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Anthony Bretaudeau

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First chromosome scale genomes of ithomiine butterflies (Nymphalidae: Ithomiini): comparative models for mimicry genetic studies

Jérémy Gauthier , Joana Meier , Fabrice Legeai , Melanie McClure , Annabel Whibley
Molecular Ecology Resources, In press, pp.1-14. ⟨10.1111/1755-0998.13749⟩
Article dans une revue hal-03926527v2
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Training Infrastructure as a Service

Helena Rasche , Cameron Hyde , John Davis , Simon Gladman , Nate Coraor
GigaScience, 2022, 12, pp.giad048. ⟨10.1093/gigascience/giad048⟩
Article dans une revue hal-04183845v1
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Galaxy Training: A powerful framework for teaching!

Saskia Hiltemann , Helena Rasche , Simon Gladman , Hans-Rudolf Hotz , Delphine Larivière
PLoS Computational Biology, 2022, 19 (1), pp.e1010752. ⟨10.1371/journal.pcbi.1010752⟩
Article dans une revue hal-04069041v1
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Spodoptera littoralis genome mining brings insights on the dynamic of expansion of gustatory receptors in polyphagous noctuidae

Camille Meslin , Pauline Mainet , Nicolas Montagné , Stéphanie Robin , Fabrice Legeai
G3, 2022, 12 (8), pp.jkac131. ⟨10.1093/g3journal/jkac131⟩
Article dans une revue hal-03713321v1
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Chromosomal scale assembly of parasitic wasp genome reveals symbiotic virus colonization

Jérémy Gauthier , Hélène Boulain , Joke J F A van Vugt , Lyam Baudry , Emma Persyn
Communications Biology, 2021, 4 (1), pp.1-15. ⟨10.1038/s42003-020-01623-8⟩
Article dans une revue hal-03127732v1

Soybean aphid biotype 1 genome: Insights into the invasive biology and adaptive evolution of a major agricultural pest

Rosanna Giordano , Ravi Kiran Donthu , Aleksey Zimin , Irene Consuelo Julca Chavez , Toni Gabaldon
Insect Biochemistry and Molecular Biology, 2020, 120, pp.1-24. ⟨10.1016/j.ibmb.2020.103334⟩
Article dans une revue hal-03065382v1
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The genome sequence of the grape phylloxera provides insights into the evolution, adaptation, and invasion routes of an iconic pest

Claude Rispe , Fabrice Legeai , Paul Nabity , Rosa Fernández , Arinder Arora
BMC Biology, 2020, 18 (1), pp.90. ⟨10.1186/s12915-020-00820-5⟩
Article dans une revue hal-02917617v1
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Adaptation by copy number variation increases insecticide resistance in the fall armyworm

Sylvie Gimenez , Heba Abdelgaffar , Gaelle Le Goff , Frédérique Hilliou , Carlos Blanco
Communications Biology, 2020, 3 (1), pp.1-10. ⟨10.1038/s42003-020-01382-6⟩
Article dans une revue hal-03065279v1
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Positive selection alone is sufficient for whole genome differentiation at the early stage of speciation process in the fall armyworm

Ki Woong Nam , Sandra Nhim , Stéphanie Robin , Anthony Bretaudeau , Nicolas Nègre
BMC Evolutionary Biology, 2020, 20 (1), ⟨10.1186/s12862-020-01715-3⟩
Article dans une revue hal-03099735v1
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Functional insights from the GC-poor genomes of two aphid parasitoids, "Aphidius ervi" and "Lysiphlebus fabarum"

Alice Dennis , Gabriel Ballesteros , Stéphanie Robin , Lukas Schrader , Jens Bast
BMC Genomics, 2020, 21 (Art. 376), pp.1-27. ⟨10.1186/s12864-020-6764-0⟩
Article dans une revue hal-02649295v1
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Genomic architecture of endogenous ichnoviruses reveals distinct evolutionary pathways leading to virus domestication in parasitic wasps

Fabrice F. Legeai , Bernardo F Santos , Stéphanie Robin , Anthony Bretaudeau , Rebecca B Dikow
BMC Biology, 2020, 18 (1), pp.1-23. ⟨10.1186/s12915-020-00822-3⟩
Article dans une revue hal-02918230v1
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Metage2Metabo, microbiota-scale metabolic complementarity for the identification of key species

Arnaud Belcour , Clémence Frioux , Méziane Aite , Anthony Bretaudeau , Falk Hildebrand
Article dans une revue hal-02395024v2
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Tripal v3: an ontology-based toolkit for construction of FAIR biological community databases.

Shawna Spoor , Chun-Huai Cheng , Lacey-Anne Sanderson , Bradford Condon , Abdullah Almsaeed
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2019, 2019, pp.baz077. ⟨10.1093/database/baz077⟩
Article dans une revue hal-02318314v1
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De novo genome and transcriptome resources of the Adzuki bean borer Ostrinia scapulalis (Lepidoptera: Crambidae)

Bernhard Gschloessl , Franck Dorkeld , Philippe Audiot , Anthony Bretaudeau , Carole Kerdelhue
Data in Brief, 2018, 17, pp.781-787. ⟨10.1016/j.dib.2018.01.073⟩
Article dans une revue hal-02627842v1

Draft genome and reference transcriptomic resources for the urticating pine defoliator Thaumetopoea pityocampa (Lepidoptera: Notodontidae)

Bernhard Gschloessl , Franck Dorkeld , Helene Berges , Genséric Beydon , Olivier Bouchez
Molecular Ecology Resources, 2018, 18 (3), pp.602-619. ⟨10.1111/1755-0998.12756⟩
Article dans une revue hal-02627784v1
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Dosage compensation and sex-specific epigenetic landscape of the X chromosome in the pea aphid.

Gautier Richard , Fabrice Legeai , Nathalie Prunier-Leterme , Anthony Bretaudeau , Denis Tagu
Epigenetics & Chromatin, 2017, 10 (1), pp.1-17. ⟨10.1186/s13072-017-0137-1⟩
Article dans une revue hal-01555242v1
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Two genomes of highly polyphagous lepidopteran pests (Spodoptera frugiperda, Noctuidae) with different host-plant ranges

Anaïs Gouin , Anthony Bretaudeau , Kiwoong Nam , Sylvie Gimenez , Jean-Marc Aury
Scientific Reports, 2017, 7 (1), pp.1-12. ⟨10.1038/s41598-017-10461-4⟩
Article dans une revue hal-01633879v1
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Genome scans on experimentally evolved populations reveal candidate regions for adaptation to plant resistance in the potato cyst nematode Globodera pallida.

Delphine Eoche-Bosy , Matthieu Gautier , Magali Esquibet , Fabrice Legeai , Anthony Bretaudeau
Molecular Ecology, 2017, 26 (18), pp.4700-4711. ⟨10.1111/mec.14240⟩
Article dans une revue hal-01605681v2
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Rapid transcriptional plasticity of duplicated gene clusters enables a clonally reproducing aphid to colonise diverse plant species

Thomas C. Mathers , Yazhou Chen , Gemy Kaithakottil , Fabrice Legeai , Sam T. Mugford
Genome Biology, 2017, 18 (1), pp.27. ⟨10.1186/s13059-016-1145-3⟩
Article dans une revue hal-01500475v1
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Erratum to: Rapid transcriptional plasticity of duplicated gene clusters enables a clonally reproducing aphid to colonise diverse plant species

Thomas C. Mathers , Yazhou Chen , Gemy Kaithakottil , Fabrice Legeai , Sam T. Mugford
Genome Biology, 2017, 18 (1), pp.63. ⟨10.1186/s13059-017-1202-6⟩
Article dans une revue hal-01588181v1
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Tools and data services registry: a community effort to document bioinformatics resources.

Jon Ison , Kristoffer Rapacki , Hervé Ménager , Matúš Kalaš , Emil Rydza
Nucleic Acids Research, 2016, 44 (D1), pp.D38-47. ⟨10.1093/nar/gkv1116⟩
Article dans une revue hal-01594840v1
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De novo transcriptome assembly of the grapevine phylloxera allows identification of genes differentially expressed between leaf- and root-feeding forms

Claude Rispe , Fabrice Legeai , Daciana Papura , Anthony Bretaudeau , Sylvie Hudaverdian
BMC Genomics, 2016, 17 (1), pp.219. ⟨10.1186/s12864-016-2530-8⟩
Article dans une revue hal-01286528v1
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BioMAJ2Galaxy: automatic update of reference data in Galaxy using BioMAJ

Anthony Bretaudeau , Cyril Monjeaud , Yvan Le Bras , Fabrice Legeai , Olivier Collin
GigaScience, 2015, 4, pp.22. ⟨10.1186/s13742-015-0063-8⟩
Article dans une revue hal-01240449v1
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Establishment and analysis of a reference transcriptome for Spodoptera frugiperda

Fabrice Legeai , Sylvie Gimenez , Bernard Duvic , Jean-Michel Escoubas , Anne-Sophie Gosselin Grenet
BMC Genomics, 2014, 15 (1), pp.704. ⟨10.1186/1471-2164-15-704⟩
Article dans une revue hal-01058982v1
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CyanoLyase: a database of phycobilin lyase sequences, motifs and functions

Anthony Bretaudeau , François Coste , Florian Humily , Laurence Garczarek , Gildas Le Corguillé
Nucleic Acids Research, 2012, pp.6. ⟨10.1093/nar/gks1091⟩
Article dans une revue hal-01094087v1
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The duplicated genes database: identification and functional annotation of co-localised duplicated genes across genomes

Marion Ouedraogo , Charles Bettembourg , Anthony Bretaudeau , Olivier Sallou , Christian Diot
PLoS ONE, 2012, 7 (11), pp.e50653. ⟨10.1371/journal.pone.0050653⟩
Article dans une revue hal-00841104v1
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PHYMYCO-DB: A Curated Database for Analyses of Fungal Diversity and Evolution

Stéphane Mahé , Marie Duhamel , Thomas Le Calvez , Laëtitia Guillot , Ludmila Sarbu
PLoS ONE, 2012, 7 (9), pp.e43117. ⟨10.1371/journal.pone.0043117⟩
Article dans une revue hal-00756250v1

Seqcrawler: biological data indexing and browsing platform.

Olivier Sallou , Anthony Bretaudeau , Aurelien Roult
BMC Bioinformatics, 2012, 13 (1), pp.175. ⟨10.1186/1471-2105-13-175⟩
Article dans une revue hal-00728279v1
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AnnotQTL: a new tool to gather functional and comparative information on a genomic region

Frédéric Lecerc , Anthony Bretaudeau , Olivier Sallou , Colette Désert , Yuna Blum
Nucleic Acids Research, 2011, 39 (Suppl 2), open access. ⟨10.1093/nar/gkr361⟩
Article dans une revue hal-00597398v1

Metabolic complementarity applied to the screening of microbiota and the identification of key species

Clémence Frioux , Arnaud Belcour , Meziane Aite , Anthony Bretaudeau , Falk Hildebrand
JOBIM 2021 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France
Communication dans un congrès hal-03440232v1

Metabolic complementarity applied to the screening of microbiota and the identification of key species

Clémence Frioux , Arnaud Belcour , Méziane Aite , Anthony Bretaudeau , Falk Hildebrand
MPA 2021 - 8th Metabolic Pathway Analysis, Aug 2021, Knoxville, TN, United States. pp.1-27
Communication dans un congrès hal-03440221v1

Metabolic complementarity applied to the screening of microbiota and the identification of key species

Clémence Frioux , Arnaud Belcour , Méziane Aite , Anthony Bretaudeau , Falk Hildebrand
CMSB 2021 - 19th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2021, Bordeaux, France. pp.1-27
Communication dans un congrès hal-03440212v1
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AskoR, A R Package for Easy RNASeq Data Analysis

Susete Alves Carvalho , Kévin Gazengel , Anthony Bretaudeau , Stéphanie Robin , Stéphanie Daval
IECE 2021 - 1st International Electronic Conference on Entomology, Jul 2021, Virtual, France. pp.1-8, ⟨10.3390/IECE-10646⟩
Communication dans un congrès hal-03347665v1
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AskOmics: a user-friendly interface to Semantic Web technologies for integrating local datasets with reference resources

Xavier Garnier , Anthony Bretaudeau , Fabrice Legeai , Anne Siegel , Olivier Dameron
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1
Communication dans un congrès hal-02401750v1
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AskOmics, a web tool to integrate and query biological data using semantic web technologies

Xavier Garnier , Anthony Bretaudeau , Olivier Filangi , Fabrice Legeai , Anne Siegel
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. pp.1
Communication dans un congrès hal-01577425v1

Integration of Linked Data into Galaxy using Askomics

Xavier Garnier , Olivier Dameron , Olivier Filangi , Fabrice Legeai , Anthony Bretaudeau
Galaxy Community Conference, Jun 2017, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-01576870v1

BIPAA/Askomics, a new and easy approach for querying genomics and epigenomics elements in interaction

Fabrice Legeai , Charles Bettembourg , Anthony Bretaudeau , Yvanne Chaussin , Olivier Dameron
XXVth International Congress of Entomology 2016, Sep 2016, Orlando, Florida, United States
Communication dans un congrès hal-01391080v1
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Genome scans on experimentaly evolved globodera pallida populations to identify molceular basis of adaptation to GPAV(VRN) potato resistance

Delphine Eoche-Bosy , Magali Esquibet , Sylvain Fournet , Mathieu Gautier , Fabrice Legeai
Joint Meeting of the Society of Nematologists and the Organization of Nematologists of Tropical America (ONTA), 2016, Jul 2016, Montreal, Canada. 387 p
Communication dans un congrès hal-01602955v1
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AskOmics : Intégration et interrogation de réseaux de régulation génomique et post-génomique

Charles Bettembourg , Olivier Dameron , Anthony Bretaudeau , Fabrice Legeai
IN OVIVE (INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (INRIA). Rennes, FRA., Jun 2015, Rennes, France. pp.7
Communication dans un congrès hal-01184903v1

Automatic update of reference data in Galaxy using BioMAJ.

Anthony Bretaudeau , Yvan Le Bras , Cyril Monjeaud , Olivier Collin
Galaxy Day 2014, Institut Français de Bioinformatique, Dec 2014, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01102421v1
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AphidAtlas : avancées récentes

Anthony Bretaudeau , Olivier Dameron , Fabrice Legeai , Yvan Rahbé
BAPOA 2013 MOP, Oct 2013, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-00913155v1
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A study of phylloxera transcriptomes, comparing root and leaf feeding morphs

Claude Rispe , Daciana Papura , Fabrice Legeai , Julie Jaquiéry , Anthony Bretaudeau
6. International Phylloxera Symposium, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne (1287)., Aug 2013, Bordeaux, France. 59 p
Communication dans un congrès hal-01208647v1

Towards a Life Sciences Virtual Research Environment

Yvan Le Bras , Aurélien Roult , Cyril Monjoeaud , Bahin Mathieu , Olivier Quenez
JOBIM 2013 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-01102438v1
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Hadoopizer : a cloud environment for bio-informatics data analysis

Anthony Bretaudeau , Olivier Sallou , Olivier Collin
journées scientifiques mésocentres et France Grilles 2012, Oct 2012, Paris, France
Communication dans un congrès hal-00766066v1

AnnotQTL: a new tool to gather functional and comparative information on a genomic region

Frédéric Lecerf , Anthony Bretaudeau , Olivier Sallou , Colette Désert , Anne Blum
15th QTLMAS, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Génétique Animale (0598)., May 2011, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-02746678v1
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BIPAA, Bioinformatics Platform for the Agroecosystems Arthropods.

Stéphanie Robin , Fabrice Legeai , Anthony Bretaudeau
JOBIM 2023 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2023, Plouzané (Brest Métropole), France. pp.1-1, 2023
Poster de conférence hal-04176786v1

BIPAA, Bioinformatics Platform for the Agroecosystems Arthropods.

Stéphanie Robin , Anthony Bretaudeau , Fabrice Legeai
The 11th international workshop on Molecular Biology and Genetics of the Lepidoptera, Aug 2022, Kolympari, Greece
Poster de conférence hal-04176792v1
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Assessment of metabolic complementarity in large-scale microbiotas for the identification of key species

Clémence Frioux , Arnaud Belcour , Méziane Aite , Anthony Bretaudeau , Falk Hildebrand
IHMC 2021 - 8th International Human Microbiome Consortium Congress, Jun 2021, Barcelone, Spain. pp.1
Poster de conférence hal-03438983v1
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Metage2Metabo: metabolic complementarity applied to genomes of large-scale microbiotas for the identification of keystone species

Arnaud Belcour , Clémence Frioux , Méziane Aite , Anthony Bretaudeau , Falk Hildebrand
JOBIM 2020 - Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique, Jun 2020, Montpellier / Virtual, France. ⟨10.1101/803056⟩
Poster de conférence hal-03151934v1

Genomic and transcriptomic resources of two Lepidoptera: the Notodontidae Thaumetopoea pityocampa and the Crambidae Ostrinia scapulalis

Bernhard Gschloessl , Franck Dorkeld , Philippe Audiot , Anthony Bretaudeau , Christian Burban
10. International Workshop on the Molecular Biology and Genetics of the Lepidoptera, Aug 2019, Crête, Greece.
Poster de conférence hal-02786428v1

BIPAA, Bioinformatics Platform for the Agroecosystems Arthropods.

Stéphanie Robin , Anthony Bretaudeau , Fabrice Legeai
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2018, Marseille (FR), France
Poster de conférence hal-04176797v1
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Comparative genomic analysis of Clubroot resistance in the Brassicaceae family

Aurélie Evrard , Charles Bettembourg , Olivier Dameron , Olivier Filangi , Anthony Bretaudeau
Brassica2016, Oct 2016, Melbourne, Australia.
Poster de conférence hal-01391707v1

Integration and query of biological datasets with Semantic Web technologies: AskOmics

Aurélie Evrard , Charles Bettembourg , Mélanie Jubault , Olivier Dameron , Olivier Filangi
Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM 2016), Jun 2016, Lyon, France
Poster de conférence hal-01391087v1
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Improvement of the assembly of heterozygous genomes of non-model organisms, a case study of the genomes of two Spodoptera frugiperda host strains

Anaïs Gouin , Anthony Bretaudeau , K Labadie , Jean-Marc Aury , Emmanuelle d'Alençon
Arthropod Genomics 2015, Jun 2015, Manhattan (Kansas), United States. 2015
Poster de conférence hal-01240443v1
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Improvement of the assembly of heterozygous genomes of non-model organisms

Anaïs Gouin , Anthony Bretaudeau , Emmanuelle d'Alençon , Claire Lemaitre , Fabrice Legeai
Genome Informatics, Oct 2015, Cold Spring Harbor Laboratory, United States. 2015
Poster de conférence hal-01231793v1

e-Science in France, a Life science Western story

Yvan Le Bras , Aurélien Roult , Cyril Monjoeaud , Bahin Mathieu , Olivier Quenez
Galaxy Community Conference (GCC2014), Jun 2014, Baltimore, United States
Poster de conférence hal-01102432v1
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Identification and correction of genome mis-assemblies due to heterozygosity

Anaïs Gouin , Anthony Bretaudeau , Claire Lemaitre , Fabrice Legeai
European Conference on Computational Biology (ECCB), Sep 2014, Strasbourg, France. , ECCB 2014, 2014
Poster de conférence hal-01092959v1

Dr Motifs: a web resource for pattern matching and discovery

Anthony Bretaudeau , Olivier Collin
JOBIM 2012, Jul 2012, Rennes, France
Poster de conférence hal-01102439v1
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AnnotQTL: a new tool to gather functional and comparative information on a genomic region

Frédéric Lecerf , Anthony Bretaudeau , Olivier Sallou , Colette Désert , Yuna Blum
12. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2011, Paris, France. 2011, JOBIM 2011
Poster de conférence hal-02746728v1

Annotation de génomes

Anthony Bretaudeau
Principes des techniques de biologie moléculaire et génomique : 3e édition revue et augmentée, Quae, 2018, Savoir Faire, 978-2-7592-2389-3
Chapitre d'ouvrage hal-03319007v1

Assemblage de génomes

Anthony Bretaudeau , Fabrice Legeai
Principes des techniques de biologie moléculaire et génomique : 3e édition revue et augmentée, Quae, 2018, Savoir Faire, 978-2-7592-2389-3
Chapitre d'ouvrage hal-03319003v1

Galaxy

Anthony Bretaudeau
Principes des techniques de biologie moléculaire et génomique : 3e édition revue et augmentée, Quae, 2018, Savoir Faire, 978-2-7592-2389-3
Chapitre d'ouvrage hal-03319006v1

Spodoptera littoralis genome mining brings insights on the dynamic of expansion of gustatory receptors in polyphagous noctuidae

Camille Meslin , Pauline Mainet , Nicolas Montagné , Stéphanie Robin , Fabrice Legeai
2022
Pré-publication, Document de travail hal-03635136v1
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Adaptation by copy number variation increases insecticide resistance in fall armyworms

Ki Woong Nam , Sylvie Gimenez , Frederique Hilliou , Carlos A Blanco , Sabine Hänniger
2020
Pré-publication, Document de travail hal-02945633v1

A clonally reproducing generalist aphid pest colonises diverse host plants by rapid transcriptional plasticity of duplicated gene clusters

Thomas Mathers , Yazhou Chen , Gemy Kaithakottil , Fabrice Legeai , Sam Mugford
2020
Pré-publication, Document de travail hal-02936181v1
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Chromosomal resolution reveals symbiotic virus colonization of parasitic wasp genomes

Jérémy Gauthier , Hélène Boulain , Joke J.F.A. van Vugt , Lyam Baudry , Emma Persyn
2020
Pré-publication, Document de travail hal-03090838v1
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Community-Driven Data Analysis Training for Biology

Bérénice Batut , Saskia Hiltemann , Andrea Bagnacani , Dannon Baker , Vivek Bhardwaj
2020
Pré-publication, Document de travail pasteur-02613129v1
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Functional insights from the GC-poor genomes of two aphid parasitoids, Aphidius ervi and Lysiphlebus fabarum

Alice B. Dennis , Gabriel I. Ballesteros , Stéphanie Robin , Lukas Schrader , Jens Bast
2019
Pré-publication, Document de travail hal-02788571v1

Conserved and specific genomic features of endogenous polydnaviruses revealed by whole genome sequencing of two ichneumonid wasps

Fabrice Legeai , Bernardo F. Santos , Stéphanie Robin , Anthony Bretaudeau , Rebecca B. Dikow
2019
Pré-publication, Document de travail hal-02788577v1
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Genomic differentiation is initiated without physical linkage among targets of divergent selection in Fall armyworms

Ki Woong Nam , Sandra Nhim , Stéphanie Robin , Anthony Bretaudeau , Nicolas Nègre
2018
Pré-publication, Document de travail hal-02788771v1