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Amedeo Napoli

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Publications

malika-smail-tabbone

Functional classification of genes using semantic distance and fuzzy clustering approach: Evaluation with reference sets and overlap analysis

Marie-Dominique Devignes , Benabderrahmane Sidahmed , Malika Smail-Tabbone , Amedeo Napoli , Poch Olivier
International journal of computational biology and drug design, 2012, 5 (3/4), pp.245-260
Article dans une revue hal-00734329v1

BioRegistry: Automatic extraction of metadata for biological database retrieval and discovery

Marie-Dominique Devignes , Philippe Franiatte , Nizar Messai , Emmanuel Bresso , Amedeo Napoli
International Journal of Metadata, Semantics and Ontologies, 2010, 5 (3), pp.184--193. ⟨10.1504/IJMSO.2010.034043⟩
Article dans une revue inria-00502297v1
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IntelliGO: a new vector-based semantic similarity measure including annotation origin

Sidahmed Benabderrahmane , Malika Smaïl-Tabbone , Olivier Poch , Amedeo Napoli , Marie-Dominique Devignes
BMC Bioinformatics, 2010, 11, 11 (1), pp.588. ⟨10.1186/1471-2105-11-588⟩
Article dans une revue inria-00543910v1

Ontology-guided data preparation for discovering genotype-phenotype relationships

Adrien Coulet , Malika Smaïl-Tabbone , Pascale Benlian , Amedeo Napoli , Marie-Dominique Devignes
BMC Bioinformatics, 2008, 9 (Suppl 4), pp.S3. ⟨10.1186/1471-2105-9-S4-S3⟩
Article dans une revue inria-00338669v1
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Correction et complétude d'un algorithme de recherche d'information par treillis de concepts

Nizar Messai , Marie-Dominique Devignes , Amedeo Napoli , Malika Smaïl-Tabbone
Revue des Nouvelles Technologies de l'Information, 2007
Article dans une revue inria-00187116v1
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Treillis de concepts et ontologies pour interroger l'annuaire de sources de données biologiques BioRegistry

Nizar Messai , Marie-Dominique Devignes , Amedeo Napoli , Malika Smaïl-Tabbone
Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série ISI : Ingénierie des Systèmes d'Information, 2006, Systèmes d'information spécialisés, 11 (1), pp.39-60
Article dans une revue inria-00080960v1
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Classification et interrogation de sources de données biologiques

Nizar Messai , Marie-Dominique Devignes , Amedeo Napoli , Malika Smaïl-Tabbone
Revue des Nouvelles Technologies de l'Information, 2005, Extraction des connaissances : Etat et perspectives, pp.43-47
Article dans une revue inria-00103937v1
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Tackling scalability issues in mining path patterns from knowledge graphs: a preliminary study

Pierre Monnin , Emmanuel Bresso , Miguel Couceiro , Malika Smaïl-Tabbone , Amedeo Napoli
ALGOS 2020 - 1st International Conference on Algebras, Graphs and Ordered Sets, Aug 2020, Nancy, France
Communication dans un congrès hal-02913224v1
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Lattice Based Data Access (LBDA): An Approach for Organizing and Accessing Linked Open Data in Biology

Mehwish Alam , Melisachew Wudage Chekol , Adrien Coulet , Amedeo Napoli , Malika Smaïl-Tabbone
DMoLD'13 - Data Mining on Linked Data Workshop (ECML/PKDD, 2013), Sep 2013, Prague, Czech Republic
Communication dans un congrès hal-00903450v1
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Formal Concept Analysis for the Interpretation of Relational Learning applied on 3D Protein-Binding Sites

Emmanuel Bresso , Renaud Grisoni , Marie-Dominique Devignes , Amedeo Napoli , Malika Smail-Tabbone
4th international conference on Knowledge Discovery and Information Retrieval - KDIR 2012, Oct 2012, Barcelona, Spain. 12 p
Communication dans un congrès hal-00734349v1
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Formal Concept Analysis Applied to Transcriptomic Data

Mehwish Alam , Adrien Coulet , Amedeo Napoli , Malika Smaïl-Tabbone
The Ninth International Conference on Concept Lattices and Their Applications - CLA 2012, Oct 2012, Fuengirola (Málaga), Spain
Communication dans un congrès hal-00761003v1
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Formal Concept Analysis Applied to Transcriptomic Data

Mehwish Alam , Adrien Coulet , Amedeo Napoli , Malika Smaïl-Tabbone
What can FCA do for Artificial Intelligence (FCA4AI) (ECAI 2012), Aug 2012, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-00760993v1

Use of domain knowledge for dimension reduction: application to mining of drug side effects

Emmanuel Bresso , Sidahmed Benabderrahmane , Malika Smaïl-Tabbone , Gino Marchetti , Arnaud Sinan Karaboga
International Conference on Knowledge Discovery and Information Retrieval - KDIR 2011, Oct 2011, Paris, France. pp.8
Communication dans un congrès hal-00642520v1

Ontology-based functional classification of genes: evaluation with reference sets and overlap analysis

Sidahmed Benabderrahmane , Marie-Dominique Devignes , Malika Smaïl-Tabbone , Amedeo Napoli , Olivier Poch
The second workshop on Integrative Data in Systems Biology held in conjunction with the IEEE BIBM 2011 conference, Nov 2011, Atlanta, United States
Communication dans un congrès hal-00644438v1

Using Domain Knowledge to Guide Lattice-based Complex Data Exploration

Nizar Messai , Marie-Dominique Devignes , Amedeo Napoli , Malika Smaïl-Tabbone
19th European Conference on Artificial Intelligence - ECAI 2010, Aug 2010, Lisbon, Portugal. pp.847--852, ⟨10.3233/978-1-60750-606-5-847⟩
Communication dans un congrès inria-00545545v1
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Connaissances de domaine et treillis de concepts pour l'exploration progressive de données complexes

Nizar Messai , Marie-Dominique Devignes , Amedeo Napoli , Malika Smaïl-Tabbone
21es Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances - IC 2010, Jun 2010, Nîmes, France. pp.233 - 244
Communication dans un congrès hal-00488034v2

Analyse de données transcriptomiques: Modélisation floue de profils d'expression différentielle et analyse fonctionnelle.

Sidahmed Benabderrahmane , Marie-Dominique Devignes , Malika Smaïl-Tabbone , O. Poch , Amedeo Napoli
Actes du XXVIIième congrès Informatique des Organisations et Systèmes d'information et de décision - INFORSID 2009, IRIT-Toulouse, May 2009, Toulouse, France. pp.413-428
Communication dans un congrès inria-00394530v1

Many-Valued Concept Lattices for Conceptual Clustering and Information Retrieval

Nizar Messai , Marie-Dominique Devignes , Amedeo Napoli , Malika Smaïl-Tabbone
18th European Conference in Artificial Intelligence - ECAI 2008, Jul 2008, Patras, Greece. pp.127-131
Communication dans un congrès inria-00338671v1

BioRegistry: Automatic Extraction of Metadata for Biological Database Retrieval and Discovery

Marie-Dominique Devignes , Philippe Franiatte , Nizar Messai , Amedeo Napoli , Malika Smail-Tabbone
1st international workshop on Ressource Discovery (RED), Joint to iiWAS 2008, Nov 2008, Linz, Austria
Communication dans un congrès inria-00338674v1

Ontology Refinement through Role Assertion Analysis: Example in Pharmacogenomics

Adrien Coulet , Malika Smail-Tabbone , Amedeo Napoli , Marie-Dominique Devignes
21st International Workshop on Description Logics - DL2008, May 2008, Dresden, Germany
Communication dans un congrès inria-00338677v1

Extending Attribute Dependencies for Lattice-Based Querying and Navigation

Nizar Messai , Marie-Dominique Devignes , Amedeo Napoli , Malika Smaïl-Tabbone
16th International Conference on Conceptual Structures - ICCS 2008, Jul 2008, Toulouse, France. pp.189-202, ⟨10.1007/978-3-540-70596-3_13⟩
Communication dans un congrès inria-00338678v1
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Ontology-guided Data Preparation for Discovering Genotype-Phenotype Relationships

Adrien Coulet , Malika Smaïl-Tabbone , Pascale Benlian , Amedeo Napoli , Marie-Dominique Devignes
Network Tools and Applications in Biology: A Semantic Web for Bioinformatics - NETTAB 2007, Jun 2007, Pisa, Italy
Communication dans un congrès inria-00186988v1
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Traitement d'attributs inter-dépendants pour la recherche d'information par treillis

Nizar Messai , Marie-Dominique Devignes , Amedeo Napoli , Malika Smaïl-Tabbone
18es Journées Francophones d'Ingénierie des Connaissances - IC 2007, Jul 2007, Grenoble, France. pp.109-120
Communication dans un congrès hal-00509943v1
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Suggested Ontology for Pharmacogenomics (SO-Pharm): Modular Construction and Preliminary Testing

Adrien Coulet , Malika Smaïl-Tabbone , Amedeo Napoli , Marie-Dominique Devignes
Proceedings of International Workshop on Knowledge Systems in Bioinformatics - KSinBIT'06, Oct 2006, Montpellier, France
Communication dans un congrès inria-00089824v1
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SNP-Ontology for semantic integration of genomic variation data

Adrien Coulet , Malika Smaïl-Tabbone , Pascale Benlian , Amedeo Napoli , Marie-Dominique Devignes
14th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology - ISMB'06, Aug 2006, Fortaleza/Brésil
Communication dans un congrès inria-00067863v2
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BR-Explorer: An FCA-based algorithm for Information Retrieval

Nizar Messai , Marie-Dominique Devignes , Amedeo Napoli , Malika Smaïl-Tabbone
Fourth International Conference On Concept Lattices and Their Applications - CLA 2006, Oct 2006, Hammamet/Tunisia
Communication dans un congrès inria-00103913v1
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BR-Explorer: A sound and complete FCA-based retrieval algorithm (Poster)

Nizar Messai , Marie-Dominique Devignes , Amedeo Napoli , Malika Smaïl-Tabbone
4th International Conference on Formal Concept Analysis - ICFCA 2006, Feb 2006, Dresden/Germany
Communication dans un congrès inria-00103947v1

Ontology-driven Data Integration for Pharmacogenomics: Application to Genome Variations

Adrien Coulet , Malika Smaïl-Tabbone , Pascale Benlian , Amedeo Napoli , Marie-Dominique Devignes
Journées Ouvertes : Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM'06, Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB), Jul 2006, Bordeaux/France
Communication dans un congrès inria-00080064v1
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SNP-Converter: an Ontology-Based solution to Reconcile Heterogeneous SNP Descriptions for Pharmacogenomic Studies

Adrien Coulet , Malika Smaïl-Tabbone , Pascale Benlian , Amedeo Napoli , Marie-Dominique Devignes
3rd International Workshop on Data Integration in the Life Sciences 2006 - DILS'06, Jul 2006, European Bioinformatics Institute (EBI), Hinxton/UK
Communication dans un congrès inria-00080050v1
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Treillis de concepts et ontologies pour l'interrogation d'un annuaire de sources de données biologiques (BioRegistry)

Nizar Messai , Marie-Dominique Devignes , Malika Smaïl-Tabbone , Amedeo Napoli
Actes du XXIIIème congrès Informatique des Organisations et Systèmes d'information et de décision - INFORSID 2005, May 2005, Grenoble/France
Communication dans un congrès inria-00000101v1

BioRegistry : a structured metadata repository for bioinformatic databases

Malika Smaïl-Tabbone , Shazia Osman , Nizar Messai , Amedeo Napoli , Marie-Dominique Devignes
First International Symposium on Computational Life Science - CompLife 2005, Sep 2005, Konstanz, Germany, pp.46-56
Communication dans un congrès inria-00000418v1
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Méthode sémantique pour la classification et l'interrogation de sources de données biologiques

Nizar Messai , Marie-Dominique Devignes , Amedeo Napoli , Malika Smaïl-Tabbone
EGC 2005 - Atelier Modélisation des Connaissances, Jan 2005, Paris
Communication dans un congrès inria-00000152v1
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Querying a Bioinformatic Data Sources Registry with Concept Lattices

Nizar Messai , Marie-Dominique Devignes , Amedeo Napoli , Malika Smaïl-Tabbone
3th International Conference on Conceptual Structures - ICCS 2005, Jun 2005, Kassel, Germany. pp.323-336, ⟨10.1007/11524564_22⟩
Communication dans un congrès inria-00000102v1

Intelligent access to genomic sources on the web

Marie-Dominique Devignes , Nizar Messai , Amedeo Napoli , Shazia Osman , Malika Smaïl-Tabbone
W3C Workshop on Semantic Web for Life Sciences, Oct 2004, Cambridge, Massachusetts USA
Communication dans un congrès inria-00000153v1

Ontology-based knowledge discovery in pharmacogenomics.

Adrien Coulet , Malika Smaïl-Tabbone , Amedeo Napoli , Marie-Dominique Devignes
Hamid R. Arabnia and Quoc-Nam Tran. Software Tools and Algorithms for Biological Systems, 696, Springer, pp.357-66, 2011, Advances in Experimental Medicine and Biology, 978-1-4419-7046-6. ⟨10.1007/978-1-4419-7046-6_36⟩
Chapitre d'ouvrage inria-00585072v1