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QuickNorm, une méthode rapide et peu coûteuse pour la normalisation d'entité

 Arnaud Ferré , Louise Deleger
Journée GdR TAL - accès à l'information, Oct 2022, Rennes, France. 2022, ⟨10.1186/s12859-023-05350-9⟩
Poster de conférence hal-04318360v1

Improving methods for normalizing biomedical text entities with concepts from an ontology with (almost) no training data at BLAH5 the CONTES

 Arnaud Ferré , Mouhamadou Ba , Robert Bossy
Genomics & Informatics, 2019, 17 (2), pp.e20. ⟨10.5808/GI.2019.17.2.e20⟩
Article dans une revue hal-02947689v1

Combining rule-based and embedding-based approaches to normalize textual entities with an ontology

 Arnaud Ferré , Louise Deléger , Pierre Zweigenbaum , Claire Nédellec
International Conference on Language Resources and Evaluation, May 2018, Miyazaki, Japan
Communication dans un congrès hal-01899826v1

Florilège: a database gathering microbial phenotypes of food interest

 Hélène Falentin , Estelle Chaix , Bedis Dridi , Philippe Bessieres , S Buchin , et al.
2017 Scientific MEM days: Journées scientifiques MEM (Métaomiques et écosystèmes microbiens), Jan 2017, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01607327v1
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Représentations vectorielles et apprentissage automatique pour l’alignement d’entités textuelles et de concepts d’ontologie : application à la biologie

 Arnaud Ferré
Intelligence artificielle [cs.AI]. Université Paris Saclay (COmUE), 2019. Français. ⟨NNT : 2019SACLS117⟩
Thèse tel-02166253v1
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C-Norm: a neural approach to few-shot entity normalization

 Arnaud Ferré , Louise Deléger , Robert Bossy , Pierre Zweigenbaum , Claire Nédellec
BMC Bioinformatics, 2020, 21 (S23), pp.1-19. ⟨10.1186/s12859-020-03886-8⟩
Article dans une revue hal-03100410v1
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C-Norm (Concept NORMalization)

 Arnaud Ferré , Louise Deleger , Robert Bossy
2024
Logiciel hal-04458193v1
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Could KeyWord Masking Strategy Improve Language Model?

 Mariya Borovikova , Arnaud Ferré , Robert Bossy , Mathieu Roche , Claire Nédellec
The 28th International Conference on Natural Language & Information Systems. NLDB23., Métais, E., Meziane, F., Sugumaran, V., Manning, W., Reiff-Marganiec, S., Jun 2023, Derby, United Kingdom. pp.271-284, ⟨10.1007/978-3-031-35320-8_19⟩
Communication dans un congrès hal-04173002v1

To better benefit from shared tasks in biomedical text mining

 Mouhamadou Ba , Arnaud Ferré , Richard Eckart de Castilho , Robert Bossy , Louise Deleger , et al.
Galaxy Community Conference, Jul 2019, Freiburg, Germany. 2019
Poster de conférence hal-02437622v1

Representation of complex terms in a vector space structured by an ontology for a normalization task

 Arnaud Ferré , Pierre Zweigenbaum , Claire Nédellec
BioNLP 2017 Workshop, Association for Computational Linguistics, Aug 2017, Vancouver, Canada. ⟨10.18653/v1/W17-2312⟩
Communication dans un congrès hal-01582292v1
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Représentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie

 Vincent J. Henry , Arnaud Ferré , Christine Froidevaux , Anne Goelzer , Vincent V. Fromion , et al.
IC2016 - Ingénierie des Connaissances, Jun 2016, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-01442727v1
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BIBLIOME : Acquisition et Formalisation de Connaissances à partir de Textes

 Robert Bossy , Arnaud Ferré , Équipe Bibliome , Claire Nédellec , Louise Deleger
Bulletin de l'Association Française pour l'Intelligence Artificielle, 2020, Dossier « Technologies du Langage Humain », 107, pp.7-9
Article dans une revue hal-03025321v1

Combining String-based and Embeddings-based Methods for Medical Concept Normalization: LIMSI-CEA-INRA@n2c2 2019

 Mohamadou Ba , Robert Bossy , Pauline Brunet , Louise Deleger , Hicham El Boukkouri , et al.
2019 n2c2/OHNLP Shared-Task and Workshop, Nov 2019, Washington, D.C., United States. 2019
Poster de conférence cea-04363093v1
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Représentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie

 Vincent Henry , Arnaud Ferré , Christine Froidevaux , Anne Goelzer , Vincent Fromion , et al.
IC201: 27es Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, Jun 2016, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-02741418v1
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Florilege : a database gathering microbial phenotypes of food interest

 Hélène Falentin , Estelle Chaix , Bedis Dridi , Philippe Bessieres , S Buchin , et al.
4th International Conference on Microbial Diversity 2017, Oct 2017, Bari, Italy. , 2017
Poster de conférence hal-01651302v1
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The bacterial interlocked process ONtology (BiPON): a systemic multi-scale unified representation of biological processes in prokaryotes

 Vincent J. Henry , Anne Goelzer , Arnaud Ferré , Stéphan Fischer , Marc Dinh , et al.
Journal of Biomedical Semantics, 2017, 8 (53), 16 p. ⟨10.1186/s13326-017-0165-6⟩
Article dans une revue hal-01652923v1
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OntoBiotope: une ontologie pour croiser les habitats microbiens avec les analyses de génomes.

 Robert Bossy , Estelle Chaix , Louise Deleger , Arnaud Ferré , Mouhamadou Ba , et al.
Les journées Bioinformatique de l'Inra, Mar 2016, Montpellier, France. pp.1
Communication dans un congrès hal-01455856v1
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An analysis of entity normalization evaluation biases in specialized domains

 Arnaud Ferré , Philippe Langlais
BMC Bioinformatics, 2023, 24 (1), pp.227. ⟨10.1186/s12859-023-05350-9⟩
Article dans une revue hal-04115633v1
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Le prompt engineering avec les derniers robots conversationnels comme ChatGPT

 Arnaud Ferré
École thématique. CNRS Délégation Villejuif 7 Rue Guy Môquet, 94800 Villejuif, France. 2023
Cours hal-04318433v1
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Meet-U: educating through research immersion

 Nika Abdollahi , Alexandre Albani , Eric Anthony , Agnes Baud , Mélissa Cardon , et al.
PLoS Computational Biology, 2018, 14 (3), pp.1-10. ⟨10.1371/journal.pcbi.1005992⟩
Article dans une revue hal-01722019v1
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Relier automatiquement des entités textuelles à des concepts d'une ontologie par apprentissage avec (presque) aucune donnée

 Arnaud Ferré , Mouhamadou Ba , Robert Bossy , Thomas Lavergne , Louise Deléger , et al.
Atelier IN-OVIVE 7ème édition, des 30èmes Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, Jul 2019, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-03530148v1
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Handling Entity Normalization with no Annotated Corpus: Weakly Supervised Methods Based on Distributional Representation and Ontological Information

 Arnaud Ferré , Robert Bossy , Mouhamadou Ba , Louise Deleger , Thomas Lavergne , et al.
12th Conference on Language Resources and Evaluation, May 2020, Marseille, France. pp.1959-1966
Communication dans un congrès hal-02866789v1

The smell of us – crowdsourcing human body odor evaluation

 Marguerite Benony , Marianne Cardon , Arnaud Ferré , Jean Coquet , Nathan Foulquier , et al.
Human Computation - A Transdisciplinary Journal, 2016, 3 (1), pp.161-197. ⟨10.15346/hc.v3i1.9⟩
Article dans une revue hal-01672595v1

Overview of the bacteria biotope task at BioNLP shared task

 Louise Deleger , Robert Bossy , Estelle Chaix , Mouhamadou Ba , Arnaud Ferré , et al.
BioNLP Shared Task, Aug 2016, Berlin, Germany. pp.101
Communication dans un congrès hal-01455857v1
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Représentation de termes complexes dans un espace vectoriel relié à une ontologie pour une tâche de catégorisation

 Arnaud Ferré
Rencontres des Jeunes Chercheurs en Intelligence Artificielle (RJCIA 2017), Jul 2017, Caen, France
Communication dans un congrès hal-01561973v1
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Dégradation d’un anticancéreux dans les eaux usées - Une médaille d’or pour l’équipe GO Paris-Saclay

 William Briand , Ousmane Dao , Guillaume Garnier , Raphaël Guegan , Britany Marta , et al.
Médecine/Sciences, 2018, 34 (12), pp.1111--1114. ⟨10.1051/medsci/2018304⟩
Article dans une revue hal-02176491v1
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