco
François Le Mauff
,
Corinne Loutelier-Bourhis
,
Muriel Bardor
,
Caroline Berard
,
Alain Doucet
,
et al.
Article dans une revue
hal-01777662v1
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Comparative in depth RNA sequencing of P. tricornutum’s morphotypes reveals specific features of the oval morphotype
Clément Ovide
,
Marie-Christine Kiefer-Meyer
,
Caroline Berard
,
Nicolas Vergne
,
Thierry Lecroq
,
et al.
Article dans une revue
hal-01894856v1
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