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Aurélie Canaguier

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Identifiants chercheurs

Présentation

Je travaille, au sein de l’unité « Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux » (EPGV) de l’INRAE en tant qu’ingénieure d’étude, tant dans les activités de service que dans l’exploitation des données de séquençage. Accueillie par le Genoscope sous une convention d’hébergement et collaboration scientifique avec l’Institut de Biologie François Jacob du CEA, l’EPGV a pour mission principale la mise à disposition aux partenaires scientifiques de son expertise et des technologies de pointes de séquençage et de génotypage disponibles au Genoscope et CNRGH.

Publications

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A new version of the grapevine reference genome assembly (12X.v2) and of its annotation (VCost.v3)

Aurelie Canaguier , Jérome Grimplet , Gabriele Di Gaspero , Simone Scalabrin , Eric Duchêne
Genomics Data, 2017, 14, pp.56-62. ⟨10.1016/j.gdata.2017.09.002⟩
Article dans une revue hal-01619926v1

Decoding the oak genome: public release of sequence data, assembly, annotation and publication strategies.

Christophe Plomion , Jean-Marc Aury , Joëlle Amselem , Tina Alaeitabar , Valérie Barbe
Molecular Ecology Resources, 2015, 16 (1), pp.254-265. ⟨10.1111/1755-0998.12425⟩
Article dans une revue hal-01579667v1

Early allopolyploid evolution in the post-Neolithic Brassica napus oilseed genome

Boulos Chalhoub , France Denoeud , Shengyi Liu , Isobel A. P. Parkin , Haibao Tang
Science, 2014, 345 (6199), pp.950-953. ⟨10.1126/science.1253435⟩
Article dans une revue hal-01208705v1
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Dissecting genetic architecture of grape proanthocyanidin composition through quantitative trait locus mapping

Yung Fen Huang , Agnes Doligez , Alexandre Fournier Level , Loic Le Cunff , Yves Bertrand
BMC Plant Biology, 2012, 12, ⟨10.1186/1471-2229-12-30⟩
Article dans une revue hal-01267958v1

An efficient and rapid protocol for plant nuclear DNA preparation suitable for next generation sequencing methods

Gregory Carrier , Sylvain Santoni , Marguerite Rodier-Goud , Aurelie Canaguier , Alexandre de Kochko
American Journal of Botany, 2011, 98 (1), pp.e13-e15. ⟨10.3732/ajb.1000371⟩
Article dans une revue hal-01506007v1
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Patterns of sequence polymorphism in the fleshless berry locus in cultivated and wild Vitis vinifera accessions

Cléa Houel , Rémi Bounon , Jamila Chaïb , Cecile C. Guichard , Jean-Pierre Peros
BMC Plant Biology, 2010, 10 (284), pp.1-15. ⟨10.1186/1471-2229-10-284⟩
Article dans une revue hal-02657182v1
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A physical map of the heterozygous grapevine 'Cabernet Sauvignon' allows mapping candidate genes for disease resistance

Marco Moroldo , Sophie Paillard , Raffaella Marconi , Fabrice Legeai , Aurélie Canaguier
BMC Plant Biology, 2008, 8 (66), pp.1-14. ⟨10.1186/1471-2229-8-66⟩
Article dans une revue inria-00329169v1
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Neutral invertases in grapevine and comparative analysis with Arabidopsis, poplar and rice

Alberto Nonis , Benedetto Ruperti , Alessandro Pierasco , Aurelie A. Canaguier , Anne-Francoise A.-F. Adam-Blondon
Planta, 2008, 229 (1), pp.129-142. ⟨10.1007/s00425-008-0815-0⟩
Article dans une revue hal-02668994v1
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The grapevine genome sequence suggests ancestral hexaploidization in major angiosperm phyla.

Olivier Jaillon , Jean-Marc Aury , Benjamin Noel , Alberto Policriti , Christian Clepet
Nature, 2007, 449 (7161), pp.463-7. ⟨10.1038/nature06148⟩
Article dans une revue inria-00180136v1
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Molecular characterization and expression analysis of the Rop GTPase family in Vitis vinifera

Philippe Abbal , Martine Pradal , Francois Xavier Sauvage , Philippe Chatelet , Sophie S. Paillard
Journal of Experimental Botany, 2007, 58 (10), pp.2641-2652. ⟨10.1093/jxb/erm113⟩
Article dans une revue hal-02666655v1

DNA sequence polymorphisms and their application to bread wheat quality

Catherine Ravel , Sébastien Praud , Aurelie Canaguier , Philippe Dufour , Sandra Giancola
Euphytica, 2007, 158 (3), pp.331-336. ⟨10.1007/s10681-006-9288-z⟩
Article dans une revue hal-01189423v1

Single-nucleotide polymorphism frequency in a set of selected lines of bread wheat (Triticum aestivum L.)

Catherine Ravel , Sébastien Praud , Alain Murigneux , Aurelie Canaguier , Frederic Sapet
Genome, 2006, 49 (9), pp.1131-1139. ⟨10.1139/G06-067⟩
Article dans une revue hal-01189248v1

Variation in crossing-over rates across chromosome 4 of Arabidopsis thaliana reveals the presence of meiotic recombination "hot spots"

Jan Drouaud , Christine Camilleri , Pierre-Yves Bourguignon , Aurélie Canaguier , Aurélie Bérard
Genome Research, 2006, 16 (1) (1), pp.106-114. ⟨10.1101/gr.4319006⟩
Article dans une revue hal-00017439v1

Production of taxoids with biological activity by plants and callus culture from selected Taxus genotypes

G. Parc , A. Canaguier , P. Landré , R. Hocquemiller , D. Chriqui
Phytochemistry, 2002, 59 (7), pp.725-730. ⟨10.1016/S0031-9422(02)00043-2⟩
Article dans une revue hal-00013213v1
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The grapevine reference genome sequence

Sébastien Aubourg , Nadia Bentahar , Marc Bras , Aurelie A. Canaguier , Nathalie Choisne
IX International Symposium on Grapevine Physiology and Biotechnology, Apr 2013, La Serena, Chile
Communication dans un congrès hal-02811094v1

Sequencing allelic BACs for exploring the level of genome heterozygosity in oak

Patricia P. Faivre-Rampant , Nathalie N. Pavy , Isabelle I. Le Clainche , Aurelie A. Canaguier , Cecile C. Guichard
IUFRO working group "Genetics of Quercus and Nothofagus", Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., Oct 2012, Bordeaux, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-00964429v1
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Diversité moléculaire de la région chromosomique contrôlant la résistance à la rouille foliaire dans les collections de peupliers

Patricia P. Faivre-Rampant , Alois Bresson , Véronique V. Jorge , Arnaud A. Dowkiw , Redouane R. El-Malki
Colloque FRB : Les Ressources Génétiques (RG) face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociétaux, Sep 2011, Montpellier, France. 84 p
Communication dans un congrès hal-02750107v1

Toward the deciphering of chromosome structure in Vitis vinifera

Aurelie A. Canaguier , Isabelle I. Le Clainche , Aurélie A. Berard , Aurelie A. Chauveau , Marie-Stéphanie Vernerey
10. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Aug 2010, Geneva, New York, United States
Communication dans un congrès hal-02739605v1

Association genetics in relation with berry size variation in grapevine (Vitis vinifera)

Cléa Houel , Isabelle I. Le Clainche , Aurelie A. Canaguier , Anne-Francoise A.-F. Adam-Blondon , Rémi Bounon
10. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Aug 2010, Geneva (N.Y.), United States
Communication dans un congrès hal-02754943v1

Allele mining in grape for the analysis of complex traits

Roberto Bacilieri , Stephane Nicolas , Richard Bounon , Alexis Dereeper , Marie-Christine Le Paslier
18. Conference, Jan 2010, San Diego, United States
Communication dans un congrès hal-02754346v1
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Development of resources for comparative physical mapping between Muscadinia rotundifolia and Vitis vinifera

Iritche Zah-Bi , Sophie Blanc , Marc Bras , Aurelie A. Canaguier , Isabelle I. Le Clainche
6. International Workshop of Grapevine Downy and Powdery Mildew. GDPM 2010, Jul 2010, BORDEAUX, France
Communication dans un congrès hal-02754937v1

Physical mapping and re-sequencing of a set of resistance related genes in grapevine

Marco Moroldo , Sophie Paillard , R. Marconi , Fabrice Legeai , Aurelie Canaguier
17. Conference Plant and Animal Genomes, Labo/service de l'auteur, Ville service, Pays service., Jan 2009, San Diego, United States. 1 p
Communication dans un congrès hal-01462667v1

High throughput SNPs discovery in grapevine, poplar and tomato

Marie-Christine Le Paslier , Rémi Bounon , Aurelie A. Chauveau , Vincent Thareau , Aurelie A. Canaguier
17. Plant & Animal Genomes conference, Jan 2009, San Diego, United States
Communication dans un congrès hal-02758232v1

Association genetic studies in grape

Loic Le Cunff , Alexandre Fournier Level , Agnes Doligez , Lucie Fernandez , Charles Romieu
Plant and Animal Genomes Conference, 2008, San Diego, California, United States
Communication dans un congrès hal-01193729v1
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Long Reads for Long-Term Goals : A Genome Resource for Lavander Genetic Improvement

Berline Fopa Fomeju , Aurélie Berard , Isabelle Le Clainche , Aurélie Canaguier , Elodie Belmonte
PAG XXX Plant and Animal Genome Conference, Jan 2023, San Diego (California), United States
Poster de conférence hal-03937877v1
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La fibre génomique du Lin

Damien Hinsinger , Romane Guilbaud , Sandrine Contenot , Aurélie Canaguier , Patricia Faivre-Rampant
30ème édition du Festival du Lin et de la Fibre Artistique, Jul 2022, Saint-Pierre-Le-Viger, France.
Poster de conférence hal-03937438v1
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Étude du polymorphisme des génomes végétaux

Damien Hinsinger , Romane Guilbaud , Sandrine Contenot , Aurélie Canaguier , Patricia Faivre-Rampant
Colloque INRAE Genomics, May 2022, Orléans, France.
Poster de conférence hal-03935707v1
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LONG DNA TECHNOLOGIES EVALUATION FOR PLANT STRUCTURAL VARIATIONS DETECTION : NANOPORE ONT SEQUENCING vs BIONANO GENOMICS OPTICAL MAPPING

Aurélie Canaguier , Erwan Denis , Romane Guilbaud , Ghislaine Magdelenat , Caroline Belser
Plant and Animal Genome XXVIII Conference, Jan 2020, San Diego, United States.
Poster de conférence hal-02925940v1
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Étude du Polymorphisme des Génomes Végétaux

Aurélie Berard , Aurélie Canaguier , Aurelie Chauveau , Sandrine Contenot , Isabelle Le Clainche
JOURNÉES SCIENTIFIQUES DU DÉPARTEMENT BAP, Sep 2019, Giens, France
Poster de conférence hal-02930070v1
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BSA-Seq : an efficient method to decipher a complex trait on Poplar, a highly heterozygous diploid genome

Aurelie Canaguier , Véronique Jorge , Vanina Guérin , Odile Rogier , Vincent Segura
PAG XXVI - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States. , 1 p., 2018
Poster de conférence hal-02736419v1
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BSA-Seq : An efficient tool to characterize loci involved in the Poplar leaf rust resistance.

Aurelie Canaguier , Véronique Jorge , Vanina Guérin , Odile Rogier , Isabelle Le Clainche
7. International Poplar Symposium (IPS VII), Oct 2018, Buenos Aires, Brazil. , 2018, IPS VII Poster Presentations
Poster de conférence hal-02737648v1
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Improvement of the Grapevine genome assembly

Aurelie A. Canaguier , Simone Scalabrin , Marie-Christine Le Paslier , Eric Duchêne , Nacer Mohellibi
Plant and Animal Genome Conference, Jan 2014, San Diego, CA, United States. 2014
Poster de conférence hal-02796033v1

BAC libraries for structural genomic development in oak

Patricia P. Faivre-Rampant , Isabelle Lesur Kupin Lesur , Isabelle I. Le Clainche , Aurelie A. Canaguier , Clément Boussardon
IUFRO working group “Genetics of Quercus and Nothofagus”, Oct 2012, Bordeaux, France. 1 p., 2012
Poster de conférence hal-02808373v1
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Diversité moléculaire de la région chromosomique contrôlant la résistance à la rouille foliaire dans les collections de peupliers

Alois Bresson , Véronique V. Jorge , Arnaud A. Dowkiw , Redouane R. El-Malki , Vincent Segura
Colloque FRB : Les Ressources Génétiques (RG) face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociétaux, Sep 2011, Montpellier, France. Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité, 84 p., 2011, Les ressources génétiques face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociaux
Poster de conférence hal-02749127v1