Benoît Piégu

Documents

Publications

	CoNIC Challenge: Pushing the frontiers of nuclear detection, segmentation, classification and counting Simon Graham , Quoc Dang Vu , Mostafa Jahanifar , Martin Weigert , Uwe Schmidt Medical Image Analysis, 2024, 92, pp.103047. ⟨10.1016/j.media.2023.103047⟩ Article dans une revue hal-04408256v1
	Seasonal remodeling of the progenitor pool and its distribution in the ewe mediobasal hypothalamus Pierre-Marie Chevillard , Martine Batailler , Jean-Philippe Dubois , Anthony Estienne , Delphine Pillon Cell and Tissue Research, 2023, 392 (3), pp.745-761. ⟨10.1007/s00441-023-03745-x⟩ Article dans une revue hal-04233205v1
	Combined multiplexed phage display, high-throughput sequencing, and functional assays as a platform for identifying modulatory VHHs targeting the FSHR Anielka Zehnaker , Amandine Vallet , Juliette Gourdon , Caterina Sarti , Vinesh Jugnarain International Journal of Molecular Sciences, 2023, 24 (21), pp.15961. ⟨10.3390/ijms242115961⟩ Article dans une revue hal-04274818v1
	Genes encoding teleost orthologues of human signal transduction proteins remain duplicated or triplicated more frequently than the whole genome Floriane Picolo , Benoît Piégu , Philippe Monget Heliyon, 2023, 9 (9), pp.e20217. ⟨10.1016/j.heliyon.2023.e20217⟩ Article dans une revue hal-04250936v1
	Seasonal vascular plasticity in the mediobasal hypothalamus of the adult ewe Pierre-Marie Chevillard , Martine Batailler , Benoit Piegu , Anthony Estienne , Marie-Claire Blache Histochemistry and Cell Biology, 2022, 157 (5), pp.581-593. ⟨10.1007/s00418-022-02079-z⟩ Article dans une revue hal-03746290v1
	Expanding duplication of the testis PHD Finger Protein 7 (PHF7) gene in the chicken genome Sophie Fouchécourt , Valérie Fillon , Christelle Marrauld , Caroline Callot , Sarah Ronsin Genomics, 2022, 114 (4), pp.1-9. ⟨10.1016/j.ygeno.2022.110411⟩ Article dans une revue hal-03746220v1
	Genes encoding teleost orthologs of human haploinsufficient and monoallelically expressed genes remain in duplicate more frequently than the whole genome Floriane Picolo , Anna Grandchamp , Benoit Piegu , Antoine D. Rolland , Reiner A. Veitia International journal of genomics, 2021, 2021, pp.1-6. ⟨10.1155/2021/9028667⟩ Article dans une revue hal-03341375v1
	The piggyBac-derived protein 5 (PGBD5) transposes both the closely and the distantly related piggyBac-like elements Tcr-pble and Ifp2 Laura Helou , Linda Beauclair , Hugues Dardente , Benoit Piegu , Louis Tsakou-Ngouafo Journal of Molecular Biology, 2021, 433 (7), pp.1-16. ⟨10.1016/j.jmb.2021.166839⟩ Article dans une revue hal-03149600v1
	Variations in genome size between wild and domesticated lineages of fowls belonging to the Gallus gallus species Benoit Piegu , Peter Arensburger , Linda Beauclair , Marie Chabault-Dhuit Chabault , Emilie Raynaud Genomics, 2020, 112 (2), pp.1660-1673. ⟨10.1016/j.ygeno.2019.10.004⟩ Article dans une revue hal-02385792v1
	Genes Encoding Teleost Fish Ligands and Associated Receptors Remained in Duplicate More Frequently than the Rest of the Genome Anna Grandchamp , Benoit Piegu , Philippe Monget Genome Biology and Evolution, 2019, 11 (5), pp.1451 - 1462. ⟨10.1093/gbe/evz078⟩ Article dans une revue hal-02628416v1
	Sequence properties of certain GC rich avian genes, their origins and absence from genome assemblies: case studies Linda Beauclair , Christelle Rame , Peter Arensburger , Benoit Piegu , Florian Guillou BMC Genomics, 2019, 20 (1), ⟨10.1186/s12864-019-6131-1⟩ Article dans une revue hal-02623183v1
	Relative effects of location relative to the corpus luteum and lactation on the transcriptome of the bovine oviduct epithelium Yann Locatelli , Niamh Forde , Helmut Blum , Alexander Graf , Benoit Piegu BMC Genomics, 2019, 20, ⟨10.1186/s12864-019-5616-2⟩ Article dans une revue hal-02625626v1
	Thermal Manipulation During Embryogenesis Impacts H3K4me3 and H3K27me3 Histone Marks in Chicken Hypothalamus Sarah-Anne David , Anais Vitorino Carvalho , Coralie Gimonnet , Aurélien Brionne , Christelle Hennequet-Antier Frontiers in Genetics, 2019, 10, 11 p. ⟨10.3389/fgene.2019.01207⟩ Article dans une revue hal-02385835v1
	Perturbation of mRNP biogenesis reveals a dynamic landscape of the Rrp6-dependent surveillance machinery trafficking along the yeast genome Kévin Moreau , Aurélia Le Dantec , Christine Mosrin-Huaman , Yves Bigot , Benoit Piegu RNA Biology, 2019, 16 (7), pp.879-889. ⟨10.1080/15476286.2019.1593745⟩ Article dans une revue hal-02117640v1
	Anti-angiogenic VEGFAxxxb transcripts are not expressed in the medio-basal hypothalamus of the seasonal sheep Didier Lomet , Benoit Piegu , Shona H. Wood , Hugues Dardente PLoS ONE, 2018, 13 (5), ⟨10.1371/journal.pone.0197123⟩ Article dans une revue hal-02628294v1
	But where did the centromeres go in the chicken genome models? Benoit Piegu , Peter Arensburger , Florian Guillou , Yves Bigot Chromosome Research, 2018, 26 (4), pp.297-306. ⟨10.1007/s10577-018-9585-0⟩ Article dans une revue hal-02385805v1
	An assessment of fixed and native chromatin preparation methods to study histone post-translational modifications at a whole genome scale in skeletal muscle tissue Sarah-Anne David , Benoit Piegu , Christelle Hennequet-Antier , Maëlle Pannetier , Tiphaine Aguirre-Lavin Biological Procedures Online, 2017, 19, pp.1-11. ⟨10.1186/s12575-017-0059-0⟩ Article dans une revue hal-01608235v1
	DensityMap: a genome viewer for illustrating the densities of features Sébastien Guizard , Benoit Piegu , Yves Bigot BMC Bioinformatics, 2016, 17 (1), pp.1-6. ⟨10.1186/s12859-016-1055-0⟩ Article dans une revue hal-01353242v1
	Deep landscape update of dispersed and tandem repeats in the genome model of the red jungle fowl, Gallus gallus, using a series of de novo investigating tools Sébastien Guizard , Benoit Piegu , Peter Arensburger , Florian Guillou , Yves Bigot BMC Genomics, 2016, 17 (1), pp.1-23. ⟨10.1186/s12864-016-3015-5⟩ Article dans une revue hal-01405418v1
	The future of transposable element annotation and their classification in the light of functional genomics - what we can learn from the fables of Jean de la Fontaine? Peter Arensburger , Benoit Piegu , Yves Bigot Mobile Genetic Elements, 2016, 6 (6), pp.e1256852. ⟨10.1080/2159256X.2016.1256852⟩ Article dans une revue hal-02385838v1
	Mariner Transposons Contain a Silencer: Possible Role of the Polycomb Repressive Complex 2 Solenne Bire , Sophie Casteret , Benoit Piegu , Linda Beauclair , Nathalie Moiré PLoS Genetics, 2016, 12 (3), 38 p. ⟨10.1371/journal.pgen.1005902⟩ Article dans une revue hal-01413731v1
	A survey of transposable element classification systems – a call for a fundamental update to meet the challenge of their diversity and complexity Benoit Piegu , Solenne Bire , Peter Arensburger , Yves Bigot Molecular Phylogenetics and Evolution, 2015, 86, pp.90-109. ⟨10.1016/j.ympev.2015.03.009⟩ Article dans une revue hal-01154738v1
	Evolutionary relationships of iridoviruses and divergence of ascoviruses from invertebrate iridoviruses in the superfamily Megavirales Benoit Piegu , Sassan Asgari , Dennis Bideshi , Brian A. Federici , Yves Bigot Molecular Phylogenetics and Evolution, 2015, 84, pp.44-52. ⟨10.1016/j.ympev.2014.12.013⟩ Article dans une revue hal-01130534v1
	Complete genome sequence of invertebrate iridovirus IIV22A, a variant of IIV22, isolated originally from a blackfly larva Benoit Piegu , Sébastien Guizard , Tan Yeping , Corinne Cruaud , Arnaud Couloux Standards in Genomic Sciences, 2014, 9 (3), pp.940-947. ⟨10.4056/sigs.5059132⟩ Article dans une revue hal-01129866v1
	Complete genome sequence of invertebrate iridovirus IIV-25 isolated from a blackfly larva Benoit Piegu , Sébastien Guizard , Tatsinda Spears , Corinne Cruaud , Arnaud Couloux Archives of Virology, 2014, 159 (5), pp.1181-1185. ⟨10.1007/s00705-013-1918-x⟩ Article dans une revue hal-01129815v1
	Genome sequence of a crustacean iridovirus, IIV31, isolated from the pill bug, [i]Armadillidium vulgare[/i] Benoit Piegu , Sébastien Guizard , Tan Yeping , Corinne Cruaud , Sassan Asgari Journal of General Virology, 2014, 95 (7), pp.1585-1590. ⟨10.1099/vir.0.066076-0⟩ Article dans une revue hal-01129876v1
	An improved genome of the model marine alga [i]Ostreococcus tauri[/i] unfolds by assessing Illumina [i]de novo[/i] assemblies Romain Blanc Mathieu , Bram Verhelst , Evelyne Derelle , Stephane Rombauts , Francois-Yves Bouget BMC Genomics, 2014, 15, pp.1-11. ⟨10.1186/1471-2164-15-1103⟩ Article dans une revue hal-01130514v1
	Complete genome sequence of invertebrate iridovirus IIV30 isolated from the corn earworm, Helicoverpa zea Benoit Piegu , Sébastien Guizard , Tatsinda Spears , Corinne Cruaud , Arnaud Couloux Journal of Invertebrate Pathology, 2014, 116, pp.43-47. ⟨10.1016/j.jip.2013.12.007⟩ Article dans une revue hal-01129797v1
	FCGR2C genotyping by pyrosequencing reveals linkage disequilibrium with FCGR3A V158F and FCGR2A H131R polymorphisms in a Caucasian population Julien Lejeune , Benoit Piegu , Valérie Gouilleux-Gruart , Marc Ohresser , Herve Watier mAbs, 2014, 4 (6), pp.784-787. ⟨10.4161/mabs.22287⟩ Article dans une revue hal-02425422v1
	Transposase concentration controls transposition activity: Myth or reality? Solenne Bire , Sophie Casteret , Ahmed Arnaoty , Benoit Piegu , Thierry Lecomte Gene, 2013, 530 (2), pp.165-171. ⟨10.1016/j.gene.2013.08.039⟩ Article dans une revue hal-01129760v1
	Complete genome sequence of invertebrate iridescent virus 22 isolated from a blackfly larva Benoit Piegu , Sébastien Guizard , Tatsinda Spears , Corinne Cruaud , Arnaud Couloux Journal of General Virology, 2013, 94 (9), pp.2112-2116. ⟨10.1099/vir.0.054213-0⟩ Article dans une revue hal-01129740v1
	Characteristics of inteins in invertebrate iridoviruses and factors controlling insertion in their viral hosts Yves Bigot , Benoit Piegu , Sophie Casteret , Frédérick F. Gavory , Dennis K. Bideshi Molecular Phylogenetics and Evolution, 2013, 67 (1), pp.246-254. ⟨10.1016/j.ympev.2013.01.017⟩ Article dans une revue hal-01129728v1
	FCGR2C genotyping by pyrosequencing reveals linkage disequilibrium with FCGR3A V158F and FCGR2A H131R polymorphisms in a Caucasian population Julien Lejeune , Benoit Piegu , Valérie Gouilleux-Gruart , Marc Ohresser , Hervé Watier mAbs, 2012, 4 (6), pp.784-787. ⟨10.4161/mabs.22287⟩ Article dans une revue hal-01129675v1
	Transpositional landscape of the rice genome revealed by paired-end mapping of high-throughput re-sequencing data Francois Sabot , Nathalie Picault , Moaine El-Baidouri , Christel Llauro , Cristian Chaparro Plant Journal, 2011, 66 (2), pp.241-246. ⟨10.1111/j.1365-313X.2011.04492.x⟩ Article dans une revue hal-02114338v1
	ATR3 encodes a diflavin reductase essential for Arabidopsis embryo development J. Varadarajan , J. Guilleminot , C. Saint-Jore-Dupas , Benoit Piegu , M.E. Chabouté New Phytologist, 2010, 187, pp.67-82 Article dans une revue hal-00508597v1
	Paleogenomic analysis of the short arm of chromosome 3 reveals the history of the African and Asian progenitors of cultivated rices. Anne Roulin , Cristian Chaparro , Benoit Piegu , Scott Jackson , Olivier Panaud Genome Biology and Evolution, 2010, 2, pp.132-9. ⟨10.1093/gbe/evq005⟩ Article dans une revue hal-00787403v1
	Whole genome surveys of rice, maize and sorghum reveal multiple horizontal transfers of the LTR-retrotransposon Route66 in Poaceae. Anne Roulin , Benoit Piegu , Philippe M Fortune , François Sabot , Angélique d'Hont BMC Evolutionary Biology, 2009, 9 (58), pp.58. ⟨10.1186/1471-2148-9-58⟩ Article dans une revue hal-00693471v1
	Green evolution and dynamic adaptations revealed by genomes of the marine picoeukaryotes Micromonas. Alexandra Z Worden , Jae-Hyeok Lee , Thomas Mock , Pierre Rouzé , Melinda P Simmons Science, 2009, 324 (5924), pp.268-72. ⟨10.1126/science.1167222⟩ Article dans une revue hal-00693449v1
	Identification of an active LTR retrotransposon in rice. Nathalie Picault , Cristian Chaparro , Cristel Llauro , Benoit Piegu , Willfried Stenger Plant Journal, 2009, 58 (5), pp.754-65. ⟨10.1111/j.1365-313X.2009.03813.x⟩ Article dans une revue hal-00685656v1
	The Rice Annotation Project Database (RAP-DB): 2008 update. Tsuyoshi Tanaka , Baltazar A Antonio , Shoshi Kikuchi , Takashi Matsumoto , Yoshiaki Nagamura Nucleic Acids Research, 2008, 36 (Database issue), pp.D1028-33. ⟨10.1093/nar/gkm978⟩ Article dans une revue hal-00300215v1
	Identification of precursor transcripts for 6 novel miRNAs expands the diversity on the genomic organisation and expression of miRNA genes in rice. Séverine Lacombe , Hiroshi Nagasaki , Carole Santi , David Duval , Benoit Piegu BMC Plant Biology, 2008, 8, pp.123. ⟨10.1186/1471-2229-8-123⟩ Article dans une revue hal-00366386v1
	Evidence of multiple horizontal transfers of the long terminal repeat retrotransposon RIRE1 within the genus Oryza Anne Roulin , Benoit Piegu , Rod Wing , Olivier Panaud Plant Journal, 2008, 53 (6), pp.950-959. ⟨10.1111/j.1365-313X.2007.03388.x⟩ Article dans une revue hal-02114361v1
	Identification and characterization of shared duplications between rice and wheat provide new insight into grass genome evolution Jerome J. Salse , Stéphanie S. Bolot , Michael M. Throude , Vincent V. Jouffe , Benoit Piegu The Plant cell, 2008, 20 (1), pp.11-24. ⟨10.1105/tpc.107.056309⟩ Article dans une revue hal-00964148v1
	RetrOryza: a database of the rice LTR-retrotransposons. Cristian Chaparro , Romain Guyot , Andrea Zuccolo , Benoit Piegu , Olivier Panaud Nucleic Acids Research, 2007, 35 (Database issue), pp.D66-70. ⟨10.1093/nar/gkl780⟩ Article dans une revue hal-00164403v1
	Evolutionary dynamics of an ancient retrotransposon family provides insights into evolution of genome size in the genus Oryza Jetty Ammiraju , Andrea Zuccolo , Yeisoo Yu , Xiang Song , Benoit Piegu Plant Journal, 2007, 52 (2), pp.342-351. ⟨10.1111/j.1365-313X.2007.03242.x⟩ Article dans une revue hal-02114387v1
	Genome analysis of the smallest free-living eukaryote Ostreococcus tauri unveils many unique features. Evelyne Derelle , Conchita Ferraz , Stephane Rombauts , Pierre Rouzé , Alexandra Z Worden Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2006, 103 (31), pp.11647-52. ⟨10.1073/pnas.0604795103⟩ Article dans une revue hal-00164247v1
	Doubling genome size without polyploidization: dynamics of retrotransposition-driven genomic expansions in Oryza australiensis, a wild relative of rice. Benoit Piegu , Romain Guyot , Nathalie Picault , Anne Roulin , Abhijit Saniyal Genome Research, 2006, 16 (10), pp.1262-9. ⟨10.1101/gr.5290206⟩ Article dans une revue hal-00164404v1
	Gene expression profile in response to Xanthomonas axonopodis pv. manihotis infection in cassava using a cDNA microarray. Camilo Lopez , Mauricio Soto , Silvia Restrepo , Benoit Piegu , Richard Cooke Plant Molecular Biology, 2005, 57 (3), pp.393-410. ⟨10.1007/s11103-004-7819-3⟩ Article dans une revue hal-00168788v1
	Using cDNA and genomic sequences as tools to develop SNP strategies in cassava (Manihot esculenta Crantz). C. Lopez , Benoit Piegu , R. Cooke , M. Delseny , J. Tohme Der Züchter / Der Z uchter; Der Züuchter, 2005, 110 (3), pp.425-31. ⟨10.1007/s00122-004-1833-3⟩ Article dans une revue hal-00168789v1
	A unigene catalogue of 5700 expressed genes in cassava. Camilo Lopez , Véronique Jorge , Benoit Piegu , Chickelu Mba , Diego Cortes Plant Molecular Biology, 2004, 56 (4), pp.541-54. ⟨10.1007/s11103-004-0123-4⟩ Article dans une revue hal-00168792v1
	New in silico insight into the synteny between rice (Oryza sativa L.) and maize (Zea mays L.) highlights reshuffling and identifies new duplications in the rice genome. Jérôme Salse , Benoit Piegu , Richard Cooke , Michel Delseny Plant Journal, 2004, 38 (3), pp.396-409. ⟨10.1111/j.1365-313X.2004.02058.x⟩ Article dans une revue hal-00168790v1
	An EST resource for cassava and other species of Euphorbiaceae. James V Anderson , Michel Delseny , Martin A Fregene , Veronique Jorge , Chikelu Mba Plant Molecular Biology, 2004, 56 (4), pp.527-39. ⟨10.1007/s11103-004-5046-6⟩ Article dans une revue hal-00169060v1
	Synteny between Arabidopsis thaliana and rice at the genome level: a tool to identify conservation in the ongoing rice genome sequencing project Jerome J. Salse , Benoit Piegu , Richard Cooke , Michel Delseny Nucleic Acids Research, 2002, 30 (11), pp.2316-2328. ⟨10.1093/nar/30.11.2316⟩ Article dans une revue hal-02683130v1

	La face des poules adultes change-t-elle de couleur en fonction de leurs émotions ? Delphine Soulet , Céline Parias , Marie-Claire Blache , Benoit Piegu , Gaëlle Lefort 15. Journées de la Recherche Avicole et des Palmipèdes à Foie Gras, Mar 2024, Tours, France Communication dans un congrès hal-04353293v1
	Le changement de couleur de la peau de la face chez la poule est un marqueur d’émotions Delphine Soulet , Léa Lansade , Benoit Piegu , Gaëlle Lefort , Marie-Claire Blache 52. colloque de la Société Française pour l’Etude du Comportement Animal (SFECA 2023), UMR Physiologie de la reproduction et des comportements (PRC); Institut de Recherche sur la BIologie de l'Insecte (IRBI), May 2023, Tours, France. pp.73-73 Communication dans un congrès hal-04349805v1
	Lower redness of the facial skin is a marker of a positive human-hen relationship Delphine Soulet , A. Jahoui , Marie-Claire Blache , Benoit Piegu , Gaëlle Lefort 74. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science, EAAP, Aug 2023, Lyon, France Communication dans un congrès hal-04349878v1
	Processus de raisonnement chez la poule domestique : l’inférence transitive Rachel Degrande , Benoit Piegu , Plotine Jardat , Fabien Cornilleau , Vitor Hugo Bessa Ferreira SFECA 2023, Société Française pour l'Etude du Comportement Animal, May 2023, Tours, France Communication dans un congrès hal-04217393v1
	La peau de la face chez la poule change de couleur en fonction des situations émotionnelles Delphine Soulet , Léa Lansade , Benoit Piegu , Gaëlle Lefort , Marie-Claire Blache 35. colloque Biotechnocentre, Biotechnocentre, Oct 2023, Nouan-le-Fuzelier, France Communication dans un congrès hal-04352743v1
	Le changement de couleur de peau chez la poule : un marqueur d’émotions ? Delphine Soulet , Anissa Jahoui , Léa Lansade , Marie-Claire Blache , Gaëlle Lefort Séminaire du MP-SANBA 2022, Nov 2022, Paris, France Communication dans un congrès hal-04415276v1
	Phenotypic and molecular transgenerational analysis of embryonic thermal manipulation in Japanese quail Anais Vitorino Carvalho , Christelle Hennequet-Antier , Romuald Rouger , Benoit Piegu , Aurélien Brionne Incubation and Fertility Research Group (IFRG) Meeting 2021, Oct 2021, Online, Netherlands Communication dans un congrès hal-03617443v1
	La thermo-manipulation embryonnaire chez la caille japonaise : de la physiologie à la régulation de l'épigénome Anais Vitorino Carvalho , Christelle Hennequet-Antier , Nathalie Couroussé , Coralie Gimmonet , Sabine Crochet 5. Journée d'Animation Scientifique du réseau épiPhase, Jun 2019, Toulouse, France. 35 p Communication dans un congrès hal-02736783v1
	Epigenome-wide analysis of the impact of a thermal manipulation treatment on avian embryo Sarah-Anne David , Anais Vitorino Carvalho , Coralie Gimonnet , Sabine Crochet , Thierry Bordeau Avian Model Systems 10, Jun 2018, Paris, France Communication dans un congrès hal-02737539v1
	Embryonic thermal manipulation of the Japanese quail: impacts on physiology and hypothalamic methylome and transcriptome Anais Vitorino Carvalho , Nathalie Couroussé , Flora Gataud , Coralie Gimonnet , Sabine Crochet 15. European Poultry Conference, European federation of WPSA (WPSA). INT., Sep 2018, Dubrovnik, Croatia Communication dans un congrès hal-02735147v1
	Epigenetics for heat tolerance Anne Collin , Sarah-Anne David , Frederique Pitel , Benoit Piegu , Christelle Hennequet-Antier Symposium CERSA Poultry Production under ho and humid climate conditions, Jun 2017, Lomé, Togo Communication dans un congrès hal-01604665v1
	Impact of embryonic heat conditioning on bird epigenome Vincent Coustham , Nathalie Couroussé , Sabine Crochet , Sarah-Anne David , Thierry Bordeau EMBO Conference: Chromatin and Epigenetics, May 2017, Heidelberg, Germany Communication dans un congrès hal-01604366v1
	Impact of embryonic heat conditioning on bird epigenome Nathalie Couroussé , Anais Carvalho , Sabine Crochet , Sarah-Anne David , Thierry Bordeau 3. Journée de Séminaires du Département Phase sur l'Epigénétique EpiPhase, May 2017, Jouy-en-Josas, France Communication dans un congrès hal-01607589v1
	Impact of embryonic heat acclimation on histone post-translational modifications in chicken Sarah-Anne David , Benoit Piegu , Christelle Hennequet-Antier , Thierry Bordeau , Sabine Crochet IFRG Meeting 2016, Dec 2016, Bruges, Belgium Communication dans un congrès hal-02741942v1

	Effets transgénérationnels d'une exposition embryonnaire à la chaleur sur le transcriptome et l'épigénome de la caille japonaise A Vitorino Carvalho , Benoît Piégu , Christelle Hennequet-Antier , Nathalie Couroussé , Sabine Crochet épiPhase - 7. Journées d'Animation Scientifique autour de l'Epigénétique, Jun 2022, Rennes, France Poster de conférence hal-03726346v1
	Extraction des ARNs spermatique dans les espèces aviaires Cécile Douet , Isabelle Grasseau , Benoit Piegu , Anais Vitorino Carvalho épiPhase - 7. Journées d'Animation Scientifique autour de l'Epigénétique,, Jun 2022, Rennes, France Poster de conférence hal-03759988v1
	Impact de la manipulation thermique embryonnaire sur le méthylome de caille japonaise Coralie Gimonnet , Anais Vitorino Carvalho , Nathalie Couroussé , Sabine Crochet , Thierry Bordeau JOBIM 2019 : Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. 2019 Poster de conférence hal-02737671v1
	Transgenerational analysis of embryonic heat exposure in Japanese quail Anais Vitorino Carvalho , Coralie Gimonnet , Christelle Hennequet-Antier , Benoit Piegu , Aurélien Brionne Epigenetic Inheritance Symposium 2019, Aug 2019, Zurich, Switzerland. 2019 Poster de conférence hal-02736953v1
	Manipulation thermique embryonnaire chez la caille japonaise : étude de l'impact sur le phénotype et l'épigénome sur plusieurs générations Anais Vitorino Carvalho , Christelle Hennequet-Antier , Coralie Gimonnet , Benoit Piegu , Aurélien Brionne Séminaire Défis Scientifiques du département Phase 2019, Nov 2019, Rennes, France Poster de conférence hal-02909456v1
	Analyse bioinformatique des marques d'histone chez le poulet exposé à la chaleur pendant l'incubation Coralie Gimonnet , Sarah-Anne David , Anais Vitorino Carvalho , Benoit Piegu , Christelle Hennequet-Antier 13.Journées de la recherche avicole et des palmipèdes à foie gras, Mar 2019, Tours, France. Journées de la Recherche sur les Palmipèdes à Foie Gras, 2019, 13. Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras Poster de conférence hal-02734830v1
	Impact de la thermo-manipulation embryonnaire sur l'aposition de H3K27ME3 et H3K4ME3 dans l'hypothalamus de poulet agé de 35 jours Sarah-Anne David , Anais Vitorino Carvalho , Coralie Gimonnet , Nathalie Couroussé , Sabine Crochet 4. Journée de Séminaires du Département Phase sur l'Epigénétique EpiPhase, May 2018, Nouzilly, France. 1 p., 2018 Poster de conférence hal-02735511v1
	Analyse bioinformatique des modifications post-traductionnelles des histones chez le poulet thermomanipulé durant l'embryogenèse Coralie Gimonnet , Sarah-Anne David , Anais Vitorino Carvalho , Benoit Piegu , Christelle Hennequet-Antier 4. Journée de Séminaires du Département Phase sur l'Epigénétique EpiPhase, May 2018, Nouzilly, France. 1 p., 2018 Poster de conférence hal-02734816v1
	High resolution maps of the nuclear RNA surveillance components trafficking along the yeast genome K. Moreau , A. Le Dantec , C. Mosrin-Huaman , Benoit Piegu , Y. Bigot EMBL Symposium: Transcription and Chromatin 2018, Aug 2018, Heidelberg, Germany Poster de conférence hal-02920318v1
	Etude métagénomique des mécanismes nucléaires de contrôle qualité et dégradation de l’ARN K. Moreau , A. Le Dantec , C. Mosrin-Huaman , Benoit Piegu , Y. Bigot 30e Colloque Biotechnocentre, Oct 2017, Seillac, France Poster de conférence hal-02934894v1
	Impact of embryonic thermal manipulation on quail transcriptome and methylome Anais Carvalho , Nathalie Couroussé , Sabine Crochet , Sarah-Anne David , Thierry Bordeau Incubation and Fertility Research Group (IFRG), Aug 2017, Wageningen, Netherlands. 2017, Combined meeting of the Incubation and Fertility Research Group (WP6) and of the Fundamental Physiology and Perinatal Development Group (WP12). Abstracts Poster de conférence hal-01607553v1
	Metagenomic analysis of Nuclear Quality Control & Degradation mechanisms of Eukaryotic RNA Kevin Moreau , Aurélia Le Dantec , Christine Mosrin-Huaman , Benoit Piegu , Y. Bigot Colloque international du Studium : Messenger RNA therapeutics: advances and perspectives, Mar 2017, Orléans, France Poster de conférence hal-02920331v1
	Etude de l’impact de l’acclimatation embryonnaire à la chaleur du poulet de chair sur des modifications épigénétiques Sarah-Anne David , Benoit Piegu , Christelle Hennequet-Antier , Yves Bigot , Thierry Bordeau 12. Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras, Apr 2017, Tours, France. ITAVI - Institut Technique de l'Aviculture, Journées de la Recherche Avicole et des Palmipèdes à Foie Gras, 12, 1222 p., 2017, Journées de la Recherche Avicole et des Palmipèdes à Foie Gras Poster de conférence hal-01606379v1
	Environmental epigenetics in birds: when the embryo feels the heat Anais Vitorino Carvalho , Sabine Crochet , Nathalie Couroussé , Thierry Bordeau , Benoit Piegu France Japan Epigenetic Workshop, Nov 2017, Paris, France. , 2017 Poster de conférence hal-02790274v1
	Impact of embryonic heat acclimation on histone post-translational modifications in chicken Sarah-Anne David , Benoit Piegu , Christelle Hennequet-Antier , Thierry Bordeau , Sabine Crochet 2016 Meeting WPSA "Incubation and Fertility Research Group", Dec 2016, Brugge, Belgium. 2016, 2016 Meeting WPSA "Incubation and Fertility Research Group" Poster de conférence hal-01602921v1
	Création d'un référentiel des gènes et d’éléments génétiques aviaires dont l’expression transcriptionnelle est régulée par les protéines chaperones HSP90 en réponse aux stress Linda Beauclair , Benoit Piegu , Sassan Asgari , Peter Arensburger , Vincent Coustham Journées d’Animation des Crédits Incitatifs du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage (JACI Phase 2016), Apr 2016, Tours, France. , 115 p., 2016, Crédits Incitatifs financés entre 2011 et 2014 Poster de conférence hal-02741246v1
	Analyse métagénomique du mécanisme de discrimination entre les transcrits codants et non-codants par la machinerie de dégradation de l’ARN Kévin Moreau , Aurélia Le Dantec , Christine Mosrin-Huaman , Benoit Piegu , Yves Bigot 29e colloque Biotechnocentre, Oct 2016, Seillac, France Poster de conférence hal-02453482v1
	The chicken repeated sequences Sébastien S. Guizard , Benoit Piegu , Peter Arensburger , Yves Bigot 27. Colloque Biotechnocentre, Oct 2014, Seillac, France. 2014 Poster de conférence hal-02794824v1
	Diversité des éléments génétiques mobiles dans les génomes d'iridovirus d'invertébrés Benoit Piegu , Sébastien S. Guizard , D.K. Bideshi , B.A. Federici , Yves Bigot 18. Congrès National sur les Eléments Transposables (CNET 2013), Jul 2013, Montpellier, France. 2013, XVIIIème Congrès National sur les Eléments Transposables Poster de conférence hal-02745634v1

	From Rice to Other Cereals: Comparative Genomics Richard Cooke , Benoit Piegu , Olivier Panaud , Romain Guyot , Jérôme Salse Rice Functional Genomics, Springer New York, pp.429-479, 2007 Chapitre d'ouvrage hal-02114392v1
	Genetics of the maize proteome D. de Vienne , C. Damerval , Agnès Leonardi , B. Bost , Benoit Piegu Genomes, Kluwer Academic, 2000 Chapitre d'ouvrage hal-02835565v1
	Genetics of the maize proteome Dominique de Vienne , Catherine Damerval , Agnès Leonardi , Bruno Bost , Benoit Piegu J.P. Gustafson, R.B. Flavell. Genomes, Kluwer Academic / Plenum, pp.123-139, 2000, Stadler Genetics Symposia Series Chapitre d'ouvrage hal-00113657v1

	Targeting of non-viral intégrative vectors in the nuclear DNA sequences of eukaryotes Yves Bigot , G. Carpentier , Sophie Casteret , Benoit Piegu Patent n° : Demande : FR145396. 2014, 73 p Brevet hal-02800659v1

	Effect of the social environment on olfaction and social skills in WT and mouse model of autism Caroline Gora , Ana Dudas , Lucas Court , Anil Annamneedi , Gaëlle Lefort 2023 Pré-publication, Document de travail hal-04312827v1
	First landscape of binding to chromosomes for a domesticated mariner transposase in the human genome: diversity of genomic targets of SETMAR isoforms in two colorectal cell lines Aymeric Antoine-Lorquin , Ahmed Arnaoty , Sassan Asgari , Martine Batailler , Linda Beauclair 2017 Pré-publication, Document de travail hal-01558001v1

Benoît Piégu

Publications

CoNIC Challenge: Pushing the frontiers of nuclear detection, segmentation, classification and counting

Seasonal remodeling of the progenitor pool and its distribution in the ewe mediobasal hypothalamus

Combined multiplexed phage display, high-throughput sequencing, and functional assays as a platform for identifying modulatory VHHs targeting the FSHR

Genes encoding teleost orthologues of human signal transduction proteins remain duplicated or triplicated more frequently than the whole genome

Seasonal vascular plasticity in the mediobasal hypothalamus of the adult ewe

Expanding duplication of the testis PHD Finger Protein 7 (PHF7) gene in the chicken genome

Genes encoding teleost orthologs of human haploinsufficient and monoallelically expressed genes remain in duplicate more frequently than the whole genome

The piggyBac-derived protein 5 (PGBD5) transposes both the closely and the distantly related piggyBac-like elements Tcr-pble and Ifp2

Variations in genome size between wild and domesticated lineages of fowls belonging to the Gallus gallus species

Genes Encoding Teleost Fish Ligands and Associated Receptors Remained in Duplicate More Frequently than the Rest of the Genome

Sequence properties of certain GC rich avian genes, their origins and absence from genome assemblies: case studies

Relative effects of location relative to the corpus luteum and lactation on the transcriptome of the bovine oviduct epithelium

Thermal Manipulation During Embryogenesis Impacts H3K4me3 and H3K27me3 Histone Marks in Chicken Hypothalamus

Perturbation of mRNP biogenesis reveals a dynamic landscape of the Rrp6-dependent surveillance machinery trafficking along the yeast genome

Anti-angiogenic VEGFAxxxb transcripts are not expressed in the medio-basal hypothalamus of the seasonal sheep

But where did the centromeres go in the chicken genome models?

An assessment of fixed and native chromatin preparation methods to study histone post-translational modifications at a whole genome scale in skeletal muscle tissue

DensityMap: a genome viewer for illustrating the densities of features

Deep landscape update of dispersed and tandem repeats in the genome model of the red jungle fowl, Gallus gallus, using a series of de novo investigating tools

The future of transposable element annotation and their classification in the light of functional genomics - what we can learn from the fables of Jean de la Fontaine?

Mariner Transposons Contain a Silencer: Possible Role of the Polycomb Repressive Complex 2

A survey of transposable element classification systems – a call for a fundamental update to meet the challenge of their diversity and complexity

Evolutionary relationships of iridoviruses and divergence of ascoviruses from invertebrate iridoviruses in the superfamily Megavirales

Complete genome sequence of invertebrate iridovirus IIV22A, a variant of IIV22, isolated originally from a blackfly larva

Complete genome sequence of invertebrate iridovirus IIV-25 isolated from a blackfly larva

Genome sequence of a crustacean iridovirus, IIV31, isolated from the pill bug, [i]Armadillidium vulgare[/i]

An improved genome of the model marine alga [i]Ostreococcus tauri[/i] unfolds by assessing Illumina [i]de novo[/i] assemblies

Complete genome sequence of invertebrate iridovirus IIV30 isolated from the corn earworm, Helicoverpa zea

FCGR2C genotyping by pyrosequencing reveals linkage disequilibrium with FCGR3A V158F and FCGR2A H131R polymorphisms in a Caucasian population

Transposase concentration controls transposition activity: Myth or reality?

Complete genome sequence of invertebrate iridescent virus 22 isolated from a blackfly larva

Characteristics of inteins in invertebrate iridoviruses and factors controlling insertion in their viral hosts

FCGR2C genotyping by pyrosequencing reveals linkage disequilibrium with FCGR3A V158F and FCGR2A H131R polymorphisms in a Caucasian population

Transpositional landscape of the rice genome revealed by paired-end mapping of high-throughput re-sequencing data

ATR3 encodes a diflavin reductase essential for Arabidopsis embryo development

Paleogenomic analysis of the short arm of chromosome 3 reveals the history of the African and Asian progenitors of cultivated rices.

Whole genome surveys of rice, maize and sorghum reveal multiple horizontal transfers of the LTR-retrotransposon Route66 in Poaceae.

Green evolution and dynamic adaptations revealed by genomes of the marine picoeukaryotes Micromonas.

Identification of an active LTR retrotransposon in rice.

The Rice Annotation Project Database (RAP-DB): 2008 update.

Identification of precursor transcripts for 6 novel miRNAs expands the diversity on the genomic organisation and expression of miRNA genes in rice.

Evidence of multiple horizontal transfers of the long terminal repeat retrotransposon RIRE1 within the genus Oryza

Identification and characterization of shared duplications between rice and wheat provide new insight into grass genome evolution

RetrOryza: a database of the rice LTR-retrotransposons.

Evolutionary dynamics of an ancient retrotransposon family provides insights into evolution of genome size in the genus Oryza

Genome analysis of the smallest free-living eukaryote Ostreococcus tauri unveils many unique features.

Doubling genome size without polyploidization: dynamics of retrotransposition-driven genomic expansions in Oryza australiensis, a wild relative of rice.

Gene expression profile in response to Xanthomonas axonopodis pv. manihotis infection in cassava using a cDNA microarray.

Using cDNA and genomic sequences as tools to develop SNP strategies in cassava (Manihot esculenta Crantz).

A unigene catalogue of 5700 expressed genes in cassava.

New in silico insight into the synteny between rice (Oryza sativa L.) and maize (Zea mays L.) highlights reshuffling and identifies new duplications in the rice genome.

An EST resource for cassava and other species of Euphorbiaceae.

Synteny between Arabidopsis thaliana and rice at the genome level: a tool to identify conservation in the ongoing rice genome sequencing project

La face des poules adultes change-t-elle de couleur en fonction de leurs émotions ?

Le changement de couleur de la peau de la face chez la poule est un marqueur d’émotions

Lower redness of the facial skin is a marker of a positive human-hen relationship

Processus de raisonnement chez la poule domestique : l’inférence transitive

La peau de la face chez la poule change de couleur en fonction des situations émotionnelles

Le changement de couleur de peau chez la poule : un marqueur d’émotions ?

Phenotypic and molecular transgenerational analysis of embryonic thermal manipulation in Japanese quail

La thermo-manipulation embryonnaire chez la caille japonaise : de la physiologie à la régulation de l'épigénome

Epigenome-wide analysis of the impact of a thermal manipulation treatment on avian embryo

Embryonic thermal manipulation of the Japanese quail: impacts on physiology and hypothalamic methylome and transcriptome

Epigenetics for heat tolerance

Impact of embryonic heat conditioning on bird epigenome

Impact of embryonic heat conditioning on bird epigenome

Impact of embryonic heat acclimation on histone post-translational modifications in chicken

Effets transgénérationnels d'une exposition embryonnaire à la chaleur sur le transcriptome et l'épigénome de la caille japonaise

Extraction des ARNs spermatique dans les espèces aviaires

Impact de la manipulation thermique embryonnaire sur le méthylome de caille japonaise

Transgenerational analysis of embryonic heat exposure in Japanese quail

Manipulation thermique embryonnaire chez la caille japonaise : étude de l'impact sur le phénotype et l'épigénome sur plusieurs générations

Analyse bioinformatique des marques d'histone chez le poulet exposé à la chaleur pendant l'incubation

Impact de la thermo-manipulation embryonnaire sur l'aposition de H3K27ME3 et H3K4ME3 dans l'hypothalamus de poulet agé de 35 jours

Analyse bioinformatique des modifications post-traductionnelles des histones chez le poulet thermomanipulé durant l'embryogenèse

High resolution maps of the nuclear RNA surveillance components trafficking along the yeast genome

Etude métagénomique des mécanismes nucléaires de contrôle qualité et dégradation de l’ARN

Impact of embryonic thermal manipulation on quail transcriptome and methylome