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First microbial gene catalog and antibiotic resistome of rabbit gut microbiota established by metagenomic sequencing

 Caroline Achard , Yuliaxis Ramayo Caldas , Amine Ghozlane , Mathieu M. Almeida , Maria Ballester Davis Ballester , et al.
Symposium INRA ROWETT sur le microbiome du tube digestif. Microflore intestinale : amie ou ennemie ?, Jun 2016, clermont-ferrand, France
Communication dans un congrès hal-02797803v1
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Antagonism of ALAS1 by the Measles Virus V protein contributes to degradation of the mitochondrial network and promotes interferon response

 Pierre Khalfi , Rodolphe Suspène , Kyle A Raymond , Vincent Caval , Grégory Caignard , et al.
PLoS Pathogens, 2023, 19 (2), pp.e1011170. ⟨10.1371/journal.ppat.1011170⟩
Article dans une revue pasteur-04086944v1
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Mining zebrafish microbiota reveals key community-level resistance against fish pathogen infection

 Franziska A. Stressmann , Joaquín Bernal-Bayard , David Perez-Pascual , Bianca Audrain , Olaya Rendueles , et al.
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2021, 15 (3), pp.702-719. ⟨10.1038/s41396-020-00807-8⟩
Article dans une revue hal-03240899v1
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Genes mcr improve the intestinal fitness of pathogenic E. coli and balance their lifestyle to commensalism

 Guillaume Dalmasso , Racha Beyrouthy , Sandrine Brugiroux , Etienne Ruppé , Laurent Guillouard , et al.
Microbiome, 2023, 11 (1), pp.12. ⟨10.1186/s40168-022-01457-y⟩
Article dans une revue pasteur-04086913v1
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First rabbit gut microbial gene catalog and metagenomic insights into the resistome : links with antibiotic use

 Caroline Achard , Yuliaxis Ramayo Caldas , Amine Ghozlane , Mathieu M. Almeida , Samuel Boucher , et al.
16. International Symposium on Microbial Ecology - ISME16, Aug 2016, Montréal, Canada
Communication dans un congrès hal-02792973v1
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SHAMAN: a user-friendly website for metataxonomic analysis from raw reads to statistical analysis

 Stevenn Volant , Pierre Lechat , Perrine Woringer , Laurence Motreff , Pascal Campagne , et al.
BMC Bioinformatics, 2020, 21 (1), pp.345. ⟨10.1186/s12859-020-03666-4⟩
Article dans une revue pasteur-02951458v1
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Combined bacterial and fungal intestinal microbiota analyses: Impact of storage conditions and DNA extraction protocols

 Cécile Angebault , Amine Ghozlane , Stevenn Volant , Françoise Botterel , Christophe d'Enfert , et al.
PLoS ONE, 2018, 13 (8), pp.1-17. ⟨10.1371/journal.pone.0201174⟩
Article dans une revue hal-02627752v1
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DAV132, an Adsorbent-Based Product, Protects the Gut Microbiome and Prevents Clostridium difficile Infections During Moxifloxacin Treatments

 Jean De Gunzburg , Amine Ghozlane , Annie Ducher , Xavier Marie Duval , Etienne Ruppé , et al.
IDWeek 2015, Infectious Diseases Society of America; hiv medicine association, Oct 2015, San Diego, CA, United States. pp.760, ⟨10.1093/ofid/ofv133.477⟩
Communication dans un congrès pasteur-02552243v1
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Systrip: a visual environment for the investigation of time-series data in the context of metabolic networks

 Jonathan Dubois , Ludovic Cottret , Amine Ghozlane , David Auber , Frédéric Bringaud , et al.
16th International Conference on Information Visualization (IV'12), Jul 2012, Montpellier, France. pp.4771a204
Communication dans un congrès hal-00742176v1

Bacteriocin from epidemic Listeria strains alters the host intestinal microbiota to favor infection

 Juan J. Quereda , Olivier Dussurget , Marie-Anne Nahori , Amine Ghozlane , Stevenn Volant , et al.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2016, 113 (20), pp.5706 - 5711. ⟨10.1073/pnas.1523899113⟩
Article dans une revue hal-01533881v1

iRNA: Integrative pipeline for genome-wide detection of sRNA targets

 Amine Ghozlane , Jonathan Dubois , Isabelle Dutour , Romain Bourqui , Marc Breton , et al.
"Autour des ARNs non codant" - Rencontre bioinformatique 2012, Feb 2012, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-00695794v1
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A simple, reproducible and cost- effective procedure to analyse gut phageome: from phage isolation to bioinformatic approach

 Camille d'Humières , Marie Touchon , Sara Dion , Jean Cury , Amine Ghozlane , et al.
Scientific Reports, 2019, ⟨10.1038/s41598-019-47656-w⟩
Article dans une revue hal-02329655v1
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Capturing the most wanted taxa through cross-sample correlations

 Mathieu Almeida , Mihai Pop , Emmanuelle E. Le Chatelier , Edi Prifti , Nicolas N. Pons , et al.
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2016, 10 (10), pp.2459-2467. ⟨10.1038/ismej.2016.35⟩
Article dans une revue hal-02634020v1
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Etat des lieux de l'antibiorésistance en élevage cunicole français et application du concept d'exclusion compétitive pour limiter la transmission d'un microbiote maternal antibiorésistant

 Caroline Achard , Véronique Dupouy-Guiraute , Susanna Siviglia , Nathalie Arpaillange , Beatrice Gabinaud , et al.
16. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2015, Le Mans, France. 264 p
Communication dans un congrès hal-02744277v1

Prediction of the intestinal resistome by a three-dimensional structure-based method

 Etienne Ruppé , Amine Ghozlane , Julien Tap , Nicolas Pons , Anne-Sophie Alvarez , et al.
Nature Microbiology, 2019, 4 (1), pp.112-123. ⟨10.1038/s41564-018-0292-6⟩
Article dans une revue pasteur-02552015v1
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Mining zebrafish microbiota reveals key community-level resistance against fish pathogen infection

 Franziska Stressmann , Joaquin Bernal-Bayard , David Pérez-Pascual , Bianca Audrain , Olaya Rendueles , et al.
2020
Pré-publication, Document de travail pasteur-02873606v1
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Protection of the Human Gut Microbiome From Antibiotics

 Jean de Gunzburg , Amine Ghozlane , Annie Ducher , Emmanuelle Le Chatelier , Xavier Marie Duval , et al.
Journal of Infectious Diseases, 2018, 217 (4), pp.628-636. ⟨10.1093/infdis/jix604⟩
Article dans une revue pasteur-02552147v1
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Impact of the gut microbiota on the m 6 A epitranscriptome of mouse cecum and liver

 Sabrina Jabs , Anne Biton , Christophe Bécavin , Marie-Anne Nahori , Amine Ghozlane , et al.
Nature Communications, 2020, 11, ⟨10.1038/s41467-020-15126-x⟩
Article dans une revue hal-02573165v1
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Développement de méthodes bioinformatiques dédiées à la prédiction et l'analyse des réseaux métaboliques et des ARN non codants

 Amine Ghozlane
Informatique [cs]. Université Sciences et Technologies - Bordeaux I, 2012. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-01086134v1

A visualization approach to analyse bacterial sRNA-mediated regulatory networks

 Jonathan Dubois , Amine Ghozlane , Patricia Thébault , Isabelle Dutour , Romain Bourqui
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM 2013), Jul 2013, France. pp.Poster
Communication dans un congrès hal-00838731v1
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Visualization of time-series data in the context of metabolic networks with Systrip Software

 Jonathan Dubois , Ludovic Cottret , Amine Ghozlane , David Auber , Frédéric Bringaud , et al.
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM 2013), Jul 2013, France
Communication dans un congrès hal-00838725v1
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Genome-wide detection of sRNA targets with rNAV

 Jonathan Dubois , Amine Ghozlane , Patricia Thebault , Isabelle Dutour , Romain Bourqui
Symposium on Biological Data Visualization, Oct 2013, Atlanta, United States. pp.81 - 88
Communication dans un congrès hal-00935443v1

Le gène de résistance mcr-1 favorise l'intrusion de E. coli dans l'écosystème intestinal

 Guillaume Dalmasso , Racha Beyrouthy , Sandrine Brugiroux , Pierre Saint-Sardos , Etienne Ruppé , et al.
RICAI 2020, Dec 2020, PARIS, France
Poster de conférence hal-03054071v1
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Carryover effects of larval exposure to different environmental bacteria drive adult trait variation in a mosquito vector

 Laura B Dickson , Davy Jiolle , Guillaume Minard , Isabelle Moltini-Conclois , Stevenn Volant , et al.
Science Advances , 2017, 3 (8), pp.e1700585. ⟨10.1126/sciadv.1700585⟩
Article dans une revue hal-01580399v1
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Wide diversity of methane and short-chain alkane metabolisms in uncultured archaea

 Guillaume Borrel , Panagiotis S Adam , Luke J Mckay , Lin-Xing Chen , Isabel Natalia Sierra-García , et al.
Nature Microbiology, 2019, ⟨10.1038/s41564-019-0363-3⟩
Article dans une revue pasteur-02059013v1
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A Clinical Study Provides the First Direct Evidence That Interindividual Variations in Fecal β-Lactamase Activity Affect the Gut Mycobiota Dynamics in Response to β-Lactam Antibiotics

 Margot Delavy , Charles Burdet , Natacha Sertour , Savannah Devente , Jean-Denis Docquier , et al.
mBio, 2022, 13 (6), ⟨10.1128/mbio.02880-22⟩
Article dans une revue pasteur-04017287v1
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Diverse laboratory colonies of Aedes aegypti harbor the same adult midgut bacterial microbiome

 Laura B Dickson , Amine Ghozlane , Stevenn Volant , Christiane Bouchier , Laurence Ma , et al.
Parasites & Vectors, 2018, 11 (1), pp.207. ⟨10.1186/s13071-018-2780-1⟩
Article dans une revue pasteur-01973524v1
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Analysis of protein chameleon sequence characteristics.

 Amine Ghozlane , Agnel Joseph , Aurélie Bornot , Alexandre de Brevern
Bioinformation, 2009, 3 (9), pp.367-9
Article dans une revue inserm-00353122v1
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Flux analysis of the Trypanosoma brucei glycolysis based on a multi-objective criteria bioinformatic approach, Advances in Bioinfromatics, 2012, in press. International conference with published acts

 Amine Ghozlane , Frédéric Bringaud , Hayssam Soueidan , Isabelle Dutour , Fabien Jourdan , et al.
Advances in Bioinformatics, 2012, 2012, 16 p., Article ID 159423. ⟨10.1155/2012/159423⟩
Article dans une revue hal-00723179v1

Metaboflux : a method to analyze flux distribution in metabolic networks

 Amine Ghozlane , Frédéric Bringaud , Fabien Jourdan , Patricia Thebault
Workshop Metabolomics2010, AmsterdamRAI, the Netherlands, 2010, Amsterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-00648759v1
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